写在前面： 在如何通过Google来使用ggplot2可视化这篇文章中，我们曾经介绍过R语言在生物信息学中的重要性。 这篇文章也激发了很多小伙伴学习的热情。...然后去包的官网上面找到它的旧版本的下载链接： 我这里拿ggplot2举例： http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ #packageurl..., repos=NULL, type="source")#我这里安装它的1.0.1版本，而不是最新版！...binary packages are in ##程序自动下载的原始文件一般放在临时目录，会自动删除 C:\Users\jmzeng\AppData\Local\Temp\Rtmpy0OivY...命令行版本安装 如果是linux版本，命令行从网上自动下载包如下： sudo su - -c \"R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com
---- 文章目录如下： 查看已经安装了和可以安装哪些R包 如何安装旧版本的包 如何切换镜像以及为什么要切换 4种常见的R包安装方式 说明： 该文首发于我的个人博客以及生信技能树论坛，请点击文末的阅读原文前往查看详细资料...然后去包的官网上面找到它的旧版本的下载链接： 我这里拿ggplot2举例： http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ #packageurl..., repos=NULL, type="source") #我这里安装它的1.0.1版本，而不是最新版！...binary packages are in ##程序自动下载的原始文件一般放在临时目录，会自动删除 C:\Users\jmzeng\AppData\Local\Temp\Rtmpy0OivY...命令行版本安装 如果是linux版本，命令行从网上自动下载包如下： sudo su - -c \ "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com
由于是为了下载R包，因此重点关注R包主页中的Downloads那里，里面共有四个选项： Package sorce: 是R包的源码文件，需要编译安装； Windows binaries: 二进制R包，已经是经过编译的...install.packages会自动从CRAN下载ROCR包的最新源码，并执行编译安装。...即可以如下方式安装ROCR包： install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/ROCR_1.0-11.tar.gz") 当然从网址、...本地文件/文件夹安装R包时都是需要指定repos=NULL的，也就是上一句应该是： install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/ROCR...之所以需要下载R源码安装，主要是因为可以将R包解压后然后调试、修改部分R源码文件，一般用于修bug的环节。
Seurat 是一款用于单细胞转录组学分析的强大工具，而 SeuratData 数据包则包含了一些用于练习和演示的标准数据集，帮助用户学习和熟悉 Seurat 的使用。...SeuratData 可以用于教学和演示目的。在学习 Seurat 的时候，用户可以使用这些数据集来尝试不同的分析步骤，了解 Seurat 包的各种功能。...options(timeout=10000) # InstallData("pbmc3k") data("pbmc3k") 但是最近发现自己的一个电脑里面是没有SeuratData ，就需要安装它...-0 -> 2.1-2 ) [CRAN] 10: SeuratObject (4.1.3 -> 5.0.1 ) [CRAN] 虽然说我这个时候选择了3，默认不要升级如何东西...有了这些压缩包文件，使用 前面的 install.packages 函数指定各个包文件路径，然后加上 type = "source", 就可以本地安装了，无需重新在线下载啦 ： install.packages
介绍 R是一种流行的开源编程语言，专门用于统计计算和图形。它被统计学家广泛用于开发统计软件和执行数据分析。R的优势之一是允许用户创作和提交自己的包，因此它具有高度且易于扩展的特点。...它使用一个特殊文件列出了应从中下载软件包的来源。那个文件是/etc/apt/sources.list。为了获得最新版本的R，我们需要通过在sources文件中添加一行来将正确的存储库添加到源列表中。...作为一个例子，让我们安装shiny包，这是一个非常流行的包，用于从R代码创建Web应用程序。安装程序包作为单程根将登录为根，运行R，并运行该install.packages()命令。...与CRAN软件包一样，在安装GitHub软件包时，您需要从系统shell运行该命令，以使所有用户都可以使用该软件包。让我们尝试安装shinyjsGitHub包，它可以为shiny包添加功能。...我们还了解了从GitHub和CRAN安装R软件包之间的区别，以及如何确保这些软件包可供CVM上的所有用户使用。 更多Ubuntu教程请前往腾讯云+社区学习更多知识。
matrix.mtx.gz：包含稀疏计数矩阵，记录了每个细胞中每个基因的表达计数。...>= 1.6.1 表明 Seurat 包需要比当前安装的 Matrix 包版本更高的版本 尝试先卸载再重新安装： remove.packages("Matrix") install.packages("...Matrix") 安装完成后，再次尝试加载 Seurat 包： library(Seurat) 仍然报错？？？...确认当前安装的 Matrix 包的位置： find.package("Matrix") 手动删除 Matrix 包文件夹： 根据上一步找到的路径，手动删除该目录下的Matrix 包 文件夹。...：https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/SeuratObject/SeuratObject_4.1.4.tar.gz https://cran.r-project.org
第一天的课程，老师让大家上传 Data.tar.gz压缩包，之外还有一步解压。经查看，我发现你少了这一步。...【Linux软件安装】Linux里运行bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh命令后出现报错 你之前安装过，但是可能安装到一半，你可以尝试删除miniconda3 文件夹...，再重新安装 【R提示】这个是否提示我需要下载4.3.3版本的才行？...，以及它配套的asperaweb_id_dsa.openssh 文件的路径 【环境配置】老师想问一下，在linux安装那个R4环境，老师课里是R4. txt, 然后上传的我下载到电脑上是R4. yaml...，从"创建R4小环境"开始。
对于SAM和LSA Secrets（包括缓存的凭据），我们尽可能的尝试从注册表中读取，然后将hives保存在目标系统（％SYSTEMROOT％\Temp目录）中，并从那里读取其余的数据。...（SYSTEM） -ntds：表示dit文件的路径（ntds.dit） 可以看到，它已从ntd.dit文件中转储了NTLM密码。...Ntdsxtract 首先我们需要从NTDS.dit文件中提取表格，这里我们可以通过libesedb-tools中的esedbexport来帮我们完成。...安装完成后，我们就可以利用该工具从ntds.dit文件中转储表格了。...现在我们来下载ntdsxtract，这是一个取证工具，能够为我们从NTDS.dit文件中，提取与用户对象，组对象，计算机对象的相关信息以及删除对象。 ?
