Django

UROPA是一个命令行工具，可以对基因组区域进行注释，这里的基因组区域要求是BED格式，比如chip，ATAC_seq等数据产生的peak区间。...同时需要提供一个GTF格式的基因组注释信息，比如从UCSC,ensemble,ncbi等数据库下载的参考基因组文件。...在注释结果中不仅给出了peak在基因组中的定位，还会给出对应的正负链，与基因的距离，对应的基因类型等较为全面的注释信息。...提供了多种安装方式，这里我采用的是直接拉取官方的docker镜像，用法如下 docker pull loosolab/uropa 该软件需要三个输入文件： GTF格式的注释文件 BED格式的peak文件...JSON格式的配置文件用法也比较简便，我使用官方的是测试数据，步骤如下 1.

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Django 数据查询中对字段进行排序

') # 更新时间字段，正序排序 articles = Article.objects.filter(show_status=True).order_by('time_created') # 更新时间字段...，正序排序 articles = Article.objects.order_by('time_created') 也可以使用两个字段进行排序，当第一个字段值相等时，再用第二个字段值来排序 articles...= Article.objects.order_by('author','-time_created') 方法二：Meta 类排序 models.py # 主题表/文章表 class Article(...time_updated", ] 或 admin.py class ArticleAdmin(admin.ModelAdmin): ordering = ["time_updated", ] 每次查询数据库都会默认使用该字段来排序...，除非你显示的使用 order_by 语句来排序

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使用GREAT对peak进行功能注释

GREAT是一款peak区间进行基因注释的工具，除了给出peak对应的基因外，还集成了多种基因的功能分析，网址如下 http://great.stanford.edu/public/html/index.php...目前该在线工具只支持以下几个物种 Human Mouse Zebrafish 在使用时，还需要注意对应的基因组版本。...以GO中MF这一类别的功能注释为例，示意如下 ? 通过GREAT可以方便的对peak关联的基因功能进行探究。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！

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@Autowired的使用：推荐对构造函数进行注释

在编写代码的时候，使用@Autowired注解是，发现IDE报的一个警告，如下： ?...翻译： Spring建议”总是在您的bean中使用构造函数建立依赖注入。总是使用断言强制依赖”。...我们知道：@Autowired 可以对成员变量、方法以及构造函数进行注释。那么对成员变量和构造函数进行注释又有什么区别呢？...@Autowired注入bean，相当于在配置文件中配置bean，并且使用setter注入。而对构造函数进行注释，就相当于是使用构造函数进行依赖注入了吧。莫非是这两种注入方法的不同。...User user){ this.user = user; this.school = user.getSchool(); } 可以看出，使用构造器注入的方法，可以明确成员变量的加载顺序。

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使用TBtools对叶绿体蛋白编码基因进行GO注释

第一步：根据叶绿体基因组的genbank注释文件获得蛋白编码基因序列提取序列的python脚本 import sys from Bio import SeqIO input_file = sys.argv...做GO注释需要的.xml格式文件参考文献：DIAMOND: 超快的蛋白序列比对软件下载swissprot数据 wget ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot...TBtools进行GO注释需要准备的文件 idmapping.tb.gz 文件比较大这里推荐一个下载器 https://motrix.app/ 界面非常干净清爽 go-basic.obo cp_Protein_coding.xml...这样GO注释就做好了，TBtools也会对应有可视化工具，这里我选择使用R语言的ggplot2进行展示 library(ggplot2) df<-read.csv("Bhagwa_cp_protein_coding.csv...image.png 对结果进行可视化遇到的问题数据框如何根据指定列分组排序，比如我的数据 X Y 1 A 1 2 A 2 3 B 3 4 B 4 5 C 5 6 C 6 我想ABC分别从大到小排序

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使用Flink对hudi MOR表进行离线压缩

默认情况下，MERGE_ON_READ表的压缩是启用的。触发器策略是在完成五次提交后执行压缩。...此时，使用离线压缩能够更稳定地执行压缩任务。压缩任务的执行包括两个部分:计划压缩计划和执行压缩计划。...hudi-flink-bundle_2.11-0.9.0.jar --path hdfs://xxx:9000/table Copy 相关参数：参数名是否必须默认值参数含义 --path frue -- 存储在hudi上的表的路径...因此，开启该参数时，必须确保当前没有写任务向该表写入数据 --seq false LIFO 压缩任务执行的顺序。默认情况下从最新的压缩计划执行。 LIFI:从最新的计划开始执行。

