一个很好的例子是 Google Duo 团队 对其应用进行的优化，从而使该应用在平板电脑和可折叠设备上均能运行良好。...△ Duo 应用在优化前后的对比 在这篇文章中，您会了解到一个简单而又高效的方式来使您的应用在可折叠设备上运行时适配布局。...这是一个简单的媒体播放器案例，它会自动调节尺寸以避免让折叠处出现在画面中间，并且调整播放控制组件的位置，从屏幕完全展开时嵌入画面中，变为当屏幕部分折叠时显示为单独的面板。...如果您要实现横屏功能，那么大多数时候，边界会以一个在屏幕中垂直居中的矩形来表示，它和屏幕一样宽，并且高度与铰链相同 (对于可折叠设备而言值为 0，对于双屏幕设备而言会是两个屏幕之间的距离)。...* 这里的计算中默认会包含内边距。
本文的目的就是详细地介绍怎么样通过 AppBarLayout 与 CoordinatorLayout 的配合使用，去定制一个可折叠的 Toolbar。...然后继续通过 CollapsingToolbarLayout 进一步增强 Toolbar 的视觉效果。如果有人对可折叠的的 Toolbar 还不了解，那么请看下面的示例。 ?...Collapsing title 可折叠的标题 我们新建一个 Activity，简单试验一下，Collapsing Title 是怎么样一个概念。...显然，CollapsingToolbarLayout 中的 title 覆盖了 Toolbar 中的 title。...到这里为止，利用 AppBarLayout 就能实现可折叠的 Toolbar 了。
/// /// 设计器支持所需的方法 - 不要 /// 使用代码编辑器修改此方法的内容。.../// /// 设计器支持所需的方法 - 不要 /// 使用代码编辑器修改此方法的内容。...，则优先使用数据源中的背景颜色) /// [Description("节点背景颜色(如果数据源中设置了指定节点背景颜色，则优先使用数据源中的背景颜色...，则优先使用数据源中的高度) /// [Description("节点高度(如果数据源中设置了指定节点高度，则优先使用数据源中的高度)"), Category...，则优先使用数据源中的字体颜色) /// [Description("子节点字体颜色(如果数据源中设置了指定节点字体颜色，则优先使用数据源中的字体颜色
利用SCENIC寻找每个成纤维细胞亚型特异的基因调控对，FOXO1和MSC调控的基因在Cluster1中下调，而MEF2C和ELK3调控的基因在Cluster2中上调，说明不同来源的成纤维转录因子调控对的获悉不同...在滤泡型B细胞亚群中，负责氧化磷酸化、细胞增殖以及生物产能的基因marker在肿瘤中表达减弱，而肿瘤相关的滤泡型B细胞转录本表达普遍更低，说明在肿瘤中滤泡B细胞出现了耗竭。...朗格汉斯细胞簇在肿瘤和非肿瘤中数目类似。 通路分析在发现来源于肿瘤的巨噬细胞簇中炎症反应减弱、TNF-a诱导的细胞增殖能力不足，活性氧产生的通路下调，呈现出M2-like的巨噬细胞特征。...CD8+T细胞的亚群中，表现出较强的增殖能力、移植排斥的反应，Myc活性等，且免疫检查点抑制剂的表达也较高。...将不同部位的肿瘤细胞与每种类型细胞数目做线性拟合，发现大多数的基质细胞亚型富集在肿瘤边缘，并且处于常氧的环境中。
（CTCs）是起源于上皮来源的原发性或转移性肿瘤并脱落到血液循环系统中的具有高活力和高转移潜能的肿瘤细胞。...单细胞测序技术的出现很好地解决了这个问题。CTCs单细胞测序可用于比较外周血CTCs、肿瘤原发灶和转移灶、转移淋巴结中单细胞基因组、转录组和表观遗传组的差异，减少肿瘤异质性的干扰。...肿瘤之间的异质性源于肿瘤细胞对基因组和表观遗传修饰的反应不同以及源自不同肿瘤分层的不同肿瘤细胞亚群引起的不同肿瘤表型。此外，肿瘤间质异质性也与肿瘤微环境中细胞和细胞外基质的异常调控有关。...这些因素都在肿瘤的恶变中起重要作用 肿瘤内异质性：指同一肿瘤中存在不同的癌细胞亚群，由肿瘤内不同细胞之间的基因和表型差异组成；肿瘤内部的异质性使肿瘤细胞既具有时间异质性（原发性肿瘤与继发性肿瘤不同），也具有空间异质性...其中Hydro-Seq利用基于大小的单细胞捕获来防止可能由分子 CTC 选择导致的偏差，实现了高细胞捕获效率，用于分析 10 ml 血液样本中的少量 CTC。
