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GEO数据库使用教程及在线数据分析工具

搜索结果可以通过7来设置每页显示个数,通过8选择排序方式,可以通过左侧的选项对搜索结果进行筛选。Entry type有四种:Datasets,Series,Samples,Platforms。...分别对应的是,GEO Dataset (GDS) 数据集的ID号、GEO Series (GSE) 研究的ID号、GEO Sample (GSM) 样本ID号和GEO Platform (GPL) 芯片平台...上面是通过关键词检索,只是为了让大家了解一下检索页面,通常在文章中我们会看到作者都是用GSE****号,我们知道GSE编号,我们也可以直接通过检索GSE编号获取信息,同时也可以通过GDS***,和GSM...点击Analyze with GEO2R进入页面可以看见所有样本的信息列表 ? 通过Define groups将样本进行分组,输入相应的组名, ?...(3)Profile graph 通过从平台记录的ID列输入相应的标识符来查看特定的基因表达谱图。此功能不执行任何计算;它只是在样本间显示基因的表达值。要使此功能正常工作,不需要定义示例组。 ?

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多任务编程 - 1

---- 进程 1、进程的介绍 在Python程序中,想要实现多任务可以使用进程来完成,进程是实现多任务的一种方式。...2、进程的概念 一个正在进行的程序或者软件就是一个进程,它是操作系统进行资源分配的基本单位,也就是说每启动一个进程,操作系统都会给其分配一定的运行资源(内存资源)保证进程的运行。...3、进程的作用 单进程效果图: 多进程效果图: 4、小结 进程是操作系统进行资源分配的基本单位 进程是Python程序中实现呐多任务的一种方式 ---- 多进程的使用 1、导入进程包 #导入进程包...import multiprocessing 2、Process进程类的说明 Proces([group[,targt[,name[,args[,kwargs]]]]]) group:指定进程组,目前只能使用...目前只能使用None # target:表示执行的目标任务名(函数名,方法名) # name:进程名称,默认是Process -N N从1开始依次递增 dance_process

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    R语言SVM支持向量机用大学生行为数据对助学金精准资助预测ROC可视化

    1)数据总体概述数据分为两组,分别是训练集和测试集,每一组都包含大约1万名学生的信息记录:图书借阅数据borrow_train.txt和borrow_test.txt、 一卡通数据card_train.txt...22点,门禁编号数据在2014/02/23之前只有“编号”信息,之后引入了“进门、出门”信息。...因此本文筛选出数值特征变量,并使用这些变量来建模,从而提高准确度。...svm(as.factor(助学金金额)~学院编号+成绩排名+table(preds,traindata$助学金金额)#分类混淆矩阵从预测结果来看,可以得到如下的混淆矩阵:通过混淆矩阵,我们可以得到准确度...那么ROC曲线就反映了FPR与TPR之间权衡的情况,通俗地来说,即在TPR随着FPR递增的情况下,谁增长得更快,快多少的问题。TPR增长得越快,曲线越往上屈,AUC就越大,反映了模型的分类性能就越好。

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    发表论文,如何在CNGBdb存储基因组变异数据? | CNGBdb-Question Time

    基因组变异数据递交操作手册 (2022年2月版) 在递交变异数据前,需先递交研究相关的项目、样本信息,测序产生的原始数据也可通过CNSA递交,之后可通过变异数据递交入口递交各种类型的变异数据,包括SNP...当信息通过校验后,系统会自动分配项目编号(CNPXXXXXXX)。 特别提示 在创建项目过程中,请注意选择您的数据管理方式,关系到您论文的顺利发表。...02 创建样本 在提交入口页点击“样本”进入提交流程,并在线填写“样本”的基本信息和详细信息。当信息通过校验后,系统会自动分配样本编号(CNSXXXXXXX)。...当数据文件的状态为“校验完成”时,请点击“提交”,系统会自动分配实验/测序编号(CNXXXXXXXX/CNRXXXXXXX)。 CNSA为您提供三种数据文件上传方式,小样本量数据可通过FTP上传。...当数据文件的状态为“校验完成”时,请点击“提交”,系统会自动分配变异的编号(CVARXXXXXXXX)。

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    超精华生信ID总结,想踏入生信大门的你-值得拥有

    每个Gene数据库中的记录数据都会被分配一个唯一的Gene ID编号。 编号的格式就是一串数字,例如:7157,2131这样的。同时,Gene ID的数字并不是连续分配的(也就是说有间隔)。...HGNC ID:HGNC ID是HGNC数据库分配的基因编号,每一个标准的Symbol都有对应的HGNC ID 。我们可以用这个编号,在HGNC数据库中搜索相关的基因。...Vega:OTTHUMG00000162125来自Vega数据库(Vertebrate Genome Annotation,脊椎动物基因组注释 ) 其中,Ensembl ID可以说是非常常见了,基本做生信的人都要接触...不一般的情况下,例如基因组组装序列的一些改变较大,或者基因组注释的更新影响了某个基因的整体模式。这时,我们的Ensembl才会分配新的Ensembl Stable ID啦!...每个样本都分配了一个特有的登录号用于检索(格式是:GSM+数字编号)例如:样本GSM12793 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?

