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R问题｜如何本地安装R包

简介平常在各种R语言群里，总会遇到关于安装R包的问题，例如：搭载在github上的R包，由于网速（外网）原因而无法下载该怎么办？...这里小编分享下平常逼不得已才使用的“下三滥”方法——直接下载包，通过本地安装。网上好多解决方案都是基于R gui的，但现实中使用Rstudio这个IDE会更多些。...接下来以gmm包在Rstudio下安装为例：教程使用bing搜索该包，找到相应网站[1]。关键词：R包名称+R，或者可以再加上CRAN。 ?...搜索技巧：R包名称+R 找到Downloads板块，下载对应的压缩包这里以mac为例 ?...这个方法对一些有很多依赖包的包可能会很头疼，就怕安装完成，他还说你有其他包没安装，那你只能“将错就错”了！

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R包的安装

2、作用：实现特定的功能，你需要什么功能，安装相应的R包就行。说人话就是使用智能手机，需要使用微信与人聊天，你就按照微信APP，需要上腾讯视频看电视剧，你就安装腾讯视频APP。...R包，使用 “BiocManager::install()来安装（3）github网站，是R包作者写的，没有经过审核，使用”devtools::install_github...几乎不使用，使用时需要写明R包的作者，就是指明选择谁写的R包。...5、如何实现快速下载如果官网速度慢，请使用镜像网站图片图片官方网站CRAN网站的镜像使用方法1，Bioconductor网站的镜像使用方法2，方法2也适用CRAN 三、安装R包会遇到问题...，要学会解决问题图片以上图片均引用生信技能树数据挖掘课程小洁老师的课件。

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R学习 R包

R包多个函数的打包存放相应的R包可实现特定的分析功能 R包包含函数、数据、帮助文件、描述文件安装 R包来源有CRAN、Bioconductor、GitHub install.packages(tidyr...jmzeng1314/idmap1") library("tidyr")#加载 devtools::install_local(“xxxx.zip”)#本地安装安装后每次使用都要先加载，也可用来检验是否成功安装载入包时回答提示信息尽量...no* 已经安装的包，可直接调用其中的函数 pheatmap::pheatmap(volcano)#包名::函数名 library(pheatmap) pheatmap(volcano) 学习R包的使用...browseVignettes("limma") #作者一手教程，不是每个包都有 ls("package:limma")#列出包中的函数等引用自生信技能树小洁老师

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「R」解决R包Check汇报marked UTF-8 strings问题

今天在处理 UCSCXenaShiny 的 R 包 check 时发现报出 Note: found 162 marked UTF-8 strings 这种字符串编码问题（具体 action 报告[1]）...继续搜索发现该问题是出在包中引入的数据对象上，就是我们放在包里的数据存在编码问题。...目前这个我处理的包有 10 个数据集，为了锁定问题源，我采用了 https://github.com/dankelley/oce/issues/1663 提到的策略，即逐步删除 data/ 目录下的文件...了下，是否 tools:::.check_package_datasets() 一直使用的是已经缓存到内存的包？...既然包检查想要的是 ASCII 编码，那我转换一下不就完了？我在网络上搜索了 3 种方法，第 1 种没有作用。

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R 包安装常见问题解决

导读日常中使用R语言进行数据分析，或者画图的读者，相信一定逃不过的一个操作就是安装R包，那么在R包安装过程中，可能会出现一些问题，有时候这些问题并不是R包仓库下载过程中网络和R语言本身的问题，而是系统中缺失一些配置或者编译器...问题 gfortran 最近一位读者，在进行常规的转录组分析时，要在R中进行差异分析，因此需要安装DESeq2这个包，但是在安装过程中出现上面了这种情况，导致包没有安装成功。...R在安装你所需要的包时，可能会需要进行编译，编译的过程中，需要使用一些系统中的编译器和库文件，如果缺失这些文件，就会导致包安装不上，其实R中安装包，出现安装问题，大多都是这个原因（不包括包的版本之间出现冲突的情况...，再去R中重新安装包即可。...★因此读者们在安装R包时，如果出现安装不成功的情况，一定要仔细阅读安装过程中打印出来的日志，查看问题的根源，在浏览器中检索，一般都有解决方案。