这次有个小可爱在安装ReactomePA包的时候也遇到报错了，那一起来看看后面是如何解决的叭！...R包，支持多物种进行注释，那么肯定需要下载起配套的数据库文件，也就是db结尾的 以db结尾的数据库文件都会比较大，下载不下来也非常正常！...命令行安装 reactome.db依赖包也是上传保存在Bioconductor上面的，所以可以使用命令行直接下载安装 但是因为文件比较大，快500M的文件，所以要设置一下系统默认时间，防止因为耗时太多而被终止掉...下载到本地导入 我是使用命令行直接安装，学员是尝试将reactome.db包下载到本地之后，从本地导入，但是遇到报错了。...此外，它还提供了更多的参数来控制安装过程，例如upgrade和dependencies。 install.packages是R的基础函数，用于从CRAN安装包。
安排新来的实习生整理最简单的GEO数据库的表达量芯片数据处理代码，有一个拼图的需求，不知道为什么实习生找到了一个customLayout包，但是无法安装和使用它，所以求助了我。.../customLayout/index.html 很明显，它这个customLayout其实是被放弃了 ： Package ‘customLayout’ was removed from the CRAN...") 大概率是缺这个退出历史舞台的R包的相关依赖包，比如我电脑就缺了一个，需要先单独安装它依赖的包即可 ： 单独安装 是不是很简单啊！...需要基本生信背景知识 当然需要读者具备计算机基础知识，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理： 《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》 《生信分析人员如何系统入门...，数组，数据框，列表） 文件读取和写出 简单统计可视化 无限量函数学习
配合其他命令，从/proc目录下的信息中恢复“文件已删除，但进程仍保持打开该文件的状态”的文件。...因此，当我们对文件进行读取或写入时(即有进程正使用文件时)，哪怕硬盘中的该文件已删除，还可以从内存中的信息恢复文件。...注意： 必须以 root 用户的权限运行， 因为lsof 需要访问核心内存和各种文件。 只能恢复“文件已删除，但进程仍保持打开该文件的状态”的文件。...2、extundelete ---- 原理： 使用存储在分区日志中的信息，尝试恢复已从ext3或ext4的分区中删除的文件 优点： 相比于ext3grep只能恢复ext3文件系统的文件，其适用范围更广，...执行make install会将程序安装在/usr/local/bin/下 恢复文件操作 执行extundelete命令的当前目录必须是可写的。
Q5：我的安装过程中出现这个问题 缺啥包就单独安装它即可，比如使用下面的代码手动安装一下GO.db BiocManager::install('GO.db' ) Q6：包安装中碰到这个问题该如何解决？...Q7：首次打开r studio之后它没有跳出弹框让我安装git软件 你是mac电脑，不需要安装git，windows才需要。...Q5：我的安装过程中出现这个问题 手动安装一下GO.db BiocManager::install('GO.db' ) Q6：包安装中碰到这个问题该如何解决？...若文件大小不正常，删除掉该文件然后重新运行代码，留意运行过程中的输出信息。...若文件大小不正常，删除掉该文件然后重新运行代码，留意运行过程中的输出信息。
using 加载R包 using函数是我写在$HOME/.Rprofile中的函数，因此每次打开R就能使用。...R包 使用pak管理R包，可以从Bioconductor、CRAN、Github、本地、URL安装R包，解决了R包安装需要多个不同R包去安装的问题。...ComplexHeatmap", "circlize", "NMF")) pak删除R包 pkg_remove("CytoTRACE") pak查寻依赖包 只能查CRAN 或 Bioconductor的包的依赖...这个tree实在太长了，我只保留前几行和后几行 # shell wget https://cytotrace.stanford.edu/CytoTRACE_0.3.3.tar.gz tar -xf CytoTRACE...build 安装一个文件夹中的依赖s local_install_deps("CytoTRACE") # Installs development and optional dependencies
配合其他命令，从/proc目录下的信息中恢复“文件已删除，但进程仍保持打开该文件的状态”的文件。...因此，当我们对文件进行读取或写入时(即有进程正使用文件时)，哪怕硬盘中的该文件已删除，还可以从内存中的信息恢复文件。...注意： 必须以 root 用户的权限运行， 因为lsof 需要访问核心内存和各种文件。 只能恢复“文件已删除，但进程仍保持打开该文件的状态”的文件。...2、extundelete 原理： 使用存储在分区日志中的信息，尝试恢复已从ext3或ext4的分区中删除的文件 优点： 相比于ext3grep只能恢复ext3文件系统的文件，其适用范围更广，恢复速度更快...执行make install会将程序安装在/usr/local/bin/下 恢复文件操作 执行extundelete命令的当前目录必须是可写的。
