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教会机器“自动编程”? 来看看NEAT学习方法!

信息是生物繁殖核心要素。大自然可以在传递信息过程中进行优化,创造了许多不同物种共存。查尔斯·达尔文适者生存概念开启了我们优胜劣汰物种发展规律认知。...如果我们将机器连接到这些变量并允许它们执行它们,那么这个机器就可以做点什么了。 其次,定义计算机目标很重要。NEAT引用了一个适应值概念。适应值是当某步骤成功时奖励分数。...在像马里奥这样游戏中,适应值将是玩家向终点线前进进步值。适应值中包含更多变量,如收集硬币,被击败敌人或者完成所花费时间。 另外,定义什么时候是进步也很重要。...在图中例子中禁用从2-4连接,并创建从3-5新连接。在节点突变较低示例中,可以看到如何禁用从2-4连接并引入新节点6,以及如何生成从3-6与6-4两个新连接。 ? 上图展示了迭代发生。...基因分配是随机遗传,而不相交基因(中间不匹配基因)和多余基因(最终不匹配基因)从更合适父类继承。在这种情况下,因为已经假设适应度相等,因此不想交和多余基因可是随机遗传。

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生信爱好者周刊(第 6 期):你会买“炸场”Macbook Pro搞生信吗?

本文介绍了一个全面且实用数据库DDInter,包含约24万个经临床药师审阅和校正相互作用药物,覆盖了1833个FDA批准药物。...研究团队无吸烟史肺癌患者进行全基因组测序,绘制了不吸烟肺癌患者基因突变演化史。分析结果发现,大部分肿瘤都是由机体自然过程所引起突变而引发。...个基因突变互相呈现强烈互斥分布。...3个问题: 自动机器学习在过去十年中是如何发展,AutoML系统现状如何? 机器学习流程哪些步骤最难自动化,为什么自动化它们如此具有挑战性?...3、R包earth多元自适应样条回归(MARS)以及变量重要性评估 多元自适应样条回归(Multivariate Adaptive Regression Splines,MARS)是一种非参数回归方法

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生信入门马拉松之R语言基础-脚本项目管理、条件循环、表达矩阵和一丢丢数据挖掘(Day 7)

,代码运行凡是带有{}代码,均可以被折叠下载数据代码,保留但不反复运行,用if(F){...},可以控制不运行保留。...2.1.3 为什么用Rdata而不是表格文件来衔接?变量,自带变量名称,不需要再次赋值,也没有参数。undefined表格文件需要赋值,读取参数不同导致读取结果不同,不能在后续代码中同等处理。...Rdata可以保存多个变量,下次使用只需要一次load可以到多个数据。-Rdata不仅可以保存数据框,也可以保存其他任何数据结构,包括复杂对象!...table(x)2.7 for循环x里每个元素进行同一操作for(i in x){CODE}#x是向量;i是代称,i自动等于某个循环里x元素for( i in 1:4){ print(i)}#for..., sum)#test每一行求和向量/列表隐式循环-lapply,批量操作### 2.lapply(list, FUN, …) # 列表/向量中每个元素实施相同操作lapply(1:4,rnorm

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关于“Python”核心知识点整理大全3

例如,一个重要示例是,在用户 登录网站时检查用户名。但在一些简单得多情形下,额外空格也可能令人迷惑。所幸在 Python中,删除用户输入数据中多余空白易如反掌。...你在终端会话中向 Python询问这个变量值时,可看到末尾空格(见2)。变量favorite_language调用方法 rstrip()后(见3),这个多余空格被删除了。...接下来,我们 分别删除末尾(见2)、开头(见3)和两端(见4)空格。尝试使用这些剥除函数有助于你 熟悉字符串操作。在实际程序中,这些剥除函数最常用于在存储用户输入前进行清理。...有些Python 2 print语句也包含括号,行为与Python 3中稍有不同。 简单地说,在Python 2代码中,有些print语句包含括号,有些不包含。...如果答案是肯定,就编写注释解决方案进行说明吧。相比回过头去再添加注释,删 除多余注释要容易得多。从现在开始,本书示例都将使用注释来阐述代码工作原理。

