1.需求说明
进行重测序或者GBS时,hapmap 是比较常见的格式,生信中经常使用这种格式。但是在GWAS和GS中,数据筛选,质控,构建矩阵都是使用的plink的格式。...,使用git将文件copy到本地,然后将里面的内容(可执行文件) copy到home下的bin文件中, 不用设置路径了。...所在的染色体和所在染色体的坐标.
1, map文件没有行头
2, map文件包括四列: 染色体, SNP名称, SNP位置, 碱基对坐标
染色体编号为数字, 未知为0
SNP名称为字符或数字, 如果不重要..., 可以是AT CG或11 12, 或者A T C G或1 1 2 2
3, 上面六列, 必须要有, 如果没有相关数据, 用0表示....每个家系有三个个体 (第二列)
第三列父本编号
第四列母本编号
第五列性别
第六列表型值
第七列, 第八列为一个基因型
第九列, 第十列为第二个基因型
第十一列, 第十二列为第三个基因型
4.