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R问题|如何本地安装R

简介 平常在各种R语言群里,总会遇到关于安装R问题,例如:搭载在github上R,由于网速(外网)原因而无法下载该怎么办?...这里小编分享下平常逼不得已才使用“下三滥”方法——直接下载,通过本地安装。 网上好多解决方案都是基于R gui,但现实中使用Rstudio这个IDE会更多些。...接下来以gmm包在Rstudio下安装为例: 教程 使用bing搜索该,找到相应网站[1]。 关键词:R名称+R,或者可以再加上CRAN。 ?...搜索技巧:R名称+R 找到Downloads板块,下载对应压缩 这里以mac为例 ?...这个方法对一些有很多依赖可能会很头疼,就怕安装完成,他还说你有其他没安装,那你只能“将错就错”了!

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R安装

2、作用:实现特定功能,你需要什么功能,安装相应R就行。说人话就是使用智能手机,需要使用微信与人聊天,你就按照微信APP,需要上腾讯视频看电视剧,你就安装腾讯视频APP。...R,使用 “BiocManager::install()来安装 (3)github网站,是R作者写,没有经过审核,使用”devtools::install_github...几乎不使用,使用时需要写明R作者,就是指明选择谁写R。...5、如何实现快速下载 如果官网速度慢,请使用镜像网站 图片 图片 官方网站CRAN网站镜像使用方法1,Bioconductor网站镜像使用方法2,方法2也适用CRAN 三、安装R会遇到问题...,要学会解决问题 图片 以上图片均引用生信技能树数据挖掘课程小洁老师课件。

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R 安装常见问题解决

导读 日常中使用R语言进行数据分析,或者画图读者,相信一定逃不过一个操作就是安装R,那么在R安装过程中,可能会出现一些问题,有时候这些问题并不是R仓库下载过程中网络和R语言本身问题,而是系统中缺失一些配置或者编译器...问题 gfortran 最近一位读者,在进行常规转录组分析时,要在R中进行差异分析,因此需要安装DESeq2这个,但是在安装过程中出现上面了这种情况,导致没有安装成功。...R在安装你所需要时,可能会需要进行编译,编译过程中,需要使用一些系统中编译器和库文件,如果缺失这些文件,就会导致安装不上,其实R中安装,出现安装问题,大多都是这个原因(不包括版本之间出现冲突情况...,再去R中重新安装即可。...★因此读者们在安装R时,如果出现安装不成功情况,一定要仔细阅读安装过程中打印出来日志,查看问题根源,在浏览器中检索,一般都有解决方案。

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R安装失败居然真的是版本问题

交流群有人询问一个(oncoPredict)安装问题,说是R版本问题,需要 大于4.1.0。 我下意识认为他应该是有其它错误,但是看大家在群里讨论热火朝天, 我就去试了试。...install.packages : installation of package ‘oncoPredict’ had non-zero exit status 虽然这次仍然是报错了,但是这个很容易解决,仅仅是缺几个依赖而已...: 生信基石之R语言 B站10个小时教学视频务必看完,参考 GitHub 仓库存放相关学习路线指导资料:https://github.com/jmzeng1314/R_bilibili ,可以参考一些优秀笔记...www.bio-info-trainee.com/4385.html 可视化专题30题:http://www.bio-info-trainee.com/4387.html 再怎么强调生物信息学数据分析学习过程计算机基础知识打磨都不为过...,我把它粗略分成基于R语言统计可视化,以及基于LinuxNGS数据处理: 《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》 《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》 把R知识点路线图搞定

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R系列——stringr

stringr是Hadley Wickham大神贡献R之一,主要用于字符串处理。对于经常需要对数据进行预处理分析人员来说,简直是一把“利器”,可谓是上能屠龙,下能剔牙。...其用法相比于R自带函数,更加简单明了。stringr包在我工作中,是属于频繁使用R之一。简单用法也是深入我心,强烈推荐使用该进行字符串预处理。...这家在读入文件时候,不会因为路径问题出错。 #根路径wd 去空格 场景:在Excel中,使用查找筛选时,字符串后面的空格往往对结果无影响,但是在R中,却会出问题,所以在匹配之前,先将空格删除。...#提取filepath 字母大小写转换 场景:在Excel中,查找匹配不区分大小写,但是在R中区分大小写,常出现在Excel中能查到到但是R中匹配不到情况,故先预处理统一大小写再做匹配。...熟练掌握后,对文本预处理简直无往不利,如丝般顺滑。该不仅仅只有以上几个函数,还有其他函数,只是工作中较少用到,所以未列举出来。可见stringr确实强大,提供了一整套字符串处理方案。

