写在开头 相信大家对富集分析都很熟悉，但是对富集分析结果的美化却永无止境。 今天我们介绍Y叔系列中enrichplot包的cnetplot函数。...除了标准的富集分析结果，cnetplot() 函数也支持基因集富集分析 (GSEA) 的结果展示，并仅显示核心富集基因。...]edo <- enrichDGN(de);head(edo) cnetplot函数小试牛刀，先画barplot看看 barplot，此函数只能对接enrichResult对象，所以GSEA的结果它是画不出来的...，barplot用于展示最重要的或者你感兴趣的条目的富集结果，比如富集到的基因个数、条目名字，P值等信息。...参数： x：包含富集分析结果的 R 对象。 foldChange：基因的表达量变化值。 colorEdge：是否根据富集术语对边进行着色。 category：类别节点的颜色。
前面已经铺垫了超多caret的基础知识，所以下面就是具体的实战演示了。...今天给大家演示下caret做决策树的例子，但其实并不是很好用，还不如之前介绍的直接使用rpart，或者tidymodels，mlr3。...加载数据和R包 library(caret) library(modeldata) str(penguins) ## tibble [344 × 7] (S3: tbl_df/tbl/data.frame...预处理 做个简单的预处理，连续性变量中心化，分类变量设置哑变量。预处理这部分不如tidymodels好用。...建立模型 caret是可以调用rpart包实现决策树的，但是只支持一个超参数cp，感觉不如之前介绍的好用： 以决策树为例演示超参数调优的基本方法(上) 以决策树为例演示超参数调优的基本方法(下) # 设定种子数
我们尝试利用机器学习中的随机森林算法预测下，是否存在某些指标或指标组合可以预测阅读后关注人数。 数据格式和读入数据 数据集包括1588篇文章的9个统计指标。...randomForest # 查看源码 # randomForest:::randomForest.default 加载包之后，直接分析一下，看到结果再调参。...（实际上面的输出中也已经有体现了），8个重要的变量，0个可能重要的变量 (tentative variable, 重要性得分与最好的影子变量得分无统计差异)，1个不重要的变量。...文字能说清的用文字、图片能展示的用、描述不清的用公式、公式还不清楚的写个简单代码，一步步理清各个环节和概念。 再到成熟代码应用、模型调参、模型比较、模型评估，学习整个机器学习需要用到的知识和技能。...这也太赞了吧 基于Caret和RandomForest包进行随机森林分析的一般步骤 （1） Caret模型训练和调参更多参数解读(2) 基于Caret进行随机森林随机调参的4种方式 机器学习第17篇 -
但是由此带来的问题就是它占用更多的磁盘空间 Snap的安装包扩展名是.snap，类似于一个容器，它包含一个应用程序需要用到的所有文件和库（snap包包含一个私有的root文件系统，里面包含了依赖的软件包...现在支持snap的应用并不多，snap软件包一般安装在/snap目录下 一些常用的命令 其实使用snap包很简单，下面我来介绍一下一些常用的命令 sudo snap list 列出已经安装的snap包...snap remove 删除一个snap包 简单的使用 下面我就安装一个编辑器来演示怎么安装删除一个软件包 首先我想安装hello-world 那么先找一下有没有hello-world...，之后再次安装这个包的时候就报了一个错误 error: cannot install "douban-fm": snap "core" has changes in progress 解决方式很简单...douban-fm" snap 6 Doing 2017-11-15T03:34:27Z - Install "douban-fm" snap 没错install douban-fm还在doing中，
本文使用Boruta包，它使用随机森林分类算法，测量每个特征的重要行（z score)。 2....使用caret包 使用递归特征消除法，rfe参数 x，预测变量的矩阵或数据框 y，输出结果向量（数值型或因子型） sizes，用于测试的特定子集大小的整型向量 rfeControl，用于指定预测模型和方法的一系列选项...Caret R包提供findCorrelation函数，分析特征的关联矩阵，移除冗余特征 [python] view plain copy set.seed(7) # load the library...一些模型，诸如决策树，内建有特征重要性的获取机制。另一些模型，每个特征重要性利用ROC曲线分析获取。...随机森林算法用于每一轮迭代中评估模型的方法。该算法用于探索所有可能的特征子集。从图中可以看出当使用4个特征时即可获取与最高性能相差无几的结果。
