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DNA蛋白质序列比对原理

序列比对 当研究一条DNA蛋白质序列时,主要关注是其包含遗传信息;当研究两条或多条DNA蛋白质序列时,则主要关注不同序列之间差别与联系。...在生物信息学中,对生物大分子序列比对是非常基本工作。 目前关于进化基本思想就是生物结构由简单复杂,物种由少多。...在生命进化过程中,DNA可能会经历突变(碱基替换)、插入、缺失等变化,使得不同物种DNA序列同时具有相似性与差异性。...相似性得分是一定计分规则下两条序列对应字符函数,一般相同字符(也即碱基或氨基酸)越多得分越高,如下所示: 但是在进化过程中,除了碱基替换,还有插入、缺失、复制等,因此相似性描述序列主要思想是通过在序列中插入空格...,每个替换都记为一个耗费(cost),考虑插入缺失存在,这种操作还可以拓展为字符替换、插入空格、删除空格,因此对多序列之间距离描述就是将这些序列转换为一个共同序列所需要最小耗费: 如果不计插入与删除空格

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python入门放弃-函数专题

函数外声明变量都属于全局命名空间 2.局部命名空间:在函数中声明变量会放在局部命名空i教案 3.内置命名空间:存放python解释器为我们提供名字 如:list,tuple,...,和迭代器特点一样,取值方式和迭代器一样(__next__(),send() 2.在python种有三种方式来获生成器 1.通过生成器函数 2.通过各种推导式来实现生成器 3....__next__()) #这样子就会执行函数,执行下一个yield,就是说执行看到yield就结束 #生成器应用 #应用场景 # 比如你喜欢吃鸡蛋,设想你去市场可以一下子就买一万个,这样也是可以,但是有个问题就是鸡蛋久了就会烂...#send()方法 send()和__next__()是一样,可以执行下一个yield,可以给上一个yield位置传值 #send和__next__()区别: 1.send和next()...语法: [结果 for循环 判断语句] #例子:首先我们先来一个打印一年级12年级,我们可能想到是定义一个空列表,然后把元素追加到列表里面 # lst = [] # for i

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Python从入门熟练(7):函数

函数是编程中一个重要方法, 掌握函数,就可以以编程方式实现自己脑海中想法。...1 函数基本使用 函数:把具有独立功能代码块打包为一个小模块,在需要时候调用 函数使用包含两个步骤: 定义函数——封装独立功能 调用函数——享受封装成果 作用:在开发程序时,使用函数可以提高工作效率以及代码重用...Python中提供了非常多内置函数:print()、input()、type()等 定义函数: 定义函数: def 函数名(): 函数封装代码 函数代码块以def关键字开头,后接函数名和圆括号...(A〜Z , a〜z )、下划线和数字组成 不能以数字开头 不能包含特殊字符 不能和Python关键字重名 调用函数方法 调用函数方法: 通过函数名()即可完成对函数调用 注意: 代码中不能将函数调用放在函数定义上方..., 在类中是可以 2 函数参数 函数参数 将函数内需要使用到变量,在调用函数时候,使用参数传递函数内部 在函数内部,把参数当做变量使用 函数定义时参数称为形参,调用时被传入参数称为实参

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蛋白质同源序列python爬虫

它是基于隐马尔可夫模型(HMM)迭代比对方法,用于识别结构和功能相关蛋白质序列之间相似性。...HHblits工作流程如下: 构建初始HMM库:使用已知蛋白质序列和结构信息构建初始HMM库。 迭代比对:将待比对蛋白质序列与HMM库进行比对,得到一组相关序列。...总体而言,HHblits是一种强大工具,可用于发现远程同源蛋白质序列之间相似性,为蛋白质结构和功能研究提供重要支持。...保守序列通常用于推断蛋白质结构、功能和进化关系。 同源序列研究对于理解蛋白质结构、功能和进化具有重要意义。...通过比较同源序列,可以推断蛋白质结构和功能,预测未知序列特性,并研究蛋白质家族进化历史。

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Python画蜘蛛侠】谁DNA动了?

