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Trimmomatic 数据过滤

Trimmomatic 是一个很常用的 Illumina 平台数据过滤工具。支持 SE 和 PE 测序数据。...:1:TRUE LEADING:20 TRAILING:20 SLIDINGWINDOW:4:15 -threads 8 MINLEN:50 done 处理步骤及主要参数: Trimmomatic 过滤数据的步骤与命令行中过滤参数的顺序有关...,通常的过滤步骤如下: ILLUMINACLIP: 过滤 reads 中的 Illumina 测序接头和引物序列,并决定是否去除反向互补的 R1/R2 中的 R2。...SLIDINGWINDOW: 从 reads 的 5’ 端开始,进行滑窗质量过滤,切掉碱基质量平均值低于阈值的滑窗。...MAXINFO: 一个自动调整的过滤选项,在保证 reads 长度的情况下尽量降低测序错误率,最大化 reads 的使用价值。 LEADING: 从 reads 的开头切除质量值低于阈值的碱基。

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illumina数据质控过滤

背景 我们拿到测序的原始数据后,其实并不是所有的都是能用的数据,我们需要先做质控与过滤。首先认识下碱基的指标Q20(百分之一出错率),质量值>=Q20:好碱基,质量值<Q20:坏碱基。...fastqc -f fastq -o illumina_qc/ illumina_1.fastq.gz illumina_2.fastq.gz 碱基质量分布图 碱基含量分布图 二、数据过滤...学习目标: 1、知道为何要进行数据过滤; 2、掌握数据过滤的内容; 3、掌握数据过滤软件 fastp 以及 SOAPnuke 的使用; 4、了解其他过数据滤软件...; 利用 fastp 进行数据过滤 fastp 数据过滤 fastp -i illumina_1.fastq.gz -I illumina_2.fastq.gz -o clean.1.fq.gz -O...1、不要求100%精确,原则是不影响后续分析 2、可以根据最终结果,重新过滤数据 三、过滤完质控 过滤完质控 mkdir illumina_clean fastqc -f fastq

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circos tableviewer 展示表格数据

circos中丰富多样的参数,允许我们更加的展示数据。高度定制化的同时,也意味着学习成本的提高。从原始数据的整理,到可视化参数的调整,都必须做到了如指掌,才能得心应手的使用circos。...tableview提供了对表格数据的可视化功能,由以下3个脚本构成 make-table make-conf parse-table 1. make-table make-table 随机生成一个表格数据..., 用法如下 make-table -rows 4 -col 3 -brief > table.txt 生成的表格如下 ?...2. parse-table parse-table读取表格数据,然后计算相关信息 parse-table -file table.txt > parsed-table.txt 3. make-conf...最内圈的links展示了单元格的数据,每个单元格可以看做对应的行和列相连的区域,示意图如下: ? 通过tableviewer 这个小工具,可以方便的展示表格数据,而且其中的思想也特别值得我们借鉴。

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LayUI之旅-数据表格

layui的数据表格是使用频率非常高的组件,在入门篇,我们已经大致了了解了数据表格的方法级渲染,接下来我们深入研究和学习layui-table组件的使用方法。...数据表格官方文档地址:https://www.layui.com/doc/modules/table.html 1、渲染方式 数据表格的渲染方式有三种,这是官方对三种渲染方式的场景介绍: 方式 机制 适用场景.../支持所有基础参数 }); 2、表格重载 数据表格的精髓——数据重载,我们在很多场景下都可能会用到他,比如搜索,排序等等。...id 是对表格数据操作方法上是必要的传递条件,它是表格容器的索引,你在下文诸多地方都将会见识它的存在。...id 是对表格数据操作方法上是必要的传递条件,它是表格容器的索引,你在下文诸多地方都将会见识它的存在。

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python过滤 Kubernetes api数据

default/endpoints services api地址 http://ip地址:端口/api/v1/namespaces/default/services 下面主要展示 endpoints api的部分数据...                        "protocol": "TCP"                     }                 ]             }         ]     }, ] } 需要提取以下数据...二、数据结构 上面的api需要提取6个字段信息,最终的数据结构如下: {     "voucher-center-master":[         {             "ip":"192.169.167.105...python3 # coding: utf-8 import sys import json import socket import ipaddress import requests """ 要求的数据格式...那么有了这些数据,就可以做端口的健康检测了!

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React Table 表格组件使用教程 排序、分页、搜索过滤筛选功能实战开发

图片本文完整版:《React Table 表格组件使用教程 排序、分页、搜索过滤筛选功能实战开发》 在日常开发中,特别是内部使用的后台系统时,我们常常会需要用表格来展示数据,同时提供一些操作用于操作表格内的数据...跟随本文你将学到如何使用 react-table 在 React 中搭建表格组件如何使用 react-table 表格组件进行数据的分页、排序、搜索过滤筛选react-table 实战案例:手把手教你使用...react-table 表格组件实战分页、排序、搜索过滤筛选图片扩展阅读:《顶级好用的 React 表单设计生成器,可拖拽生成表单》react-table 安装和使用首先,让我们先来创建一个 React...import { useTable } from 'react-table'而 useTable 接收两个必填的参数:data:表格数据columns:表格的列所以让我们先来定义这个订单表的 data...扩展阅读:《7 款最棒的开源 React UI 组件库和模版框架测评 - 特别针对国内使用场景推荐》React Table 表格搜索过滤筛选功能我们可以通过 useFilters 来实现筛选功能:import

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TabTransformer:用于表格数据的Transformer

首先,我们将回答为什么可以将transformer应用于表格数据。然后,我们将看到他们如何处理表格数据。 那么下面就开始吧:汽车人,变形出发!...为什么我们可以将Transformers应用于表格数据? transformer最初是作为一种建模语言的方法被提出的。那么,表格数据是一种语言吗?把普通的表格和人类的语言进行比较感觉很奇怪。...他们所关心的只是表征数据的统计属性。这里我们要展示的是表格数据和语言有很多相同的属性。在某种意义上,分类表数据是一种超结构化的语言子集。...因此,我们都同意至少在表格数据上尝试Transformers是有意义的。现在让我们看看它们与其他表格数据模型的比较情况。...DeepEnFM的研究人员是第一个解决多头注意力表格数据中特征交互问题的研究人员。

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