在编写 PHP 应用时经常需要处理日期和时间，这篇文章带你了解一下 Carbon – 继承自 PHP DateTime 类的 API 扩展，它使得处理日期和时间更加简单。...Laravel 中默认使用的时间处理类就是 Carbon。...1 安装 通过 Composer 来安装 Carbon： composer require nesbot/carbon PS：由于 Laravel 项目已默认安装了此包，所以不需要再次执行上面的命令。...如果你不指定参数，它会使用 PHP 配置中的时区： <?php echo Carbon::now(); //2016-10-14 20:21:20 ?...（结果为 Carbon 类型的日期时间对象）： echo Carbon::parse('2016-10-15')->toDateTimeString(); //2016-10-15 00:00:00 echo
包 使用 Caret R 包比较模型并选择最佳方案 在 R 中比较机器学习算法 R 中的凸优化 使用可视化更好地理解你在 R 中的数据（今天你可以使用的 10 个秘籍） 将 Caret R 包用于数据可视化...使用描述性统计更好地理解你的 R 数据 如何用 R 评估机器学习算法 使用 caret 包选择特征 在 R 中保存并最终确定您的机器学习模型 如何在 R 中开始机器学习（一个周末内获得结果） 如何使用...Caret 包估计 R 中的模型准确率 如何在 R 中入门机器学习算法 如何在 R 中加载机器学习数据 如何将 R 用于机器学习 R 中的线性分类 R 中的线性回归 R 中的机器学习数据集（你现在可以使用的...10 个数据集） 如何在 R 中构建机器学习算法的集成 R 中的机器学习评估指标 R 中的第一个机器学习逐步项目 R 中的机器学习项目模板 R 中的决策树非线性分类 R 中的非线性分类 R 中的决策树非线性回归...R 中的机器学习算法（随机森林案例研究） 使用 Caret 包调整机器学习模型 将 R 用于机器学习 什么是 R Machine Learning Mastery Weka 教程 Weka 机器学习迷你课程
特征选择是实用机器学习的重要一步，一般数据集都带有太多的特征用于模型构建，如何找出有用特征是值得关注的内容。...使用caret包,使用递归特征消除法，rfe参数:x，预测变量的矩阵或数据框,y，输出结果向量（数值型或因子型）,sizes，用于测试的特定子集大小的整型向量,rfeControl，用于指定预测模型和方法的一系列选项...set.seed(1234) library(mlbench) library(caret) data(PimaIndiansDiabetes) Matrix <- PimaIndiansDiabetes...一些模型，诸如决策树，内建有特征重要性的获取机制。另一些模型，每个特征重要性利用ROC曲线分析获取。...随机森林算法用于每一轮迭代中评估模型的方法。该算法用于探索所有可能的特征子集。从图中可以看出当使用5个特征时即可获取与最高性能相差无几的结果。
Restecg：静息心电图结果，取值0：正常，取值1：ST-T波异常，取值2：根据Estes标准显示可能或明确的左室肥厚。 Thalach：达到的最高心率（每分钟心跳数）。...此外，患者的中位年龄为56岁，最年轻和最年长的患者分别为29岁和77岁。可以从图表中观察到，患有心脏病的人的中位年龄小于健康人。此外，患心脏病的患者的分布略微倾斜。...它以四个不同的指标来总结模型对样本的分类结果：真阳性（True Positive, TP）、真阴性（True Negative, TN）、假阳性（False Positive, FP）和假阴性（False...语言实现贝叶斯分位数回归、lasso和自适应lasso贝叶斯分位数回归分析 Python用PyMC3实现贝叶斯线性回归模型 R语言用WinBUGS 软件对学术能力测验建立层次（分层）贝叶斯模型 R语言Gibbs抽样的贝叶斯简单线性回归仿真分析...采样算法自适应贝叶斯估计与可视化 R语言随机搜索变量选择SSVS估计贝叶斯向量自回归（BVAR）模型 WinBUGS对多元随机波动率模型：贝叶斯估计与模型比较 R语言实现MCMC中的Metropolis–Hastings