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达尔文进化论要加速!人类80年后手臂会多一条血管

这条多出来「正中动脉」突然出现,人类发展和进化未来究竟意味着什么?...相较于一个世纪前,如今的人们有三倍概率会拥有这条遗存正中动脉。如果这种趋势继续下去,80 年后出生的人都将携带这条「额外」动脉。 为什么会出现这种「微进化」?...研究人员认为,主要原因还是基因突变。 正中动脉退化机制是由特定基因启动和调节,而正中动脉留存到成年,则表明这些调节基因表达失败。...人类「微进化」从未停止过 正中动脉远非人类进化唯一例子。当然,我们可能不会在一夜之间变成一个完全不同物种,这并不意味着进化完全停止了。...与阑尾类似,人类已经经历了许多其他解剖变化以适应不断变化环境,比如智齿。 智齿是人类祖先为了咀嚼粗纤维草料准备磨牙,而随着人类食物结构变化,它早就成为了多余器官。

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Swift基础 嵌套

Swift中闭包类似于C和Objective-C中块以及其他编程语言中lambdas。 闭包可以从定义常量和变量上下文中捕获和存储任何常量和变量引用。这被称为关闭这些常量和变量。...嵌套函数可以捕获其外部函数任何参数,也可以捕获外部函数中定义任何常量和变量。 这里有一个名为makeIncrementer函数示例,它包含一个名为incrementer嵌套函数。...注意 作为优化,如果值没有被闭包突变,并且值在闭包创建后没有突变,则可以捕获和存储该值副本。 Swift 还负责处理不再需要变量时涉及所有内存管理。...每当您将函数或闭包分配给常量或变量时,您实际上都会将该常量或变量设置为函数或闭包引用。在上面的示例中,incrementByTen指的是闭包选择是常量,而不是闭包本身内容。...下面的’ serve(customer:) ‘版本执行了相同操作,但它没有采用显式闭包,而是通过使用’ @autoclosure ‘属性标记参数类型来接受一个自动闭包。

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「R」dplyr 列式计算

原文来自 [dplyr 文档](Column-wise operations • dplyr (tidyverse.org "dplyr 文档")) - 2021-01❞ 同时对数据框多列执行相同函数操作经常有用...下面是联合 across() 和它最喜欢动词函数 summarise()一些例子。你也可以联合 across() 和任意其他dplyr」 动词函数,我们后面会提及。...(包括 lambda 函数)命名列表来每个变量同时执行多个函数操作。...这意味着它们会一直存在,但不会获得任何新功能,只会修复关键bug。 为什么我们喜欢 across()? 为什么我们决定从上面的函数迁移到 across()?..._at() 函数是 「dplyr」 中唯一你需要手动引用变量地方,这让它们比较奇怪且难以记忆。 为什么过了这么久才发现 across()?

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这些逻辑运算符你都使用正确了吗?

逻辑运算是数学运算重要组成部分,更是计算机计算底层设置。作为一门数据处理语言,逻辑运算在R中承担着非常非常重要作用。本专题就专门为大家整理一下R语言中逻辑运算:TRUE/FALSE....上表中逻辑“与”【&】和逻辑“或”【 | 】是向量逻辑运算(虽然单个标量也适用),返回结果是逻辑向量,是逻辑运算中每一组元素进行逻辑运算后返回结果。...因此,此处引入另外两个不常用需要了解逻辑运算符: x&&y:标量逻辑“与”运算,判断逻辑x和y中只要包含一个"&"运算TRUE行即返回TRUE标量 x||y :标量逻辑“或”运算,判断逻辑向量...x和y中包含一个"|"运算TRUE行即可返回TRUE标量 示例1:比较&与&& > x <- c(TRUE,FALSE,TRUE,FALSE) > y <- c(TRUE,TRUE,FALSE,FALSE...all(x==0)) #x数据库做列操作,判断每一列中所有元素是否为0,,然后渠非"!"

