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批量运行多个R脚本

一个小技巧分享,假如有人写了很多绘图脚本,比如文献:《Preoperative immune landscape predisposes adverse outcomes in hepatocellular...里面就有很多R代码 : 代码文件很多 如果把这些R代码文件一个个打开,然后一个个运行,工作量也不小,所以我们推荐一个技巧: fs=list.files('..../',pattern = '*.R$') fs lapply(fs, function(x){ print(x) source(x) }) 这个技巧有一个小问题,就是有一些脚本可能是缺包或者里面有小...其实理论上应该是在运行每个脚本的时候加上try catch,不过咱们的目标是批量运行每个代码并且保证成功,所以跳过那些运行失败的解决不了问题,反而应该是勇往直前解决问题。...,然后批量运行成功为止。

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批量运行多个R脚本代码

今天,我们利用健明老师推荐的批量运行多个R脚本代码,见证一下该代码的优势。...patients with liver transplantation》的 GitHub (https://github.com/sangho1130/KOR_HCC) ,我们发现其共包含19个R脚本...然后,我们一个一个打开脚本检查了一下其所用到的R包,下载好所要用到的所有R包。但是在下载R包过程中我们发现RGtk2和rsgcc这两个包一直报错,没有解决掉这个问题。...所以,我们把包含这两个包的5个脚本剔除,把剩下的14个R脚本进行批量运行。 #这两个R包下载失败了,如果你们下载成功了,也欢迎分享以下方法!.../',pattern = '*.R$') fs lapply(fs, function(x){ print(x) source(x) }) #正常运行结果 [1] "Figure_1A.R

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批量运行多个R脚本并打印运行状态

曾老师曾经有一篇推文《批量运行多个R脚本》,介绍了批量运行R脚本的思路,同时也提出了一些问题,今天就这个学徒作业,我们来探究一下。 首先前往github[1]下载R脚本。...打开以后可以发现这里有19个R脚本,如果把这些R代码文件一个个打开再运行,无疑增加了很多工作量。...实测在我的R环境下,运行到第3个代码遇到了报错,此时Fig 1A和Fig 1B的结果已经产生。 这个时候我们希望脚本继续运行,同时打印各个脚本运行情况。...我们参考教程R语言tryCatch使用方法:判断Warning和Error[2]和中断运行 r 忽略报错 继续运行[3](这个教程中的代码有些问题,需要自己修改调试),使用「tryCatch」来解决这个问题...,再用for in循环依次执行tryCatch,依次运行每一个脚本,如果运行过程中有warning,就会提示「warning @ 脚本名 @ warning的具体内容」,如果运行中有error,就会提示

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linux定时运行命令脚本——crontab

搞定  第三步:"crontab -l" 查看定时任务是否成功或者检测/var/spool/cron下是否生成对应cron脚本 四、 cron服务   cron是一个linux下 的定时执行工具,可以在无需人工干预的情况下运行作业...-r 删除当前的crontab文件。  -e 使用VISUAL或者EDITOR环境变量所指的编辑器编辑当前的crontab文件。 当结束编辑离开时,编辑后的文件将自动安装。...这个参数了,如果去掉这个参数的话,后面就可以写要运行的某个脚本名,而不是文件夹名。   ...00 15 * *1,3,5 shutdown -r +5 每小时的10分,40分执行用户目录下的innd/bbslin这个指令:  10,40 * * * * innd/bbslink  每小时的.../top10_all.sh(建议使用此方式,先进入该目录,然后在执行脚本;否则,执行脚本中的其它脚本都需要加绝对路径) 推荐参考: linux定时运行命令脚本 (crontab详解) linux crontab

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R studioR 工具指南(六:后台运行R 命令

在安装一个R 包,没法运行命令; 遇到耗时较长的代码,眼睁睁干等着它~ 其实比较粗暴的方法便是,重新打开一个Rproj——“不如让我们一切重来~” 但这毕竟过于麻烦。...一个简单的思路是,我们可以不可以像linux 中的& 一样,将命令提交到后台呢?...R studio 中设置 参考:https://www.jianshu.com/p/797778c7703e image.png 我们可以将一些如安装包等费时的命令丢入后台,不占用我们执行其他的代码。...写好了脚本,选定需要执行的脚本,直接选择start: 通常来说,脚本中的代码并不会读取环境中的变量: a <- 3*x Error in eval(statements[[idx]], envir...先前我们介绍过在后台运行R 脚本,对于耗时较长的代码运行,或者复杂的包的安装,我们可以使用该方法,从而不占用前台: 直接安装一下: remotes::install_github("lindeloev