下面是粉丝（队长_是我）的随机投稿 Welcome to ToppGene (cchmc.org) 这是一个神奇的网站，除了常规的基因富集分析，还能进行细胞类型的富集分析。...在做单细胞分析中，进行细胞分类时，偶尔会出现一些奇怪的亚群。 image.png 如图中箭头所指，内皮细胞被分成了两个群。我们想知道他们为何被分成两群。首先拿到两群各自的高表达基因。...（lymphatic endothelial cells, LEC） C4: 4群为血管内皮细胞(endothelial cells) 除此之外，图中21群被注释为Tissue_stem_cell。...我也想看看它的真实身份是什么。...可知21群是周细胞或者平滑肌细胞。
特别是，配体-受体对可用于从其同源基因的协调表达中推断细胞间的通讯。 细胞相互作用类型 细胞互作的类型主要包含四类，分别是自分泌、旁分泌、近分泌和内分泌。...细胞相互作用分析一般流程 细胞相互作用分析流程主要包括以下几步：收集样本组织、制备单细胞悬液、建库和测序；对原始数据预处理获得基因表达矩阵；结合受配体数据库，保留矩阵中的配体或受体相关基因；对配体和受体之间的相互作用进行打分...该文章对8例膀胱癌肿瘤样本和3例配对癌旁样本进行了高通量单细胞转录组测序，绘制了膀胱癌肿瘤微环境细胞图谱，通过细胞互作分析强调了肿瘤相关成纤维中iCAFs亚群的作用并提出了膀胱癌治疗的潜在靶点。...原理 主要步骤： 1.计算基因在细胞类型中的加权平均表达量，减弱极值影响： 注：Q1,2,3是一个基因在一个细胞群中表达分布的四分位点； 2.计算相互作用基因pairs： 注：i：细胞群ID； LA...cellphoneDB和CellChat等工具用细胞类型作为研究对象，而实际组织中的细胞相互作用是以细胞为单位的，同种细胞类型，分散的部位，可能有不同的相互作用。
细胞无法杀死自己的最有力证据来自在多种癌症中发现了编码细胞凋亡调节因子的基因中的反复突变。...也许这样的药物能够通过激活两种凋亡途径，与BH3模拟药物协同杀死癌细胞。 非凋亡程序性细胞死亡途径在肿瘤发展和抗癌治疗中的作用 自噬在癌症中的作用仍在争论中。...坏死在肿瘤发展中的作用以及恶性细胞对抗癌药的反应目前也引起争议。...然而，对于焦细胞凋亡在肿瘤发生中的作用以及癌细胞对化学疗法的反应，还知之甚少。...据我们所知，迄今尚未在整个癌症基因组研究中鉴定出gasdermin D，其为细胞凋亡的重要介体，它是抗癌治疗中的肿瘤抑制因子或耐药因子。
我想要继续学习文献提供的源代码，刚好文章也提供了细胞注释信息。所以现在有一个需求是将文章中的注释信息增加到我现有的seurat对象中，下面具体来看看吧。 首先是读入seurat对象和文章中的注释信息。...## 得到文章中细胞的注释信息：phe2 dir='.....变量内容如下： 发现文献的细胞名字和我在seurat对象中的细胞名字不一样： head(colnames(all.merged)) # [1] "TBB011_singlecell_count_matrix.txt_AAACCCAAGAGCCGTA...all.merged变量中的细胞名字比phe2中的更长，我把all.merged的名字变短会简单一些。...AAACCCACATGACGGA" "TBB011_AAACCCACATGGAATA" "TBB011_AAACCCACATTCATCT" # [6] "TBB011_AAACCCAGTAATGATG" 最后，将文章中的细胞注释信息合并到
每年的六月，我们都难以忘怀，因为这里有我们深深的记忆。这一月，风吹麦浪，夏季芒种。这一月，鱼跃龙门，高考必中。窗外格外安静，仿佛连花开之声都小心翼翼地有意低音。...2.所有细胞在结构和组成上基本相似； 3.新细胞是由老细胞分裂产生的； 4.生物的疾病是因为其细胞机能失常。 5.细胞是生物体结构和功能的基本单位。 6.生物体是通过细胞的活动来反映其功能的。...7.细胞是一个相对独立的单位，既有它自己的生命，又对与其他细胞共同组成的整体生命起作用。 细胞学说的建立，显微镜的发明功不可没，自那以后，细胞生物学的主要进展常常是引进新技术的结果。...在这个框架下，单细胞测序在细胞生物学中的历史位置，就显得格外明朗了：它属于遗传学这个大范畴之内的。...细胞是生物体结构和功能的基本单位，多细胞生物中不同类型的细胞含有相同的DNA。基于此，我们可以回答到底什么才是一个细胞类型(cell type)?
