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R读取gmt

前面我们简单介绍过什么是gmt件,基因矩阵转置件格式(* .gmt)。今天我们就用R来去读gmt件。 首先我们从GESA(https:www.gsea-msigdb.orggseadownloads.jsp)的官网上,下载一个gmt件。这里以KEGG的gmt件为例,其他gmt件的读取方法一样。? c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt这个件里面保存的是基因的名字,?而c2.cp.kegg.v7.0.entrez.gmt这个件里面保存的是基因的Entrez gene id,? 下面我们会用两种不同的方法来将KEGG symbol的gmt件读到R里,并转换成列表。由于gmt件的每一行都是不一样长的,所以传统的read.table在这里是毫无用武之地的。 方法一: x

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基因矩阵转置件格式(* .gmt

gmt件可能对于很多人来说比较陌生,但是对于使用GSEA(https:www.gsea-msigdb.org)做过基因富集分析的人应该并不陌生。 gmt(Gene Matrix Transposed,基因矩阵转置)件,里面保存的是一些基因列表的信息。每一行代表一个基因列表,基因之间以制表符隔开。下面是一个gmt件的示例。 C2:curated gene sets该类别包含了已知数据库,献和专家支持的基因集信息,包含下面5个二级分类?4. 下期我们将来谈谈如何用R读取gmt件,为后续富集分析做准备。

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    Time Zone: GMT,UTC,DST,CST

    这个地方为零度经线的起点(亦称为初子午线),并以地球由西向东每24小时自转一周360°,订定每隔15°经度,时差1小时。 GMT(Greenwich Mean Time, 格林威治标准时间) 十七世纪,格林威治皇家天台为了海上霸权的扩张而进行天体观测。 UTC(Coordinated Universal Time,世界协调时间) 多数的两地时间表都以GMT来表示,但也有些两地时间表上看不到GMT字样,出现的反而是UTC这3个英字母,究竟何谓UTC? 所以基上UTC的质强调的是比GMT更为精确的世界时间标准,不过对于现行手表来说,GMT与UTC的功能与精确度是没有差别的。 两者的区别在于前者是一个天上的概念,而后者是基于一个原子钟。

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    GMT5(The General Mapping Tools)初探の安装、配置、运行

    内容目录前言介绍图库GalleryGMT安装,以macOS为例GMT环境变量配置、中支持、运行GMT绘图示例示例1示例2参考网站前言介绍由于日常接触的地图和地形件比较多,而日常使用的NCL、Python ghostscript的中支持下载脚 cjk-gs-integrate.pl 3. cjk-gs-integrate.pl 脚的执行依赖于命令 kpsewhich,该命令由 TeXLive 提供。 使用homebrew安装安装:brew cask install basictex执行脚:$ sudo perl cjk-gs-integrate.pl该脚会自动搜索系统中自带的中字体,并生成gs ~.gmt(若无该件夹,请自行新建)下创建字体配置件:$ touch ~.gmtPSL_custom_fonts.txt$ open ~.gmtPSL_custom_fonts.txt打开 GMT 以后要用中字体时,需要用这些编号来指定字体,也许你的机器上的编号和这里不同。请自行确认你的中字体编号。如果编号不是39到46,请自行修改以下测试脚。#!

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    java时区——获得某一时区的某一时刻一天的开始结束时间

    代码地址:https:code.csdn.netluo4105javautilclasstreemaster 下的TimeZoneTest.java件。 需求如下:计算出某一时区和某一时刻的一天的开始时间和日结束时间,并转成地时区的时间显示。 这里我们可以通过两种方式实现:第一种是通过时间的时区转化得到,如GMT+2一天的开始结束时间在GMT+8显示,我们可以先得到GMT+2时间的0点,再转成GMT+8的时间,并打印显示;第二种是通过两个时区的偏移值计算得到 ,还是上面GMT+2时区转到GMT+8时区的例子,我们计算GMT+8的0点时间,再计算GMT+8到GMT+2的偏移值,GMT+8偏移值- GMT+2偏移值。 将GMT+8的0点时间加上偏移值就是GMT+2的0点时间,在加1天就是结束时间。1.