任何人都能带上这个面具,你也可以做到,如果你以前没有想过,希望现在可以了~ 本文主要介绍运用pythonturtle库控制函数绘制蜘蛛侠。...本文目录 效果展示 代码详解 2.1 导入库 2.2 播放音乐 2.3 定义画蜘蛛侠上半身函数 2.4 定义画左手右手函数 2.5 定义画蜘蛛函数 2.6 调用函数绘制图形 一、效果展示 http...在介绍代码之前,先来看下本文实现效果。 可以参考Pinstaller(Python打包为exe文件)一文把Python文件转化成exe,发给未安装Python他/她。...二、代码详解 Python绘制蜘蛛侠原理是:应用turtle库绘制身体不同部位。...画外轮廓关键是:通过调节circle函数半径和弧度来调节曲线弧度,从而使得蜘蛛侠轮廓比较流畅。 4 定义画左手和右手函数 接着定义画左手和右手函数

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Python从0100(十五):函数高级应用

一、 闭包闭包定义:Python函数是支持嵌套。 如果在一个内部函数中对外部函数作用域(非全局作用域)变量进行引用,那么内部函数就会被称为闭包。...开始验证权限')func(a,b)return inner@w1def tes(a,b): print('a=%d,b=%d'%(a,b))tes(1,2)# 开始验证权限# a=1,b=2三、递归调用Python...我们使用Python官方解释器,默认将函数调用栈结构最大深度设置为1000层。如果超出这个深度,就会发生上面说RecursionError。...def fib(n): a, b = 0, 1 for _ in range(n): a, b = b, a + b return a四、常见Python内置函数1.map...func = lambda x:x%2result = filter(func, [1, 2, 3, 4, 5])print(list(result))装饰器是Python特色语法,可以通过装饰器来增强现有的函数

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深度学习驱动蛋白质设计--从蛋白质结构药物候选物全方位

-从基础尖端应用2024年05月31日-06月02日北京面授(第一天报到,授课2天) 专题二(直播5天) 计算机辅助药物设计-从蛋白质结构药物候选物全方位实战(详情内容点击上方名称跳转查看)2024...-从基础尖端应用》 目录及主要内容 RFdiffusion创新结构生成技术 一、背景介绍1、从蛋白质预测到蛋白质设计2、结构生成过程中物理能量函数与约束3、基于Deep learning预测模型和生成模型...4、结构验证与性能评估二、RFdiffusion基于指定骨架蛋白质结构设计核心知识点:利用用户提供特定结构框架进行蛋白质结构设计应用案例:1、无约束单体设计(contigmap):全新骨架蛋白质结构创新设计...Nature. 2024, 626(7998):435-442 (多肽Binder) Computational design of sequence-specific DNA-binding proteins...4、深度学习技术全面应用: 从蛋白质全新骨架生成指定骨架设计,从活性位点与蛋白-蛋白界面Binder设计对称性处理,再到多样性控制与噪声管理,培训内容涵盖RFdiffusion技术全链条应用。

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python 递归函数——从入门懵逼

目录 递归函数 1、定义:函数在运行过程中,直接和间接调用了自身,就是递归函数 2、递推到回溯流程图: 递归函数 1、定义:函数在运行过程中,直接和间接调用了自身,就是递归函数 python默认最大递归深度为...递归函数特性: 必须有一个结束条件 每一次递归都必须离“结果”更近一步 通常前一次输出作为后一次输入 如果没有结束条件或者递归次数过多会导致内存溢出 2....递归函数执行过程: 递推 一层一层往下推导答案,每一次推导必须离结果更近 回溯 依据递推结论往回推导最初要求答案,前一次输出做为了后一次输入 3....大白话解释递推函数执行过程: 案例1: 求小孩A年龄?...A说:我年龄比B大2岁;B说:我年龄比C大2岁 C说:我年龄比D大2岁;D说:我3岁 那么从A说条件D说他年龄这个过程为递推,然后3+2+2+2求A年龄这个过程为回溯。

