本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。 什么是箱形图 箱形图（Box-plot）是一种用作显示一组数据分散情况的统计图，因形状如箱子而得名。...除了生信领域，该图在其他领域也经常被使用。主要用于反映原始数据分布的特征，并且可以进行多组数据分布特征的比较。...箱形图怎么画 (1) 需要什么格式的数据 我们需要的数据只要两列，一列为x，一列为y。本次我们使用R中提供的iris数据。 ?...可以看到不同的物种之间Sepal.Length有所不同，那么这种差异显著吗？ 这个时候我们就需要做检验，那么如何可以直接把检验结果展示在图中呢。这个时候我们可以使用另一个R包ggpubr。...这样，一张简洁的Boxplot图就完成啦。
暑假到了，在这个火热的夏日，还有比一张美丽的文章主图更能让我们充满激情和力量吗？在这组学撑起生物信息学半边天的时代，火山图，在转录组、蛋白组、代谢组等多种组学数据中，都占有举足轻重的地位。...在包安装完成之后，我们将它们加载到R环境中。接下来就是读取我们差异基因的文件了。差异基因文件我们存储在DEGdata.txt文件中。 ? 在R中查看文件前6行。 ?...大家可以根据实验结果，适当调整logFC。 ? 然后我们使用添加了上调和下调基因的数据重新绘制火山图。在ggpubr中，使用color参数，可以指定点的颜色。代码和画出来的图就是这样的啦： ? ?...在ggplot2中，可以使用geom_hline和geom_vline分别添加横向和纵向的辅助线。 ? ?...这样的一张热图，已经可以满足绝大多数杂志的要求啦~ 当然，一张火山图还是远远不够的，同学们在给老板讲ppt的时候，常常会面临老板们指着图上其中一个点，问这是什么基因？
ps：高级绘图函数是指可以绘制出一张图，而低价绘图函数是指在图中添加的“零部件”，低级绘图函数必须在高级绘图函数的基础上才能绘制，二者都是base包的内容eg:plot绘图> plot(iris[,1]...() 开始映射，即x轴的数据是Sepal.Length，y轴数据Petal.Length，不需要加引号（以上代码的数据的映射放在了具体的geom_point函数中，如果整体映射是一致的，可以把映射放到ggplot...）图片ggplot() 的映射可以在全局使用，geom_function的映射只能在局部使用7）柱状图/直方图 （y轴无需映射）ggplot(data = diamonds) + geom_bar(...",color = "Species",shape="Species",add="jitter")ps:在ggplot2用geom_jitter() ,在ggpubr用add="jitter"图片五、保存文件...#ggsave也可以保存ggpubr画的图片2）ggpubr包ggexport(filename="example_3.png") #ggexport是保存ggpubr的图片 png/pdf格式都可以3
以一篇发表在Nature Genetics (IF = 25.455)上的文章为例，通过对RNA-seq表达谱数据进行tSNE分析，将疾病分为不同的亚型。 ?...基础作图 ggpubr提供了非常多的作图函数，可以方便大家绘制更美观的科研做图。这里我们使用ggscatter这个函数，x轴为tSNE_1，y轴为tSNE_2。 ? ?...这样，我们一张tSNE图就做完啦~ 4. 中级美化 当然，这些图还有很多不足之处，比如我们想更直观的显示两组之间的差别，所以我们需要根据点的分布计算他们的置信区间。 ? ?...另外如果样本数目比较多，比如有100个样本，我们并不想把所有的样本名称都显示在图表中，只想显示重要的2-4个样本，有没有什么更好的操作方法呢？ 这里就到了我们终极作图美化的环节了~ ? ?...从图中可以非常清晰的看到，CD52基因在Control组中是高表达的，这个基因相关的疾病包括淋巴细胞白血病和复发缓解型多发性硬化，值得好好深入研究一下。
除此之外，还有像selector这样的xml文件也是可以放在drawable文件夹下面的。...drawable的方式是完全一致的，在资源中就使用@mipmap/res_id，在代码就使用R.mipmap.res_id。...首先我准备了一张270*480像素的图片： 将图片命名为android_logo.png，然后把它放在drawable-xxhdpi文件夹下面。为什么要放在这个文件夹下呢？...首先解释一下图片为什么会被放大，当我们使用资源id来去引用一张图片时，Android会使用一些规则来去帮我们匹配最适合的图片。什么叫最适合的图片？...可以这样来分析，根据我们刚才所学的内容，如果将一张图片放在低密度文件夹下，那么在高密度设备上显示图片时就会被自动放大，而如果将一张图片放在高密度文件夹下，那么在低密度设备上显示图片时就会被自动缩小。
