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    脚本分享—gbk文件中提取核苷酸序列以及注释信息

    脚本简介： 提取特定类型的基因功能元件序列 脚本可从 GBK 格式的注释文件中提取三类常见的功能元件序列： CDS（编码序列） rRNA（核糖体RNA） tRNA（转运RNA） 自动读取并解析 GenBank...格式文件 使用 Biopython 库的 SeqIO 模块读取 GBK 文件，自动解析注释信息和序列内容，确保提取位置准确。...可灵活用于多种基因组注释处理场景 脚本适用于细菌、病毒、原核和部分真核生物的注释信息提取，广泛用于功能基因挖掘、rRNA/tRNA 分析、下游功能注释等生物信息学流程中。...-f 提供一个对应的基因组 FASTA 文件，脚本会从中提取 feature 对应的核酸序列； 程序依赖于biopython模块，需要提前安装好； 实战演习 # 提取CDS序列以及注释信息 python...Gbk_extea_nucleotide.py -g NC_000913.gbk -t CDS -o NC_000913_cds.fnn # 提取rRNA序列以及注释信息 python Gbk_extea_nucleotide.py

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    脚本分享—gbk文件中提取蛋白质序列以及注释信息

    脚本简介： 本脚本用于从 GenBank（GBK）格式文件中提取蛋白质序列，并将结果输出为 FASTA 格式文件。...主要功能包括： 提取 CDS 区域的蛋白质序列； 可根据参数选择是否在序列标题中附加蛋白质的功能注释； 该脚本适用于基因组注释分析、蛋白质功能预测等常见生物信息学任务。...： python Gbk_extea_protein.py -h 脚本使用方法： 1）脚本准备文件如下图所示 2）注意事项 GBK文件从NCBI GeneBank数据库下载，文件中必须包含蛋白质文件；...对于基因组较大的真核生物，如人基因组，gbk文件有多个染色体组成，不包含蛋白序列文件，这样的gbk文件无法使用脚本提取蛋白质序列； 程序依赖于biopython模块，需要提前安装好； 实战演习 # 只提取蛋白质序列和蛋白质...ID python Gbk_extea_protein.py -g NC_000913.gbk -a F -o NC_000913_protein.faa # 提取蛋白质序列以及序列的注释信息 python

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    生物信息中的Python 02 | 用biopython解析序列

    3、安装Biopython，这里有两种方案： 3.1 用pip安装Biopython，在cmd命令窗口输入 下载Python的包管理工具：pip https://pypi.org/project/pip...格式文件 fa_seq = SeqIO.read("res/sequence1.fasta", "fasta") # =====获取详细的信息===== # 提取基因ID，name # Fasta...("res/sequence1.gb", "genbank") print (gb_seq) # =====获取详细的信息===== # 提取基因ID，name # gb文件中序列名包含比fasta...文件格式中的第一行 print ("description: ", gb_seq.description) # 序列信息, 这里的序列信息是以 bioPython 中的seq对象存储 print ("...) # 部分序列的注释信息,SeqFeature 对象的形式保存了features table中的所有entries（如genes和CDS等） print ("features: ", gb_seq.features

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    python操作gff格式注释文件的简单小例子

    这里借助biopython模块 参考链接是 https://biopython.org/wiki/GFF_Parsing 这里BCBio模块里GFF()函数解析的内容和Bio模块里SeqIO()函数解析的内容很像...cds和外显子的关系 cds 是 coding sequence 的缩写 具体关系看下图 来自链接 https://www.jianshu.com/p/cc5cd7053d6e ?...image.png 开头结尾的外显子区可能会比cds长 ，因为开头结尾的外显子可能包括 UTR，非翻译区 处于中间的外显子和cds等同 首先是根据gff文件获取每条染色体的长度 from BCBio import...image.png 统计每个蛋白编码基因有几个转录本 这里需要记住的是每个feature对应的还有sub_feature这个是和SeqIO解析genbank文件有差别的地方 gene对应的 sub_features...image.png 去除指定基因类型的注释文件， 比如这个例子是去除注释文件中的所有蛋白编码基因 in_handle = open("tunisia.gff",'r') fw = open("pra-

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    用 Python 玩转常用生物序列

    一、准备工作 1、获取感兴趣的基因，蛋白质，转录本等生物序列 FASTA 或 GenBank 这里举例，进入 NCBI 获取的GeneBank / FASTA 的数据格式 比如查看 POU5F1 基因...==== # 提取基因ID，name # Fasta 文件中序列名所在行的第一个词被作为 id 和 name print ("id: ", fa_seq.id) print ("name: ", fa_seq.name...gb_seq = SeqIO.read("res/sequence1.gb", "genbank") print (gb_seq) # =====获取详细的信息===== # 提取基因ID，...) # 基因 Description 是fasta文件格式中的第一行 print ("description: ", gb_seq.description) # 序列信息, 这里的序列信息是以 bioPython...", gb_seq.letter_annotations) # 部分序列的注释信息,SeqFeature 对象的形式保存了features table中的所有entries（如genes和CDS等） print