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Python内置函数sorted()从入门精通

Python内置函数sorted()可以对列表、元组、字典、集合、字符串、range对象以及其他可迭代对象进行排序,返回排序后列表,支持使用key参数指定排序规则,支持reverse参数指定升序或者降序...3, 4, 5, 6, 7, 8, 9] #降序排列 >>> sorted(range(10), reverse=True) [9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1, 0] #对字符串中字符升序排序...>>> sorted(d) ['a', 'b', 'c', 'd'] >>> sorted(d.keys()) ['a', 'b', 'c', 'd'] #对字典中值进行排序 >>> sorted(...d.values()) [0, 2, 3, 5] #对字典中元素进行排序 >>> sorted(d.items()) [('a', 3), ('b', 2), ('c', 5), ('d', 0)]...#如果下标为0元素相等,再按下标为1元素排序 >>> for item in sorted(x, key=lambda i: (i[0], i[1])): print(item) [3, 2

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BIB|通过深度多任务学习准确预测RNA、DNA蛋白质结合内在无序残基

DisoRDPbind使用Logistic回归,而ANCHOR2使用基于生物物理学评分函数。此外,预测与蛋白质DNA和RNA相互作用DisoRDPbind应用了三个独立/并行回归变量。...首先,我们注意在三个指标上对比多任务 (DeepDISOBind) 与单任务解决方案(P 值<0.05)时,具有显著统计学意义改进(表 2)。...我们还观察,DeepDISOBind 在所有场景中交叉预测比率最高/最佳,除了与 RNABindRPlus RNA 结合预测相比,这两种方法都取得了良好结果,1.73 和 1.91(图 3 中黑条...我们将所考虑的人类蛋白质分成四组:(I)结合DNA但不结合RNA蛋白质,(Ii)结合RNA但不结合DNA蛋白质,(Iii)既结合RNA又不结合DNA蛋白质,以及(Iv)既不结合DNA也不结合RNA...蛋白质集合1内蛋白质水平DNA结合倾向高于蛋白质水平RNA倾向,差异有统计学意义(P值<0.01)。同样,集合2蛋白质水平RNA结合倾向显著高于相应DNA倾向(P值<0.01)。

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算法集锦(1)|序列模型|利用深度神经网络进行DNA蛋白质序列转换

DNA序列和蛋白质类型,都是很重要生物数据。今天我们介绍一种可以实现二者高效、准确转换深度学习算法。 首先,我们来看看DNA蛋白质序列如何在机器学习算法中进行表示。...步骤1:获取DNA蛋白质表 ? 步骤2:生成DNA蛋白质序列 ? 可以看到,我们先声明了一些超参数,它们代表训练数据数量或蛋白质序列长度。...我们从步骤1中表中随机抽取蛋白质DNA匹配对。 步骤3:使用1-4规则编码DNA ? DNA编码方法很多,这里我们选择1-4规则。也就是说,用(1*4)向量来代表每个DNA序列。...下面就是我们生成DNA序列编码。 ? 步骤5:确认生成蛋白质序列 ? 我们可以利用上图来确认生成蛋白质序列是否正确。 步骤6:建立蛋白质独热编码(One Hot Encoding) ?...上图:平均准确率变化;下图:损失函数变化 可以看到,经过1201次迭代,训练神经网络模型可以达到100%准确度。 将DNA序列转换为蛋白质序列结果如下: ?

