首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

通过cygwin命令安装bedtools时出错:致命错误: zlib.h:没有这样的文件或目录

这个错误是由于缺少zlib库导致的。zlib是一个用于数据压缩和解压缩的开源库,bedtools在编译过程中需要使用到该库。

要解决这个问题,可以按照以下步骤进行操作:

  1. 确保你已经安装了cygwin,并且cygwin的安装路径已经添加到系统的环境变量中。
  2. 打开cygwin终端,执行以下命令安装zlib库:
代码语言:txt
复制

apt-cyg install zlib-devel

代码语言:txt
复制

这个命令会自动下载并安装zlib库及其开发文件。

  1. 安装完成后,重新执行bedtools的安装命令,应该就不会再出现"zlib.h:没有这样的文件或目录"的错误了。

如果还有其他问题或者需要更详细的帮助,请提供更多的错误信息和操作环境的详细信息,以便我们能够更准确地帮助你解决问题。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

如何在最小化安装CentOS 7.5上编译安装Git2.19

工具中SFTP协议,具体方法如图: 注意:上传文件会在登录用户home目录下,可以通过lpwd查看本地目录,pwd查看远端目录 3、对文件解压:tar xzvf git-2.19.0.tar.gz...4、进入解压后git目录后,安装方式参考:https://github.com/git/git/blob/master/INSTALL目录INSTALL,这里采用建议步骤: # make configure...[configure] 错误 127 通过yum provides autoconf查询到没有安装autoconf,yum -y install autoconf安装包及对应依赖。...:1:0: cache.h:20:18: 致命错误zlib.h没有那个文件目录 #include ^ 编译中断。...make: *** [credential-store.o] 错误 1 错误指出没有zlib,yum -y install zlib安装,发现已经安装zlib.h应该是对应开发包没有,yum -y

51400
  • Windows下编译ffmpeg

    主要是因为 Cygwin目前设计还不是很人性化。如果我们安装Cygwin后,如果缺少了某个包想安装的话就特别麻烦。还需要重新安装 Cygwin才能解决,有没有更好方式呢?...编译安装 ffmpeg 先别高兴太早,虽然有了apt-cyg这个神器,但它目前只能安装Linux下一些常用命令,像我们编译需要 x264, x265这些库它是无法找到。...将 lame目录 config.guess文件替换为 /usr/share/automake-version下config.guess 文件。 此时,再执行....问题二: make出现 "error: '_O_BINARY' undeclared (first use in this function)"错误,解决办法如下: 打开出错文件 vi ....问题一:找不到 fdk-aac库 在编译ffmpeg,有可能会报找不到fdk_aac库错误

    3.4K11

    TinyOS和Deluge安装模拟(二)

    总之,安装过程中很容易失败,而且失败原因是无法得知。因为就算出错了,你也很少有机会可以搜索得到相关资料。...这里建议是到官网下载一个离线安装包(tinyos-cygwin-1.1.zip)。这是一个压缩文件,解压之后运行install.bat文件,就可以完成Cygwin安装。        ...(3)安装graphviz-1.10.exe,TinyViz需要这个工具提供可视化绘图         (4)打开Cygwin shell,进入到工具安装包所在目录,运行命令:                ...本人在Cygwin安装TinyOS 1.x时候,配置好环境后toscheck检查无错误无警告。...编译时候需要这个东西,以便让TinyOSmake系统搜索相关文件。 (3)可能由Python.h头文件带来错误,网上都可以搜得到。

    1.6K80

    windows电脑平时遇到问题

    永久修改编码方式需要修改注册表 cmd命令行访问国外网站出现ssl验证错误 当我们在命令行下载文件,经常需要代理以加快下载速度,但代理后又会报错。...\Cygwin\Versions\2.0.a9.oga.1\i686\grads.exe这个程序为例 注:dos中输入路径,最好用“”括起来,防止路径中空格特殊字符等导致命令执行失败 第一种 先进入程序文件夹...,然后在命令行中输入gradsgrads.exe 注:输入graads会自动在当前变量与环境变量中寻找同名.exe.bat文件,所以输入时候最好加上后缀。...\i686\grads.exe" CD命令 cd命令只能逐级进入目录,或者输入完整路径,但注意,切换不同盘符路径要先转到对应盘符再到输入完整路径 比如转到E:\grads\file中 C:\Users...hexo但是依旧报这个错误,可能是没有加入环境变量 解决: 找到自己安装hexo位置,将其加入环境变量中 例如我位置是:C:\Users\32649\AppData\Roaming\npm\node_modules