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Django学习笔记之Queryset详解

对于ManyToMany，删除其中一方的记录时，会同时删除中间表的记录，即删除双方的关联关系。...可以使用双下划线对OneToOne、OneToMany、ManyToMany进行关联查询和反向关联查询，而且方法都是一样的，如： >>> Entry.objects.filter(blog__name=...可以使用双下划线对OneToOne、OneToMany、ManyToMany进行关联查询和反向关联查询，方法与filter()中的使用方法相同。...聚合函数可以像filter那样关联表，即在聚合函数中，Django对OneToOne、OneToMany、ManyToMany关联查询及其反向关联提供了相同的方式，见下面例子。...的所有字段值，即使在查询时关联了其它表，关联表的字段也不会返回，只有当我们通过Author instance用关联表时，Django才会再次查询数据库获取值。

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@Autowired的使用--Spring规范解释，推荐对构造函数进行注释

一在编写代码的时候，使用@Autowired注解是，发现IDE报的一个警告，如下： Spring Team recommends "Always use constructor based dependency...翻译： Spring建议，总是在您的bean中使用构造函数建立依赖注入。总是使用断言强制依赖。那么是为什么呢？...解决办法就是使用构造器注入了 private User user; private String schoolId; @Autowired public UserServiceImpl(User user

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在Centos下使用Siege对Django服务进行压力测试

Siege是linux下的一个web系统的压力测试工具，支持多链接，支持get和post请求，可以对web系统进行多并发下持续请求的压力测试。...今天我们就使用Siege来对Django进行一次压力测试，看看单台Django服务到底能抗住多少的并发数。 ... 硬件内存:1g cpu:1个1核这个硬件配置有点惨，没办法了，因为没钱买好的业务场景：Django使用mysql进行普通的读操作，没有使用任何缓存压测命令：255个用户并发访问...localhost:8000，持续时间为1分钟 siege -c255 -t60S -v -b 127.0.0.1:8000 首先使用runserver的起服务方式进行压测： python3 manage.py...综上，单以性能论，Django的表现并非很好，但是你不能忽略它的学习成本低，简单并且容易上手的优势，鱼与熊掌不能兼得，如果要求高性能，可以试试tornado, 如果tornado依然无法满足，可以尝试使用

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Orm之中介模型

什么是中介模型中介模型针对的是ManyToMany（多对多）的时候第三张表的问题，中介模型其实指的就是我们不通过Django创建第三张表，如果自己不创建第三张表，而是由django给我们创建，那就不存在你中介模型...中介模型示例普通的ManyToMany示例 class Book(models.Model): title = models.CharField(max_length=32) authors...会自动帮我们创建地上那张表，如下： ?...图中可以看出，Django创建ForeignKey的时候会在字段后自动添加'_id'，所以，我们在写第三张表字段的时候就不用加_id了，如下： class Book(models.Model):...自建表的区别 1、中介模型的第三张表是自己创建的，所以可以自己任意添加额外的字段，而Django自创建的第三张表的字段是固定的 2、中介模型没有add，set , remove，clear 方法

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例:href="/static/bootstrap/css/bootstrap.min.css" 3,若出现403 中间价问题注释settings中47行 'django.middleware.csrf.CsrfViewMiddleware...="xxx" 设置关联的列默认是id # related_name 反向操作时使用的字段名,用于代替反向查询时的"表名_set" # related_query_name 反向查询操作时,使用的链接前缀...: # 当一个表中属性过多的时候,将属性分开,分为常用的属性表,和不常用的 # 例如第三方登录时,常请求的用户名,密码,而爱好,身份证号等不常用信息,可存放在另一张表中 # 构成一对一关系...""" # 3,自己创建表,但使用ManyToMany """ 第三张表的建立与2相同 class Author(): ......# # 操作数据行（增删改查） # 单表 # 外键 # 多对多 # 一对一 # # ORM高级： # 常用字段和方法 # 必知必会13条 # 神奇的双下划线 # 跨表的正向查询反向查询 # # F和Q

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探索 PythonDjango 支持分布式多租户数据库，如 Postgres+Citus