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    发表论文,如何在CNGBdb存储代谢数据? | CNGBdb-Question Time

    其致力于多组学数据(基因组、转录组、变异、序列、代谢组、单细胞和空间转录组等)的存储、管理和共享,促进组学数据的再利用。...当信息通过校验后,系统会自动分配项目编号(CNPXXXXXXX)。 特别提示 在创建项目过程中,请注意选择您的项目管理方式,关系到您论文的顺利发表。...02 创建样本 在提交入口页点击“样本”进入提交流程,并在线填写“样本”基本信息和详细信息。当信息通过校验后,系统会自动分配样本编号(CNSXXXXXXX)。...file1 B636E0063E29709B6082F324C76D0911 file2 > Windows系统: step1:按计算机键盘上的【win】+【r】键来打开运行命令行窗口,然后,在弹出的运行窗口中输入...当数据文件的状态为“校验完成”时,请点击“提交”,系统会自动分配代谢编号(METMXXXXXXX),并在10秒后跳转到“我的提交-代谢”,可在此页面“元数据状态”列查看代谢数据编号并下载元数据文件。

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    Mysql序列

    本文将深入探讨MySQL中的序列生成策略,包括自动递增字段的使用、基于触发器的序列生成,以及使用存储过程和函数的高级序列管理技术,通过具体案例来展示每种方法的实现细节和适用场景。...一、自动递增(AUTO_INCREMENT) 定义 自动递增字段是最简单也是最常用的序列生成方法。当向表中插入新记录时,如果没有显式指定该字段的值,数据库将自动为其分配一个递增的整数值。...案例 假设我们有一个users表,其中id字段被定义为自动递增: CREATE TABLE users ( id INT AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY, username..., email) VALUES ('John Doe', 'john.doe@example.com'); 注意事项 自动递增字段一旦被分配,即使删除了对应的记录,其值也不会被重用。...自动递增字段必须是整数类型,通常为INT或BIGINT。 自动递增字段可以被重置,通过ALTER TABLE语句修改AUTO_INCREMENT属性。

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    GEO数据挖掘

    我们可以看到中间有一个点很大,这个不是样本,而是中心点。 适用情况 图片 左上我们可以看到蓝色组内没有聚成一簇,可以继续分析蓝色组内是否存在差异基因 左下每个组只有3个样本,没办法画圈圈。...右边发现组间差别小,那就没必要再做正式实验了。分析完PCA就可以去做热图了 GEO背景知识+表达芯片的分析思路 表达数据实验设计 实验目的:通过基因表达量数据的差异分析和富集分析来解释生物学现象。...分析思路: 找数据,找到GSE编号-下载数据(表达矩阵、分组信息和GPL编号)-数据探索(分组之间是否有差异、PCA、热图)-差异分析及可视化(P值、LogFC,火山图、热图)-富集分析KEGG、GO...不同文章可以分析同一组数据,但方法不一样 表达矩阵 一行是一个探针id,一列是一个样本编号(GSM) 探针id最后转换成基因名称 样本编号要归结到分组信息 富集分析 输入数据是差异基因的entrezid...id(id可以用symbol基因名来表示,也可以用entrezid(富集分析指定用)来表示) KEGG数据库 把基因及表达信息作为一个整体的网络。

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    国家基因库序列归档系统数据汇交量突破10PB

    单细胞实验/测序数据 CNSA单细胞实验/测序数据包括单细胞组学研究的设计、方案、试验、样本等元数据和原始数据文件。...01 创建项目和样本 在提交入口页分别点击“项目”和“样本”进入提交流程,并在线填写的“项目”和“样本”基本信息和详细信息。...当信息通过校验后,系统会自动分配项目编号(CNPXXXXXXX)和样本编号(CNSXXXXXXX)。 02 原始数据递交 在提交入口页点击“实验/测序”进入提交流程。...当数据文件的状态为“校验完成”时,请点击“提交”,系统会自动分配实验/测序编号(CNXXXXXXXX/CNRXXXXXXX)。 # 如果您的数据量较大,建议选择Aspera高速上传。...04 个人中心查看递交结果 当数据文件的状态为“校验完成”时,请点击“提交”,系统会自动分配单细胞编号(CSEXXXXXXX),并在10秒后跳转到我的提交-单细胞,可在此页面元数据状态列可以查看单细胞数据编号并下载元数据文件

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    花了10多万的队列就只为了这一张图吗?