    8510

    Apache Thrift环境配置

    安装Thrift官方文档地址: http://thrift.apache.org/docs/install/ 当我看到windows安装需要CygwinMinGW,我就直接放弃在windows中配置想法了...如果没有事先安装这些依赖,可能会出现下面这个错误: make出现Error:TNonblockingServer.h:41:33: error: event2/event_compat.h … 类似上面这样错误.../configure –with-lua=no make sudo make install 正常情况下应该就能顺利安装完成了(如果出错,你是否没有执行git gc?)。...然后在这个目录打开终端,执行ant命令。 执行成功后,在build目录下就能看到libthrift-1.0.0.jar和libthrift-1.0.0.pom文件。...这里需要手动修改libthrift-1.0.0.pom文件,将pom改为jar,这里如果不修改为jar,就没法通过下面的命令用最简单方式导入本地仓库

    55010

    Windows平台下安装Hadoop

    1、安装JDK1.6更高版本   官网下载JDK,安装注意,最好不要安装到带有空格路径名下,例如:Programe Files,否则在配置Hadoop配置文件时会找不到JDK(按相关说法,配置文件路径加引号即可解决...32位64安装文件。   ...另外如果是Win8操作系统,启动Cygwin,需要以管理员身份运行(右键图标,选择以管理员身份运行),否则会因为权限问题,提示“发生系统错误5”。...执行此命令后,在你Cygwin\home\用户名 路径下面会生成.ssh文件夹,可以通过命令ls -a /home/用户名  查看,ssh -version命令查看版本。   ...把hadoop压缩包解压到/home/用户名 目录下,文件夹名称更改为hadoop,可以不修改,但后边在执行命令稍显麻烦。

    1.2K110

    Windows平台下安装Hadoop

    1、安装JDK1.6更高版本   官网下载JDK,安装注意,最好不要安装到带有空格路径名下,例如:Programe Files,否则在配置Hadoop配置文件时会找不到JDK(按相关说法,配置文件路径加引号即可解决...32位64安装文件。   ...另外如果是Win8操作系统,启动Cygwin,需要以管理员身份运行(右键图标,选择以管理员身份运行),否则会因为权限问题,提示“发生系统错误5”。...执行此命令后,在你Cygwin\home\用户名 路径下面会生成.ssh文件夹,可以通过命令ls -a /home/用户名  查看,ssh -version命令查看版本。   ...把hadoop压缩包解压到/home/用户名 目录下,文件夹名称更改为hadoop,可以不修改,但后边在执行命令稍显麻烦。

    98810

    离线安装支持Intel MKLR-3.6

    R默认内含了一些包(库),比如MASS包,可以通过命令行R,然后输入library(MASS)查看是否已安装;官网上还有许多他人写好包可供使用,较为方便。...安装 R安装需要一些系统库及其头文件(如libicudata.so, liblzma.so, zlib.h, bzlib.h等),为避免系统上缺失某些库/头文件,亦或去手动一个个检查、安装,笔者采取一劳永逸办法...安装若缺包会有提示应该先装哪个包。笔者展示安装顺序是经过测试、不会有前后依赖问题。 3....zlib.h文件,bzlib.h头文件和lzma.h头文件及其对应库。...解决方法:例如对于zlib.h,可去官网其他镜像 https://www.zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gz 下载。安装过程是标准.