异常磷酸化过程与肝细胞癌进展有关 TCGA 369例HCC+ GEO（GSE149614)中50个癌旁样本，在 HCC 组织中鉴定出 1,477 个上调基因和 720 个下调基因，发现上调的基因不仅富集在细胞分裂...、T 细胞受体信号通路和其他在肿瘤发生过程中已被证实的特定通路，而且还富集了一些磷酸化-相关的 GO term，包括蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性的负调节、细胞周期蛋白依赖性蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性的调节和...，但不在免疫细胞中。...在所有肿瘤相关细胞，如恶性细胞和芽肝细胞中，一定程度上都会检测到一些PRGs的表达。...有趣的是，在所有 2795个 EPCAM + 肝 CSCs 中，大多数至少表达 9 个基因中的一个，而只有 106 个细胞仅表达EPCAM，这表明 9 个 PRGs 在肝 CSCs 中的关键作用。
experiments) 是在实验中设置比较对象 (对照组) 的一种科学方法，进行对照实验可评估实验条件改变对实验结果产生的影响。...设置对照实验可以增强实验的可信度。细胞实验中的对照实验一般可分为空白对照，阳性对照和阴性对照。 ■ 空白对照 空白对照 (Blank control) 是指不给予任何处理的对照。...在细胞实验中，常用以评价及观察细胞是否处于正常状态。...如果溶剂在最终给药体系中占比较高，可能会对细胞本身状态有较大影响，这时，就会出现这样一个疑问：是药物的作用还是溶剂的毒性导致呢？...在鉴定具有抗黑色素瘤活性的柠檬苦素类天然产物的研究中，DMSO 溶剂对照组的设置很好地证明了 Haperforin G 在 MELHO 中诱导 G1 细胞周期阻滞和增殖停滞。
结论: 文章的研究对结肠癌中浸润B细胞的情况和相关临床结果提供了深入的见解。阐明B细胞的特征将扩大我们对其在结肠癌TME中的作用的理解，并支持开发新的B细胞靶向免疫策略。...在结肠癌中浆细胞肿瘤微环境中抗体类别切换为IgG 与正常组织相比，肿瘤组织中IgG/IgA浆细胞的比例从整体都有所增加。...img 在拟时序分析中，Naïve B细胞位于起始位置，浆细胞位于末端，在这一过程中，不同时期的B细胞所起到的作用不同。 此外，根据转录因子分析确定了某些转录因子在B细胞分化过程中的变化。...针对结肠癌中B细胞的类型的研究。...文献阅读感想 文献中运用了大量的数据分析流程对于结肠癌中的B细胞进行了深入的分析确定了CD20+ B细胞和IgG 浆细胞在疾病中的作用。
)是一种用于估计新鲜组织中单个细胞的细胞组成和转录谱的有效技术。...snRNA-seq中结肠上皮细胞和肝脏肝细胞比例较高，scRNA-seq中免疫细胞比例较高。这种差异可能是由于scRNAseq过程中细胞质内容物的破坏导致粘附基因表达分数的变化。...通过使用Seurat包中嵌入的功能进行批量校正后，我们使用之前在文献29中定义的细胞类型特异性典型标记基因定义了7种主要的结肠组织细胞类型:上皮细胞、成纤维细胞、内皮细胞、T/自然杀伤(NK)细胞、髓样细胞和...我们使用先前在文献中定义的标记基因鉴定了7种细胞类型: 肝细胞、胆管细胞、星状细胞和免疫细胞 (图2f、图2g）。肝细胞在两个平台上的模块评分均高于T/NK细胞 (图2e，左、中)。...结肠组织上皮细胞转录差异明显 实体瘤中细胞比例的差异可能与黏附结构的特点和分离过程中的凋亡应激有关。
导语 GUIDE ╲ 拷贝数变异（CNV）在癌症的发生和发展中起着重要作用。...}”区分，在聚类分析中可以选择是否根据不同肿瘤细胞来分类。...由于只有在注释文件中列出的细胞才会被分析，因此如果我们只对某一部分细胞感兴趣的话，可以通过修改注释文件来达到subsetting的目的，而不需要对表达矩阵，就方便很多。 3....该文件中的染色体号出现顺序与输出图中的染色体顺序是一致的，所以建议在这里按照染色体号从小到大的顺利排列。 基因的位置信息可以从gtf文件中获取。...，可以修改参数ref_group_names；当没有参考细胞时，参数ref_group_names可设置为NULL，此时对于每个基因，参考表达值为该基因在所有细胞中的表达平均值。