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    实战|记一次内网靶机渗透测试

    1.1 代码审计全搜索下$_GET?来到ad_js.php$ad_id = !empty($_GET) ? trim($_GET) : ;if(empty($ad_id)){ echo Error! 这里尝试了件包含发现不行,发现robots.txt下存在test目录的upload.html件? 存在administrator用户明看看能不能直接ipc?密码不对。开放了80和700180没啥东西7001为weblogic?存在CVE-2019-2725? 拿下内网weblogic可以看到存在域de1ay.com,拿到了地管理员权限。?存在10.10.10段? -g 9999在web机器上将地的9999跟weblogic的8888绑定:ew.exe -s lcx_tran -l 9999 -f 192.168.111.80 -g 8888??

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    GSEA分析中的gmt格式件如何自定义

    在我前面的章:clusterProfiler包进行KEGG,GO,GSEA富集分析,有介绍在GSEA分析中,在MSigDB(Molecular Signatures Database)数据库中定义了很多基因集 ,下载的基因集是gmt格式件。 下载的gmt格式件,打开后可以看见是下面这个样子的: gmt(Gene Matrix Transposed,基因矩阵转置)是多列注释件,列与列之间都是Tab制表符分割。 gmt件可用 read.gmt()函数读入,读入的数据是一个数据框。 gmt

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    如何通过Go语言将UTC和GMT时间处理为标准北京时间?

    时间的标准有好几种,需要注意下,常用的是UTC和GMT。UTC时间的全称是Universal Time Coordinated(协调世界时),世界标准时间,根据原子钟计算出来的时间。 GMT时间,Greenwich Mean Time(格林尼治平均时),GMT是以前的时间标准,根据英国天台观测得出的时间,表示时区。 image.png UTC时间相对于GMT时间来说,误差更小,但是更多的时间会忽略不计误差,简单可以理解为两者UTC = GMT + 0。 中国位于时区的是东八区,因此对于GMT和UTC的时间,则需要转换成地时间,即中国时间 = GMT + 8 小时。 根据 GMT 字符串获取对应的时间func GetGmtTime(secStr string) (*time.Time, error) { 25 Feb 2021 02:23:17 GMT formatTimeStr

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    (一招搞定)tomcat与服务器时间相差8小时,修改catalina.sh后还不行怎么办?

    在网上查询尝试了一些办法如:修改tomcat件下的bincatalina 件中set JAVA_OPTS= -Duser.timezone=GMT+08 仍然不行↑↑↑后来查到有些特殊情况下是不允许修改代码的 JVM入手了,一个tomcat进程对应一个JVM,我们可以对这个JVM设置一些启动参数,带着这个疑问我们找到了解决方法修改tomcatbinsetclasspath.sh(windows下修改.bat)件 #windows下编辑tomcatbinsetclasspath.bat(在所有代码之前添加)set JAVA_OPTS=-Duser.timezone=GMT #linux编辑tomcatbinsetclasspath.sh (在所有代码之前添加)export JAVA_OPTS=-Duser.timezone=GMT #如果设置了随机启动脚要修改随机启动脚,请修改 vim etcinit.dtomcatexport JAVA_OPTS =-Duser.timezone=GMT+8:00 或 export JAVA_OPTS=-Duser.timezone=GMT+8

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    前端中的时间

    有时在时间字符串会看到GMT。 十七世纪,格林威治皇家天台为了海上霸权的扩张计画而进行天体观测。1675年旧皇家观测所正式成立,到了1884年决定以通过格林威治的子午线作为划分地球东西两半球的经度零度。 例如:“Fri Jul 20 2018 00:00:00 GMT+0800 (中国标准时间)” GMT在时间字符串中是有特定含义的间隔符。 开头的问题即由此引起。在数据库中存储的时间,一定要是UTC时间戳。前端从后台拿到时间戳以后,要转化为地时间对象,再格式化对人类阅读友好的。 mm:ss) 转化为人类友好:moment(20111031, YYYYMMDD).fromNow(); 7 years ago ----以上,不知道写明白没有。