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Nature揭秘--为什么有些白人感染新冠病毒后不会生病

感染新冠病毒但从未出现症状的人——所谓"超级逃避者"——可能在他们基因库中有一张王牌。...某些携带这种基因突变的人群T细胞可以识别新型冠状病毒,即便他们以前从未感染过,这是因为新冠病毒与T细胞已经认识季节性感冒病毒具有相似性,从而被T细胞识别。...突变——HLA-B*15:01——相当常见,本研究人群中约有10%的人携带该突变。它不能阻止病毒感染细胞,但可以阻止人们出现任何疾病症状,包括流鼻涕或者喉咙轻微不适。...研究人员观察了从未暴露于SARS-CoV-2病毒携带HLA-B15的人T细胞,并发现这些细胞仍然新型冠状病毒一个组成部分——NQK-Q8肽——有反应。...这里,假设人类白细胞抗原(HLA)位点突变可能是介导无症状感染过程基础,我们招募了29,947名个体,并他们进行了高分辨率HLA基因分型,旨在跟踪COVID-19症状和结果。

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Swift基础 内存安全

了解内存访问冲突 当您执行设置变量值或将参数传递给函数等操作时,代码中会发生对内存访问。...他们在内存中访问相同位置。 它们持续时间重叠。 读写访问之间区别通常是显而易见:写入访问会改变内存中位置,读取访问不会。内存中位置是指正在访问内容,例如变量、常量或属性。...这种长期写入访问一个后果是,即使范围规则和访问控制允许,您也无法访问作为进出传递原始变量——原始变量任何访问都会产生冲突。...to oscar 突变方法需要在方法持续时间内写入self访问权限,而入出参数需要在同一持续时间内写入teammate访问权限。...例如,如果上面示例变量holly更改为局部变量而不是全局变量,编译器可以证明结构存储属性重叠访问是安全: func someFunction() { ​ var oscar = Player

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R 语言 逻辑运算:TRUEFALSE | 专题3

逻辑运算是数学运算重要组成部分,更是计算机计算底层设置。作为一门数据处理语言,逻辑运算在R中承担着非常非常重要作用。本专题就专门为大家整理一下R语言中逻辑运算:TRUE/FALSE....上表中逻辑“与”【&】和逻辑“或”【 | 】是向量逻辑运算(虽然单个标量也适用),返回结果是逻辑向量,是逻辑运算中每一组元素进行逻辑运算后返回结果。...因此,此处引入另外两个不常用需要了解逻辑运算符: x&&y:标量逻辑“与”运算,判断逻辑x和y中只要包含一个"&"运算TRUE行即返回TRUE标量 x||y :标量逻辑“或”运算,判断逻辑向量...x和y中包含一个"|"运算TRUE行即可返回TRUE标量 示例1:比较&与&& > x <- c(TRUE,FALSE,TRUE,FALSE) > y <- c(TRUE,TRUE,FALSE,FALSE...all(x==0)) #x数据库做列操作,判断每一列中所有元素是否为0,,然后渠非"!"

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【生信文献200篇】88 弥漫大B细胞性淋巴瘤基因和功能驱动

实验结果 DLBCL中遗传驱动因素 从发现阶段开始,通过1001个DLBCL和400个成对种系DNA进行全外显子组测序来鉴定DLBCL中突变基因。...在确定基因组区域内,没有发现任何必需驱动基因可能受到拷贝数扩增影响。因此,必需驱动基因敲除导致适应性降低反映了这些基因在DLBCL背景下功能重要性。...分析确定了31个非冗余基因簇,每个簇都包含高度相关基因集,以及代表每个簇示例性基因簇。 对于这些基因集示例每一个确定了与高表达和低表达相关遗传改变。...虽然IPI在早年具有高度预后性,效果随着时间改变而减弱。相比之下,基因组风险模型预测长期死亡率具有显著预后价值。...在确定150个驱动基因中,有27个基因,包括SPEN,KLHL14和MGA,这些基因以前从未报道过与DLBCL有关。

