2、提取读入的genbank文件的fasta序列
这个代码稍微有点长,,逻辑还有点没看懂
FasExtract<- function(gb){
fasta<-gb[(grep("ORIGIN", gb...]<-sample(c("c", "g", "t", "a"), length(which(seq=="-")), TRUE)
return(seq)
}
5、鉴定叶绿基因组的四个区域边界信息 这个代码就更长了...("a", "T", gcr)
gcrgsub("t", "A", gcr)
gcrgsub("g", "C", gcr)
gcrgsub("c", "G", gcr..., genome)
#calculation
return(c(IR1s, IR2s, IR.l, length(genome)))#returning the start of IR one...sonwfall()这个包,这里用到了并行计算
输入是 fasta 输出是 第一个反向重复区的位置,小单拷贝区的长度,总长
> gbfile<-read.gb("Taishanhong_CP_genome.gb