这篇推文将帮助你了解如何从GDC（Genomic Data Commons）下载TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据，并在R中进行数据整理和处理。...通过Linux下载TCGA数据 在Linux系统上，可以使用gdc-client工具从GDC下载TCGA数据。...在R中读取下载的TCGA数据 下载完成后，可以使用R加载这些数据，并进行整理。...获取TCGA数据（以MESO为例） getTCGAdata(cancer = "MESO", type = "RNASeq") 总结 通过这些步骤，你已经完成了从Linux下载TCGA数据到...具体操作包括： 下载数据：使用gdc-client工具从GDC下载TCGA数据。 读取数据：在R中读取下载的.tsv文件。 整理表达矩阵：将数据提取并合并成一个统一的表达矩阵。
昨天介绍了TCGA2STAT这个R包，今天来继续根据博文 TCGA数据下载方法简介中的顺序来介绍R包TCGAbiolinks包，其下载数据类型类似于TCGA2STAT，但是又比它难懂。...R包的下载 ## try http:// if https:// URLs are not supported source("https://bioc.ism.ac.jp/biocLite.R")...biocLite("TCGAbiolinks") 涉及的包很多，可能很久才能下载完，下载建议使用R，不要用Rstudio，效果更好。...可下载的数据 这里请参考TCGA2STAT对数据的介绍。...，还有涉及到不同的平台，下载什么样的数据。
根据博文 TCGA数据下载方法简介中的顺序J继续来介绍R包RTCGA包。...R包下载 ## try http:// if https:// URLs are not supported source("https://bioconductor.org/biocLite.R"...) biocLite("RTCGA") 涉及的包很多，可能很久才能下载完，下载建议使用R，不要用Rstudio，效果更好，稳定。...对RTCGA可下载的数据介绍 这里我给出RTCGA这个包的github.io主页链接，从这里可以了解到如何下载数据，还有如何从各种数据中提取所要的数据集。 下载数据的工作流程： ?...需要先下载RTCGA包，再来获取其它数据。 可以遵循上图的流程来做或查看官网的帮助文档 本期完结！
这里再介绍一个包：RTCGAToolbox包，这个包是我最为推荐的，原因是我使用时它下载数据最快、最为稳定可靠。...RTCGAToolbox/man/RTCGAToolbox.pdf 可下载的数据请参考帮助文档或博客TCGA2STAT。...案例介绍 #包下载 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("RTCGAToolbox") #加载包 library(RTCGAToolbox...，这里以乳腺癌为例，数据下载完后会直接放在你的工作目录，不同地方下载的速度不一样，我这里等待了好久才下完。...个人见解 强烈推荐这种下载方法来下载TCGA数据，它会是你的下载更加的靠谱。靠谱，就是稳定、快！
验证和初始化 Earth Engine R API。 #先导入库然后加载你的认证 library(rgee) ee_Initialize() 添加一个包含图像日期自 1991 年以来的波段。...#r语言一般是把.换成了$ collection <- ee$ ImageCollection('NOAA/DMSP-OLS/NIGHTTIME_LIGHTS')$ select('stable_lights
数据框、矩阵、列表matrix：只允许一种数据类型（有坑，见后）data.frame：每列只允许一种数据类型数据框属性df1 r1","r2","r3","r4")#只修改某一行/列的名colnames(df1)[2] 数据框取子集取子集的本质还是按位置或者按逻辑值...Species=="c",]test[test$Species %in% c("a","c"),]矩阵不支持$删除#删除 rm(l)#删除一个rm(df1,df2)#删除多个rm(list = ls()) #清空下载包...require(string))install.packages("stringr")包是否下载成功的唯一标准是library()没有error，当提示package not available时，原因可能为...：1.名字写错；2.安装命令错误；3.包与R语言版本不符合（极少数）；4.包过时。
TCGA数据下载就易用性来说，RTCGA包应该更好用，且由于是已经下载好的数据，使用比较稳定。但是也由于是下载好的数据，不能保证数据都是全新的。...TCGAbiolinks包是实时调用GDC的API，所以可以获取最新的数据。 数据下载三部曲 数据下载三部曲GDCquery、GDCdownload、GDCprepare。...GDCquery用于查询GDC数据库，里面获取所有需要下载的TCGA数据的各项记录。 GDCdownload根据GDCquery的检索结果进行文件下载。...下载完成后，GDCprepare同样根据GDCquery的文件结果可以将下载数据规整为summarizedExperiment对象或者是返回一个data.frame。...目前有两大类TCGA数据可供下载，一个是Legacy，主要是一些使用 GRCh37 (hg19) 和GRCh36 (hg18)的数据，另一个是harmonized数据，统一使用GRCh38 (hg38)