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R||R语言基础(三)_R

今天继续学习R语言基础R使用,以R:dplyr为例 数据准备 01 R安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...#务必要打引号 02 R调用/加载 library(dplyr) 或require(dplyr) #这里不用引号 部分人可能会因为镜像问题失败,解决方法https://mp.weixin.qq.com...我们这里用是dplyr,因此可以使用管道。...经过这几期R语言基础,你应该能够入门R了,渐渐也要自己去学会看帮助文档,去搜报错,还记得怎么搜命令和R帮助文档吗? ?...+命令 #搜命令帮助文档 help(package='R') #搜R帮助文档 如果你能独立处理这些问题,那么恭喜你,你R应该没问题啦! 应该没问题了!!!!吧?

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R深入解析

当我们在使用很多R时候总会有些里面的函数引发我们好奇心,总想去看看他们具体怎么实现,今天我们就来讲下如何去解析一个别人写好R。 1....我们先知道我们想去解析R名字,比如“InformationValue”。 2. 打开R语言官网R列表,然后利用浏览器检索检索下我们找位置,然后进入R详细介绍页面。 ? 3....在R详细页面我们可以看到图中标出位置,那就是R源代码文件,下载源代码问价,解压后文件结构如下图: ? 4. 接下来就是激动人心时刻了,进入R/目录,迎面而来是R语言代码文件了。 ? 5....我们首先打开主函数文件“Main.R”,然后就可以在R文件中检索我们想要主函数名称。 ? ? 6. 当然,我们有时候并不满足于看看主函数,更想深入看其子函数程序,那也是没问题,如图: ?...至此,我们便可以在R/目录下随心所欲查看R所有源程序。

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R语言入门之R安装

R语言是一个强大数据分析工具,其强大之处在于有各种各样R帮助其实现各种各样功能。...通常来说,R安装主要有四种方法,包括:1)从R语言官网上直接下载相关R并安装;2)从Bioconductor上下载R并安装;3)从Github上下载R并安装;4)手动安装R。...接下来我将和大家分享R具体安装: 1)首先获取下载R名字,比如下载metafor这个R,可以先在官网(https://www.r-project.org/)上找到这个,了解一下这个详细内容和使用说明...,github中R需要在其前面加上该所在库名,否则无法进行下载安装。...4)关于手动安装R,也是使用install.packages()函数,但是一般情况下使用较少,这里暂不叙述,如有问题,可以留言提问。

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学习R

R是多个函数集合,具有详细说明和示例。...本次以dplyr为例安装和加载R镜像设置运行这两行代码options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options...dplyr有很多函数,为了防止dplyr函数名与其他函数产生冲突,使用时前面加上“名::”dplyr五个基础函数mutate(),新增列select(),按列筛选按列号筛选注意筛选内容与表格内容统一...,而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同行数函数和R学习方式快速查看函数帮助文档?...dplylr可以用问号连接任何想知道使用方式函数名称找R介绍页面(善用搜索引擎,或者找帮助)##Vignettes这个单词硬翻译会翻译成“小插图”,其实就是作者写网页版教程,不是每个R都有的,可以运行代码试试看

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R」Biostrings

在这篇文章中,我们将学习如何操控R字符串,主要用是Biostrings。...Getting started 如果你是第一次使用,请先用以下命令安装Biostrings: source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite...我们将通过实际操作一些Biostrings提供函数去熟悉它做是什么,又是如何实现。 Generating DNA alphabets R 提供了函数生成大写和小写字母表。...CpG islands in real data GC含量是基因组或DNA片段中"G""C"百分比。要计算GC含量,我们需要对"G""C"出现次数计数,然后除以问题中涉及字符串长度。...如果你还没有下载好bioconductor,可以使用下面的命令: source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19