在 Citus 中分发数据将 Django 应用程序更新为范围查询使用中间件自动化更多在确定分布策略中，我们讨论了在多租户用例中使用 Citus 所需的与框架无关的数据库更改。...为了能够扩展 django，必须对模型进行一些简单的更改。...OneToOneField 和 ManyToMany 字段就是这种情况。对于这些情况，您需要：1. 找到约束 2. 进行迁移以删除它们 3....重新创建约束，包括 account_id 字段要查找约束，请使用 psql 连接到您的数据库并运行 \d+ myapp_projectmanager 你将看到 ManyToMany （或 OneToOneField...使用中间件自动化而不是在每个视图中调用 set_current_tenant()，您可以在 Django 应用程序中创建并安装一个新的 middleware 类来自动完成。

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Django-models & QuerySet API

django中配置mysql数据库查询queryset时如果需要选取查询集中的某个子集的字段时，应该用切片，或者first 选择某个子集对象，这样才能够使用到子集的字段，直接queryset后选择字段会直接报错...一是在INSTALLED_APPS里面加入app名称；二是配置数据库相关信息 View Code 定义数据库表结构 models.py 使用orm框架，不需要编写原生的sql语句 from django.db...Person.objects.filter(name__contains='kang').delete() (1, {'app01.Person': 1}) #删除了一条数据另一种方法：通过admin页面对数据进行增删改查...(补充)关系型字段多对一 ForeignKey 多对多 ManyToManyField 例如：学生跟老师是多对多关系，学生跟学校是多对一关系： vim models.py models.ForeignKey...否则会报错生成数据表： >python manage.py makemigrations formapp >python manage.py migrate formapp # Django会自动创建一个中间连接表

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SpringDataJpa多表查询下（多对多）

表关系建立多对多的表关系建立靠的是中间表，其中用户表和中间表的关系是一对多，角色表和中间表的关系也是一对多实体类关系建立以及映射配置 User实体 @Entity @Table(name = "sys_user...@JoinTable 作用：针对中间表的配置属性： nam：配置中间表的名称 joinColumns：中间表的外键字段关联当前实体类所对应表的主键字段...inverseJoinColumn：中间表的外键字段关联对方表的主键字段 @JoinColumn 作用：用于定义主键字段和外键字段的对应关系。...roleDao.save(role); } 在多对多（保存）中，如果双向都设置关系，意味着双方都维护中间表，都会往中间表插入数据，中间表的2个字段又作为联合主键，所以报错，主键重复，解决保存失败的问题...：只需要在任意一方放弃对中间表的维护权即可，推荐在被动的一方放弃，配置如下 //配置多对多放弃对中间表的维护权，解决保存中主键冲突的问题 @ManyToMany(mappedBy = "roles

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Hibernate映射多对多关联关系

在ORM框架中，多对多关系的映射可以使用中间表、双向一对多关系和关联实体类等多种方式实现。一、什么是多对多关联关系？...在ORM框架中，多对多关系的映射可以使用多种方式实现，比如中间表、双向一对多关系和关联实体类等。二、使用中间表映射多对多关系在本文中，我们将使用中间表的方式来实现多对多关联关系。...使用中间表的映射方式优点是：灵活性高。中间表可以包含额外的字段，以使我们可以存储关系的附加信息（例如负责人）。可以避免双向关联带来的复杂性问题。...在本文中，我们将使用一个示例来演示如何使用中间表来映射多对多关联关系。假设我们有两个实体类，一个是学生(Student)，另一个是课程(Course)，它们之间是多对多的关系。...Course实体类在Course实体类中，我们定义了一个主键的id字段和一个name字段。我们使用了@ManyToMany注解来表示Course与Student之间是多对多的关系。

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Django admin 多对多字段过滤方法及保持横向显示（穿梭框）

两个模型文章（Article）和标签（Tag），多对多 class Tag(models.Model): """ 文章标签 """ name = models.CharField...name",) def __str__(self): return self.name class Article(models.Model): """ 文章表...formfield_for_manytomany 源码路径：...../lib/python3.6/site-packages/django/contrib/admin/options.py # 摘选 formfield_for_manytomany class BaseModelAdmin...self).formfield_for_foreignkey(db_field, request, **kwargs) filter_horizontal = ('tags',) # 多对多

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使用 Java @Annotations 构建完整的 Spring Boot REST API