    现在继续完成老板分配的任务,《100个GEO芯片数据分析》,真的是信息量很大啊。...`) table(pd$`rs5995355 genotype:ch1`) table(pd$`tissue:ch1`,pd$`rs5995355 genotype:ch1`) ## ~~~分组信息编号需修改...人工智能大模型告诉我为什么癌症和癌旁差异不明显 表达量芯片分析中,癌症组与癌旁组织组之间的差异不明显可能有几个原因: 生物学异质性:癌症样本之间可能存在很大的生物学差异,这取决于癌症的类型、阶段、亚型以及个体间的遗传差异...基因表达调控:肿瘤可能通过非转录水平的调控(如翻译后修饰、miRNA调控等)来实现其生物学特性,这些在表达量芯片分析中可能无法检测到。...统计功效:如果样本量较小,可能没有足够的统计功效来检测到两组之间的差异。 数据标准化和归一化:数据预处理方法,如标准化和归一化,可能会影响差异表达基因的检测。

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    分布式ID生成方案

    在我们的计算机应用中,也处处存在的ID, 比如订单编号、商品ID、微博ID、微信消息ID、书的ISDN号、商品条码等等。...为了确保唯一性,有的ID使用很长的字节数,比如256个字节,有的通过递增的long类型,只需要8个字节来表示。考虑到存储、信息包含量、性能、安全等因素,一个好的ID的设计至关重要。...ID 生成方案 UUID/GUID 通用唯一识别码(Universally Unique Identifier,缩写:UUID)是用于计算机体系中以识别信息数目的一个128位标识符,也就是可以通过16个字节来表示...UUID可以根据标准方法生成,不依赖中央机构的注册和分配,UUID具有唯一性,这与其他大多数编号方案不同。重复UUID码概率接近零,可以忽略不计。..."版本1" UUID 是根据时间和节点 ID(通常是MAC地址)生成; "版本2" UUID是根据标识符(通常是组或用户ID)、时间和节点ID生成; "版本3" 和 "版本5" 确定性UUID 通过散列

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    脑电分析系列| 脑电数据的Epoching处理

    第一列对应于样本编号,要将此转换为秒,可以将采样数除以使用的采样频率。 第二列是在转换时保留给触发器通道的旧值,目前没有使用。 第三列是触发ID(脉冲幅度)。...这里说明一下为什么这些样本看起来与绘制的数据不一致。 例如,第一个事件的样本编号为27977,应该转换为大约46.6秒(27977 / 600)。但是查看脉冲时,可以在3.6秒时看到第一个脉冲。...这里的event_id可以是int、int列表或dict。使用dict可以将这些id分配给不同的类别。当使用int或列表时,这个信息就会丢失。...顶部的数字是指ID号,从图中可以看到145个事件中有128个通过了rejection process。...epochs.plot(block=True) plt.show() 通过绘制drop日志,来查看为什么剔除epoch(一般被伪影等污染的epoch数据需要被剔除)。

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    JS设置定时器_js设置定时器

    JS定时器的一些特性和如何避免重复设置定时器 概述和总结 每个JS定时器产生时会被系统分配一个id,这个id是正整数,而且一个页面里面的定时器id不重复,我们能用一个变量接收这个id,但是如果重复执行一条接收创建语句...ps:定时器id的配发是递增的,从1开始累加,但是有一个小细节,就是当你在一次页面运行的过程中,打个比方,你创建了第五个定时器,它的id为5,然后你把它销毁,再创建一个定时器,那么这个定时器的编号会是6...案例分析 用两个按钮来控制灯泡的闪烁,运用CSS简单美化页面,然后控制功能由JavaScript实现,但在使用JS中的计时器时遇到一些问题。也不再废话了, 下面是最开始的代码 分配给定时器的编号数字那就是-100,然后在按下暂停键之后,虽然定时器本身的值已经变为null但是并未赋值给b,那我们自己再给b赋值一个不同于...id递增的规则,通过控制b和c这两个变量的增加,通过一些设计实现如果他们相差1那么就允许创建定时器,如果已经有定时器存在,那么他们就相等。

