首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往
您找到你想要的搜索结果了吗?
是的
没有找到

Cytoscape中文教程(3)

默认情况下cytoscape显示网络10,000或稍少的节点,而对于更大的网络,用户或许需要在network tree viewer的network lable上 右击,然后在出现的create view...如果用户选择了多个nodes或edges,这个列表会包含所有选择nodes和edges的句子。鼠标点击任何一个句子,都会在用户默认浏览器下有摘要。通过右击delete可以删除句子。...也可以见http://baderlab.org/IdentifierMapping/ 1)在cytoscape画布,选择所有节点,快捷键是CTRL-A 2)在node属性浏览窗口,选择所有nodes的ID...top of the range to blue; and (h) a network with the nodes rendered with a red–green color map 30 默认情况下...为了移除这种不确定性,改变默认节点颜色为灰色,步骤是 (i)还是在刚才的control panel,定位default panel,显示默认节点和边渲染 (ii)点击这个面板里的node,会显示一个默认

3.7K118

treeview属性方法_treewidget添加item

默认情况下需要手工设置数据和树接点的绑定关系 CheckedNodes 返回那些多选框被选中的节点的集合 CollapseImageToolTip 当节点处于折叠状态时,所显示的工具提示 CollapseImageUrl...当节点处于折叠状态时,所显示的图片的URL ExpandDepth 当TreeView一开始显示时,所显示的工具提示 ExpandImageToolTip 当节点处于展开状态时,所显示的工具提示 ExpandImageUrl...当节点展开时,所显示图片的URL HoverNodeStyle TreeNodeStyle对象,用于设置当鼠标指针位于节点之上时节点的样式 NodeIndent 子节点节点之间的象素距离 NodeStyle...ShowExpandCollapse 默认值为true。如果为true,则显示展开/折叠的提示符 ShowLines 默认值为false。如果为true,就会显示连接节点的行。...本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。

69940

Cytoscape中文教程(1)

4.3菜单 File文件 File菜单包含几乎所有基本的文件功能。File-open可以打开cytoscape会话文件。...一个网络储存了永恒上传的所有的边和节点。View是显示它们的。 Control panel的网络管理显示了载入的网络。点击其中一个那么主窗口的view视图就是可编辑的,假如这个view存在的话。...PSICQUIC options PSICQUIC提供以下几种搜索方式 Search by ID,MIQL,Species 默认是ID,比如gene symbol,uniprot ID,NCBI ID...最后的选择是输入物种的所有相互关系(相互作用组)。 5.6手动产生新的网络或编辑一个网络 File-new-network-empty network 右击画布或一个节点 可以编辑已经存在的网络。...也可以选择两个或多个节点去链接,路径是add-edges connecting selected nodes,这会产生连接所有选择的节点的边。 如果想删除点或边 可以选择后,在选择edit-cut。

10.6K42

知识图谱项目前端可视化图论库——Cytoscape.js简介

前言 知识图谱项目是一个强视觉交互性的关系图可视化分析系统,很多模块都会涉及到对节点和关系的增删改查操作,常规的列表展示类数据通过表格展示,表单新增或编辑,而图谱类项目通常需要关系图(力导向图:又叫力学图...、力导向布局图,是绘图的一种算法,关系图一般采用这种布局方式)去展示,节点和关系的新增编辑也需要前端去做一些复杂的交互设计。...除此之外还有节点和关系的各种布局算法,大量数据展示的性能优化,节点动态展开时的局部布局渲染,画布的可扩展性,样式的自定义等等诸多技术难点。...Cytoscape.js包含了开箱即用的所有手势,包括捏缩放,框选择,平移等。 Cytoscape.js还考虑了图分析:该库包含图论中的许多有用功能。...兼容所有现代浏览器、具有ES5和canvas支持的旧版浏览器。

4.8K50

多维组学通路分析R包ActivePathways的使用方法及Cytoscape绘制网络图的实用教程

scores就是上文介绍的Adenocarcinoma_scores_subset.tsv scores[is.na(scores)] <- 1 #给缺失值赋值1 #因为矩阵中数值是P值,所以赋值的1在这种情况下是极端值了...可以看到展示初步的网络图,此时节点信息还不完全。节点越大代表富集基因越多,节点颜色代表P值显著性。 3. 调整网络图 (1)上传(文件>导入>表>文件)子组文件(subgroups.txt)。...这里主要目的是对节点进行调整,用饼图赋予P值来源信息(CDS、X3UTR、promCore、combined)。...(2)在“style”面板下,设置image/Chart1使用饼图,重置节点信息。...该包提供的cytoscape作图文件简直太好用了,对于网络图一些其他细节的修改,比如标签、边的粗细颜色形状、节点透明度之类的,小编这里就不赘述了,大家快去试试玩玩吧

1.9K31

【译】W3C WAI-ARIA最佳实践 -- 控件

节点 有一个节点节点;任意节点如果不是根节点,那它就是一个子节点。 终端节点 不具有任何子节点节点;一个终端节点要么是根节点要么是子节点节点 有一个或多个子节点节点。...它可以是打开的(扩展)或关闭的(折叠)。 开节点 被展开以使其子节点可见的节点。 闭节点折叠以使其子节点不可见的节点。 当使用键盘来导航一个树结构,一个可见的键盘指示器告诉用户哪个节点被聚焦。...End: 不打开或关闭节点,将焦点移到树结构的最后一个可聚焦的节点。 Enter: 激活一个节点,即执行其默认操作。对于节点,一个可能的默认动作是打开或关闭节点。...在一个选项不跟随焦点(见下面的注释)的单选树,默认的操作通常是选择焦点节点。...选择跟随焦点在某些情况下非常有用,在其他情况下则会严重降低可访问性。

4.5K30

Cytoscape中文教程(2)

第三行显示了如何定义一个和其他nodes没关系的节点。这种形式对有连接关系的节点并不必要。因为这种关系的定义暗含了节点的识别。 重复录入被忽略。同样的nodes之间的多个边一定有不同的边的类型。...默认的分格是tab。这一步对excel工作表来说非必须。...6.默认,第一列是最主要的key列,必要的时候可以改变 7.点击OK即可输入 什么是未指定列表Unassigned table 对于cytoscape3.1,没有指派他们到已经存在的网络就输入数据是可以的...默认,table panel 显示的是选择网络的所有nodes和edges的显示列。为了只显示选择的nodes和edges,可以点击左上角Change Table Mode 按钮 ?...image.png Cytoscape提供了一个图形界面供用户可以同时输入本体论和注释文件。 注意:所有数据源都是联网的,也就是用的话得保证网络通畅。

5K30

ToppGene Suite中文使用指南

分别是1)K step markov(默认);2)HITS with Priors;3)Page Rank with Priors。...如果你选择distance to seeds为1 的话,这以为着测试集包含所有的与训练集中的基因直接相互作用的基因。所有在训练集和测试集中重叠或共有的基因都会在测试集中被忽略,不参与排序。...默认所有的选项都被选择。你可以选择你想包含在输出文件中每个注释的及每个注释的矫正方法,p-value值和genes limits(允许注释的最大和最小genes数目)。...首先,Abstracted网络选择用来产生cytoscape兼容的网络文件,这包含所有的富集条目关系。...Protein domain: 结构域的概念由Wetlaufer于1973年首次提出,他定义结构域为可以自动折叠的稳定的蛋白质结构单位。过去,结构域被描述为,折叠单位,致密结构单位,功能和进化单位。

3.1K32
领券