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生信爱好者周刊(第 28 期):华大Stereo-seq系列成果揭秘超高分辨率生命全景时空图谱

,揭示在小鼠、斑马鱼、果蝇、拟南芥等模式生物中应用成果,其中Cell文章详细介绍了Stereo-seq技术原理和细节。...在一篇发表于《自然》杂志论文中,一支国际研究团队通过模式植物拟南芥研究提出,突变诞生不是完全随机,相反,突变出现区域有着明显规律性。...2、Nature Communication|基于2万余个肿瘤体细胞突变谱,揭示年龄肿瘤突变数量及进化时间影响 该研究通过分析来自TCGA、AACR GENIE和PCAWG三个项目中数据,揭示了年龄肿瘤中突变数量...在每个阵列中,包含2万到4万个柱子,每个珠子中,可以检测到DNA序列,约为165-421个。...这个概念对于初次接触同学可能较难理解,经过数天论文研读、博客/教程/代码查阅,有了这篇科普文,也手绘了一些示意图,希望尽量在一篇文章内、通俗易懂地讲清楚什么是贝叶斯优化。

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「R」数据操作(五):dplyr 介绍与数据过滤

nycflights13 我们将使用nycflights13::flights来探索dplyr包基本数据操作动词。该数据集包含2013年336,776次航班起飞数据,来自美国交通统计局。...,只含TRUE和FALSE fctr代表因子,R用它来代表含固定可能值分类变量 date代表日期 dplyr基础 这部分我们学习5个关键dplyr函数,它可以让我们解决遇到大部分数据操作问题:...根据值选择观察(记录),filter() 行重新排序,arrange() 根据名字选择变量,select() 根据已知变量创建新变量,mutate() 将许多值塌缩为单个描述性汇总,summarize...执行了过滤操作并返回了一个新数据框。...我们可以用它重写前面的代码: nov_dec <- filter(flights, month %in% c(11, 12)) 缺失值 NA代表未知值或者称为缺失值,它是能“传染”,几乎任何涉及未知值操作都会是一个未知值

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dplyr-cli:在Linux Terminal上直接执行dplyr

熟悉R朋友都会知道, dplyr包是原始数据集进行清洗、整理以及变换有力武器之一。但是使用会局限于你需要有打开R/R studio或者通过R脚本来执行 dplyr。...dplyr功能主要包括: 变量筛选函数 select 筛选函数 filter 排序函数 arrange 变形(计算)函数 mutate 汇总函数 summarize 分组函数 group_by 多步操作连接符...csv 不执行dplyr命令,仅将输入数据作为CSV输出到stdout kable不执行dplyr命令,而仅将输入数据作为 knitr::kable()格式字符串输出到stdout 工作原理:dplyr-cli...目前不足: 仅在 OSX和 YMMVbash下测试过 每个命令实质是在单独R中运行 安装 虽然 dply-cli是可以直接在命令行中直接使用,但是执行时候还是会依赖到R包。...接着我们就通过一系列实战例子来了解一下如何使用这个好用工具,这里会使用到 mtcars.csv这个文件,当你从Github下载 dplyr-cli时,会包含作为一个测试文件: 例子一:简单基本操作

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R for data science (第一章)①Chapter1 使用ggplot2进行数据可视化

Chapter1 使用ggplot2进行数据可视化 简介 “简单图表为数据分析师提供了比任何其他设备更多信息。”...mpg包含美国环境保护局收集38种汽车型号观察结果。...3.drv变量描述了什么? 阅读帮助?mpg找出答案。 4.制作hwy vs cyl散点图。 5.如果你制作一个类vs drv散点图会发生什么? 为什么情节没用?...drv,提示我们drv变量是汽车驱动属性,f =前轮驱动,r =后轮驱动。 4和5.类属性不适合画散点图 映射 “图片最大价值在于它迫使我们注意到我们从未预料到东西。”...语法强调了x和y有用见解:点x和y位置本身就是aesthetic,可以映射到变量以显示有关数据信息可视属性。 绘制美学图后,ggplot2会处理其余部分。