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使用命令行界面运行Python脚本

标签:Python,argparse 本文将讲解如何使用带有argparse库的命令行界面运行Python脚本。...我们可以在命令行上键入不同的参数并将这些参数传递到脚本中,而不是每次运行脚本时都更改.py文件中的代码。因此,使用CLI是非常灵活和方便的,而且,从黑屏启动程序会让你更酷,更像一个真正的程序员。...下面进入有趣的部分,我们希望在运行程序时从命令行传递这三个变量。 步骤4:从命令行解析参数 从命令行解析参数的最简单方法是使用sys.argv,它是传递给Python脚本命令行参数列表。...让我们看看如何通过在命令行中运行以下简单脚本来使用sys.argv。...当源文件作为主程序执行时(即从IDLE或命令运行脚本),__name__将被设置为字符串”__main__”。

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【Laravel系列2.3】Laravel运行命令脚本

Laravel运行命令脚本 在上篇文章中,我们看到了 Laravel 中有个专门单独的目录,也就是 Console 目录,它是用于存放脚本文件的。...这个脚本文件一般指的就是我们通过 php 命令来执行的命令脚本,在许多框架中都有这样的功能。...对于现代化的应用开发来说,一些数据统计、数据导出、队列处理等比较耗时的功能,以及一些自动化的后端运行程序,都需要使用这种命令脚本来执行。...默认提供的脚本 在当前的框架目录中,我们在根目录执行 php artisan ,就可以看到命令行的帮助信息,这里就列出了所有已经存在的命令脚本。第一篇文章中,我们就接触过这其中的两个命令。...关于这些默认自带的脚本,我们将在学习到相关内容的时候顺带着一起学习。 自定义一个脚本 自定义一个脚本非常简单。我们可以使用 make:command 命令来生成一个命令脚本

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shell脚本后台运行

使用&符号在后台执行命令 你可以在Linux命令或者脚本后面增加&符号,从而使命令脚本在后台执行,例如:. $ ./my-shell-script.sh & 2....使用nohup在后台执行命令 使用&符号在后台执行命令脚本后,如果你退出登录,这个命令就会被自动终止掉。要避免这种情况,你可以使用nohup命令,如下所示: $ nohup ....使用screen执行命令 通过nohup和&符号在后台执行命令后,即使你退出登录,这个命令也会一直执行。但是,你无法重新连接到这个会话,要想重新连接到这个会话,你可以使用screen命令。....使用at将一个命令作为批处理执行 使用at命令,你可以让一个命令在指定的日期和时间运行,例如要在明天上午10点在后台执行备份脚本,执行下面的命令: $ at -f backup.sh 10 am tomorrow...使用watch连续地执行一个命令 要想按一个固定的间隔不停地执行一个命令,可以使用watch命令,如下所示: $ watch df -h

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后台运行python脚本

在Linux系统中,可以使用nohup命令将一个进程放到后台运行,并将该进程的输出重定向到一个文件中。以下是在后台运行Python脚本的步骤: 打开终端,并进入Python脚本所在的目录。...输入以下命令: nohup python script.py > output.log & 其中,script.py是要运行的Python脚本的文件名,output.log是输出日志的文件名。...&符号表示将该命令放到后台运行,nohup命令可以保证即使关闭终端,该进程也能继续运行。 执行完上述命令后,可以关闭终端。...Python脚本将在后台继续运行,同时将输出重定向到output.log文件中。 如果需要停止后台运行的Python脚本,可以使用ps命令查找进程ID,然后使用kill命令停止该进程。...例如: ps aux | grep script.py 该命令会列出所有包含script.py的进程,记录下进程ID,然后使用以下命令停止进程: kill

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RunTime.getRuntime().exec()运行脚本命令介绍和阻塞

java在企业级项目开发中,无论是强制性的功能需要,还是为了简便java的实现,需要调用服务器命令脚本来执行。...用法:         public Process exec(String command)-----在单独的进程中执行指定的字符串命令。        ...如果没有终止该子进程,调用的线程将被阻塞,直到退出子进程,根据惯例,0 表示正常终止   注意:在java中,调用runtime线程执行脚本是非常消耗资源的,所以切忌不要频繁使用!                     ...在调用runtime去执行脚本的时候,其实就是JVM开了一个子线程去调用JVM所在系统的命令,其中开了三个通道: 输入流、输出流、错误流,其中输出流就是子线程走调用的通道。                     ...大家都知道,waitFor是等待子线程执行命令结束后才执行, 但是在runtime中,打开程序的命令如果不关闭,就不算子线程结束。比如以下代码。

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