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    Biopython | 介绍和安装

    基本上，Biopython是python模块的集合，这些模块提供处理DNA，RNA和蛋白质序列操作的功能，例如DNA字符串的反向互补，寻找蛋白质序列中的基序等。...它提供了很多解析器，可以读取所有主要的遗传数据库 如GenBank，SwissPort，FASTA等，以及在python环境中运行其他流行的生物信息学软件/工具(如NCBI BLASTN，Entrez等...通过提供将生物信息学文件解析为特定格式的记录对象或序列加特征的通用类的模块，来支持解析器开发。 清除基于食谱样式的文档。 (4).....样本案例研究 让我们来看看一些用例(种群遗传学，RNA结构等)，并尝试了解Biopython在该领域如何发挥重要作用： 人口遗传学 种群遗传学是对种群内遗传变异的研究，涉及对种群中基因和等位基因频率随时间和空间变化的检查和建模...Biopython提供了用于种群遗传学的Bio.PopGen模块。该模块包含收集经典种群遗传学信息的所有必要功能。 RNA结构DNA，RNA和蛋白质是我们生活中必不可少的三个主要生物大分子。

    1.8K10

    BioPython安装与入门

    BioPython简介 Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。...一般来讲，Biopython致力于通过创造高质量的和可重复利用的模块及 类，从而使得Python在生物信息学中的应用变得更加容易。...Biopython的特点包括解析各种生物信息学格式的文件(BLAST， Clustalw， FASTA， Genbank...)，访问在线的服务器(NCBI，Expasy...)...BioPython主要功能 将生物信息学文件解析为Python可用的数据结构，包含以下支持的格式： Blast输出结果 – standalone和在线Blast Clustalw FASTA GenBank...PubMed和Medline ExPASy文件, 如Enzyme和Prosite SCOP, 包括‘dom’和‘lin’文件 UniGene SwissProt 被支持格式的文件可以通过记录来重复或者通过字典界面来索引

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    脚本分享—将GenBank格式的文件转换为GFF3格式

    小编欢乐豆又放出一个珍藏多年的脚本，2749 行的长度，长到已经难以用 GPT 解读啦，不过用起来还是很方便的！这个 perl 脚本用于将 GenBank 格式的文件转换为 GFF3 格式。...以下是我的依赖安装记录： # 修改 cpan镜像地址： vi ~/.cpan/CPAN/MyConfig.pm # 不习惯vi的话gedit也可以的，前提是安装了的 gedit ~/.cpan/CPAN...参数和用法 以下是脚本的一些主要选项和用法： perl Genbank_to_gff3.pl -h Usage: Genbank_to_gff3.pl [options] filename...--CDS is default..../E_coli.gbk.gff GBK格式，从ncbi网页上下载下来的.gb后辍的，一样可以分析的，看下下是用的正则表达式匹配的： gbk格式： 转换好的GFF3格式： head E_coli.gbk.gff

    1.4K00

    使用biopython可视化染色体和基因元件

    基因组结构元件的可视化有多种方式，比如IGV等基因组浏览器中以track为单位的展示形式，亦或以circos为代表的圈图形式，比如在细胞器基因组组装中，基因元件常用圈图形式展示，示例如下 ?...在biopython中，通过BiolGraphics子模块可以对基因组结构进行可视化，支持线性和圈图两种可视化方式。...其中，基因组结构信息存储在genebank格式的文件中，首先通过Bio.SeqIO读取结构信息，然后通过Bio.Graphics模块进行可视化。...") 接下来提取gb文件中的feature信息，构建用于绘图的数据结构，代码如下 >>> gd_diagram = GenomeDiagram.Diagram("Yersinia pestis biovar...相比circos,biopython的track可能没有那么多种丰富的表现形式，但是也有其独特性。

    1.4K20

    使用biopython处理序列数据

    序列是基因组学数据的基本单位，对于序列先关信息的存储，有以下两种常用的文件格式 1. fasta 2. genebank 通过biopython, 我们可以方便的读取这些格式的文件，并提取其中的信息。...Bio.SeqIO 其中Bio.Seq表示最原始的序列对象，是最核心的模块，提供了序列的格式化，反向互补，碱基计数等基本功能；Bio.SeqRecord表示序列记录，在序列对象的基础上，进一步添加了序列的...Seq('ATCGTACGATCT') >>> my_seq Seq('ATCGTACGATCT') 在该模块中，为序列对象提供了python字符的基础操作，比如比较，大小写转换，切片，切分，连接， 格式化等操作...", "fasta") write方法提供了输出功能，将序列对象输出到指定格式的文件中，针对格式转换这一常见场景，用法如下 >>> count = SeqIO.convert("input.gb",..."genbank", "out.fasta", "fasta") 以上3个子模块层层渐进，构建了biopython处理序列数据的完整生态，对于使用者而言，通过简单的几句代码，就可以完成基本的序列操作，对于开发者而言