    2.2K10

    php安装gd扩展

    做php开发经常需要用到gd库,但是也遇到几次部署环境默认没有安装gd情况,遂在此做下总结,以备不时之需....通过yum,apt-get等包式管理安装方式安装php直接运行对应命令即可,故不在此赘述。本文主要记录在linux环境下编译gd扩展及其所需依赖。...libpng和gd(因为我编译png提示找不到zlib.h,所以加上了这个) export LDFLAGS="-L/user/local/zlib/lib" export CPPFLAGS="-I/user...如果一切顺利的话,我们就可以开始安装gd扩展了,php-gd源码貌似在pecl上找不到,所以我直接在php源码包里面找了一份,拷贝到临时目录,使用phpize生成configure文件 然后进行配置和编译...php后生成一个配置工具,主要用于扩展编译配置 其他参数对应指向先前安装依赖位置 没有出错的话,编译器会提示生成gd.so已经拷贝到php扩展目录,我们只需要在php.ini中加入一行 extension

    8.4K40

    thrift:在cygwin下编译C library for win32(libc_glib)

    必须在cygwin下编译.原因就是lib/c_glib下源码网络通讯部分调用接口都是基于unix接口开发没有针对MSVCMinGW编译器做适应性修改,所以代码中全部都是如下这样include...: #include #include #include 而MSVC,MinGW编译器都没有这些头文件,编译自然无法通过...安装依赖库 有了apt-cyg,安装依赖库和工具就方便多了,在cygwin命令行窗口执行下面的命令就可以完成所有依赖库及工具安装,如果安装过程中提示没有wgetlynx,请执行cygwinsetup-x86...(apt-cyg需要调用wgetlynx来下载文件) # 安装编译所需工具依赖库 # 注意这里编译器是gcc-g++,不是mingw64-x86_64-gcc-g++也不是mingw64-x86.../configure命令行有--enable-tests=no参数,不编译test文件夹。 改好后,重新执行上面的configure命令,再make 就正常了。

    1.4K20

    Cygwin本地安装

    不设置在安装ssh-host-config也是需要输入) 5、建议修改.sh文件,使用vi命令修改。 ? ?...,则将d:/develop/cygwin/bin添加到系统变量PATH中(最好加在windows前面,这样的话,有些相同命令的话,是先执行cygwin命令,而不是windows命令,比如find)...现在到刚才快捷方式上:右键–>属性–>更改图标–>浏览–>找到Cygwin.ico–>确定 5、命令 --help查看该命令帮助 文件/目录权限设置命令:chmod 这是linux系统管理员最常用到命令之一..., 它用于改变文件目录访问权限。...该命令有两种用法:用包含字母和操作符表达式文字设定法 其语法格式为:chmod [who] [opt] [mode] 文件/目录名 其中who表示对象,是以下字母中一个组合:u:表示文件所有者 g

    3.2K20

    JDK源码编译与版号控制 发布于 20

    在macOS上编译JDK是非常简单,在开始编译前需要安装Xcode Command Line Tools(下文简称XCLT,如果是从App Store安装Xcode则默认会携带XCLT): 如果未安装通过以下命令进行安装...cygwin终端,除了通过桌面快捷方式,还可以通过以下DOS命令来打开cygwin终端: @echo off setlocal enableextensions set TERM= cd...\bash --login -i 其中C:\cygwin64为第二步中指定目录位置,这个目录下存放了Cygwin.bat启动程序也可以通过它来打开cygwin终端 在cygwin环境下通过git(...或在Windows中克隆完成后复制到C:\cygwin64\home用户目录中 如果使用是国行Windows系统则需要此步,否则在后期编译过程中会发生如下错误: OpenJDK17:Target...编译需要JDK,值得注意是这个JDK必须是Windows环境中JDK,通过cygwin/cygdrive/c可以定位到Windows环境中C盘目录下(为什么需要boot-jdk会在后面几期中解释

    47130

    记一次在Windows10桌面环境搭建Jekins吐血经历

    注意: 虽然安装Cygwin后也带了“sh.exe”,但是在Jenkins中设置为“C:\cygwin64\bin\sh.exe”依然不能执行命令,所以设置为Git客户端自带sh.exe。...但遗憾通过Cygwin并不能安装scp命令,而微软PowerShell团队提供Win32-OpenSSH项目正好带了scp命令。....pub >> ~/.ssh/authorized_keys 完成上述设置之后,在主机L1上通过scp命令向主机L2传输文件就可以不用每次都输入密码了,这大大简化了主机之间文件传输流程,也是在Jenkins...经过一番搜索后知道:在Windows环境要实现类似于scp命令功能,还可以通过一个叫做pscp命令实现,并且pscp命令有一个-pw选项参数可以指定远程主机登录密码,这样就可以实现不用手动输入密码效果了...第一,在Windows环境中执行Unix/Linux命令可以通过安装工具集CygwinGow来实现,当然,也有可能还需要安装OpenSSH。

