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    R语言实现GWAS数据文件格式转化

    全基因组关联分析(GWAS)大家都不陌生,今天我们给大家介绍下各种格式之间转化在R语言是怎么实现的。首先我们来看下GWAS都有哪些数据格式: 1....这个数据格式需要两个文件共同保存数据一个map文件一个ped数据文件。...以上就是GWAS主要的文件结构,在R语言中还有另外一个结构就是GDS结构,此结构由R包gdsfmt进行创建编辑。今天我们主要讲下在包SNPRelate中如何实现这些数据结构之间的转化。...文件 通过以上函数的转化,我们就可以利用在R包或者相关软件中算法进行下面的相关性计算分析。...比如R中的GWASTools中的assoRegression函数就可以利用GDS文件进行相关性分析。 欢迎大家学习交流!

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    如何在R语言中安装plink2R用于读取plink二进制文件

    plink2R的github: 10年之前的包,没有更新,但是有用。所以,安装一下。 R语言是昨天安装的R3.6版本(Linux系统安装老版本的R语言,比如R3.6?)。...1,系统中有git(如果没有,通过手动下载上传也是一样的) 通过git下载: git clone https://github.com/gabraham/plink2R.git 手动下载: 下面以手动下载的文件为演示...: 上传到系统中,解压,进入文件: $ ls data.bed data.bim data.fam plink2R plink2R.R README.md 进入R3.6: install.packages...’ * removing ‘/home/gwas/R3.6/lib/R/library/plink2R’ Warning message: In install.packages("plink2R/",.../R3.6/lib/R/library/00LOCK-plink2R/00new/plink2R/libs ** R ** byte-compile and prepare package for lazy

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    X#中如何根据不同的区域设置显示项目资源中不同语言的文件

    这里所说的区域设置,应该是 OS 的区域设置,换句话说,是中文环境还是其他语言的环境。...上一篇解释了如何将窗体控件的 Text (按照 VFP 习惯的说法,就是控件的 Caption)实现多语言的方法,今天来看一下控件根据不同的区域设置显示不同语言文件内容的方法。...首先准备两个RTF文件。一个英文的,一个中文的。假设,它们分别是 Warning.rtf 和 Warning_CN.rtf。...打开 VS IDE,创建基于模板的项目,如下图所示: 我将项目命名为 Demo 更改项目属性,将所使用的方言更改为 Visual FoxPro,并更改“语言”和“方言”中的选项以“适配”所选方言。...在项目中添加“现有项”--事先准备好的RTF文件。 然后在项目属性的资源中,也添加这两个文件。

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    如何使用命令行运行R语言的rmd rmarkdwon文件

    太长不看: 运行下面命令: R -e "rmarkdown::render('script.Rmd',output_file='output.html')" 命令解析: 首先使用R -e进行R语言命令行运行...使用rarkdown的render函数, 进行Rmd文件的运行和解析, 参数outputfile是输出文件名称和格式, 这里的格式为html, 可以选择pdf或者word格式....需要准备的文件是script.Rmd文件, 里面是rmarkdwon的格式文件. 例子 文件: script.Rmd ### 我是谁?...> dengfei ### 来干嘛 > 演示如何通过命令行调用rmarkdwon脚本,并生产html ### 来个例子 ```{r} example(plot) ``` 运行...A最先发送的是pdf格式, 在发送中将文件取消, 不一会儿B同事收到了一个后缀为md的文件. md是markdown格式的后缀, 需要特定的软件转换后查看. 桥段2: ?

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    MySQL数据迁移那些事儿

    根据不同的需求可能要采取不同的迁移方案,数据迁移过程中也可能会遇到各种大小问题。本篇文章,我们一起来看下 MySQL 数据迁移那些事儿,希望能帮助到各位。...物理迁移包括拷贝数据文件和使用 XtraBackup 备份工具两种。...不同服务器之间可以采用物理迁移,我们可以在新的服务器上安装好同版本的数据库软件,创建好相同目录,建议配置文件也要和原数据库相同,然后从原数据库方拷贝来数据文件及日志文件,配置好文件组权限,之后在新服务器这边使用...mysqldump 同样适用于不同版本不同配置之间的迁移,不过全量迁移时,笔者不建议使用 -A 参数备份全部数据库,特别是对于不同版本之间迁移,可能某些系统库稍有不同,迁移后容易出现未知问题。...'testuser'@'%'; # 至此 新环境已经存在要迁移的库和用户 只是没有数据 # 原环境使用mysqldump备份除系统库外的所有库 mysqldump -uroot -pxxxx -R