    1.6K20

    脚本分享—从GeneBank数据库批量下载序列

    小伙伴们大家好，我是小编豆豆，好久没有给大家分享使用的脚本了，最近小编在一直在忙着16s整理数据库，需要下载大量物种的16s rRNA序列。...提到下载生物序列，大家第一时间就会想到NCBI GeneBank数据库，虽然我们可以使用浏览器从GeneBank数据库上下载序列及其注释信息，但是效率低下，对于几条和十几条序列大多人还是可以接受的，一旦序列增至成百上千条...安装python模块 # 使用pip安装 pip install biopython 查看脚本帮助文档 python Download_genbank_file.py -h usage: Download_genbank_file.py...文件为fasta序列文件，结果如图： 2.genbank_annotation.tsv文件为序列注释文件，结果如图所示： 3.download_erro_genbank_accession.tsv如果提供序列的登录号在...GeneBank中没有，则将这个登录号输出到这个文件中，方便使用浏览器进行校验，如图所示：

    1.3K10

    生物信息之多序列比对，进化树分析，保守位点分析

    3、点击Genbank ?...4、如图所示可以下载到fasta格式的序列，注意这里下载的是基因或者蛋白质的全序列 如果你有一定的Python编程基础，可以查看这篇文章来批量下载大量基因序列：生物信息中的Python 04 | 批量下载基因与文献...当然，你也可以直接用CDS，各种基因元件来做进化树。 如果你有编程基础，可以参考这篇从 Genbank 文件中提取 CDS 等其他特征序列 来提取基因特征序列。...这里提供一种提取基因启动子区域的方法 假如你希望得到promoter的基因，可以在如图所示的位置输入起始位点和终止位点 一般promoter的位点不确定，可以通过将起始位点左右2kb基因视为promoter...4、跑出来的结果需要编辑第一列只留下物种名，序列去掉5’,3’端的空序列（因为要比对序列同源性，最好把显示 - 的序列去掉，使多序列的两端整齐，类似矩阵） ?

    7.5K32

    序列工具使用中所涉及的基础知识

    跟序列的Accession number是没有关联。在GenBank数据中，核苷酸序列的GI number放在Version的区域。...核酸序列的Version区，由两个字母，接着6位数字，再一点，后面跟着版本号。（旧的记录是一个字母，5位数字，一点，再版本号）蛋白序列的Version区，三个字母，5位数字，一点，版本号。...（注，这是原文的说法，但好像不是太准确，这可能是旧的记录。我觉得是二个字母，6位数字，版本号。...“.”代替 3. type:注释信息的类型，比如Gene、cDNA、mRNA、CDS等; 4. start: 该基因或转录本在参考序列上的起始位置；(从1开始，包含); 5. end: 该基因或转录本在参考序列上的终止位置...(对于编码蛋白质的CDS来说，本列指定下一个密码子开始的位置。每3个核苷酸翻译一个氨基酸，从0开始，CDS的起始位置，除以3，余数就是这个值，表示到达下一个密码子需要跳过的碱基个数。

    2.6K30

    脚本分享—根据序列ID从fasta文件提取特定的序列

    脚本简介： 本脚本旨在根据指定ID从FASTA文件中提取对应的序列，并输出为新的FASTA格式。...是一个常用的序列筛选工具，适用于各种生物信息学数据处理场景 主要用途： 快速从FASTA文件中提取多个特定ID的序列； 使用 -i 参数直接输入多个ID； 或使用 -l 参数指定一个ID列表文件。...支持FASTA压缩格式（.gz）自动识别，无需手动解压； 可选输出到文件（使用 -o），否则默认打印到终端，也可以使用>重定向到文件中； 支持是否保留原FASTA注释（description），用于记录更详细的序列信息...应用场景： 从基因组或宏基因组拼装结果中提取特定contig或scoffold； 根据功能注释或聚类结果筛选目标ORF序列； 准备用于BLAST比对或结构预测的目标蛋白序列； 批量提取候选基因用于二次注释或序列比对...-i gene_00001 gene_00004 gene_00006 # 如果提取的序列较多，可以将待提取的ID存入文件中，每一行是一个序列id python Extract_fasta_by_id.py

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