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使用Clustal进行序列比对

序列比对在保守区域鉴定,系统发育分析,motif识别等多个领域发挥重要作用,是生物信息数据分析必备的基础技能之一。Clustal是一款经典的序列比对工具,支持DNA, RNA, 蛋白质的比对。...序列比对不同于Blast的地方在于,Blast是局部比对,而序列比对是全局比对。...如果不习惯命令行的操作方式,也有在线服务可以使用。EBI提供的在线服务网址如下 https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ ?...使用非常简单,输入序列,调整参数设置,然后提交即可。在输出结果中,还提供了颜色标记,进化树可视化等功能。 ? 通过Mview可视化序列比对结果,示意如下 ?...也支持导出到Jalview软件中进行可视化。 通过Phylogenetic Tree可以查看进化树的结果,默认采用NJ法建树,示意如下 ?

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使用muscle进行序列比对

muscle是最为广泛使用序列比对工具之一,其速度和准确度比clustal都要更加优秀,在几秒钟的时间就可以完成上百条序列的比对,而且用法简单。...xzvf muscle3.8.31_i86linux64.tar.gz mv muscle3.8.31_i86linux64 muscle chmod +x muscle 由于解压后的文件名很长,这里对文件进行了重命名...muscle的基本用法如下 muscle -in seqs.fa -out seqs.afa 输入序列为FASTA格式,如果输入序列中出现了gap, 会先去除这些gap, 然后在进行序列比对。...除了序列比对外,muscle还可以构建进化树,支持以下两种建树方式 NJ UPGMA NJ法构建的进化树可信度更高,而UPGMA建树的速度更快。...muscle时,其默认参数设置就能够满足绝大部分的使用场景,只有对于较大的输入序列,才需要调整参数。

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使用 Pytorch 进行类图像分类

挑战 这是一个类图像分类问题,目标是将这些图像以更高的精度分类到正确的类别中。 先决条件 基本理解python、pytorch和分类问题。...另一个原因是有可能(几乎在所有情况下)模型已经过训练以检测某些特定类型的事物,但我们想使用该模型检测不同的事物。 所以模型的一些变化是可以有我们自己的分类层,它会根据我们的要求进行分类。...在这里,我使用 GPU,因此它将设备类型显示为 CUDA。 14. 移动到设备 创建一个可以将张量和模型移动到特定设备的函数。 15....提示:使用 pred_dl 作为数据加载器批量加载 pred 数据进行预测。练习它,并尝试使用集成预测的概念来获得更正确的预测数量。...未来工作 使用我们保存的模型集成两个模型的预测,进行最终预测并将此项目转换为flask/stream-lit网络应用程序。

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使用Pytorch进行类图像分类

挑战 这是一个类图像分类问题。目的是将这些图像更准确地分类为正确的类别。 先决条件 基本了解python,pytorch和分类问题。...在这里选择了这样一种策略,即在对新输入进行模型训练时,不需要对任何现有层进行训练,因此可以通过将模型的每个参数的require_grad设置为False来保持所有层冻结。...9.添加自己的分类器层 现在,要使用下载的预训练模型作为您自己的分类器,必须对其进行一些更改,因为要预测的类别数量可能与训练模型所依据的类别数量不同。...提示:使用pred_dl作为数据加载器可以批量加载pred数据以进行预测。进行练习,并尝试使用集合预测的概念来获得更多正确的预测数。...24.未来的工作 合并两个模型的预测,进行最终预测,然后使用保存的模型将此项目转换为flask / stream-lit Web应用程序。 资源资源 如果想要笔记本,可以在这里获得。

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pytorch使用DistributedDataParallel进行卡加速训练

在上文我们介绍了如何使用多线程在数据模块中进行模型训练加速,本文我们主要介绍在pytorch中如何使用DistributedDataParallel,torch.multiprocessing等模块来进行卡并行处理提升模块训练速度...下面依次介绍下pytorch的数据并行处理和卡多进程并行处理,以及代码上如何调整代码进行卡并行计算。...DataParallel(DP) DataParallel是将数据进行并行,使用比较简单: model = nn.DataParallel(model,device_ids=gpu_ids) 但是在使用过程中会发现加速并不明显...这里主要原因是虽然模型在数据上进行卡并行处理,但是在计算loss时确是统一到第一块卡再计算处理的,所以第一块卡的负载要远大于其他卡。...DP和DDP的区别可参考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/206467852 下面直接从代码角度分析如何从单卡训练调整为使用DDP的卡训练。

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使用kibana来进行ElasticSearch的信息查询检索

ELK包括ElasticSearch(数据存储、快速查询)、logstash(日志搜集)、kibana(展示ElasticSearch数据的图形界面)。...如果你ES里没有index的话,就得先创建个,插入数据,然后才能使用kibana的查询功能。...this.createTime = createTime; } } 这里有个地方需要注意,就是必须要有一个为Date类型的field,不然kibana那里是添加不了这个Index的,kibana是以时间排序来进行查询选择的...查询输入框里可以输入各种条件,你能用字段名和你感兴趣的值构建一个搜索,数字类型的数据可使用比较操作符比如>、<、=等,你可使用AND、OR、 NOT逻辑符连接元素,必须是大写。...譬如 id:10 name:=name9 这里你可以构建自己的查询条件来完成想要的查询结果。