    1.8K10

    cocos2d 在windows环境下搭建

    通过它,你就可以在不安装linux情况下使用NDK来编译C、C++代码了。下面我们一步一步安装cygwin吧。...3)Install from Local Directory:不下载安装文件,直接从本地某个含有安装文件目录进行安装。...3、选择第一项,然后点击下一步: 4、选择要安装目录,注意,最好不要放到有中文和空格目录里,似乎会造成安装出问题,其它选项不用变,之后点下一步: 5、上一步是选择安装cygwin目录,这个是选择你下载安装包所在目录...运行cygwin,在弹出命令行窗口输入:cygcheck -c cygwin命令,会打印出当前cygwin版本和运行状态,如果status是ok的话,则cygwin运行正常。      ...注意:我安装时候我home文件夹下面神马都没有,解决 办法:首先打开环境变量,把里面的用户变量中HOME变量删掉,在E:\cygwin\home文件夹下建立名为Administrator文件

    1.7K70

    FFmpeg使用手册 - FFmpeg 编译安装

    2.1 FFmpeg Windows平台编译 FFmpeg在Windows平台中编译使用cygwin来进行编译,首先需要安装cygwin环境,然后才可以编译,如果不希望使用cygwin而使用Visual...Configure之后,可以通过make;make install安装源码编译ffmpeg,在cygwin平台下make编译ffmpeg是一个比较漫长过程。...当编译安装完成后,即可使用ffmpeg命令,但是这个编译出来ffmpeg仅仅为最简易ffmpeg,并没有支持h264、h265、加字幕等编码支持,如果需要支持更多模块和参数,还需要进行更加详细定制...如果需要去掉这些错误,可以通过安装yasm汇编器来解决: ?...下载yasm汇编器后,configure过后,可以通过make编译,make install安装即可; 然后再回到ffmpeg源代码目录中进行之前configure操作,就会消失。

    1.9K20

    量化计算工具包parsec共享

    所以解决办法是: 1.安装cygwin,并安装以下包: gcc、gcc-g++、gcc-gfortran、make、libopenblas、liblapack-devel、libarpack-devel...2.将源码包parsec解压到cygwinhome目录下. ? ? 3.打开cygwin,并解压 ? 4.进入源码下src文件夹 ? 5.打开config/make.ices文件 ?...7.保存并退出该文件,并输入make命令则开始编译(-j2是使用两个进程同时编译) ? 8.编译完成后,找到parsec.ser这个文件,这是一个可执行文件 ?...这样文件正常人能够看懂吗?How do?我们要进行重新编码,对其可视化。可视化这部分涉及到python和matlab使用,你既不会python也不会matlab那还玩毛线?回家洗洗睡吧!...2.运行程序导入parsec.out、wfn.dat文件 ? 3.如果没有出错的话,你应该会看到这幅图: ? 4.但实际过冷水大半个月看到都是: ? Why?

    1.6K20

    基因组分析工具瑞士军刀—BEDtools

    其具有众多子命令bedtools工具集 4如何安装 方法一:conda 安装 最简单 #codna create -n wes #先创建小环境,如果已经创建,可以忽略 conda activate...这个命令在基因组注释、变异位点分析等方面非常有用。 如何找到两个多个基因组数据集(例如BED文件)中重叠区域 intersect图解 “A intersect B”展示了A和B之间交集区域。.../demo_date/exons.bed -wa -wb |head ## 对文件A中每个特征输出与文件B重叠,如果没有重叠,则为B输出为NULL bedtools intersect -a ....比如ChIP-seq实验中多个区间重叠,这个命令可以把这些重叠区间合并成一个大连续区间。...比方来说,如果你有一个记录了某转录因子结合位点BED文件,使用 bedtools complement 可以帮助你识别出那些没有转录因子结合基因组区域。

    1.3K10
    领券