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R包安装失败居然真的是版本问题

交流群有人询问一个包（oncoPredict）的安装问题，说是R版本问题，需要大于4.1.0。我下意识的认为他应该是有其它错误，但是看大家在群里讨论的热火朝天，我就去试了试。...install.packages : installation of package ‘oncoPredict’ had non-zero exit status 虽然这次仍然是报错了，但是这个很容易解决，仅仅是缺几个依赖包而已...：生信基石之R语言 B站的10个小时教学视频务必看完，参考 GitHub 仓库存放的相关学习路线指导资料：https://github.com/jmzeng1314/R_bilibili ，可以参考一些优秀笔记...www.bio-info-trainee.com/4385.html 可视化专题30题：http://www.bio-info-trainee.com/4387.html 再怎么强调生物信息学数据分析学习过程的计算机基础知识的打磨都不为过...，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理：《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》把R的知识点路线图搞定

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R包系列——stringr包

stringr包是Hadley Wickham大神贡献的R包之一，主要用于字符串的处理。对于经常需要对数据进行预处理的分析人员来说，简直是一把“利器”，可谓是上能屠龙，下能剔牙。...其用法相比于R自带的函数，更加简单明了。stringr包在我工作中，是属于频繁使用的R包之一。简单的用法也是深入我心，强烈推荐使用该包进行字符串的预处理。...这家在读入文件的时候，不会因为路径的问题出错。 #根路径wd 去空格场景：在Excel中，使用查找筛选时，字符串后面的空格往往对结果无影响，但是在R中，却会出问题，所以在匹配之前，先将空格删除。...#提取filepath 字母大小写转换场景：在Excel中，查找匹配不区分大小写，但是在R中区分大小写，常出现在Excel中能查到到但是R中匹配不到的情况，故先预处理统一大小写再做匹配。...熟练掌握后，对文本的预处理简直无往不利，如丝般顺滑。该包不仅仅只有以上几个函数，还有其他函数，只是工作中较少用到，所以未列举出来。可见stringr包确实强大，提供了一整套字符串的处理方案。

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R||R语言基础（三）_R包

今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...#务必要打引号 02 R包的调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号部分人可能会因为镜像的问题失败，解决方法https://mp.weixin.qq.com...我们这里用的是dplyr包，因此可以使用管道。...经过这几期的R语言基础，你应该能够入门R了，渐渐的也要自己去学会看帮助文档，去搜报错，还记得怎么搜命令和R包的帮助文档吗？ ?...+命令 #搜命令帮助文档 help(package='R包') #搜R包帮助文档如果你能独立处理这些问题，那么恭喜你，你的R应该没问题啦！应该没问题了！！！！吧？

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R包的深入解析

当我们在使用很多R包的时候总会有些包里面的函数引发我们的好奇心，总想去看看他们具体怎么实现的，今天我们就来讲下如何去解析一个别人写好的R包。 1....我们先知道我们想去解析的R包的名字，比如“InformationValue”。 2. 打开R语言的官网R包的列表，然后利用浏览器的检索检索下我们找的包的位置，然后进入R包的详细介绍页面。 ? 3....在R包详细页面我们可以看到图中标出的位置，那就是R包的源代码文件，下载源代码问价，解压后文件的结构如下图： ? 4. 接下来就是激动人心的时刻了，进入R/目录，迎面而来是R语言代码文件了。 ? 5....我们首先打开主函数文件“Main.R”,然后就可以在R文件中检索我们想要的主函数名称。 ? ? 6. 当然，我们有时候并不满足于看看主函数，更想深入看其子函数程序，那也是没问题的，如图： ?...至此，我们便可以在R/目录下随心所欲查看R包的所有源程序。

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R语言入门之R包的安装

R语言是一个强大的数据分析工具，其强大之处在于有各种各样的R包帮助其实现各种各样的功能。...通常来说，R包的安装主要有四种方法，包括：1）从R语言官网上直接下载相关R包并安装；2）从Bioconductor上下载R包并安装；3）从Github上下载R包并安装；4）手动安装R包。...接下来我将和大家分享R包的具体安装： 1）首先获取下载的R包的名字，比如下载metafor这个R包，可以先在官网（https://www.r-project.org/）上找到这个包，了解一下这个包的详细内容和使用说明...，github中的R包需要在其前面加上该包所在的库名，否则无法进行下载安装。...4）关于手动安装R包，也是使用install.packages()函数,但是一般情况下使用较少，这里暂不叙述，如有问题，可以留言提问。

