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Python解析psiBlast输出JSON文件结果

什么是JSON文件 JSON文件是一种轻量级的数据存储和交换格式,其实质是字典和列表的组合。这在定义生信分析流程的参数文件中具有很好的应用。...是通过如下代码完成的 import json file_fh = open("test2.json") ajsonD = json.load(file_fh) ajsonD {'公众号': {'宗旨':...Python解析PSIBLAST的JSON输出结果 BLAST的输出结果可以有多种,在线的配对比较结果,线下常用的表格输出,这次尝试的是JSON输出,运行命令如下 psiblast -db nr -out...JSON结果获取匹配的蛋白的名字和序列,JSON文件解析的关键是知道关注的信息在哪个关键字下可以找到,然后需要怎么操作进入到关键字所在数据层,具体操作见如下视频,视频中一步步尝试如何不断试错,解析JSON...文件,获得想要的Python脚本和解析结果。

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json美化输出

json美化输出 有时候,我们拿到手的json文件就是一整行,连在一起:十分的不美观,很难观察到里面的具体信息。本文介绍的是如何利用Python内的json包进行美化输出。...步骤1 我们先将原来的json文件转成Python的字典形式: # 1、打开json文件转成字典类型 with open("old.json",encoding="utf-8") as f:...json_to_dict = json.load(f) # json转成字典 print(json_to_dict) 步骤2 将步骤1中得到的字典内容再转成新的json文件,注意换行和中文乱码问题:...# 2、将字典类型的数据转成json,需要格式输出、美观 with open("new.json", "w", encoding='utf-8') as f: json.dump(json_to_dict...() 将python中的对象转化成json储存到文件json.load() 将文件中的json的格式转化成python对象提取出来 重要的参数对照: json.dumps(obj, # 待转化的对象

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    nodejs写入json文件_json文件可以删除吗

    nodejs的文件系统,接触过node的对node的文件系统肯定不会陌生,这两天我就在思考一个问题,我是否可以在本地操作我的本地json文件,这样一个本地的文本数据库就有了,如果是便签之类,记录的软件,...我完全可以不用连后台的数据库,我可以自己操作本地的json文件,自己用node写后台,答案是肯定的,下面我们就一起来实现一下吧,对本地json文件的增、删、改、查 ##1.增 首先我们先看一下demo...writeJson(params){ //现将json文件读出来 fs.readFile('....(person);//因为nodejs的写入文件只认识字符串或者二进制数,所以把json对象转换成字符串重新写入json文件中 fs.writeFile('....------------'); }) }) } writeJson(params)//执行一下; 结果如下 下面我们来看一下json文件的结果 看,json文件已经被新增进来了 ##2.

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    python中文编码&json中文输出

    python2.x版本的字符编码有时让人很头疼,遇到问题,网上方法可以解决错误,但对原理还是一知半解,本文主要介绍 python 中字符串处理的原理,附带解决 json 文件输出时,显示中文而非 unicode...首先简要介绍字符串编码的历史,其次,讲解 python 对于字符串的处理,及编码的检测与转换,最后,介绍 python 爬虫采取的 json 数据存入文件时中文输出的问题。...码写到json文件json.dump(all_house,f,ensure_ascii=False,sort_keys=True, indent=4) json.dumps()/json.loads...#print json_str; #[{"brokername": "王东宇"},{},{}] new_dict = json.loads(json_str);#主要是读json文件时,需要用到 #print...,dump需要一个类似于文件指针的参数(并不是真的指针,可称之为类文件对象),可以与文件操作结合,也就是说可以将dict转成str存入文件中,如json.dump(all_house,f,ensure_ascii

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    Python进行JSON格式化输出

    先写一个字典并将其转换成JSON格式: # encoding:utf-8 import json dic = {'a': 1, 'b': 2, 'c': 3} js = json.dumps(dic...) print(js) 打印出的是如下这个样子,一行式的: {'a': 1, 'c': 3, 'b': 2} 看上去还可以接受吧,但是万一这JSON有一长串串串串串的话……可能编辑器都要hold不住了。...这个时候我们就可以对其进行格式化输出json.dumps里就有自带的功能参数: # encoding:utf-8 import json dic = {'a': 1, 'b': 2, 'c': 3...:是否按照字典排序(a-z)输出,True代表是,False代表否。...separators:设置分隔符,在dic = {'a': 1, 'b': 2, 'c': 3}这行代码里可以看到冒号和逗号后面都带了个空格,这也是因为Python的默认格式也是如此,如果不想后面带有空格输出

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    logback自定义json日志输出

    前言碎语 先说下楼主的使用场景吧,将程序的某些方法调用以json格式的内容记录到文件中,提供给大数据做数据分析用。当然这个需求实现起来很简单,通过aop拦截切面统一输出内容到文件即可。...下面要介绍的就是通过logback日志体系以及logstash提供的json log依赖将数据以json格式记录到日志文件的例子。...jsonFactoryDecorator:解决中文转码的问题,不加这个的话中文会被编码成ASCII码输出 providers:json格式提供者,想要什么字段的json就定义什么,logevent...中的类型都可以在这里直接定义输出,比如,timestamp,message,thread_name等,其他的自定义的字段的值可以通过MDC设置进来,格式就是%mdc{xx},其中xx就是你日志上下文MDC...MDC.put("requestIp",requestIp); 配置logger节点 logger配置说明: 这里定义了name为buriedPoint的logger节点,那么日志系统中,只会输出定义为

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