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Python从0100(十二):函数定义及模块

Python函数跟这个结构是一致,每个函数都有自己名字、自变量和因变量。我们通常把Python函数自变量称为函数参数,而因变量称为函数返回值。...在Python中可以使用def关键字来定义函数,和变量一样每个函数也应该有一个漂亮名字,命名规则跟变量命名规则是一致(赶紧想一想我们之前讲过变量命名规则)。...命名空间指的是名称对象映射,类似于字典,键名是变量名字,值是变量值。命名空间是相互独立存在,而且它们被安排在某个特定层次,把这些层次结构组合起来就是作用域。...随着我们进一步学习Python编程知识,我们还会用到更多模块和函数。...range构造一个范围序列,例如:range(100)会产生099整数序列。

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Python从0100(十三):函数类型及其应用

一、递归函数和匿名函数一个函数内部可以调用其他函数。但是,如果一个函数在内部不调用其它函数,而是自己本身的话,这个函数就是递归函数。使用递归,实现阶乘 n!...二、日期时间函数1.时间函数Python中,通常有如下几种方式表示时间:(1)时间戳;通常来讲,时间戳表示是从1970年1月1日00:00:00开始按秒计算偏移量。...第一个是该月星期几日期码,第二个是该月日期码。日从0(星期一)6(星期日);月从112。...1.random.random()用于生成一个01随机符点数: 0 <= n < 1.0。...这两个函数第一个参数代表抽样总体,而参数k代表抽样数量。

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Biopython | 介绍和安装

1.Biopython介绍 Biopython是Python最大,最受欢迎生物信息学软件包。它包含许多用于常规生物信息学任务不同子模块。...基本上,Biopython是python模块集合,这些模块提供处理DNA,RNA和蛋白质序列操作功能,例如DNA字符串反向互补,寻找蛋白质序列中基序等。...处理序列格式选项。 管理蛋白质结构工具。 BioSQL-SQL表标准集合,用于存储序列以及功能和注释。...Biopython提供了用于种群遗传学Bio.PopGen模块。该模块包含收集经典种群遗传学信息所有必要功能。 RNA结构DNA,RNA和蛋白质是我们生活中必不可少三个主要生物大分子。...蛋白质是细胞主力军,并作为酶发挥重要作用。DNA(脱氧核糖核酸)被认为是细胞“蓝图”。它携带了细胞生长,吸收营养和繁殖所需所有遗传信息。RNA(核糖核酸)在细胞中充当“ DNA影印件”。

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python入门精通】python函数式编程与应用详解

作者 :“大数据小禅” 目录 python函数式编程 lambda表达式用法及其使用场景 什么是匿名函数?...ambda表达式基本格式 lambda表达式使用场景 Python高阶函数之map 函数中带两个参数map函数格式 Python高阶函数之reduce Python高阶函数之 filter...Python高阶函数之sorted 对序列做升序排序 对序列做降序排序 对存储多个列表列表做排序 python函数式编程 高级知识点:介绍匿名函数lambda,高阶函数map,reduce,filter...Python高阶函数之sorted orted从字面上就可以看去这是个用来拍序函数,sorted 可以对所有可迭代对象进行排序操作 sorted基本格式: sorted(iterable,...data = [["Python", 99], ["c", 88]] print(sorted(data, key=lambda item: item[1])) #item: item[1])定位后面那个数字

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python入门精通】一文让你彻底搞懂python函数

作者 :“大数据小禅” 欢迎小伙伴们 点赞、收藏⭐、留言 目录 Python函数及其调用 对于函数理解: python自定义函数 自定义空函数 Python特性之让函数返回多个值 核心注意点...4*3 *2 *1=24 Python函数及其调用 对于函数理解: 函数是组织好,可重复使用,用来实现单一,或相关联功能代码段。 函数能提高应用模块性,和代码重复利用率。...我们之前接触过print()、hex()这些都是函数 函数调用非常简单,只要函数名(参数) 这里要注意一点:参数一定要符合函数定义时入参,对于Python中提供函数,可以使用help(函数...名)来查看相关调用时相关说明,如 help(hex)查看函数相应一些说明 在Python中,万物皆对象,也就意味着函数名也是指向一个函数对象引用,我们可以把函数名赋给一 个变量,相当于给这个函数起了一个...如下: def run(): pass return (返回一个数值,可以使列表,数字) run() python自定义函数 介绍怎么定义属于自己函数 ### 定义函数基本结构

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