使用AUCell识别单细胞rna数据中具有活性“基因集”(i.e. gene signatures)的细胞。...AUC分数在所有细胞的分布允许探索signatures的相对表达。 AUCell允许在单细胞rna数据中识别具有活性基因集(如gene signatures、基因模块)的细胞。...thresholds 其实我们发现在SCENIC 包的分析过程中，已经封装了AUCell。...在单细胞数据的下游分析中往往聚焦于某个有意思的基因集(gene set)，已经发展出许多的富集方法。...往期回顾 Network在单细胞转录组数据分析中的应用 CNS图表复现06—根据CellMarker网站进行人工校验免疫细胞亚群 ---- ---- ----
DOI号：10.1016/j.immuni.2023.10.002 背景介绍 成人的消化道中聚集着大量的免疫细胞，既有髓系又有淋巴系的细胞。...过去认为，肠道中的免疫细胞是来自于骨髓造血干细胞（HSCs）。但是，近年来的动物研究表明，很多器官在胚胎发育中的纳入的组织驻留型巨噬细胞是独立于HSC的，来自于胎儿前巨噬细胞。...HCO中包含肠上皮细胞和周围的间充质细胞，包括成纤维细胞、肌成纤维细胞和平滑肌细胞。在结合了BMP活化的诱导方式下，在Day21出现了免疫细胞相关转录特征。...HCO中的巨噬细胞在转录上与人类胎儿结肠中的巨噬细胞相似 小鼠的谱系追踪研究表明，前巨噬细胞和胎儿单核细胞可以在发育早期定植器官，并产生组织驻留巨噬细胞，这种巨噬细胞持续到出生59岁，并贯穿一生。...与胎儿的数据进行比较也发现，HCO中的巨噬细胞在基因转录特征上与胎儿结肠中的组织驻留巨噬细胞高度类似。
背景介绍 今天小编就为大家总结一下，免疫应答中重要的细胞因子。在开始之前，我们先看看细胞分子的种类吧！...necrosis factor, TNF) 5.生长因子（growth factor, GF） 6.趋化因子（chemokin） 固有免疫应答中的重要细胞因子 细胞因子 细胞来源 主要生物学效应...细胞，促进其细胞毒活性; 适应性免疫应答中的重要细胞因子 细胞因子 细胞来源 主要生物学效应 IL-2 CD4+T细胞、CD8+T细胞、NK细胞 1)促进T细胞增殖及细胞因子分泌、诱导Fas介导的细胞凋亡...细胞分化;3)抑制B细胞增殖及IgA的产生;4)抑制巨噬细胞活化、刺激血管生成因子;5)促进成纤维细胞胶原合成; LT T细胞 招募活化中性粒细胞;促进淋巴器官形成; 小编总结 细胞因子在免疫细胞的发育分化...、免疫应答及其免疫调节中有着重要的作用，如果你在做免疫相关的研究，一定要记得这些重要的细胞因子，更好解释免疫过程。
探究由病理性事件导致的表型变化，通常通过测定细胞中mRNA得到基因表达谱。...相比之下，使用质谱等技术在蛋白质组范围内测量蛋白质表达的技术还存在一些问题，如只覆盖了部分蛋白质，需要大量的组织，并且无法直接捕获蛋白质活性等。...为了解决这个问题，该作者开发了一个根据基因表达推断蛋白表达的方法——VIPER，通过对富集的调节子（Regulon）分析对蛋白质活性进行虚拟推断，可以根据基因表达数据，在单个样本的基础上对蛋白质活性进行计算推断...它使用给定蛋白质最直接受到调节的基因表达，例如 转录因子（TF），作为其活性的依据。
---- scran包cyclone函数是利用‘marker基因对’表达来对细胞所在周期阶段进行预测的方法Scialdone (2015) “maker基因对”由作者根据训练集细胞（已注释了cell...cycle）的基因表达特征产生，我们可以直接使用。...对于每一细胞周期阶段（人/鼠）都有一组“maker基因对”集合。...package="scran")) str(mm.pairs) head(mm.pairs$G1) 这里默认提供marker基因对是ensemble格式，如果Seurat对象中表达数据提供的是其它类型的基因...下面是对小鼠的基因对进行转换。
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
即时通信 IM
ICP备案
对象存储
实时音视频
