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R计算mRNA和lncRNA之间的相关性+散点图

我们在做表达谱数据分析的时候,经常需要检测基因两两之间表达的相关性。特别是在构建ceRNA网络的时候,我们需要去检查构成一对ceRNA的mRNA和lncRNA之间的表达是否呈正相关。...前面给大家分享过R计算多个向量两两之间相关性,今天小编就给大家分享一个实际的应用案例,用R去批量的检测大量mRNA跟lncRNA之间表达的相关性,并绘制散点图。...expand.grid(deLNC, dePC) #第一列为lncRNA,第二列为mRNA names(combination)=c("lnc","pc") #通过循环来计算所有lncRNA和mRNA之间表达的相关性以及...值和相关系数 mtext(paste0("cor=",cor,"\npval=",pval), side=3,line= -2,adj = 0.1) dev.off() } 下面是一对mRNA-lncRNA之间相关性的散点图...参考资料: R计算多个向量两两之间相关性

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核心网络生命力和网络特征之间的相关性

核心网络生命力和网络特征之间的相关性 介绍 方法 数据源 网络特征 分析 结果 LCP CLS 结论 附录 相关内容 介绍 核心网络活力(CWV)是Google认为是衡量网络体验质量的最重要指标的指标...识别和优化CWV问题的过程通常是被动的。网站所有者决定使用哪种技术或查看哪种指标通常是通过反复试验而不是经验研究来决定的。可以使用新技术来构建或重建站点,只是发现站点在生产中会导致UX问题。...在此分析中,我们同时分析了CWV和许多不同类型的Web特征之间的相关性,而不是在真空中分析单一类型的Web特征之间的相关性,因为Web开发的选择不是在真空中而是在网站的许多部分中。...我们希望这些结果将为团队在评估各种Web开发选择时提供更多参考,并邀请社区帮助进一步了解CWV和Web特性之间的相互作用。...1.带有最大满意油漆的显着负面关联: TTFB,JavaScript,CSS和图像的字节数 JavaScript框架-AngularJS,GSAP

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    如何快速分析样本之间的相关性(主成分分析):Clustvis

    首先给大家介绍一下主成分分析(PCA)的定义,PCA是一种通过正交变换将一组可能存在相关性的变量转换为不相关的变量的统计方法,这些转换后的变量就被称为主成分(来自维基百科)。...对于生物信息和统计的科研工作者而言,生物学领域的数据由于生物与环境、生物之间和生物自身基因、代谢等相互作用的高度复杂,往往具有变量多、样本数较少的特点,这个时候我们通过主成分分析(PCA)就可以快速发现数据背后隐藏的关系...但是如果你作为刚入门的生物信息和生物统计学的小白,自己要实现PCA的整套流程就有一些困难了。...这些都要根据同学们自己的数据情况和分析的需要来设置。 接下来我们就可以进入可视化的步骤了。 3 Step3: 第三步和前两步一样,点击页面上方的PCA就可以看到第一个可视化的结果。...分析的数据结果在export选项中也支持导出为csv文件,对linux或者windows平台、R或者python编程语言都非常友好。并且我们还发现ClustVis的R包和本地化方法,可以说非常灵活了。

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    入门 | 从PCC到MIC,一文教你如何计算变量之间的相关性

    事实上,这是一个数据科学的老生常谈: 「相关性不意味着因果关系」 这当然是正确的——有充分的理由说明,即使是两个变量之间有强相关性也不保证存在因果关系。...然而,这些变量之间的关系很显然是非随机的。幸运的是,我们有不同的相关性方法。 让我们来看看其中几个。...有盛行风向时,小船倾向于同向漂流 与之类似,无关变量可以被看作无盛行风向时随机漂流的小船;相关变量可以被看作在盛行风向影响下漂流的小船。在这个比喻中,风的强弱就代表着两个变量之间相关性的强弱。...这个经「洗牌」打乱的变量将被用于计算它和常变量间的距离相关性。这个过程将被执行多次,然后,结果的分布将与实际距离相关性(从未被「洗牌」的数据中获得)相比较。...这个例子中,P(X=H,Y=H) > P(X=H) × P(Y=H)。这表明两硬币全为正面的概率要大于它们的边缘分布之积。 联合分布和边缘分布乘积之间的散度越大,两个变量之间相关的可能性就越大。

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    jQuery中on()、bind()、live()、delegate()之间的区别

    jQuery的.on()、.bind()、.live()和.delegate()之间的区别并非总是那么明显的,然而,如果我们对所有的不同之处都有清晰的理解的话,那么这将会有助于我们编写出更加简洁的代码,...事件冒泡 当我们点击一个链接时,其触发了链接元素的单击事件,该事件则引发任何我们已绑定到该元素的单击事件上的函数的执行。...click事件接着会向树的根方向传播,广播到父元素,然后接着是每个祖先元素,只要是它的某个后代元素上的单击事件被触发,事件就会传给它。 ? 在操纵DOM的语境中,document是根节点。...接下来就详细说下几者之间的区别: 1 .bind() .bind()是直接绑定在元素上,也很好的解决了浏览器在事件处理中的兼容问题。...matchSelector方法来选出那个事件被调用时,会非常慢 当发生事件的元素在你的DOM树中很深的时候,会有performance问题 当然,live方法还可以被绑定到具体的元素(或context)

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    asyncawait 的基本实现和 .NET Core 2.1 中相关性能提升