它用不同的权重将基学习器进行线性组合，使表现优秀的学习器得到重用。在 R语言中gbm包 就是用来实现一般提升方法的扩展包。根据基学习器、损失函数和优化方法的不同，提升方法也有各种不同的形式。...在每一步训练后，增加错误学习样本的权重，这使得某些样本的重要性凸显出来，在进行了N次迭代后，将会得到N个简单的学习器。最后将它们组合起来得到一个最终的模型。...在gbm包中，采用的是决策树作为基学习器，重要的参数设置如下： 损失函数的形式(distribution) 迭代次数(n.trees) 学习速率(shrinkage) 再抽样比率(bag.fraction...gbm作者的经验法则是设置shrinkage参数在0.01-0.001之间，而n.trees参数在3000-10000之间。 下面我们用mlbench包中的数据集来看一下gbm包的使用。...# 用caret包观察预测精度library(caret)data <- PimaIndiansDiabetes2fitControl <- trainControl(method = "cv", number
在很多决策应用中，分类模型代表着一个“不成熟”的决定，它组合了预测模型和决策制定，但剥夺了决策者对错误决定带来的损失的控制权 (如随机森林中的服从大多数原则，51棵树预测结果为患病49棵树预测结果为正常与...然后，他们必须以某种不明确的方式构造分类器，以弥补训练集中样本组成的偏差。很简单，一个基于发病率为1/2的情况训练的模型将不能应用于发病率为1/1000的新数据的预测。...文字能说清的用文字、图片能展示的用、描述不清的用公式、公式还不清楚的写个简单代码，一步步理清各个环节和概念。 再到成熟代码应用、模型调参、模型比较、模型评估，学习整个机器学习需要用到的知识和技能。...一图感受各种机器学习算法 机器学习算法 - 随机森林之决策树初探（1） 机器学习算法-随机森林之决策树R 代码从头暴力实现（2） 机器学习算法-随机森林之决策树R 代码从头暴力实现（3） 机器学习算法-...这也太赞了吧 基于Caret和RandomForest包进行随机森林分析的一般步骤 （1） Caret模型训练和调参更多参数解读(2) 基于Caret进行随机森林随机调参的4种方式 机器学习第17篇 -
这样更方便提取每个变量，且易于把模型中的x,y放到一个矩阵中。 样本表和表达表中的样本顺序对齐一致也是需要确保的一个操作。...randomForest # 查看源码 # randomForest:::randomForest.default 加载包之后，直接分析一下，看到结果再调参。...文字能说清的用文字、图片能展示的用、描述不清的用公式、公式还不清楚的写个简单代码，一步步理清各个环节和概念。 再到成熟代码应用、模型调参、模型比较、模型评估，学习整个机器学习需要用到的知识和技能。...一图感受各种机器学习算法 机器学习算法 - 随机森林之决策树初探（1） 机器学习算法-随机森林之决策树R 代码从头暴力实现（2） 机器学习算法-随机森林之决策树R 代码从头暴力实现（3） 机器学习算法-...这也太赞了吧 基于Caret和RandomForest包进行随机森林分析的一般步骤 （1） Caret模型训练和调参更多参数解读(2) 基于Caret进行随机森林随机调参的4种方式 机器学习第17篇 -
0, 0]]) #转化为我们想要的A，将特征定为 axis=0 A = A.T A array([[2, 1, 0], [4, 3, 0]]) 调用 Numpy中的奇异值分解API： #奇异值分解...np.linalg.svd(A) 得到的结果为三个数组 U*Sigma*V转置 (array([[-0.40455358, -0.9145143 ], [-0.9145143 , 0.40455358...简单总结下，重点介绍了奇异值分解法压缩矩阵的原理，和一个实际的例子，最后实战介绍了PCA的实际应用。...前面介绍了决策树的原理和例子解析，明天，基于次，再介绍一种经典的机器学习集成算法，XGBoost，它可是中国的科学家发明的。...14 机器学习：对决策树剪枝 15 机器学习决策树：sklearn分类和回归 16 机器学习决策树：提炼出分类器算法 17 机器学习：说说贝叶斯分类 18 朴素贝叶斯分类器：例子解释 19 朴素贝叶斯分类
准备训练和测试数据集 一上来就发现，数据集找不到，搜索一番，终于在另外一个包找到了数据集。...ＣＰ是成本复杂度参数．决策树算法的不足是容易产生偏差和过度适应问题，条件推理树可以克服偏差，过度适应可以借助随机森林方法或树的修剪来解决。...同样对非独立变量来实现对数据的递归划分处理。不同在于，条件推理树选择分裂变量的依据是显著性测量的结果，而不是信息最大化方法，rpart里使用了基尼系数，这个不是表征贫富差距的。...字符类型数据要先处理成整型，k=3分配到最近3个簇中。kknn包可以提供带权重的k邻近算法、回归和聚类。...朴素由叶斯算法假设特征变量都是条件独立的，优势相对简单，应用直接，适合训练数据集规模树比较小，可能存在缺失或者数据噪音的情况。不足在于上面的条件相互独立和同等重要，在实际世界中很难实现。