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【基础】R语言1：R包的使用

调出函数library() require()内置基础包basedatabase：存放数据集utils：工具函数grDevices：绘图相关graphics：R绘图函数stats：与统计相关的函数methods...：一般定义方法和类splinesstats4tcltk试例help(package"R包名称") #查看R包详情信息library(help="R包名称")ls(package:R包名称) #列出包中所有函数...data（package=R包名称）#列出包中包含的所有数据集detach(package:R包名称) #移除R包remove.package(R包名称) #卸载R包R包批量迁移installed.package...() #显示所有已安装R包

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学习R包

R包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。...本次以dplyr为例安装和加载R包镜像设置运行这两行代码options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options...dplyr包有很多函数，为了防止dplyr包中的函数名与其他函数产生冲突，使用时前面加上“包名::”dplyr五个基础函数mutate(),新增列select(),按列筛选按列号筛选注意筛选内容与表格内容的统一...，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数函数和R包的学习方式快速查看函数帮助文档?...dplylr可以用问号连接任何想知道使用方式的函数名称找R包介绍页面（善用搜索引擎，或者找帮助）##Vignettes这个单词硬翻译会翻译成“小插图”，其实就是作者写的网页版教程，不是每个R包都有的，可以运行代码试试看

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「R」Biostrings 包

在这篇文章中，我们将学习如何操控R中的字符串，主要用的是Biostrings包。...Getting started 如果你是第一次使用，请先用以下命令安装Biostrings包： source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite...我们将通过实际操作一些Biostrings包提供的函数去熟悉它做的是什么，又是如何实现的。 Generating DNA alphabets R 提供了函数生成大写和小写的字母表。...CpG islands in real data GC含量是基因组或DNA片段中"G""C"的百分比。要计算GC含量，我们需要对"G""C"出现的次数计数，然后除以问题中涉及的字符串长度。...如果你还没有下载好bioconductor包，可以使用下面的命令： source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19

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R语言windows环境下R包的构建与.gz包的导入

大家应该很熟悉windows下的R语言，并且也知道如何安装R包。但是呢，如果对于我们这种Linux小白很好奇那些只有在Linux下才能用的包怎么能让我们在windows下体验下呢。...那么，作为神一样的R语言简直无所不能，他们开发了Rtool，这个工具不仅是为创建R包用的，同时也可以让那些以gz结尾的R包可以安装在windows环境下。...今天我们就来介绍下R语言与Rtool结合后是如何玩转R包的。...接下来将是见证奇迹的时刻了，填充好title后再次运行编译程序： ? 那么我们的R包建好了，当然R包也是gz结尾的，意味着只有Linux下是好用的。...既然这样，那么我们正好可以来试验下我们R结合Rtool的强大。直接在window是下导入我们建好的R包，不过提前声明的是如果导入Linux下的R包最好是本地导入，而不是直接在线下载，那样是不会成功的。

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R包—iGraph

这几天收到师兄的任务，熟悉iGRaph包的使用，通过查资料，外加自己的实践，在此做个简单的学习笔记。以下例子均是在R 3.0.1版本下测试的。...3,4), directed=T) > g IGRAPH D--- 4 5 -- > plot(g, layout=layout.fruchterman.reingold) 2.创建多种图形的图表...layout.fruchterman.reingold,vertex.label.dist=0.3,edge.arrow.size=0.5,vertex.color="red") 3.随机图表和优先连接的生成...plot(g, layout=layout.reingold.tilford, vertex.label=NA, vertex.size=5,vertex.color="green") 4.简单图表的算法