想象有一张空白的画布，在画布上我们需要定义可视化的数据（data），以及数据变量到图形属性的映射（mapping）。 下面使用数据集 mtcars 作图。...一个图层就像是一张玻璃纸，包含各种图形元素，我们可以分别建立多个图层，然后把它们叠放在一起组成最终的显示效果。...接下来我们将探索用 ggplot2 包绘制常用统计图形的方法。 2.分布的特征 在探索数据的过程中，最基本的手段就是观察单个变量的取值情况。对于连续型变量，可以绘制直方图或密度曲线图。...3.3 热图 热图（heatmap）是将一个矩阵中的元素数值用不同颜色表达，并对矩阵的行或列进行层次聚类的一种颜色图。通过热图，我们不仅可以直接观察矩阵中的数值分布状况，还可以知道聚类的结果。...在 R 的应用中，可视化是一个非常活跃的领域，新的包层出不穷。网站 The R Graph Gallery 收集了各种新颖的图形以及相应的示例代码，值得对可视化感兴趣的读者关注。
什么是OpenGL的矩阵变换 我们先来看一张经典图： 这张图相信很多同学在学习OpenGL的过程中都看到过，它比较直观地展示了OpenGL矩阵变换的过程，下面我详解一下其中的含义： 首先OpenGL有个世界坐标系...当我们把模型放到世界坐标系中，模型就在世界坐标系里有了坐标，也就是原来在LOCAL SPACE中的那些坐标值，变成了世界坐标系中的坐标值，帮助我们完成这个变换的就是模型矩阵，对应图中的MODEL MATRIX...，于是这样我们就把模型放到了图中的世界坐标系WORLD SPACE中 放到世界坐标系后，是不是就确定了我们渲染出来看到的样子？...，对应图中的VIEW SPACE 这时候，我们能看到什么东西，基本已经确定了，不过还有一步投影变换，这是什么东西？...欢迎扫码或搜索关注我们的微信公众号：“天天P图攻城狮”，那上面将陆续公开分享我们的技术实践，期待一起交流学习！
-（4）分面用facet_wrap(~)函数把一张图分成多张子图，~ 前面是横着分面的参数，~ 后面是竖着分的参数；小贴士：不要修改内置数据，因为你忘记你改过它就会开始怀疑人生。...geom_jitter()函数用于设置横坐标区域就是一种位置调整；此外还有堆叠式直方图v.s.并列式直方图这种位置调整，二者可以用position=doge这一参数进行变换；#普通的点图ggplot(data..."Species")#在ggplot2后+theme=classic可以去掉背景的灰色和格子，达到ggpur的主题效果；#要把ggplot2的图例从右边挪到头顶改怎么办？...【一个patchwork的使用教程】patchwork特点：支持p1+p1直接拼图，比任何包都简单；复杂的布局代码易读性强；可以给子图添加标记，如ABCD，I II III IV；可以统一修改所有子图；...可以将子图的图例移到一起；6.问题&小结-（1）代码可运行却不出图——画板被占用dev.off() #回复null device，已关闭画板还运行会报错，报错没关系dev.new() #新建画板
image.png 这个和之前图文中 跟着Nature Couumincations学画图中的figure1很像。之前的figure1是借助基础绘图函数画了散点图和箱线图，然后将图拼接到一起。...使用到的R语言包时 ggpubr函数是ggscatterhist() ggpubr这个包的参考链接 https://rpkgs.datanovia.com/ggpubr/index.html 安装 install.packages...x,y对应的数据需要用双引号引起来，边缘默认添加的图是密度图，可以用margin.plot参数来修改，更改填充颜色用到的是palette参数 下面是参考链接里的代码 ggscatterhist(iris...image.png 还有一个比较感兴趣的是 ?...image.png 非常适合来展示相关系数，比如用大小来展示相关系数的高低，用颜色来区分p值 下面重复参考链接中的代码 还是借助 ggpubr这个包中的函数实现。
