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Nat. Commun. | 用于加速发现抗生素抗性基因的知识整合和决策支持

今天介绍一篇美国加州大学戴维斯分校研究团队在nature communications发表的一篇论文“Knowledge integration and decision support for accelerated discovery of antibiotic resistance genes”。本文提出了一个知识集成和决策支持的框架(KIDS),通过知识图谱的构建、数据不一致性的消除和迭代链接的预测来实现自动化的知识发现。本文综合10个公开数据源的知识,构建了一个大肠杆菌抗生素耐药性知识图谱,包含来自23种三元组类型的651,758个关联关系。作者对图进行迭代链接预测,并对生成的假设进行湿式验证,发现了15个抗生素耐药的大肠杆菌基因,其中6个基因从未被报道与微生物的抗生素耐药性有关。阳性结果的概率与实验验证的结果高度相关。此外,在肠道沙门氏菌(Salmonella enterica)中发现了5个同源物,它们都被验证对抗生素有抗性。这项工作展示了证据驱动的决策能以更高的置信度和更快的速度实现自动化的知识发现,从而取代传统的耗时且昂贵的方法。

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系统架构师论文-论基于构件的软件开发(测井资料处理与解释集成软件)

去年初,单位承担了新立的“测井资料处理与解释集成软件"项目,目的是集成目前国内零敬的测井解释方法,我有幸参加该项目,并负责软件系统平台设计和部分开发工作,在项目的实施过程中,我充分进行基于构件的软件开发,复用成熟的商业构件和本单位的构件资源库,同时考虑了本项目开发资源的进一歩复用,形成了绘制组件包,数据交换组件和数值计算组件包等。基于构件开发,大大提高了软件的质量,缩短软件的开发周期。开发的软件目前在石油测井几个油田现场使用,并得到用户的好评。本文就在本项目中如何进行基于构件开发进行描述,并在复用构件的使用和丰富方面谈一些自己看法。

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CMOS图像传感器基础知识和参数理解「建议收藏」

CMOS图像传感器的工作原理:每一个 CMOS 像素都包括感光二极管(Photodiode)、浮动式扩散层(Floating diffusion layer)、传输电极门 (Transfer gate)、起放大作用的MOSFET、起像素选择开关作用的M0SFET.在 CMOS 的曝光阶段,感光二极管完成光电转换,产生信号电荷,曝光结束后,传输电极门打开,信号电荷被传送到浮动式扩散层,由起放大作用的MOSFET电极门来拾取,电荷信号转换为电压信号。所以这样的 CMOS 也就完成了光电转换、电荷电压转换、模拟数字转换的三大作用,通过它我们就能把光信号转化为电信号,最终得到数字信号被计算机读取,这样,我们就已经拥有了记录光线明暗的能力,但这还不够,因为我们需要色彩。现代彩色CMOS 的原理也很简单,直接在黑白图像传感器的基础上增加色彩滤波阵列(CFA),从而实现从黑白到彩色的成像。很著名的一种设计就是Bayer CFA(拜耳色彩滤波阵列)。一个很有趣的事就是,我们用来记录光影的 CMOS, 和我们用来输出光影的显示器,原理也刚好是向相反的,CMOS 把光转化为电信号最后以数字格式记录,显示器把解码的数字格式从电信号重新转化为光。光电之间的转换也就构成了我们人类数字影像的基础。

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