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    MySQL Shell 使用指南

    除了 SQL 语言外,MySQL Shell 还支持 JavaScript 和 Python 语言,这使得它超越了传统 SQL 命令行界面的限制,提供了更高级的功能和灵活性。...2.利用 MySQL Shell 进行备份恢复下面我们来了解下如何使用 MySQL Shell 进行备份恢复,备份恢复程序需要在 JavaScript 语言下运行,可在批处理命令行执行,也可在交互模式下执行...库名 @表名 @@*.tsv.zst:这是实际的数据文件,.tsv 表示纯文本格式,.zst 表示数据被 zstd 压缩算法压缩。...每个表的数据可能会被分割成多个 chunk,每个 chunk 一个文件。库名 @表名 @@*.tsv.zst.idx:与数据文件配套的索引文件。...下面一起来学习下如何在不同场景下进行恢复:# 只指定恢复目录,则会默认全部恢复util.loadDump('/mysql_backup/all_instance')# 恢复时指定并行加载的线程数util.loadDump

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    R||R语言基础(二)_数据结构

    继续我们的R语言基础学习! 今天要学习的是R中的数据类型 在这些数据类型中,向量和数据框对于生信学习者来说较为重要。...ASCII文本文件 2)header 用来确定数据文件中第一行是不是标题 header=T # 第一行是标题 header=F # 第一行不是标题 3)sep 表示分开数据的分隔符 不同函数默认分隔符不同...read.csv的默认分隔符是逗号 read.table()函数可以将1个或多个空格、tab制表符、换行符或回车符作为分隔符 4)quote 用于对有特殊字符的字符串划定接线的字符串 5)dec 用于指明数据文件中小数的小数点...提取列 报错 我在使用read.table读取数据的时候出现了以下报错 查询了一下发现是图中红框的部分是没有数据的,如果使用csv程序会采用NA补全,而table不会 写在最后 磨磨唧唧终于是把R语言基础的数据结构部分给发出来啦...,虽然R语言基础的第三期还没写好,但是!!!

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    Day——5 数据结构

    以下内容出自生信星球学习小组 图片 *数据结构类型 **************** 向量 区分: 标量:一个元素组成的变量 向量:多个元素组成的变量 从向量中提取元素 (1)根据元素位置 x[4]...#取x的第四个元素 x[-4] #排除法,除了第四个元素外剩余的元素 x[2:4] #第二个到第四个元素 x[-(2:4)] #除了第二个到第四个元素 x[c(1,5)] #第一个和第五个元素 (1)...使用sep =“,”来读取被逗号","分隔的文件,使用sep =“\t”来读取制表符分隔的文件 col.names 如果数据文件的第一行不包含变量名(header = FALSE),则可以使用col.names...而且这个命令还优秀到不用写括号的地步,并且支持Tab自动补全哦,不过只能提取一列) (6)直接使用数据框中的变量 plot(iris$Sepal.Length,iris$Sepal.Width) #iris是R语言的内置数据...提取某两列作散点图 保存某些代码为脚本 图片 ************************* 答案:未给X赋值,给X赋值就可以了

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    大数据架构模式

    对于这些场景,许多Azure服务都支持分析笔记本,比如Jupyter,这使得这些用户能够利用他们现有的Python或R技能来进行大规模的数据探索。...大数据流程的构建、测试和故障排除可能具有挑战性。此外,为了优化性能,必须跨多个系统使用大量配置设置。 技巧。许多大数据技术都是高度专门化的,使用的框架和语言并不是更通用的应用程序体系结构的典型。...这要求创建静态数据文件并以可拆分格式存储。诸如HDFS这样的分布式文件系统可以优化读写性能,并且实际的处理是由多个集群节点并行执行的,这减少了总体作业时间。 对数据进行分区。...根据与处理计划匹配的时间周期划分数据文件和数据结构(如表)。这简化了数据摄取和作业调度,并使故障排除更加容易。此外,Hive、U-SQL或SQL查询中使用的分区表可以显著提高查询性能。...在某些情况下,现有的业务应用程序可能会将用于批处理的数据文件直接写入Azure storage blob容器中,HDInsight或Azure data Lake Analytics可以使用这些文件。

