=RNAseq CONDA_EXE=/home/chens/anaconda3/bin/conda CONDA_PREFIX=/home/chens.../anaconda3/envs/RNAseq CONDA_PREFIX_1=/home/chens/anaconda3 CONDA_PREFIX_2=/home...=(RNAseq) CONDA_PYTHON_EXE=/home/chens/anaconda3/bin/python CONDA_ROOT=/home/...Example: CONDA_NO_PLUGINS=true conda install Upload did not complete....解决办法： 清除conda缓存：有时候，conda的缓存文件可能会损坏。运行以下命令来清除缓存： conda clean --all 重新创建环境
下边讲解linux下的安装 创建 condarc.mirror文件 channels: - conda-forge - bioconda - defaults show_channel_urls...--set show_channel_urls yes # 执行完上述命令后，会在Users目录生成.condarc 环境管理 查看所有环境 conda env list 新建环境 conda create...package管理 列出 package conda list 列出指定环境中的所有软件包 conda list -n myenv 安装 package pip install xxxx 或者 conda...conda env export > environment.yaml 清除缓存 删除索引缓存、锁定文件、未使用的缓存包和tarball(压缩包). conda clean -a 环境的复制 注意：yaml...的方式，很消耗资源，系统配置至少要2核4G以上，且yaml的 package不能过多，否则会被 killed 1、导出环境 conda env export > environment.yaml 文件内容示例
Conda Conda的安装格式对于不同的软件包是不一致的。...虽然可以在conda的虚拟环境中使用pip来解决软件包的限制，但conda不能跟踪用pip安装的依赖关系。...这有助于在不同的系统或不同的时间点上重新创建相同的环境，确保具有相同依赖关系的开发人员之间的协作。 Conda 为了在Conda环境中保存依赖关系，需要手动将它们写入一个文件中。...# 创建并激活一个虚拟环境 $ conda env create -n env $ conda activate env # 列出当前环境中的软件包 $ conda list ... pandas 2.0...Conda Conda本质上并不支持不同环境下的独立依赖，但一个变通方法是创建两个环境文件：一个用于开发环境，一个用于生产环境。开发文件包含了生产和开发的依赖关系。
另： 博客撰写以windows操作系统为基础（囊中羞涩），后续有Money后，会更新其他系统的操作。...列出虚拟环境路径 pipenv --py 列出虚拟环境的Python可执行文件 pipenv install 创建虚拟环境 pipenv...其使用 conda 创建环境，以便分隔使用不同 Python 版本和不同程序包的项目。...pip在系统自带Python中，包的**更新/回退版本/卸载将影响其他程序；而conda不会影响系统自带Python。...安装 此处跳过安装anaconda，如有需要可参考anaconda安装、介绍、使用 使用 验证conda已被安装 conda --version 创建新环境 conda create --name
(windows环境也是类似的） 1.2 查看python虚拟环境 python与其它语言不同的地方，它可以在机器上创建不同的所谓『环境』，不同的环境之间相互隔离(即：本环境下安装的软件及版本，跟另1个环境没任何关系...安装好anaconda后，默认会创建1个名为base的环境，也可以用以下命令查看当前所有环境： conda info --env 如上图，我本机有2个环境：base, pytorch 环境之间也可以切换...，比如我想切换到pytorch环境，可以用 conda activate pytorch 如果在mac上，切换完成后，提示符会有所变化： 另外还有一些关于环境的常用命令： conda info --env...列出所有环境 conda remove -n myenv -all 删除指定环境myenv conda create -n myenv1 python=3.6 创建环境myenv1，且指定该环境使用python...但很多新手可能会发现，pycharm安装好以后不识别conda环境 pycharm中创建python项目时，如果象上图一样，interpreter里是空的，点击最右侧的...按钮， 在Add Python
PyTorch环境的配置和安装 conda常用命令 一、conda命令 conda 命令可以用来： 创建新的 conda 环境。 在现有的 conda 环境中安装/升级包。...conda 环境，假设我们的环境名称为 my_env conda create -n my_env 创建完成后，我们使用如下命令进入该环境 conda activate my_env 此时命令行前面多了一个...使用 conda list 命令来查看该环境下都安装了哪些包。 因为我们并没有在创建环境的时候安装包，所以结果自然是什么都没有。...如果要退出该环境，只需执行 conda deactivate 注意： 我们只能退到基环境，在基环境下继续退出依然在基环境。...只列出当前环境的所有包，若要列出其他环境的包，例如列出 my_env 下的所有包，只需执行： conda list -n my_env 若要列出 my_env 中与 numpy 相关的包（准确地来说是含有