什么是OpenGL的矩阵变换 我们先来看一张经典图： [g19314w146.jpeg] 这张图相信很多同学在学习OpenGL的过程中都看到过，它比较直观地展示了OpenGL矩阵变换的过程，下面我详解一下其中的含义...当我们把模型放到世界坐标系中，模型就在世界坐标系里有了坐标，也就是原来在LOCAL SPACE中的那些坐标值，变成了世界坐标系中的坐标值，帮助我们完成这个变换的就是模型矩阵，对应图中的MODEL MATRIX...，对应图中的VIEW SPACE -这时候，我们能看到什么东西，基本已经确定了，不过还有一步投影变换，这是什么东西？...于是： [qk4u6j9q4o.jpeg] 现在我们T^-1和R^-1都有了，R^-1T^-1也就是最终的View Matrix可以很容易地计算出来了，因为OpenGL中坐标是4维的，所以这里将矩阵写成...第三行有4个值，现在都不知道是什么，我们需要构造4个未知数吗？对于解方程来说，在能解决问题的情况下，未知数能少就尽量少，不然只会徒增烦恼。 这里其实不需要4个未知数，为什么呢？
现在我们就得到了统计的结果——截至2019年8月26号前的所有含有bioinformatics的文章中，接受投稿最多的前20本杂志接受文章的作者数量信息，接下来就是可视化成第一张图的样子。...在进行发表速度的统计中，导入时出现了一个error，4月31日是不被R识别的，确实4月也没有这一天，改它。 ?...实不相瞒，大神的的ggplot用得十分之娴熟，小细节都做得非常精致，新手小白可能只能run一下，那么作为发表友好型的R包ggpubr是否可以让我们真正用起来呢？答案是，随缘吧。...我们来尝试一下，首先按照大神的方法做好统计，选择投稿最多的20个杂志，将pmid和作者信息连接上去，再统计出每一篇文章的作者数。...接下来加载ggpubr包，设定变量x和y，主标题和副标题，调整小提琴图的宽度，去掉y=1以下的图，去掉图例，将杂志名旋转75°，代码简单了许多，能够画出一个类似的图，但是数据信息还是没能放到图片上显示出来
对这样的小白来说，各种拥有操作界面的软件可能是更适合，比如orgin和prism等等，其实R里面也有类似的骚操作，比如新手绘图一站式R包 ggpubr ，你就可以看成是一个商业化拥有操作界面的软件： 链接...更多高颜值函数大家可以自行阅读文档：http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/ 其实它的底层仍然是ggplot...一张统计图就是从数据到几何对象（点、线、条形等）的图形属性（颜色、形状、大小等）的一个映射。...✦ 几何对象（Geometric objects, geoms）代表在图中实际看到的点、线、多边形等。...✦ 标度（Scales）是将数据的取值映射到图形空间，例如用颜色、大小或形状来表示不同的取值，展现标度的常见做法是绘制图例和坐标轴。
::stat_cor(method = "pearson") 可以很容易的保留ggplot2的语法： 保留ggplot2的语法 让我们来实战演练一下： 相关性热图即可 如下所示的模拟数据，理论上g...一张统计图就是从数据到几何对象（点、线、条形等）的图形属性（颜色、形状、大小等）的一个映射。...✦ 几何对象（Geometric objects, geoms）代表在图中实际看到的点、线、多边形等。...✦ 标度（Scales）是将数据的取值映射到图形空间，例如用颜色、大小或形状来表示不同的取值，展现标度的常见做法是绘制图例和坐标轴。...绘图菜谱 链接：http://www.cookbook-r.com/Graphs/ 这个有中文翻译版本，务必直接下单购买，放在书桌旁边随时翻阅。
，可以直观展示数据的动态变化过程，最后我们可以将动画保存为GIF、视频或动画网页，以便在RStudio或笔记本之外使用。...可以让我们快速画出不同主题、背景和配色方案的图片。...R统计和作图 在R中赞扬下努力工作的你，奖励一份CheatShet 别人的电子书，你的电子书，都在bookdown R语言 - 入门环境Rstudio R语言 - 热图绘制 (heatmap) R语言...分析，简单全面的最新教程 一文看懂PCA主成分分析 富集分析DotPlot，可以服 基因共表达聚类分析和可视化 R中1010个热图绘制方法 还在用PCA降维？...R-Ladies（R社区性别多样性组织）发展情况 一分钟绘制磷脂双分子层：AI零基础入门和基本图形绘制 AI科研绘图（二）：模式图的基本画法 你知道R中的赋值符号箭头(<-)和等号（=）的区别吗？