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    聊聊接口幂等性设计

    那这个全局ID由谁来分配呢? 1.可以创建一个分配中心,由中心统一分配。 优点:分配ID与业务集群解耦。 缺点:需要单独维护分配中心,这个分配中心也必须做成高可用集群,增加维护成本。...除了保证全局唯一,最好具备以下特点(非必须): 递增,起码保证每台机器上的ID递增。(保证数据库性能) 明确的规则,ID的各个位都有具体的定义。(方便追溯) 接下来就来说说现阶段常用的全局ID算法。...所以固定为0表示生成的ID都为正数 41bit:作为毫秒数,大约能用69年。 10bit:作为机器编号(5bit是数据中心ID,5bit为机器ID)。支持1204个实例。...优点:递增,且按时间有序。性能高,可根据情况分配bit。 缺点:依赖机器时钟。在分布式系统中,各个机器上的时间不可能完全一样,在同步各机器的时间时,可能会造成重复ID。...对此一般的幂等性解决方法如下: 在提交的表单隐藏一个全局ID,这个全局ID需要提前向后端获取,提交的时候把这个ID一起提交过来,按照上图所描述的业务逻辑,来支持幂等。

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    GEO数据挖掘—1

    GEO数据挖掘—1一、图表介绍(一)热图输入数据是数值型矩阵/数据框,颜色的变化表示数值的大小(二)散点图 箱线图(单个基因在两组之间的表达量差异)单个基因的组间比较用箱线图,多个基因用差异分析...,上下调要结合p值来定义)logFC 通过基因表达量数据的差异分析和富集分析来解释生物学现象有差异的材料——差异基因——找功能/关联——解释差异,缩小基因范围(...(分组之间是否有差异,PCA、热图)(4)差异分析及可视化(p值,logFC,火山图、热图)(5)富集分析KEGG、GO(三)表达矩阵行名是探针id(约等于基因,探针id需要转换为gene symbol...),列名是样本编号(以GSM开头,需要分组信息)。

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    分布式ID生成器解决方案SnowflakeX

    业务编号需要暴露给用户,但是又不想被用户猜到需要被隐藏的业务编号 业务编号需要体现业务信息,比如订单分类订单渠道等等 本次解决方案要应对的场景是?...,是一种软件建构的标准,亦为开放软件基金会组织在分布式计算环境领域的一部分 UUID是由一组32位数的16进制数字所构成,是故UUID理论上的总数为1632=2128,约等于3.4 x 1038。...索引效率差 ---- 2、数据库自增列 可以通过设置bigint类型的数据库自增列,在事务中通过Insert操作获取主键Id 表结构: 列 数据类型 说明 id bigint 主键,自增列 v int...<< 12) | sequence; 优点 ID趋势递增 生成效率高,单机每秒400W+ 支持线性扩充 稳定性高,不依赖DB等服务 缺点 依赖服务器时间,如果服务器时间发生回拨,可能导致生成重复ID...测试情况 测试机1台: Intel 2.30GHz 双核 虚拟机 百兆网卡 测试结果:通过HTTP API每秒可获取100W的ID 四、方案对比 方案 唯一性 每秒100W+ 趋于递增 高可用 可伸缩

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    Python脑电数据的Epoching处理

    第一列对应于样本编号,要将此转换为秒,可以将采样数除以使用的采样频率。 第二列是在转换时保留给触发器通道的旧值,目前没有使用。 第三列是触发ID(脉冲幅度)。...这里说明一下为什么这些样本看起来与绘制的数据不一致。 例如,第一个事件的样本编号为27977,应该转换为大约46.6秒(27977 / 600)。但是查看脉冲时,可以在3.6秒时看到第一个脉冲。...这里的event_id可以是int、int列表或dict。使用dict可以将这些id分配给不同的类别。当使用int或列表时,这个信息就会丢失。...顶部的数字是指ID号,从图中可以看到145个事件中有128个通过了rejection process。 epochs.plot(block=True) plt.show() ?...通过绘制drop日志,来查看为什么剔除epoch(一般被伪影等污染的epoch数据需要被剔除)。 epochs.plot_drop_log() plt.show() ?

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    JGG | 国家基因库发表单细胞数据递交和可视化平台

    与UCSC单细胞浏览器和ASAP等其它平台不同,CDCP提供了一个共享和集成单细胞转录组学数据集平台,并允许用户上传数据,可以实时更新;3....单细胞实验/测序数据 单细胞实验/测序数据包括单细胞组学研究的设计、方案、试验、样本等元数据和原始数据文件。...当信息通过校验后,系统会自动分配项目编号(CNPXXXXXXX)和样本编号(CNSXXXXXXX)。 02 原始数据递交 在提交入口页点击“实验/测序”进入提交流程。...当数据文件的状态为“校验完成”时,请点击“提交”,系统会自动分配实验/测序编号(CNXXXXXXXX/CNRXXXXXXX)。 # 如果您的数据量较大,建议选择Aspera高速上传。...04 个人中心查看递交结果 当数据文件的状态为“校验完成”时,请点击“提交”,系统会自动分配单细胞编号(CSEXXXXXXX),并在10秒后跳转到我的提交-单细胞,可在此页面元数据状态列可以查看单细胞数据编号并下载元数据文件

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