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为什么是AUC不是GSEA来挑选转录因子呢

首先批量计算AUC 如果是单细胞转录组数据里面,每个单细胞都是有一个geneLists,那么就是成千上万个这样的calcAUC分析,非常耗费计算资源和时间,就需要考虑并行处理,我们这里暂时不需要,所以直接...基因集的转录因子富集分析 motifs_AUC <- calcAUC(geneLists, motifRankings, nCores=1) motifs_AUC 可以看到是 24453个motifs的AUC都被计算了..., border="darkred") nes3 <- (3*sd(auc)) + mean(auc) abline(v=nes3, col="red") 可以看到 24453个motifs的AUC看起来满足正态分布...GSEA分析一文就够(单机版+R语言版) GSEA的统计学原理试讲 GSVA或者GSEA各种算法都是可以自定义基因集的 但实际上,绝大部分读者并没有去细看这个统计学原理,也不需要知道gsea分析的nes如何计算...不理解原理并不影响大家使用,知道这个概念,知道如何根据AUC去判断结果就好。

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Requests库(二十)为什么请求的json字段传入dict格式才正确不是json格式

本次分享源于在微信群里有人问的一个问题,为什么在requests请求的时候,参数中有一个json的字段,传入dict就可以正常,传入json dumps后的数据请求就报错。...原因出现在哪里 首先来说,按照我们的习惯的来说的话,有json参数,就应该传入json的字符串,但是我们传入json的字符串就请求发送后了,预期不是我们想要的,但是我们传入dict 结果就是正确的...,按说,不应该啊,那么这是为啥呢,看到这里,我的想法就是是不是内部做了什么处理呢,于是乎开始查找问题的根本。...json最后调用complexjson的dumps,那么这里应该就是了json这给处理, ?...这里就是把json内部封装给解决了处理了dict,内部直接转换成json,所以你只需要传入dict即可。特别方便把。

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Amazon DynamoDB 工作原理、API和数据类型介绍

同时,DynamoDB 使用分区键的作为内部哈希函数的输入,从而将项目写入表中。哈希函数的输出决定了项目将要存储在哪个分区。 要从表中读取某个项目,必须为该项目指定分区键值。...在这种情况下,DynamoDB 会根据字符串 Dog 的哈希,使用其哈希函数决定新项目的存储位置。请注意,项目并非按排序顺序存储的。每个项目的位置由其分区键的哈希决定。 ?...DynamoDB 使用分区键值作为对内部哈希函数的输入。来自哈希函数的输出决定了项目将存储到的分区(DynamoDB 内部的物理存储)。具有相同分区键的所有项目按排序键值的排序顺序存储在一起。...为将某个项目写入表中,DynamoDB 会计算分区键的哈希以确定该项目的存储分区。在该分区中,可能有几个具有相同分区键值的项目,因此 DynamoDB 会按排序键的升序将该项目存储在其他项目中。...为读取 Pets 表中的同一项目,DynamoDB 会计算 Dog 的哈希,从而生成这些项目的存储分区。然后,DynamoDB 会扫描这些排序键属性,直至找到 Fido。

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Grafana Loki 架构

为了进行哈希查找,distributors 找到最小合适的 Token,其大于日志流的哈希,当复制因子大于 1 时,属于不同 ingesters 的下一个后续 Token(在环中顺时针方向)也将被包括在结果中...这种哈希配置的效果是,一个 ingester 拥有的每个 Token 都负责一个范围的哈希,如果有三个为 0、25 和 50 的 Token,那么 3 的哈希将被给予拥有 25 这个 Token...当查询前端就位时,应将传入的查询请求定向到查询前端,不是 querier, 为了执行实际的查询,群集中仍需要 querier 服务。 查询前端在内部执行一些查询调整,并在内部队列中保存查询。...该接口在支持的数据库中的工作方式有些不同: DynamoDB 原生支持范围和哈希键,因此,索引条目被直接建模为 DynamoDB 条目,哈希键作为分布键,范围作为 DynamoDB 范围键。...对于 Bigtable 和 Cassandra,索引条目被建模为单个列哈希键成为行键,范围键成为列键。 一组模式集合被用来将读取和写入块存储时使用的匹配器和标签集映射到索引上的操作。