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    java时区讲解

    资源代码地址:https:code.csdn.netluo4105javautilclasstreemaster下的TimeZoneTest.java件。 时区简介什么是时区时区是人为划定的,以初子午线中心(英国格林尼治天台),将地球划为24个时区。时区向东加一区,时间调快一小时,时区向西加一区,时间调慢一小时。 如北京为东八区,日为东九区,北京时间比日晚一小时。时区分类时区有0时区、东1-12区,西1-12区共24区,(这明明是25个区,莫非当年划分时区的英国人数学太差算错了?)。 用”GMT+偏移量”来表示时区。如“GMT+1”代表东一区,时间就是零时区时间加1小时;”GMT-1”就是西1区,时间就是零时区时间减1小时;我国位于东八区,就是”GMT+8”。 时区之间的转化处理由于java中存的是标准时区的时间,只是获取时转成地时区,所以我们只要对时间设置时区,就能获得对应时区的时间。

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    PHP应用跨时区功能的实现方法

    date.timezone属性、可以通过代码,调用ini_set(‘date.timezone, ‘)设置,也可以使用函数 date_default_timezone_set(),或者在htaccess件中设置 其中 now() 始终返回的是gmt的当前时间;local_to_gmt() 可以将地的时间转换为gmt时间;gmt_to_local() 可以将gmt时间转换为地时间;考虑一个典型的应用场景:用户登陆后 codeigniter中提供了一份较为完整的时区列表,timezone_menu() 可以显示一个时区的下拉列表,但是这个列表中的时间不能完全对应到PHP自带的时区显示上,这是PHP身的问题,不过可以通过下面这个函数 ,来让输入的每个时区,都可以获得一个对应的时区字显示。 ,希望的内容对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,谢谢大家对ZaLou.Cn的支持。

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    mongodb 3.2 修改oplogsize

    参考:https:blog.csdn.netjianlong727articledetails789335253.2修改oplogsize的档:https:docs.mongodb.comv3.2tutorialchange-oplog-sizemongodb db.oplog.rs.save(db.optmp.findOne())> db.oplog.rs.find()          ---查询验证是否已插入5、关闭当前单实例进程,然后修改配置,重新加入副集 27017replication:oplogSizeMB: 6144replSetName: set01mongod -f mongod.conf6、检查节点状态登录到mongo shell中检查节点是否成功加入副集 +0800 (CST),tLast : Wed Aug 29 2018 01:20:43 GMT+0800 (CST),now : Wed Aug 29 2018 01:24:16 GMT+0800 ( 1, size: 6144})        ## 设置为6GB, 注意这里的单位是 mbuse localdb.oplog.rs.stats().maxSize4.0在线修改oplogsize的官方

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    如何利用matlab高效处理NC件?

    它能过记录多维度的格网数据,所以有必要通过matlab提取 NC件数据。此外,我们可以把格网数据存储到NC件保存。 :不覆盖现有件SHARE:更新现有件③返回值ncid是件的ID2. ncid = netcdf.open(filename, mode)①作用:打开NetCDF file②常用mode:WRITE 对NC件中的格网数据插值可以利用GMT对生成的.nc格式件进行自动插值,并可以选择插值精度,十分方便,如下是对某网格数据插值实现的。 例之所以提到GMT,一方面是因为GMT绘图质量比matlab高,且代码简单;另一方面,matlab可以和GMT联合编程,有兴趣的小伙伴可以学习GMT。祝大家五一节快乐! 推荐指数:★★☆ (510分) 好不好用只有用了才知道!若觉得好,别忘分享给和您一样爱学习研究的小伙伴哦!

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    业务系统-全球化多时区的解决思路

    人前段时间经历了一个全球化的报表项目(java+mysql),刚开始业务只在国内开展,所有报表用户都是中国人,涉及时间日期的数据,统一用北京时间即可。 海外用户如果要访问加速,可以在当地部署数据副,把主库的数据同步过去(方案有很多,大家可以自行网上查阅)。这样的好处是,数据写入部分不用作任何修改。 时间的匹配及展示有了前面2个前提,后面的事情就好做了,先来看日期字段的sql where 匹配:3.1 根据查询参数中的timeZone,把传入的日期字符串,视为当地时间,统一转换成北京时间(在java层做转换即可,章最后会给出转换代码 (now); System.out.println(转换成东京时间(GMT+09:00)字符串:); System.out.println(toTargetDateTimeString(now, GMT (gmt9DateTimeString, GMT+9, pattern, GMT+8)); System.out.println(转换成北京时间(GMT+08:00):); System.out.println