对注解的支持从版本 5 开始，允许不同的 Java 框架采用这些资源。注释也可以在 REST API 中使用。...@GeneratedValue指示框架应使用指定的生成器类型（如 {AUTO、IDENTITY、SEQUENCE 和 TABLE}）生成文档键值。另一个针对域模型字段的有趣注释是@NotNull....@JoinColumn注释指定在此关系中将被视为外键的列。除了@OneToOne注释，我们还可以管理多对多关系。@ManyToMany注释描述了与Partner类成员的关系。...与@ManyToMany注释一起，我们指定@JoinTable注释，允许我们在多对多关系中使用两个基本属性joincolumns为我们声明@ManyToMany注释的类和inverseJoinColumns...要序列化和反序列化 DTO 对象，我们需要使用 Jackson 注释对这些对象进行注释。

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JPA实体类中的注解

@Entity 　　标注于实体类上，通常和@Table是结合使用的，代表是该类是实体类 @Table 　　标注于实体类上，表示该类映射到数据库中的表，没有指定名称的话就表示与数据库中表名为该类的简单类名的表名相对应...多对多确定维护关系，都是通过中间表，这样两端就都是与中间表形成一对多！...表示一个多对一的映射,该注解标注的属性通常是数据库表的外键 optional：是否允许该字段为null，该属性应该根据数据库表的外键约束来确定，默认为true 可选 fetch：表示抓取策略，...描述一个多对多的关联.多对多关联上是两个一对多关联,但是在ManyToMany描述中,中间表是由ORM框架自动处理可选 targetEntity:表示多对多关联的另一个实体类的全名,例如:package.Book.class...@ManyToMany注解需要指定mappedBy属性,指向targetEntity的集合属性名称利用ORM工具自动生成的表除了User和Book表外,还自动生成了一个User_Book表,用于实现多对多关联

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Django 之 Models（Models 模型 & 数据表关系）

: 把面向对象思想转换成关系数据库思想，操作上把类等价于表格类对应表格类中的属性对应表中的字段在应用中的models.py 文件中定义class 所有需要使用ORM的class都必须是 models.Model...的子类 class 中的所有属性对应表格中的字段字段的类型都必须使用 modles.xxx 不能使用python中的类型在django中，Models 负责跟数据库交互 django连接数据库自带默认数据库...定义和数据库表映射的类 --- 在应用中的models.py 文件中定义class 所有使用ORM 的class都必须是models.Models 的子类 class中的所有属性对应表格中的字段字段的类型都需使用...使用ForeignKey 在多的那一边，比如上边的例子就是在Teacher的表格里进行定义 add 跟一对一方法类似，通过create和new来添加 create：把属性都填满，然后不需要手动保存...表示任意一个表的数据可以拥有对方表格多项数据，反之亦然比如典型例子就是老师和学生的关系使用上，在任意一方，使用ManyToMany定义，只需要定义一边add 添加老师，则在student.teachers.add

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django select_related和prefetch_related的用法与区别

，如下图所示: 言归正传假设我们有如下一个文章(Article)模型，其与类别(Category)是单对多地关系(ForeignKey), 与标签(Tag）是多对多的关系(ManyToMany)。...for循环每运行一次，django都要对数据库进行一次查询，造成了极大的资源浪费。为什么我们不能再第一次获取文章列表的同时就获取每篇文章相关联的category和tags对象信息呢？...，你不能使用select_related方法，这样做是为了避免对多对多字段执行JOIN操作从而造成最后的表非常大。...Django提供了prefect_related方法来解决这个问题。prefect_related可用于多对多关系字段，也可用于反向外键关系(related_name)。...对与单对单或单对多外键ForeignKey字段，使用select_related方法对于多对多字段和反向外键关系，使用prefetch_related方法两种方法均支持双下划线指定需要查询的关联对象的字段名

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使用UPORA对peak进行注释

Django 数据查询中对字段进行排序

使用GREAT对peak进行功能注释

@Autowired的使用：推荐对构造函数进行注释

使用TBtools对叶绿体蛋白编码基因进行GO注释

使用Flink对hudi MOR表进行离线压缩

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@Autowired的使用--Spring规范解释，推荐对构造函数进行注释

在Centos下使用Siege对Django服务进行压力测试

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SpringDataJpa多表查询下（多对多）

Hibernate映射多对多关联关系

Django admin 多对多字段过滤方法及保持横向显示（穿梭框）

使用 Java @Annotations 构建完整的 Spring Boot REST API

JPA实体类中的注解

Django 之 Models（Models 模型 & 数据表关系）

django select_related和prefetch_related的用法与区别

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