当你需要执行特定的统计测试、可视化或其他任务时，你可能会发现相应的功能已经被封装在一个或多个R包中。然而，对于新手或需要一次性安装多个R包的用户来说，这个过程可能会有些繁琐。...为了大规模安装所需要的R包，你可以使用几种不同的方法。...以下是两种常见的方法：常用安装install.packages函数是我们常用的安装R包的方式，需要注意的是这些R包必须是在CRAN仓库中，否则安装将会失败。...该项目是存放了大量用于生物研究的R包，很多做生物信息分析的人都会使用里面提供的R包。它的安装包是通过BiocManager包提供的install函数实现的。...install.packages("local/packagename.tar.gz", repos=NULL, type="source")高效方式一随着时间流逝，安装的R包也越来越多，如何快捷分辨出未安装过的
毫无疑问，Seurat流程是目前单细胞转录组数据分析的主流，但是我们在过去的五年都熟悉了它的V4版本的代码架构，在R语言的cran官网可以看到其历史更新情况： https://cran.r-project.org...Seurat的默认的安装代码是从CRAN安装： # 1 directly download from CRAN # mirror for cran： options(repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn.../index.html https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/SeuratObject/ 而且可以看到都是V4版本，都是它的旧版本 [ ] SeuratObject...然后安装旧版本的SeuratObject 和Seurat 安装旧版本的SeuratObject 和Seurat需要首先拿到网页链接地址，然后从网页安装 # 4 download from URL packageurl...，而且， 如果他们安装的过程中有依赖包的缺失，就需要自己主动先安装那些缺失的包哈！
正文 R/Bioconductor简介 5.1 安装R包 ? 5.1.1 CRAN Comprehensive R Archive Network CRAN是R包的最大集合。...除了成功构建和安装之外，上传软件包的要求很少，因此文档和支持文件通常都很少，并且弄清楚如何使用这些软件包本身就是一个挑战。...5.1.3 Bioconductor Bioconductor是专门用于生物分析的R包装库。它对上传有最严格的要求，包括在每个平台上安装，以及完整的文档和一个教程（称为插图），解释如何使用包。...在尝试安装课程包之前，请确保使用最新版本的bioconductor。...5.1.4 来源 安装包的最终方法是直接从源代码。在这种情况下，您必须下载完整构建的源代码文件，通常是packagename.tar.gz，或克隆github存储库并自行重建包。
本来我这个段位，就不应该为安装包发愁了，毕竟统计学不会可以理解，编程学不好忍忍就过去了，但是说安装包出错，是可忍孰不可忍？ 统计编程我惹不起就算了，你一个安装包我还搞不定了？？？...测试成功安装ggplot2 现在最新的R版本是4.2.1，因为有些包只能运行在3.6版本中，因此我需要安装3.6，这里安装常用的ggplot2时报错了，总结一下问题解决的方法。...问题来了，我有两个选择： 第一个：下载旧版本的ggplot2，它支持rlang0.4.11版本，但是很多更新的函数我无法使用了。测试了一下，可以实现。但我要用第二个。...安装Rtools3.6 安装Rtools3.6，然后加入到环境变量中，重启R语言，然后键入： install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib...原则上来说，所有的包都可以被成功安装，多尝试几次就行了。
它广泛用于开发统计软件和执行数据分析。R社区以不断为特定研究领域添加用户生成的包而闻名，这使其适用于许多领域。 在本教程中，我们将讨论如何安装devtools并使用它直接从GitHub安装R包。...第2步 - 安装devtools包 通过devtools，我们将能够直接从GitHub，BitBucket，本地文件安装和构建软件包，并从CRAN安装特定版本。...第3步 - 从GitHub安装R包 在这一步中，我们将直接从GitHub安装Shiny的最新开发版本，这是一个R的Web应用程序框架。...检查防火墙 Shiny是一个Web应用程序框架，因此为了在浏览器中查看其示例，我们需要确保在我们的防火墙上允许Web流量。内置Web服务器在每次启动时随机选择一个端口，除非我们使用特定值启动它。...cat /usr/local/lib/R/site-library/shiny/DESCRIPTION 结论 在本教程中，我们直接从GitHub安装了最新的Shiny软件包，并学习了如何从CRAN重新安装其稳定版本
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