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    一篇文章教你搞定JSON素材,从此告别SHP时代~

    现在shp的素材相比json整体都不太流行了,无论是制作成本上还是占用内存上以及与实际行政区划的更新速度上,json地图素材轻便、时效、易获取,很多网站都提供这种轻量级的数据文件。...可是json文件遵循的JS语法,导入R中之后,全部被强制转化为各种嵌套的list、data.frame、array等混合体,如果没有对R数据结构很好的把握,基本看上一眼就绝望了。...(long,lat))) 以上过程展示了如何从json格式的数据文件中提取我们制作数据地图所需要的指标(核心指标由三个:lon、lat、group),但是以上只够我们画出一幅单色地图,因为没有指定任何指标...,在素材提取过程中,之所以先提各区的代码和id,目的是之后与边界经纬度信息合并,这样,所有指标都可以通过合并进入整体的边界点经纬度信息数据文件中,指标(无论是连续还是分类型)可以作为映射规则(大小、颜色...但是针对省级边界的json数据文件,相对就要复杂得多,因为很多省份内的城市辖区可能地域上是分割开的(比如河北的廊坊、安徽的铜陵等),但是R语言通过多边形映射的时候,是将分离的多边形分别定义(依据就是上面的

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    Oracle数据恢复、数据库恢复、灾难恢复专题

    (或者目录数据库中)使用RMAN进行排除表空间备份 在RMAN的备份中,可以通过Exclude命令排除某些不需要备份的表空间。...2662号错误为济南某大学数据存储上丢失的数据文件 电力不稳定,导致HP IA64位的服务器断电,后来维护厂商在不明缘由下,多次反复启停主机。...接下来发现数据库丢失了2个重要的数据文件。如何使用BBED工具修复坏块 在数据库遭受损坏时,可以通过BBED工具对数据块进行修复,BBED的copy命令等对恢复非常有效。...(或者目录数据库中) 使用RMAN进行排除表空间备份 在RMAN的备份中,可以通过Exclude命令排除某些不需要备份的表空间。...接下来发现数据库丢失了2个重要的数据文件。 如何使用BBED工具修复坏块 在数据库遭受损坏时,可以通过BBED工具对数据块进行修复,BBED的copy命令等对恢复非常有效。

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    GreenPlum备份和恢复工具之gpbackup和gprestore

    当还原包含来自分区表的某些叶分区的数据的备份集时,分区表将与叶分区的数据一起还原。例如,使用gpbackup选项创建备份——include table file,文本文件列出分区表的一些叶分区。...还原备份将创建分区表,并仅还原文件中列出的叶分区的数据。 3.8.备份文件 警告:全部gpbackup元数据文件是使用只读权限创建的。切勿删除或修改元数据文件gpbackup 备份集。...这样做会使备份文件无法正常工作。 完整备份集 gpbackup 包括多个元数据文件,支持文件和CSV数据文件,每个文件都有创建备份的时间戳。...如果指定自定义备份目录,则段数据文件将作为备份目录的子目录复制到同一文件路径。如果包括 -叶分区数据 选项, gpbackup 为分区表的每个叶分区创建一个数据文件,而不是为文件创建一个表。...可以配合Hadoop文件系统,需要将所有的备份文件都会上传到HDFS上进行存储,这就涉及到如何将分布的备份文件上传到HDFS上。

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    【详解】MySQL表数据文件损坏导致数据库无法启动

    本文将探讨如何诊断和解决MySQL表数据文件损坏导致的数据库无法启动问题。1....这可以通过以下命令完成:sudo tail -f /var/log/mysql/error.log2.2 确定损坏的表根据错误日志中的提示,可以确定哪些表的数据文件可能已经损坏。...当MySQL表的数据文件损坏时,可能会导致数据库无法正常启动或访问特定表时出现问题。以下是一个示例场景,展示了如何处理这种情况。假设你有一个名为​​users​​的表,其数据文件损坏了。1....当MySQL表的数据文件损坏时,可能会导致数据库无法正常启动或某些特定的表无法访问。这种情况通常需要进行诊断和修复。以下是一些常见的步骤和相关SQL命令,用于处理MySQL表数据文件损坏的问题:1....如果不确定如何操作,建议咨询专业的数据库管理员或技术支持。通过这些步骤,你应该能够诊断和修复MySQL表数据文件损坏的问题。

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