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PB级数据实时查询,滴滴Elasticsearch集群架构实践

Elasticsearch 在滴滴有着非常丰富的使用场景,例如线上核心的打车地图搜索,客服、运营的多维度查询,滴滴日志服务等近千个平台用户。...最初设计 Sink 服务是想对写入 Elasticsearch 集群进行管控,保护 Elasticsearch 集群,防止海量的数据写入拖垮 Elasticsearch。...有了集群架构后,Elasticsearch 平台可以消费一份 MQ 数据写入多个 Elasticsearch 集群,做到集群级别的容灾,还能通过 MQ 回溯数据进行故障恢复。...这样一个索引 Query 可能查询的是多个索引,比如有如下 3 个索引: index_a index_b index_c 使用 index* 查询的时候,可以同时查询到 index_a、index_b、...在使用集群架构后,平台内部的 Elasticsearch 集群会出现资源分配不均的问题。

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Flask使用Blueprint进行模块应用的编写

博客: http://blog.csdn.net/u012734441 ❈ 1、blueprint 2、分模块后的结构 3、业务模块 4、运行 5、总结 1、blueprint 在使用flask进行一个项目编写的时候...blueprint进行不同模块的编写,不同模块之间有着不同的静态文件、模板文件、view文件,十分方便代码的维护和管理,下面就是使用blueprint来进行上面用户管理、部门管理、账号管理模块的模拟编写...在相应的路由注解上,我使用的就是dept.route,因此在定义了为dept的blueprint对象后,这里的作用相当于当初定义的app Flask对象,但其实是进行了view层的路由后,最终还是注册到了...5、总结 Blueprint其实本身只是对view上的接口进行了注册,然后整体挂载在app上,Blueprint本身的目的就是组织模块的平行共存,避免直接在app上注册view,其实更多的只是方便开发和代码的维护...使用Blueprint,应用会在Flask层中进行管理,共享配置,通过注册按需改变应用 对象。Blueprint的缺点是一旦应用被创建后,只有销毁整个应用对象才能注销lueprint。

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超越stacking, 使用optuna对模型进行加权融合

模型加权融合是一个常见的提升机器学习效果的方案。 但是各个模型的权重如何确定呢?...有些方案是使用线性回归或者逻辑回归模型进行学习,这种方案一般叫做stacking ensemble,但是这种方案一般是对可微的Loss进行优化的,无法直接对auc,acc等不可微的评价指标进行优化。...由于optuna是一个强大的不可微问题调优工具,我们可以使用它来寻找模型融合的权重,直接对auc,acc等不可微的评价指标进行优化,当给予足够的搜索次数时,其结果相比stacking ensemble通常更加有竞争力...optuna_ensemble_score:', test_score(best_params)) optuna_ensemble_score: 0.9320248463114754 nice,optuna模型融合方案在测试集

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使用Pytorch和BERT进行标签文本分类

虽然TF/IDF矢量化或其他高级词嵌入(如GLOVE和Word2Vec)在此类NLP业务问题上表现出了良好的性能,但这些模型存在局限性就是使用一个向量对词进行编码而不考虑上下文的不同含义。...一个例子是,当用户与自动聊天机器人交互时,它试图理解用户查询的意图并准确地提供响应。 对于这种情况,NLP中的另一个例子是从下面两个句子中解码上下文意义。...为简便起见,我已展示了如何对单词计数列进行计数,其中单个标题中使用的总单词数将被计算在内。您可能还需要处理类似于TITLE的Abstract列,以及ABSTRACT和TITLE的组合。...创建检查点可以节省时间,以便从头开始进行重新训练。如果您对从最佳模型生成的输出感到满意,则不需要进一步的微调,则可以使用模型进行推断。...在没有进行超参数优化的情况下,我使用测试数据进行推理,并在private score中获得0.82分。 有一些事情可以做,以提高F1成绩。

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如何使用keras,python和深度学习进行GPU训练

然而,我们对keras最感到受挫的一个原因,是在GPU环境下使用,因为这是非常重要的。 如果你使用Theano,请忽略它——GPU训练,这并不会发生。...TensorFlow还是有使用的可能性,但它可能需要大量的样板代码和调整才能是你的网络使用多个GPU进行训练。...在使用GPU训练的时,我更喜欢用mxnet后端(或甚至直接是mxnet库)而不是keras,但这会引入更多配置进行处理。...kerasGPU训练结果 让我们检查一下辛勤的劳动成果。 首先,使用附带链接中的代码。然后,可以按照结果进行操作。...使用Keras启用GPU培训就像单个函数调用一样简单 - 我建议尽可能使用GPU培训。

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