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译文:开发人员面临 10个最常见JavaScript 问题

请考虑以下示例代码段: 执行上述代码会导致以下错误: 为什么?这完全取决于上下文。...而且,仅在实际上从未使用过replaceThing功能主体和函数中引用。 因此,我们再次想知道为什么这里存在内存泄漏。 为了理解发生了什么,我们需要更好地了解JavaScript内部工作原理。...相反,请使用内置全局isNaN()函数: JavaScript问题#5:低效DOM 操作 JavaScript使得操作DOM(即添加,修改和删除元素)相对容易,但对促进这样做没有任何作用。...一个常见示例是一次添加一个DOM元素系列代码。添加DOM元素是一项代价高昂操作。连续添加多个DOM元素代码效率低下,并且可能无法正常工作。...虽然,不使用严格模式本身并不是“错误”,人们越来越鼓励使用严格模式,遗漏也越来越被视为不良形式。 以下是严格模式一些关键好处: ·使调试变得更容易。

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送书 | Python编程:从入门到实践

方法是Python可对数据执行操作。在name.title()中,name后面的句点(.)让Python变量name执行方法title()指定操作。...例如,一个重要示例是,在用户登录网站时检查用户名。但在一些简单得多情形下,额外空格也可能令人迷惑。所幸在Python中,删除用户输入数据中多余空白易如反掌。...接下来,我们分别删除末尾(见❷)、开头(见❸)和两端(见❹)空格。尝试使用这些剥除函数有助于你熟悉字符串操作。在实际程序中,这些剥除函数最常用于在存储用户输入前进行清理。...有些Python 2 print语句也包含括号,行为与Python 3中稍有不同。简单地说,在Python 2代码中,有些print语句包含括号,有些不包含。...如果答案是肯定,就编写注释解决方案进行说明吧。相比回过头去再添加注释,删除多余注释要容易得多。从现在开始,本书示例都将使用注释来阐述代码工作原理。

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我用 React 和 Vue 构建了同款应用,来看看哪里不一样(2020 版)

这是因为在 create-react-app 中,默认每个 React 组件都会附带一个单独文件来保存样式,而 Vue CLI 用单一文件来为默认组件包含 HTML、CSS 和 JavaScript...在 Vue 中,通常会将组件所有突变数据放置在一个 setup() 函数内,该函数返回一个对象,其中包含要公开数据和函数(就是那些你要在应用中使用东西)。...newToDo 变量是一个对象,有一个 id 键,值由 newID 确定。它还有一个 text 键,值由 toDo 确定。这个 toDo 就是输入值更改时要更新那个 toDo。...在 Vue 中,我们 input 字段有一个称为 v-model 句柄。这使我们能够执行称为 双向绑定 操作。...然后在 ToDoItem 组件内执行以下操作: deleteItem(item.id)}>

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基于遗传算法特征选择:通过自然选择过程确定最优特征集

但是因为技术快速发展,现在是信息大爆炸时代,有多余可用数据,因此通常会出现多余特征。许多特征都是多余。它们会为模型增加噪音,并使模型解释出现问题。 我们面临问题是确定哪些特征与问题相关。...大致步骤如下: 产生初始种群 种群中每个成员进行评分 通过竞赛选择子集进行繁殖 选择要传递遗传物质(特征) 应用突变 以上步骤重复多次,每一次成为一代(generation) 该算法运行一定数量代之后...实际操作 实验基于 UCI 乳腺癌数据集,其中包含 569 个实例和 30 个特征。使用这个数据集,我测试了几个分类器所有特征、遗传算法特征子集以及使用卡方检验五个特征进行比较。...当值比较大时,通常选择当前最好成员。此行为不会导致选择任何较弱成员。对于较弱成员,虽然提供了暂时性能提升,最终这会导致整体性能降低,因为较弱选项没有得到改进机会。...虽然这些结果不是决定性,但它们显示了遗传算法好处。模型性能基于遗传算法特征子集,该子集始终优于基线模型和卡方特征子集。逻辑回归模型是一个例外,结果仍然具有可比性。

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