Ggplot2: scales="free_y“，但保持x轴线 - 腾讯云开发者社区

library(ggplot2) head(mpg) ? 2.使用图形属性比如说：散点图点的形状/透明度/颜色用第三个属性表示。...ggplot2的分面有两种方式，分别使用 facet_wrap 或 facet_grid 函数。...fixed 表示所有小图均使用统一坐标范围；free表示每个小图按照各自数据范围自由调整坐标刻度范围；free_x为自由调整x轴刻度范围；free_y为自由调整y轴刻度范围。...这个函数第一个参数也是公式，但该公式包含由~隔开的两个变量。...ggplot(economics_long, aes(date, value)) + geom_line() + facet_wrap(vars(variable), scales = "free_y

1.5K4 0

GEO数据挖掘富集分析

step4output.Rdata') library(clusterProfiler) library(ggthemes) library(org.Hs.eg.db) library(dplyr) library(ggplot2...split = "ONTOLOGY", font.size = 10, showCategory = 5) + facet_grid(ONTOLOGY ~ ., space = "free_y...",scales = "free_y") #气泡图 dotplot(ego) dotplot(ego, split = "ONTOLOGY", font.size = 10, showCategory...= 5) + facet_grid(ONTOLOGY ~ ., space = "free_y",scales = "free_y") #4.展示top通路的共同基因 dotplot(ego)...",scales = "free_y") KEGG富集分析 #1.输入数据 gene_up = deg[deg$change == 'up','ENTREZID'] gene_down = deg[

5434 0

您找到你想要的搜索结果了吗？

是的

没有找到

scRNA分析| gghalves绘制单细胞数据的豆荚图对半小提琴图

') #y轴标题本文内容修改 p2 更多调整细节ggplot2 | 关于标题，坐标轴和图例的细节修改，你可能想了解，ggplot2|theme主题设置，详解绘图优化-“精雕细琢” ，ggplot2|详解八大基本绘图要素等...color = 'black', scale = 'width') + facet_grid(rows = vars(celltype), scales...= 'free_y') #在上图基础上叠加，绘图逻辑相同 p51 <- p5 + geom_half_violin(data = exprs.melt[exprs.melt$group == '...scale = 'width', side = 'r') + facet_grid(rows = vars(celltype), scales...= 'free_y') p51 p52 <- p51 + theme_bw() + theme( panel.grid = element_blank()) + scale_fill_manual

8671 0

ggplot2优雅的绘制配对气泡图

~Type,scales = "free_y",ncol = 11) + scale_fill_manual(values = fill.color) + # scale_y_continuous...width = 0.25, size = 0.8, position = position_dodge( .9)) + facet_wrap(~Type ,scale="free_y...width = 0.25, size = 0.8, position = position_dodge( .9)) + facet_wrap(~Type ,scale="free_y...NULL,y="Gene expression")+ theme_bw() + mytheme p4 写在最后其实我的ggplot2功底也不是很好，没有很系统的去钻研ggplot2的语法和结构...绘图当然很重要，但是科研节奏这么紧张，ggplot2的学习到底应该投入多少时间（当然也看悟性），这点见仁见智。最后给大家分享一本我经常翻阅的ggplot2工具书 - END -

4764 0

跟小洁老师学习GEO的第三天

()) load(file = "step1output.Rdata") load(file = "step4output.Rdata") # 火山图 library(dplyr) library(ggplot2...) dat = distinct(deg,symbol,.keep_all = T) p <- ggplot(data = dat, aes(x = logFC,...step4output.Rdata') library(clusterProfiler) library(ggthemes) library(org.Hs.eg.db) library(dplyr) library(ggplot2...",scales = "free_y") #气泡图 dotplot(ego) dotplot(ego, split = "ONTOLOGY", font.size = 10, showCategory...= 5) + facet_grid(ONTOLOGY ~ ., space = "free_y",scales = "free_y") #(3)展示top通路的共同基因，要放大看。