如果你使用conda，你已经可以利用许多非Python包;以下命令将列出您环境中的那些： $ conda search –canonical | grep -v ‘py\d\d’ 在我的系统上，有350...他做了一个很好的演讲，在软件分发的“未解决问题”的背景下具体讨论了pip和conda，并提到了具有适合特定用户需求的多种分发方式的价值。...您甚至可以在conda环境文件中显式地列出pip包，这意味着完整的软件堆栈可以从单个环境元数据文件完全重现。...如果你想避免这些困难，一个更好的想法是pip安装conda，然后创建一个新的conda环境中安装conda包。...例如，目前大多数Python包可以通过几个步骤加载到conda-forge： 在网络上的某个地方发布公共代码版本（在github，bitbucket，PyPI等） 创建指向此代码并列出依赖关系的配方/元数据文件
安装 Python 3.7 # conda 创建一个名为 python37 的环境 conda create --name python37 python=3.7 --name 可简写为 -n 注意:...# 其实 --name 只是指定一个在 Jupyter 的 display_name 而已，一定要确保当前已切换到 python37 环境 # 调用的是 python ，而 python 具体调用谁...取决于 当前处于哪个环境 python -m ipykernel install --name python37 注意：不是下方这句, 下方是为 单独用户安装，配置文件路径不一致 并且 你需要将哪个环境的...python 添加到 Jupyter 中，就要切换到哪个环境，再执行 此条语句将 ipykernel 指向当前环境 且 注册到 Jupyter 中 执行上方后,就会导致下图所示，解决：将其修改为默认的路径即可...--name environmentName > environment.yml # 使用环境方式1: 根据此文件 创建环境 conda env export > environment.yml
开发环境配置与项目创建 在开始菜单栏里面有之前安装好的conda，运行Anaconda Powershell Prompt。...至此我们创建了一个指定版本的Python编译环境。 3.2 PyCharm创建项目 如图。 项目创建完成后，打开窗口的右下角显示了当前所用Python版本和编译环境名称。...在项目开发时，不同的项目可能需要不同版本的Python，或者需要在同一版本Python中添加不同组合的扩展依赖包，因此需要创建多个编译环境。...执行指令后， (testenv) 表明我们已经切换到了指定编译环境。...退出： conda deactivate 列出全部编译环境 conda info -e 下载python扩展包 Python Package Index 提供扩展包的下载指令。
软件安装 PathSeq是目前集成于GATK包之中，其运行基于Unix环境 ①检查Java版本 从版本 3.6 开始，GATK 需要 Java 运行时环境版本 1.8 (Java 8)。...使用conda安装后运行命令可以避免自己直接书写Java命令） conda install -c bioconda gatk4 ③安装samtools 在conda环境中要单独安装samtools，建议仍是...并添加读取组信息 FastqToSam函数的文档： Tool documentation 官方示例： java -Xmx8G -jar picard.jar FastqToSam \ #目前该函数已经集成在conda...samtools faidx ref.fasta # 环境中应自己安装samtools，该函数未集成于GATK 这会生成一个名为 ref.fasta.fai 的文本文件，其中每个 FASTA 重叠群每行一条记录...如果存在其他物种，它们的读取计数将被列出并添加到其相应的祖先分类类别中。
--help conda remove -h conda remove --help ... 3、环境管理 （1）列出当前所有环境： conda env list conda info --envs...或 conda info -e （2）创建一个环境： conda create --name env_name 或 conda create -n env_name （3）创建制定python版本的环境...=3.6 （4）创建包含某些包的环境： conda create -n env_name scrapy numpy （5）创建指定python版本下包含某些包的环境： conda create -n env_name...第三步：其他人拿到environment.yml文件后，将该文件放到工作目录下，可以通过以下命令用该文件创建环境 conda env create -f environment.yml 5、包管理 （...1）列出当前环境下的所有包： conda list （2）列出一个非当前环境下的所有包： conda list -n other_env_name （3）在当前环境下安装某个包： conda install
问题 一般在服务器上进行环境安装的时候有多种方式，比如docker, conda等。conda肯使用起来更加简便，docker更适合服务器部署的时候使用。...本文记录在使用conda时候出现的问题，jupter notebook中的环境不一致导致的。...首先conda创建环境 conda create -n xxxx python=3.7.4 将环境添加到jupter中 python -m ipykernel instal --name xxxx -...-user 在notebook中使用该kernel并进行相应的导入该环境下装好的包，发现有问题，明明在conda中装好的包，在notebook中import的时候提示该mudule不存在。...假如你的jupter notebook的python版本与你创建的环境的python版本不一致的时候就会出现问题，可以通过更换Jupyter Notebook内核的Python版本解决这个问题。