Hydrological Processes, 27(15): 2171–2186. https://doi.org/10.1002/hyp.9740 数据下载链接： HydroBASINS HydroBASINS...下表提供了每个大陆的HydroBASINS层的访问，在一个压缩文件中提供了该大陆的所有级别（1-12）的数据。...，所以量比较大，如果大家想要下载单个 洲际的可以选择下面的分类子目。...它提供了一套不同尺度的地理参考数据集（矢量和栅格），包括河网、流域边界、排水方向和流量累积。HydroSHEDS 基于 2000 年美国宇航局航天飞机雷达地形任务 (SRTM) 获得的高程数据。...该数据集基于 15 角秒（赤道处约 500 m）分辨率的栅格数据提供嵌套的分层分水岭多边形。流域范围从 1 级（粗略）到 12 级（详细），使用 Pfastetter 代码。
在传染病研究领域，社交媒体数据已被证明可作为预测感冒和流感季节的发作和进展的指标。在本文中，我们将使用Google Trends API来衡量与冠状病毒的状态。...我们将使用python谷歌趋势API pytrends在州一级分析google搜索“冠状病毒”。 ?...我们可以提取其他州数据或者整个美国的数据。也可以使用其他关键字输入进行操作。...总结 我们使用python库“ pytrends”提取了与关键字“冠状病毒”相对应的州级Google趋势数据。...社交媒体数据（例如Google趋势数据）可能对衡量与公众健康相关主题（例如冠状病毒）的社交参与度很有用。这可以帮助疾病预防控制中心等卫生机构定量评估需求，分配资源并传达预防措施。
本次的任务主要是通过批量下载数据来实现自动化处理，这里首先由几个步骤，一个就是你由好多景影像下载，这里但是得通过手动的方式一个个点击才能实现 ，类似于下面这张图的效果： 批量下载任务的runtask 按下...F12，然后直接在最下面的的方框中输入我们想要批量运行的代码： 代码： //参考于Exporting images without clicking on RUN button (google.com
2016年之后，CGhub和DCC相继关闭，所有的数据统一迁移到现在用的GDC数据库，而且通过GDC的pipeline将原有的结果转换为hg38参考基因组版本。...目前在GDC中检索到的结果都是经过了GDC pipeline处理过后的，从这里也可以看出，迁移到hg38是一个大的趋势。...其实GDC中的数据可以分为以下两个部分 GDC harmonized data GDC legacy archive 在R包TCGAbiolinks中，介绍了二者的区别，如下图所示 ?...数据的下载方式和前面文章中介绍的相同，这里不赘述，从文件名称可以看到对应的level, 不同level的文件示意如下 1. level1 通过Data Type为Raw intensitites进行筛选...level2 通过Data Type为Coverage WIG进行筛选，得到比对的测序深度数据, 示意如下 ?
前面小编介绍过RNA相互作用神器——ENCORI，在文章中给大家举了个用R代码批量下载miRNA和mRNA之间相互调控关系的例子。...其实ENCORI数据库除了提供，miRNA和mRNA之间的调控关系以外，也提供miRNA和lcnRNA，miRNA和circRNA之间的调控关系。...有些读者尝试修改小编的代码去下载其他的调控关系，这令小编很欣慰，至少做到了学以致用。熟话说学而不思则罔，思而不学则殆，理论和实践还是要紧密结合的。...今天小编就给大家分享分享一下，R代码批量下载miRNA和lcnRNA，miRNA和circRNA之间的调控关系。...参考文献 RNA相互作用神器——ENCORI R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇
差异基因分析思路bing搜索GEO进入官网出现如下界面数据集编号开头代表：GPL 平台（platforms）GSE 系列（series）GSM 样本（samples）点击Series进入搜索相关数据集，...一栏基因芯片表达矩阵就是探针表达矩阵，因为序列不变，基因会更新基因表达芯片的原理：探针的表达量代表基因的表达量#探针是根据截取的基因片段设计出来，与靶基因反向互补的核苷酸短序列点array就是筛选芯片数据进入一个系列...，点击GPLxxxx（platforms）需要ID 和Gene_symbol 这两列在GSMxxx样本里看一下数据范围是否正常ID_REF与VALUE value在0-24范围内正常（取过log）芯片数据在...Series Matrix Files里面转录组和单细胞数据在Supplementary file在R语言中的操作准备工作options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn
1.下载TCGA-Assembler 通过官网下载（需要注册），或者百度一下也有资源。...如果无法注册，可通过GitHub下载。 ? 官网：http://www.compgenome.org/TCGA-Assembler/index.php?...将其中的Module_A.R和Module_B.R拷贝到这个文件夹TCGA_Assembler中，这个Module_A主要是用来下载数据的，而Module_B主要用来分析数据； ?...（5）然后打开R软件，设置工作目录，直接使用代码：setwd(”E:/BioInfo/TCGA_Assembler") 来实现，输入这行代码后，可通过getwd()来获取当前工作目录，确认是否设置成功，...还可通过软件直接设置：文件>>改变工作目录，然后选择刚刚那个文件路径就行了，getwd()再验证一下。 ?