3490 1

如何通过R语言制作BBC风格的精美图片

它所做的通常是将文本大小，字体和颜色，轴线，轴线文本，边距和许多其他标准图表组件转换为BBC样式，这是根据设计团队的建议和反馈制定的。...但请注意，要使其正常工作，必须是在bbc_style（）后，否则bbc_style（）将覆盖它。...如果只想释放一个轴的刻度，则将参数设置为free_x或free_y。...这些数字分别指定顶部，右侧，底部和左侧的边距-但您也可以直接指定要更改的边距。...按大小重新排序栏默认情况下，R将按字母顺序显示数据，但按大小排列则很简单：只需将reorder（）包装在要重新排列的x或y变量周围，然后指定要变量重新排序。例如。

13.1K1 0

富集的物种不是人咋整啊

rm(list = ls()) library(clusterProfiler) library(org.At.tair.db) library(stringr) library(ggplot2) load...x = bitr(genes,fromType = "SYMBOL",toType = "TAIR", OrgDb = "org.At.tair.db") head(x) ##...AT1G72290 ## 5 BCAT6 AT1G50110 ## 6 OSR1 AT2G41230 2.做KEGG富集 ekk x$...ont = "ALL") barplot(ego, split = "ONTOLOGY") + facet_grid(ONTOLOGY ~ ., space = "free_y...",scales = "free_y")

630 0

R语言绘图组合布局gridlayout

(p2, vp = vplayout(1,2)) #(1,2)的位置画图2print(p3, vp = vplayout(2,1:2)) #（2,:)的位置画图示例 library(ggplot2...plot_grid #帮助函数查看具体usage 示例 library(ggplot2) df x = 1:10, y1 = 1:10, y2 = (1:10)^2,...p5 scales = "free_y...########################## multiplot{Rmisc} ##################################library(Rmisc)library(ggplot2...+ geom_boxplot() + facet_wrap(~class, scales = "free_y") multiplot(p1, p2, p3, p5, cols=2) ?

2.1K6 0

R语言学习 - 柱状图

3.7 19.2 c 10.0 11.0 9.2 12.4 9.6 d 9.0 3.3 10.3 11.1 10.0 整理数据格式，保留基因名字信息 library(ggplot2...aes(fill=gene)) + geom_text(aes(label=value), position=position_stack(vjust=0.5)) p 堆积柱状图显示没问题，但文本标记错位了...长矩阵分面绘制再复杂一些的矩阵 (除了有不同时间点的信息，再增加对照和处理的信息) library(ggplot2) library(reshape2) library(dplyr) data_ori...# scales: free_y 表示不同子图之间使用独立的Y轴信息 # 但x轴使用同样的信息。...", position="dodge", aes(fill=Group)) + facet_grid(Condition~., scales="free_y") p # 如果没有图形界面，运行下面的语句把图存在工作目录下的

2.6K5 0

ggplot2包图形参数(坐标轴、分面、配色)整理

scale_y_log10(breaks=10^(0:3)) scales包的trans_format()函数可使刻度标签使用指数记数法 library(scales) scale_x_log10(breaks...(breaks=datebreaks) # 使用设定的日期刻度分割点调整日期刻度标签的格式 library(scales) # 使用scales包中的date_format()函数来指定格式 scale_x_date...5.2 在不同坐标轴下使用分面使每个分面的坐标轴不一样，将标度设置为"free_x"、"free_y"或"free"。...facet_grid(drv ~ cyl, scales="free_y") # 使用自由的y标度 facet_grid(drv ~ cyl, scales="free") # 使用自由的x标度和y标度...标度范围是0～1（其中0对应黑色，1对应白色），灰度调色板的默认范围是0.2～0.8，但这个可以更改。

11.3K4 1

ggcharts!一键绘制出版级科研商务图表，真的很“哇塞”~~

不经可以为你处理大量数据预处理，而且还省掉了晦涩的ggplot2细节和图表样式。生成的图形是ggplot对象，可以使用任何ggplot2包中的函数进一步定制。...ggplot2绘制 library(dplyr) library(ggplot2) library(ggcharts) data("biomedicalrevenue") biomedicalrevenue...revenue, year)) %>% ggplot(aes(company, revenue)) + geom_col() + coord_flip() + tidytext::scale_x_reordered...() + facet_wrap(vars(year), scales = "free_y") ggplot2绘制结果 ggcharts绘制 biomedicalrevenue %>% filter...(year %in% c(2012, 2015, 2018)) %>% bar_chart(x = company, y = revenue, facet = year, top_n = 10)