    能够感受不同技术间的碰撞,领略到不同架构思想中的精妙,就已经是一件满足的事情了,等到团队需要你快速应用其他技术选型时,之前的努力也是助力。...从反编译器中我们可以窥见骨架方法的全貌。...arg - 显然原始代码上有多少个参数,生成的代码中就会有多少个字段 __moveNext - 恢复委托函数,对应状态机中的 MoveNext 方法,该委托函数会在执行过程中作为回调函数返回给对应Task...原本的应用中,一个基于 async/await 操作的任务将分配以下四个对象: 返回给调用方的Task 任务实际完成时,调用方可以知道任务的返回值等信息 装箱到堆上的状态机信息 之前的代码中,我们用了...具体发展中,C# 借鉴了 F#中的异步实现,其他语言诸如 js 可能也借鉴了 C# 中的部分内容,当然一些基本术语,比如回调或是 feature,任何地方都是相似的,怎么都脱离不开计算机体系,这也说明了编程基础的重要性

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    Python轻松实现统计学中重要的相关性分析

    在我们的工作中,会有一个这样的场景,有若干数据罗列在我们的面前,这组数据相互之间可能会存在一些联系,可能是此增彼涨,或者是负相关,也可能是没有关联,那么我们就需要一种能把这种关联性定量的工具来对数据进行分析...,从而给我们的决策提供支持,本文即介绍如何使用 Python 进行数据相关性分析。...我们一般采用相关系数来描述两组数据的相关性,而相关系数则是由协方差除以两个变量的标准差而得,相关系数的取值会在 [-1, 1] 之间,-1 表示完全负相关,1 表示完全相关。...当然,我们知道,这两组数据都是使用 random 函数随机生成出来的,其实并没有什么相关性,这也是在数据处理中,需要特别留意的一个地方,统计的方法可以给我们一个定量的数值可供分析,但实际的分析也需要结合实际以及更多的情况综合考虑...到这里我们应该已经了解了数据相关性分析的原理,以及简单的具体实践使用方法,日后在工作中遇到需要做数据相关性分析的时候,就可以派上用场了。 End. 作者:空空 来源:知乎

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    【TypeScript】中的数组和元组之间的关系

    都有一些基础,今天给大家看的是TypeScript中的数组,以及TypeScript中的元组,分别介绍他们的读取和操作方法,好,码了差不多7600多字,充实的一天,不愧是我,真棒!  ...Array> 元组 元组概念: 元组(tuple) 是关系数据库中的基本概念,关系是一张表,表中的每行(数据库中的每条记录)就是一个元组,每列就是一个属性。...***元组的特点: 6点 1.数据类型可以是任何类型 2.在元组中可以包含其他元组 3.元组可以是空元组 4.元组复制必须元素类型兼容 5.元组的取值通数组的取值,标号从0开始 6.元组可以作为参数传递给函数...console.log() 访问, * 通过 循环遍历 进行访问 * * * */ //访问元组中的值 数组返回类型只有一个,而元组返回可以是不同的类型 //元组的取值通数组的取值...op[1] : void 0, done: true }; } }; //访问元组中的值 数组返回类型只有一个,而元组返回可以是不同的类型 //元组的取值通数组的取值,标号从0开始 var row

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    改进 Elastic Stack 中的信息检索:提高搜索相关性的步骤

    但考虑到各种组件及其参数,如何选择合适的设置以提供最佳搜索相关性,成为了让大多数开发者头疼的问题。...因此,在本系列博客文章中,我们将向您介绍如何使用 Elastic Stack 中的公开数据集和信息检索技术进行测试,并提供有关如何最佳使用这些技术的建议。让我们一起来探索吧!...背景和术语BM25:用于词法搜索的稀疏、无监督模型Elasticsearch 根据文本查询对文档进行相关性排名的经典方式是使用 Okapi BM25 模型的 Lucene 实现。...众所周知,BM25 是零样本检索设置中的强大基线。...此外,此模型对文档查询中每个单独的词的相关性分数求和,而不考虑任何语义知识(同义词、上下文等)。这称为词法搜索(与语义搜索相对)。它的缺点是所谓的词汇不匹配问题,即查询词汇表与文档词汇表略有不同。

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    asyncawait 的基本实现和 .NET Core 2.1 中相关性能提升

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    怎么分析和展示RNAseq基因表达数据中基因的相关性

    介绍 TCGA是癌症基因组分析中相当流行的数据库,针对里面数据的挖掘结果、软件工具发表了许多CNS文章,不过现在已经被整合进GDC数据平台了。...今天的分析用的就是TCGA肺腺癌的数据集(TCGA-LUAD),可以点击这里进入UCSC的数据集资源库下载。 RNAseq的结果中包含了数万个基因的表达值,而我们往往感兴趣的只是少数。...基于一些先验知识,我们可能想要查看某些基因之间的相关性如何,以辅助构想这些基因之间的关系模式是怎样的。一种非常直观的办法是对基因两两建立回归模型(线性回归或者广义线性回归)。...构建一个函数来实现展示基因表达量相关性的功能,它主要完成3件事情,根据输入参数提取出进行分析的数据集,将这个数据集作为参数传入corrgram函数,然后将生成的图形输出。...反过来,红色和从左上指向右下的斜杠表示呈现负相关。色彩越深,饱和度越高,说明变量相关性越大。 右上角的饼图展示同样信息。颜色功能同上,相关性大小是由被填充的饼图块的大小来展示。

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