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学习R包

安装加载R包R包安装命令是install.packages(“包”)或者BiocManager::install(“包”)。取决于你要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor。...使用一个包，是需要先安装再加载options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror...x和y，代码x == y将把x的第一个元素与y的第一个元素进行比较，然后将x的第二个元素与y的第二个元素进行比较在代码x％in％y中，将x的第一个元素与y中的所有元素进行比较，然后将x的第二个元素与y中的所有元素进行比较...z## 1 b A## 2 e B## 3 f C5.反连接：返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join根据x与y某个共同的交集，仅显示x中与y无交集的部分，不合并y项中除非交集外的其他部分anti_join...(x = test2, y = test1, by = 'x')## x y## 1 a 1## 2 c 3## 3 d 46.简单合并在相当于base包里的cbind()函数和rbind()函数;

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R包来源及安装指定版本R包方法

说实话，自从之前好好学习了一下入门的R以后，一直没有用过R，很多东西都忘了，还是需要靠做笔记方便日后查阅。本期讲一下R包的几种来源以及安装指定版本R包的几种方法。 R包来源及安装方法 1....CRAN网站可以理解为R包的官网，凡是需要通过CRAN下载的R包，都可以通过install.packages("pkg_name")来安装。 2....Bioconductor 里面多是跟生信相关的R包，通过BiocManager::install("pkg_name")来安装。 3....安装指定版本R包复现文章或R包的更新与当前的R版本或R代码不兼容时，就需要考虑安装某个特定版本的R包了，这里列一些常见的安装指定版本R包的方法供大家参考。...源码安装在这里也许能找到你需要的R包历史版本。

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Learn R 函数和R包

> m2d=function(x){+mean(x)+2*sd(x)} #sd()是标准差不会是一个值 > m2d(rnorm(10)) [1] 1.738949 R包介绍 R包都在哪里 ####...") #ls是展示出该包中的函数 R语言中的函数（）前的是函数 [] 是取子集，一定是个数据【】里有“，”->向量或矩阵 [[]] 前的通常是个列表列表取子集 $ 数据框取子集 <-....csv的默认格式是表格； #2.记事本也可以打开； #3.sublime（适用大文件）打开 #4.R语言读取 #表格文件读到R语言中，就得到了一个数据框，对数据框进行的修改不会同步到表格文件，需重新导出...(原文件名,file="xxx.txt") #把该文件导出为名为xxx的txt格式 R语言特有的数据保存格式 #Rdata R语言中特有的数据储存格式，无法用其他软件打开 #保存的是变量（向量、...可以读取任何形式，但有问题的文件仍有问题,根据文件的后缀读取,特殊 >import() >import_list() >export() >rio::export(a,file="a.xlsx") >b

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「R」安装和使用 R 包

问题你想安装和使用一个 R 包。...方案如果你正在使用支持 R 的图形界面软件，应该存在通过菜单栏方式安装 R 包的选项（例如，常用的 Rstudio 中，可以点击菜单栏 Tools 中的 Install Packages… 进行 R...其他导入包也可以使用require()函数。下表显示了 R 包安装相关的命令及描述。...R包 remove.packages 移除一系列已安装的R包 installed.packages 将已经安装的R包更新到最新版本 setRepositories 设定当前的R包的资源库列表通过命令行安装...R 包的工具。

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【R语言在最优化中的应用】lpSolve包解决指派问题和指派问题

lpSolve 包和运输问题运输问题(transportation problem) 属于线性规划问题，可以根据模型按照线性规划的方式求解，但由于其特殊性，用常规的线性规划来求解并不是最有效的方法。...造纸厂到客户之间的单位运价如表所示，确定总运费最少的调运方案。解：总产量等于总销量，都为48 个单位，这是一个产销平衡的运输问题。R代码及运行结果如下: ?...lpSolve 包和指派问题指派问题(assignment problem) 属于0 - 1 整数规划，是一种特殊的整数规划问题。...R中，lpSolve包提供了函数lp.assign() 来求解标准指派问题，其用法如下： lp.assign(cost.mat,direction = "min", presolve = 0, compute.sens...同运输问题一样，LINGO 在解决指派问题时，也必须通过各种命令建立数据集、模型、目标函数、约束函数等，比较繁琐，相比之下，R两三句代码就可以快速解决问题，较之LINGO 软件，的确方便快捷了许多。

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