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NoSQL和数据可扩展性

请注意,这些显示了比较之间的相对分数不是实际的绝对分数。...亚马逊DynamoDB是一个很好的候选数据库,因为它在其键值存储中原始地存储简单的JSON,而且还提供了二次索引来拉回记录和数据概要,就像更复杂的文档存储一样。...文档数据库用例也简要介绍了DynamoDB,因为它存储JSON和二级索引,允许记录查询。 亚马逊DynamoDB DynamoDB是一个键值NoSQL数据库,支持最终和强大的一致性。...注意:您可能需要使用us-west-2或其他区域标题不是eu-west-1 现在因为我们使用不同的DynamoDB实例,我们需要重新创建表并加载项。...请注意,使用托管云版本的DynamoDB不是本地版本,应用程序的响应速度更快。 监控使用和成本 您可以通过访问AWS上的DynamoDB控制台来查看您使用的存储空间。

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什么情况下才应该使用存储过程不是用程序来对数据做操作?

对于什么情况下才应该使用存储过程不是用程序来对数据做操作的问题,我有下面的看法。...---- 个人经验总结 正巧看到了这个问题,那就把之前不成熟的想法梳理一下(可能有很多错误),因为没有写存储过程,所以不涉及实现细节,从宏观的角度来看,有错误多多谅解。...局限性 很久以前,由于硬件的局限性和功能的限制,被认为更节省数据,数据存储的一致性和安全性是数据库的主要功能,数据计算和操作的应用层实现了更多的功能。...其他内容 OLTP类的应用可能需要更多的业务逻辑,数据操作的复杂性和容量相对较小,甚至在应用程序层实现中,数据操作也不会产生太大的影响。...向应用程序层添加更多的数据操作逻辑可以减少对数据库存储过程的更改的需求,从而支持不同的数据库。

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具有EC2自动训练的无服务器TensorFlow工作流程

为了减轻这种情况,所有Lambda函数都将为Node.js编写,这也将允许使用TensorFlow.js不是标准的Python库。...ECR —允许提取Docker映像(仅EC2会使用,不是Lambda函数使用)。 IAM —获取,创建角色并将其添加到实例配置文件。...将焦点转移到此处不是完成JavaScript Lambda函数的动机是,train如果完成了EC2 / ECR集成,则可以更轻松地验证功能,否则将无法验证启动脚本是否正常运行。...希望将关键字段作为环境参数传递给Docker容器,但是为了便于测试,将提供这些。接下来,创建代表两个DynamoDB表的变量。 对于输入数据,将对DynamoDB数据表执行扫描。...通过找到最大,此预测将转换为简单的标签映射,然后在新的JSON对象中返回。

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Envoy架构概览(9):访问日志,MongoDB,DynamoDB,Redis

DynamoDB Envoy支持具有以下功能的HTTP级别DynamoDB嗅探过滤器: DynamoDB API请求/响应解析器。 DynamoDB每个操作/每个表/每个分区和操作统计。...4xx响应的失败类型统计信息,从响应JSON分析,例如ProvisionedThroughputExceededException。 批量操作部分失败统计。...哈希标记。 配置 有关过滤器配置的详细信息,请参阅Redis代理过滤器配置参考。 相应的集群定义应该配置环哈希负载平衡。 如果需要进行主动健康检查,则应该使用Redis健康检查对群集进行配置。...MULTI(事务块)不是。尽可能使用流水线来获得最佳性能。 在命令级别,Envoy仅支持可靠地散列到服务器的命令。因此,所有支持的命令都包含一个密钥。...例如,如果我们获取五个键和两个键的后端超时,我们会得到一个错误的响应,每个代替

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FaaS 的简单实践

returnrespond(ValueError('Unsupported method "{}"'.format(operation))) 虽然大多数情况下不需要很多代码(许多人会使用关系数据库不是...AWS中所使用的组件列表如下: AWS IoT : 用于数据收集和设备管理, DynamoDB: 文档存储以持久化数据读数, AWS Lambda : 无服务器数据处理, S3:用作静态网站托管的块存储...总体数据流是以下方式工作的: 设备向 AWS IoT 发送小量数据(每5秒) , 物联网将数据存储DynamoDB 表中* Lambda函数每分钟和每小时被触发去做数据分析并将结果存储DynamoDB...DynamoDB 不是存储原始时间序列数据的最佳选择。...然而,让我们想象一下,如果一个企业的设备每秒钟都在报告关键数据(不是每隔15分钟) ,而且有成千上万的数据。 还愿意为FaaS付多少钱呢?