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R语言windows环境下R构建与.gz导入

大家应该很熟悉windows下R语言,并且也知道如何安装R。但是呢,如果对于我们这种Linux小白很好奇那些只有在Linux下才能用怎么能让我们在windows下体验下呢。...那么,作为神一样R语言简直无所不能,他们开发了Rtool,这个工具不仅是为创建R,同时也可以让那些以gz结尾R可以安装在windows环境下。...今天我们就来介绍下R语言与Rtool结合后是如何玩转R。...接下来将是见证奇迹时刻了,填充好title后再次运行编译程序: ? 那么我们R建好了,当然R也是gz结尾,意味着只有Linux下是好用。...既然这样,那么我们正好可以来试验下我们R结合Rtool强大。直接在window是下导入我们建好R,不过提前声明是如果导入Linux下R最好是本地导入,而不是直接在线下载,那样是不会成功

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学习R

安装加载RR安装命令是install.packages(“”)或者BiocManager::install(“”)。取决于你要安装存在于CRAN网站还是Biocductor。...使用一个,是需要先安装再加载options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror...x和y,代码x == y将把x第一个元素与y第一个元素进行比较,然后将x第二个元素与y第二个元素进行比较在代码x%in%y中,将x第一个元素与y中所有元素进行比较,然后将x第二个元素与y中所有元素进行比较...z## 1 b A## 2 e B## 3 f C5.反连接:返回无法与y表匹配x表所记录anti_join根据x与y某个共同交集,仅显示x中与y无交集部分,不合并y项中除非交集外其他部分anti_join...(x = test2, y = test1, by = 'x')## x y## 1 a 1## 2 c 3## 3 d 46.简单合并在相当于basecbind()函数和rbind()函数;

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R来源及安装指定版本R方法

说实话,自从之前好好学习了一下入门R以后,一直没有用过R,很多东西都忘了,还是需要靠做笔记方便日后查阅。 本期讲一下R几种来源以及安装指定版本R几种方法。 R来源及安装方法 1....CRAN网站 可以理解为R官网,凡是需要通过CRAN下载R,都可以通过install.packages("pkg_name")来安装。 2....Bioconductor 里面多是跟生信相关R,通过BiocManager::install("pkg_name")来安装。 3....安装指定版本R 复现文章或R更新与当前R版本或R代码不兼容时,就需要考虑安装某个特定版本R包了,这里列一些常见安装指定版本R方法供大家参考。...源码安装 在这里也许能找到你需要R历史版本。

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Learn R 函数和R

> m2d=function(x){+mean(x)+2*sd(x)} #sd()是标准差 不会是一个值 > m2d(rnorm(10)) [1] 1.738949 R 介绍 R都在哪里 ####...") #ls是展示出该函数 R语言中函数 ()前是函数 [] 是取子集,一定是个数据 【】里有“,”->向量或矩阵 [[]] 前通常是个列表 列表取子集 $ 数据框取子集 <-....csv默认格式是表格; #2.记事本也可以打开; #3.sublime(适用大文件)打开 #4.R语言读取 #表格文件读到R语言中,就得到了一个数据框,对数据框进行修改不会同步到表格文件,需重新导出...(原文件名,file="xxx.txt") #把该文件导出为名为xxxtxt格式 R语言特有的数据保存格式 #Rdata R语言中特有的数据储存格式,无法用其他软件打开 #保存是变量(向量、...可以读取任何形式,但有问题文件仍有问题,根据文件后缀读取,特殊 >import() >import_list() >export() >rio::export(a,file="a.xlsx") >b

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R语言在最优化中应用】lpSolve解决 指派问题和指派问题

lpSolve 和运输问题 运输问题(transportation problem) 属于线性规划问题,可以根据模型按照线性规划方式求解,但由于其特殊性,用常规线性规划来求解并不是最有效方法。...造纸厂到客户之间单位运价如表所示,确定总运费最少调运方案。 解:总产量等于总销量,都为48 个单位,这是一个产销平衡运输问题R代码及运行结果如下: ?...lpSolve 和指派问题 指派问题(assignment problem) 属于0 - 1 整数规划,是一种特殊整数规划问题。...R中,lpSolve提供了函数lp.assign() 来求解标准指派问题,其用法如下: lp.assign(cost.mat,direction = "min", presolve = 0, compute.sens...同运输问题一样,LINGO 在解决指派问题时,也必须通过各种命令建立数据集、模型、目标函数、约束函数等,比较繁琐,相比之下,R两三句代码就可以快速解决问题,较之LINGO 软件,的确方便快捷了许多。

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