可以使用Get-ExecutionPolicy确认是否修改成功 修改成功后 Anaconda Prompt 查看帮助 conda conda -h conda –-help 查看版本 conda...add envs_dirs E:\Software\anaconda3\envs create 查看帮助 conda create -h 创建环境 ①创建名为robot的python3.8虚拟环境 conda...查看帮助 install 查看帮助 list 查看帮助 列出当前环境中的所有软件包 conda list 列出安装到环境“robot”中的所有包 conda list -n robot #...根据名称 conda list -p E:\Software\anaconda3\envs\robot #根据路径 使用“^”列出所有以字母“p”开头的包 conda list ^p 将安装的包导出为文件...conda list --export > requirements.txt 默认存储在如下位置： 从导出文件重新安装软件包 conda create -n robot3 –-file=C:\Users
conda 支持Python、R、Java、JavaScript、C等多种开发语言的包、依赖和环境管理工具，能运行在Windows、MacOS、Linux多个平台，可以在本地轻松创建、保存、切换环境。...py 可以打开默认的 python 提示符； py -2.7 和 py -3 打开对应的 Python 版本，py -0将列出系统中安装了哪些版本的python 二、pipenv pipenv创建虚拟环境后...，可能在命令行的前面不能显示虚拟环境的名称，比如显示如下信息，但不影响正常使用 进入工程目录后，如果直接使用上面的命令激活虚拟环境，而不是使用pipenv install 创建虚拟环境，这时pipenv...四、conda conda支持Python、R、Java、JavaScript、C等多种开发语言的包、依赖和环境管理工具，能运行在Windows、MacOS、Linux多个平台，可以在本地轻松创建、保存...创建虚拟环境 conda create --name py3.6 python=3.6 创建好虚拟环境后，你会发现虚拟环境py3.6的内容与一个实体python环境是一样的。
如果你安装完Anaconda后没有在环境变量的PATH中添加相关的环境变量，那么以后你想在终端使用anaconda相关的命令，则必须要在Anaconda prompt中完成。 ?...所以安装Python2.7的环境，使用以下代码即可实现： conda create --name xxx python=2.7 以下再列出conda管理环境的其他命令： 创建的时候指定需要安装的包：...创建的时候既需要指定包，也需要指定python环境： 进入到某个环境 退出环境： 列出当前所有的环境： 移除某个环境： 环境下的包导出和导入： 导出：conda env export > environment.yml...比如我们创建完一个新的环境后，想要在这个环境中安装包（比如numpy），那么可以通过以下代码来实现： python activate xxx conda install numpy 以下再介绍一些包管理常用的命令...： 在不进入某个环境下直接给这个环境安装包： 列出该环境下所有的包： 卸载某个包： 设置安装包的源：
一、什么是Anaconda 1.1 Conda介绍 在认识 Anaconda 之前，先认识一下conda，Conda是在Windows、macOS和Linux上运行的开源软件包管理系统和环境管理系统。...如果你的电脑已经安装了Python环境，且之前的很多项目都是依赖于之前所安装的Python环境，则如果勾选可能会导致原先的环境失效。...3号框可以搜索库的名称，然后在2号框可以筛选显示哪些库，然后4号框可以创建一个新的虚拟环境。...3.1.2 虚拟环境管理 点击上图四号框中的Create弹出下面的窗口，Name栏输入你想创建的虚拟环境的名字，然后选择Python的版本，即可完成创建。...=3 //创建一个名为jonins的环境并指定python版本为3的最新版本 conda env list //列出conda管理的所有环境 conda list //列出当前环境的所有包 conda
Anaconda的安装简化了Python库和工具的管理，为数据科学家、工程师和研究人员提供了一个强大、集成且易于使用的开发环境。这为快速开始数据分析、科学计算和机器学习项目提供了便捷的途径。...conda -h 切换conda环境 conda activate env_name 新建虚拟环境 conda create –n env_name package_names 退出虚拟环境 conda...deactivate 列出所有虚拟环境 conda info –envs / conda info 复制环境 conda create –n new_env_name –clone copied_env_name...https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 2.创建虚拟环境（环境内部包含属于自己的文件、包，不会相互干扰） conda...create -n env_name python=3.9 # 创建一个名为env_name，版本为3.9的python虚拟环境 3.查看主机中存在的虚拟环境 conda env list 4.激活虚拟环境
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