通过用户在 Google 里搜索的数据，Google 也能知道这个季节哪些衣着样式最流行。看看，大数据是多么可怕。 薄纱裙很流行 ?...穿着薄纱裙的已经不再只是芭蕾舞演员了，因为从 Google 数据上看，这种起源在西海岸的穿衣风格正在横跨美国。...此外，通过 YouTube 上的数据，Google 还发现原来很多人是不怎么会搭配薄纱裙的，因为 YouTube 上关于薄纱裙的教程视频也在增加。...通过分析用户针对慢跑裤的搜索数据，Google 发现用户对这个品类的服装都还挺了解，并不需要什么学习教程了。一般都是直奔自己喜欢的品牌或者寻找哪里可以得到优惠。 那么，印着什么纹理的慢跑裤最受欢迎呢？...而且这个趋势看上去还会继续下去。
代码如下： source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("GEOquery") ?...代码解释：获取数据编码：GSE2669；数据下载存储地方：F:/geo/ 然后获取矩阵数据： myMatrix <- Data@GSE2669_series_matrix.txt.gz@assayData...GSMList(GSE2669)：查看每个GSM具体 GPLList(GSE2669)：查看GPL平台，常用来作为芯片注释 如果数据下载完成后出现错误： 那么可以用下面的代码载入已经下载好的数据： Data...获取单纯的整合后的基因表达数据可以通过GDS： gds <- getGEO("GDS507") ? Meta(gds) ：查看GDS的整体信息 ? Table(gds) 展示基因表达数据的矩阵 ?...其实我们只需要一些重要的数据信息： 获取注释信息内容： ? 获取当前平台的所有样本ID： ? 获取当前平台的所有数据集信息： ?
南非土壤有机碳储量及趋势 利用光学卫星数据和其他辅助气候、形态和生物协变量驱动的机器学习工作流程，预测了南非自然区域（不包括水、城市和耕地）的土壤有机碳（SOC）储量（kg C m-2）。...我们的SOC绘图方法表现出较低的不确定性（R2=0.64；RMSE=2.5 kg C m-2），与以前的低分辨率（250-1000米）国家SOC绘图工作（平均R2=0.24；RMSE=3.7 kg C...我们的趋势图仍然是一个估计值，有待于对同一地点的土壤样本进行重复测量（时间序列）；这是跟踪SOC变化的全球优先事项。...Zenodo. http://doi.org/10.5281/zenodo.4384692 数据集详情 这里提供的数据是30米空间分辨率的GeoTIFF文件。...有一个长期平均SOC和SOC趋势的数据集。为了便于下载，每个数据集被分成四个文件（后缀为*_1、*_2等），涵盖南非的不同地区。栅格文件是。 "SOC_mean_30m...
上期介绍了若干种获取TCGA数据的方法，今天这期会落点于TCGA2STAT这个R包的介绍上，一步步的来说明下载方法，哪些数据是可以下载到的。...R包的下载 install.packages("TCGA2STAT") 选择如何的镜像，咱们在中国，就选择china，这样的话下载速度会很快，也容易安装R包成功。...可下载的数据 1、 RNASeq ，默认是count类型，是指下载raw read counts数据。...谷歌查到说需要安装Cygwin软件，然后通过R语言命令来加载，而且每次使用都必须做加载，命令如下： Sys.setenv(TAR="D:/cygwin64/bin/tar",R_GZIPCMD="D:/...cygwin64/bin/gzip") 个人见解 TCGA2STAT这个包下载数据效果太差，不稳定，时常没法下载完就中断了，及其不稳定。
目录 1、Google Earth Engine（GEE）简介 1.1 开发环境 1.2 说明书 2、GEE账号注册 3、GEE 查询库内卫星影像以及调用 3.1 数据集Datasets 3.2 加载影像...上导出影像数据 5、GEE共享以及全套代码 ---- 1、Google Earth Engine（GEE）简介 遥感大数据云计算服务平台为区域或全球土地利用空间信息的获取提供了新的途径和方法...当你注册的时候，如果即使在科学上网的情况下遇到了无法接收到国内手机短信的情况，可以通过某宝来解决(别问我为什么知道)。...3.2.1 绘制感兴趣区 方法一：直接在地图上绘制想要的感兴趣区多边形； 方法二：先通过4.1节的方法上传已有的矢量边界，然后通过如下代码调用： var collectionName =...如果只是用作下载影像的话可以说是有点大材小用的了。我们大可直接在平台上进行波段运算，数据研究，分类制图等一系列的操作。
在R中loess 函数是以lowess函数为基础的更复杂功能更强大的函数。...主要思想为:在数据集合的每一点用低维多项式拟合数据点的一个子集,并估计该点附近自变量数据点所对应的因变量值,该多项式是用加权最小二乘法来拟合;离该点越远,权重越小,该点的回归函数值就是这个局部多项式来得到...R语言代码 loess(formula, data, weights, subset, na.action, model = FALSE, span = 0.75, enp.target...建议使用超过1000个数据点逼近， cell,如果通过kd树最大的点进行插值的近似。大于cell floor(nspancell)的点被细分。 ...数据 amplicon 测序数据，处理后得到的每个amplicon的深度，每个amplicon的GC含量，每个amplicon的长度 ?
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