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    Kubernetes 之修改证书时限

    == Validity Not Before: May 12 07:51:36 2020 GMT Not After : May 12 07:51:36 2021 GMT Subject: O = system ===== ca.crt ===== Validity Not Before: May 12 07:51:36 2020 GMT Not After : May 10 07:51:36 2029 GMT Validity Not Before: May 12 07:51:36 2020 GMT Not After : May 12 07:51:36 2021 GMT Subject: CN = front-proxy-client 修改 Kubeadm 源码包更新证书策略# kubeadm1.14版之前$ vim stagingsrck8s.ioclient-goutilcertcert.go # kubeadm1.14至今的版 root@$host:rootetcd scp etckubernetesadmin.conf root@$host:rootkubernetesdone 更多关注Kubernetes学习请参阅下面的

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    PHP中跨时区应用的解决方法

    我的思路是,系统中所有存储的时间都是GMT(UTC)时间,用户登录时,根据用户所在的时区进行对应的显示。首先了解一下PHP中时区的设置方法。 date.timezone属性、可以通过代码,调用ini_set(‘date.timezone’, ‘’)设置,也可以使用函数 date_default_timezone_set(),或者在htaccess件中设置 其中 now() 始终返回的是gmt的当前时间;local_to_gmt() 可以将地的时间转换为gmt时间;gmt_to_local() 可以将gmt时间转换为地时间;考虑一个典型的应用场景:用户登陆后 codeigniter中提供了一份较为完整的时区列表,timezone_menu() 可以显示一个时区的下拉列表,但是这个列表中的时间不能完全对应到PHP自带的时区显示上,这是PHP身的问题,不过可以通过下面这个函数 ,来让输入的每个时区,都可以获得一个对应的时区字显示。

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    curl在CDN排障中的常见用法

    curl的常用参数-I Show document info only 只展示headers,发起HEAD请求 -o Write output to file instead of stdout 保存到地 X-Client-Ip: 119.29.119.193 X-Server-Ip: 61.156.15.39 X-Upstream-Ip: X-Cache-Lookup: Hit From Disktank 下载件保存为 :-- --:--:-- --:--:-- 12110# lltotal 4-rw-r--r-- 1 root root 1320 Aug 29 19:47 weiboIcon.png 查看详细请求,件不保存 < Last-Modified: Mon, 14 Aug 2017 08:51:52 GMT< X-NWS-LOG-UUID: c977832c-4772-45b2-8da7-904df04c5235< ,L=Beijing,ST=Beijing,C=CN* start date: May 23 00:00:00 2017 GMT* expire date: Jul 05 23:59:59 2019 GMT

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    为什么到了时间你的活动还没开始——探究Date对象

    字符串了复制代码 地理常识复习: 格林尼治时间(GMT)的正午是指当太阳横穿初子午线的时候(格林尼治此时为当地中午12点),有了这个参考点,那么其他任意时刻任意时区的时间都可以推导出来。 UTC 异地时间 地异地以UTC为沟通桥梁 地异地生成UTCconst UTCString = new Date().toISOString() 异地地解析UTCconst dateString 下载了时区数据件,看见一个叫asia的件,果断打开,然后找到了中国相关的时区: ? 使用起来其实也还是差不多的Date的隐式转换之前有另一篇章讲了隐式转换。Date对象在隐式转换的时候,和其他类型不一样。 而Date的valueOf返回的是时间戳new Date + 1 一串字1。

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    kubeadm证书etcd证书过期处理

    not yet valid然后翻译了一下提示证书已过期,网上查了下资料,说是:kubernetes的apiServer 与kubelet的访问授权证书是一年,官方的解释是:通过这种方式,让用户不断的升级版。 Not After : May 19 04:23:55 2020 GMT开始替换证书: 一、 备份原来的配置件及证书# cp -rf etckubernetes etckubernetes_bak# f .admin.conf# rm -f .kubelet.conf# rm -f .controller-manager.conf# rm -f .scheduler.conf二、 创建新证书及配置件 alpha phase certs front-proxy-client # kubeadm alpha phase kubeconfig all --config config.yaml # 生成配置件 原链接:

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