异常值 异常值（outlier）是指一组测定值中与平均值的偏差超过两倍标准差的测定值，与平均值的偏差超过三倍标准差的测定值，称为高度异常的异常值。...异常值分析 异常值分析是检验数据是否有录入错误以及含有不合常理的数据； 异常值是指样本中的个别值,其数据明显偏离其余的观测值。异常值也称为离群点,异常值的分析也称为离群点分析。...含量的差值，就是这个数减去上面的数，画下图来看看是否在0的附近 导入包 import numpy as np import matplotlib as mpl import pandas as pd import...abnormal 预测正确的数据 采用的集成决策树的方法 plt.figure(figsize=(11, 5), facecolor='w') plt.subplot(131) plt.plot(x,..., ls=':', color='#404040') plt.subplot(132) t = np.arange(N) plt.plot(t, x, 'r-', lw=1, label='原始数据'
算法 特征提取 TF-IDF(词频——逆文档频率)使用用来从文本文档（例如网页）中生成特向量的简单方法。...MLlib用两个算法来计算TF-IDF:Hashing和IDF，都在mllib.feature包内。 缩放，大多数要考虑特征向量中各元素的幅值，并且在特征缩放调整为平等对待时表现最好。...监督学习是指算法尝试使用有标签的训练数据根据对象的特征预测结果。 在分类中，预测出的变量是离散的。 在回归中，预测出的变量是连续的。...MLlib中包含许多分类与回归算法：如简单的线性算法以及决策树和森林算法。 聚类 聚类算法是一种无监督学习任务，用于将对象分到具有高度相似性的聚类中。...要计算这种映射，我们要构建出正规化的相关矩阵，并使用这个矩阵的奇异向量和奇异值。 与最大的一部分奇异值相对应的奇异向量可以用来重建原始数据的主要成分。
之前已经给大家介绍了临床预测模型和机器学习中特征选择(变量选择)常见的方法分类： 机器学习中的特征选择(变量筛选)方法简介 今天就给大家演示过滤法在caret中的实现。...举个简单的例子，假如你的结果变量是二分类，自变量是数值型，那么对于每一个自变量，我们都可以以结果变量为分组变量，对自变量做方差分析，如果一个自变量在两个类别（也就是两个组别）中没有统计学差异，那这个变量就可以删掉了...类似的还有t检验、卡方检验、等等，这些方法的选择在这里主要是根据预测变量和结果变量的类型。...除此之外，还有其他一些过滤法，这些都在之前的推文中有介绍：机器学习中的特征选择(变量筛选)方法简介 在caret中通过sbf函数实现交叉验证的过滤法。...以上就是caret中过滤法简单的演示，更多的使用方法大家自己探索，但是说实话不是很好用......
一个原因应该是样本不平衡导致的。DLBCL组的样品数目约为FL组的3倍。不通过建模而只是盲猜结果为DLBCL即可获得75%的正确率。而FL组的预测准确率却很低。...不平衡样本的模型构建中的影响主要体现在2个地方： 随机采样构建决策树时会有较大概率只拿到了样品多的分类，这些树将没有能力预测样品少的分类，从而构成无意义的决策树。...在决策树的每个分子节点所做的决策会倾向于整体分类纯度，因此样品少的分类对结果的贡献和影响少。...，它们相当于把决策阈值推向了ROC曲线中的”最优位置” (这在Boruta特征变量筛选部分有讲)。...基于模拟数据的样本不平衡处理 这里先通过一套模拟数据熟悉下处理流程，再应用于真实数据。采用caret包的twoClassSim函数生成包含20个有意义变量和10个噪音变量的数据集。
用gbm包实现随机梯度提升算法 自适应提升方法AdaBoost 它是一种传统而重要的Boost算法，在学习时为每一个样本赋上一个权重，初始时各样本权重一样。...在每一步训练后，增加错误学习样本的权重，这使得某些样本的重要性凸显出来，在进行了N次迭代后，将会得到N个简单的学习器。最后将它们组合起来得到一个最终的模型。...在gbm包中，采用的是决策树作为基学习器，重要的参数设置如下： 损失函数的形式(distribution) 迭代次数(n.trees) 学习速率(shrinkage) 再抽样比率(bag.fraction...) 决策树的深度(interaction.depth) 损失函数的形式容易设定，分类问题一般选择bernoulli分布，而回归问题可以选择gaussian分布。...summary(model,best.iter) # 变量的边际效应 plot.gbm(model,1,best.iter) library(caret) data <- na.omit(PimaIndiansDiabetes2
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