在分享完即可统计又可可视化绘制的优秀可视化包后(具体内容可看统计绘图 | 既能统计分析又能可视化绘制的技能 。就有小伙伴私信问我“需要绘制出版级别的可视化图表有什么快速的方法？“。...主要内容如下： R-ggpubr包主要类型函数介绍 R-ggpubr包主要案列展示 R-ggpubr包主要类型函数介绍 虽然在Python中我们也可以通过使用Matplotlib定制化出符合出版要求的图表...，但这毕竟对使用者的绘图技能要求较高，当然也是还有部分轮子可以用的，详细请参考这篇：因为配图，SCI多次返修！？...而我们今天则介绍一个高性能的R包-ggpubr，从名字就可以看出这个包的主要用途了。...(): 将具有P值的相关系数添加到散点图中 stat_stars(): 将星星添加到散点图中 ggscatterhist(): 具有边际直方图的散点图 「比较均值并添加p值」 compare_means
，可以直观展示数据的动态变化过程，最后我们可以将动画保存为GIF、视频或动画网页，以便在RStudio或笔记本之外使用。...可以让我们快速画出不同主题、背景和配色方案的图片。...8 ggrepel 作者：Kamil Slowikowski 网址：https://cran.r-project.org/web/packages/ggrepel 简介：当我们在图形中添加标签时，标签之间很容易相互重叠...但在描述性统计分析中，雷达图正在被越来越多的人使用，适用于显示三个或更多的维度的变量。 ?...可以使用GGally快速绘制模型的系数，或者在地图上绘制网络，如下面的图片所示。 ?
如果一篇科研论文没有 bar图，那它可能就不是一篇合格的科研论文。 很多同学也许会问，bar图有什么难的，我科研论文做第一张图就是bar图，so~so~easy。...其实bar图也有很多种的，最大的差别，就是我们家的 bar图和别人家的bar图 为什么别人家的 bar图可以上CNS，我们家的bar图match却只能在一两分的角落里画圈圈呢 当然实验设计和内容绝对占99.99%...那么如何绘制一张美丽的bar图呢，就让飞飞老师带领大家一起学习一下吧~ 好了，老规矩，我们先讲解一下什么是bar图。...输入文件只有三列，第一列是通路的名字，第二列是通路的类型，第三列是富集信息。在实验中我们将差异基因进行富集，用来表示差异基因主要集中于哪些通路中，值越高，说明该通路的富集越显著。...首先安装R包，在这里我们要用到绘图神器 ggpubr 这个包，教程见http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots
，shape、size、alpha等之类的参数可以通过类似的方式进行调整或指定哦#fill和color的区分及连用#空心或实心都可以通过将shape-color连用达到目的ggplot(data = iris...#通过color-shape-fill三个参数的连用，可以达到双色实心的目的#类似于ppt中的轮廓颜色、填充颜色，示例如下ggplot(data = iris)+ geom_point(mapping...函数上做文章图片2.4 几何对象-绘图模版“geom_FUNCTION”1.不同的几何对象可以叠加2.可以通过局部设置以及全局设置的切换高度自定义不同的几何对象#局部设置ggplot(data = iris...这边只要写x，y是函数自动生成的哦，自己非要写上的话报错#下面两段代码在这个情况下是出同一张图，不过因为市场需求关系，geom_FUNCTION类型的函数相对于用的更多。...= "fill")+ theme_classic() #加一句这个就可以了哦图片3.ggpubr#这边仅展示日常使用较多的箱线图组间比较library(ggpubr)p = ggboxplot(iris
以一篇发表在Nature (IF = 41.577)上的文章为例，通过对芯片表达谱数据进行PCA分析，通过前两个PC(PC1, PC2)，可以看出不同样本能够很明显地分为三组。 ?...然后，便是激动人心的绘图时刻了~ 03 基础绘图 ggpubr提供了非常多的作图函数，可以方便大家绘制更美观的科研做图。...这样，我们一张主成分分析的图就做完啦~ 04 初级美化 当然，这些图还有很多不足之处，比如我们想更直观的显示两组之间的差别，所以我们需要根据点的分布计算他们的置信区间。 ? ?...另外如果样本数目比较多，比如有100个样本，我们并不想把所有的样本名称都显示在图表中，只想显示重要的2-4个样本，有没有什么更好的操作方法呢？这里就到了我们究极作图美化的环节了~ ? ?...结语 从这个PCA分析和简简单单散点图的制作，我们可以体会到：在小小的一张图上，就可以浓缩如此多的信息，可见作图是一件异常考验功力的工作。
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
即时通信 IM
ICP备案
云直播
实时音视频