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【服务网格架构】Envoy架构概览(9):访问日志,MongoDB,DynamoDB,Redis

DynamoDB Envoy支持具有以下功能的HTTP级别DynamoDB嗅探过滤器: DynamoDB API请求/响应解析器。 DynamoDB每个操作/每个表/每个分区和操作统计。...4xx响应的失败类型统计信息,从响应JSON分析,例如ProvisionedThroughputExceededException。 批量操作部分失败统计。...哈希标记。 配置 有关过滤器配置的详细信息,请参阅Redis代理过滤器配置参考。 相应的集群定义应该配置环哈希负载平衡。 如果需要进行主动健康检查,则应该使用Redis健康检查对群集进行配置。...MULTI(事务块)不是。尽可能使用流水线来获得最佳性能。 在命令级别,Envoy仅支持可靠地散列到服务器的命令。因此,所有支持的命令都包含一个密钥。...例如,如果我们获取五个键和两个键的后端超时,我们会得到一个错误的响应,每个代替

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Amazon DynamoDB

DynamoDB 特性: 1) 稳定的性能保证(固态硬盘SSD进行存储,十毫秒内完成,处理请求速度不会随着数据量的增加减慢) 2) 读/写流量限制预设Provisioned Throughput(用户必须指定对数据库的读...每个attribute的value部分既可以使单(single-valued)也可以是个组合(multi-value)。如果是组合的话,这个集合(set)中值是不允许有重复的。...表中的记录拥有单属性简单哈希主键或两属性Hash Key+Range Key组合主键。记录内容可包含任意多个属性,属性分单或多值两种。属性可以是字符串或数值类型。...2、操作 DynamoDB提供如下操作: 1、putItem:插入或更新一条记录,支持条件更新,支持在更新时返回属性旧 2、getItem:获取一条完整的记录或某些属性,允许指定用最终一致性读还是严格一致性读...另外存储费用为存储1$/GB.月,操作超过1KB的对象还要另收费。可以看到DynamoDB存储费用是S3的7-18倍,估计是因为用了SSD带来的成本提高。

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DynamoDB 的云原生之路 —— 流控策略的演进

一旦分区流量不均匀,就有可能出现,某些分区由于流量大,达到了该分区配额 100 WCUs 被限流;另外一些流量小的分区的配额却被浪费。...具体到实现上,DynamoDB 用了三个令牌桶: 分区预留令牌桶。对应前面例子中的那 100 RCUs,当分区流量不超过这个时,允许读写且从该令牌桶中扣除相应数量令牌。 节点总量令牌桶。...不能说,一些分区流量小,但仍然占用着配额,另外一些分区流量大,但在用完了分配给其的配额后,就要被限流。 虽然自适应策略在跨分区方向做了一些改进,但仍然是补丁范畴,不是将动态流控作为第一思想来设计。...组件 DynamoDB 架构 GAC 服务:由一组 GAC 实例构成,以一致性哈希[2]的方式进行流量均摊。 GAC 实例:使用令牌桶方式产生令牌,每个实例会维护一个或者多个表级别的令牌桶。...为了避免热点聚集导致某些存储节点被打垮,DynamoDB 实现了一套可以主动根据吞吐消耗和存储量来对分区进行跨节点均衡的机制: 每个存储节点会各自进行资源用量核算,如果节点资源总用量超过节点某个百分比阈值

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Grafana Loki 简明教程

存储在 Consul 中的哈希环被用来实现一致性哈希;所有的采集器将他们自己的一组 Token 注册到哈希环中去。...与 Loki 的其他核心组件不同,块存储不是一个独立的服务、任务或者进程,而是嵌入到需要访问 Loki 数据的采集器和查询器中的库。...块存储依赖统一的 ”NoSQL“ 存储DynamoDB、Bigtable 和 Cassandra)接口,该接口可以用来支持块存储索引。...上面支持的这些数据库中接口的工作原理有些不同: DynamoDB 支持范围和哈希 KEY。所以索引条目直接建模为 DynamoDB 的数据,哈希 KEY 为分布式 KEY,范围为范围 KEY。...Loki 中简化了这一点,因为没有指标名,只有标签,所以最后决定使用流不是序列。 标签示例 下面的示例将说明 Loki 中 Label 标签的基本使用和概念。

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