2331 0

geo（三）

step4output.Rdata') library(clusterProfiler) library(ggthemes) library(org.Hs.eg.db) library(dplyr) library(ggplot2...split = "ONTOLOGY", font.size = 10, showCategory = 5) + facet_grid(ONTOLOGY ~ ., space = "free_y...",scales = "free_y") #气泡图 dotplot(ego) dotplot(ego, split = "ONTOLOGY", font.size = 10, showCategory...= 5) + facet_grid(ONTOLOGY ~ ., space = "free_y",scales = "free_y") #(3)展示top通路的共同基因，要放大看。

3320 0

生信技能树Day9 GEO数据挖掘差异分析

stable")))table(deg$change)火山图-----------------------------------------------------------------library(ggplot2...)ggplot(data = deg, aes(x = logFC, y = -log10(P.Value))) + geom\_point(alpha=0.4, size=3.5, aes(color...step4output.Rdata')library(clusterProfiler)library(ggthemes)library(org.Hs.eg.db)library(dplyr)library(ggplot2...都是把富集结果表格里的基因名称转为symbolclass(ekk)(3)可视化barplot(ego, split = "ONTOLOGY") + facet_grid(ONTOLOGY ~ ., space = "free_y...",scales = "free_y") barplot(ekk)# 默认用的是adjustP值，可以自己去对象里找原始P值用ggplot2画图#或者是dotplot# 更多资料---# GSEA：https

2481 0

技术贴：R语言拼图全面介绍

library(ggplot2) df <- data.frame( x = 1:10, y1 = 1:10, y2 = (1:10)^2, y3 = (1:10)^3, y4 = (1:10)^...(year), hwy)) + geom_boxplot() + facet_wrap(~class, scales = "free_y") plot_grid...library(ggplot2) p1 <- ggplot(mtcars) + geom_point(aes(mpg, disp)) + ggtitle('图一') p2 <- ggplot(...(expand=c(0,0)) library(patchwork) p | p2 这张图乍一看还不错，似乎刻度线对齐的挺好，但仔细一看会发现进化树和条形图的y轴标签顺序都不对！...= element_blank()) + scale_color_gradientn(colours = viridis::viridis(20), limits = c(0,4), oob = scales

5.8K2 2

GEO

'tibble', 'dplyr', 'stringr', 'ggplot2...# down stable up ## 610 19009 5694.3可视化4.3.1火山图p x...[1] "DOSE"#条带图barplot(ego)图片barplot(ego, split = "ONTOLOGY") + facet_grid(ONTOLOGY ~ ., space = "free_y...",scales = "free_y") 图片#气泡图dotplot(ego)图片dotplot(ego, split = "ONTOLOGY") + facet_grid(ONTOLOGY ~ ...., space = "free_y",scales = "free_y")图片#展示top通路的共同基因，要放大看。

2693 0

r语言同时画两张图(如何用布局和视口出图)

library(ggplot2) #绘制基本ggplot图 base <- ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) + geom_point() p1 <- base + geom_smooth...plot_grid #帮助函数查看具体usage 示例 library(ggplot2) df x = 1:10, y1 = 1:10, y2 = (1:10)^2,...######################## multiplot{Rmisc} ################################## library(Rmisc) library(ggplot2...+ geom_point() p5 scales...= “free_y”) multiplot(p1, p2, p3, p5, cols=2) 发布者：全栈程序员栈长，转载请注明出处：https://javaforall.cn/127525.html

2.4K1 0

跟着PNAS学画图：R语言ggplot2分面的堆积柱形图，有点类似展示群体结构k的那个图

pal_safe_five_ordered <- pal_safe_five[c(5,2,1,3,4)] pal_four <- pal_safe_five_ordered[c(2,5,3,4)] 加载需要的R包 library(ggplot2...) library(tidyverse) library(magrittr) 加载数据集 load("data/a6gap33cntrs.rda") 将数据集整理为ggplot2作图需要的格式...position = position_stack(reverse = TRUE), color = NA, width = 1 ) + facet_grid(name ~ ., scales...= "free_y", space = "free") + coord_cartesian(ylim = c(-10, 120), expand = FALSE)+ scale_x_continuous...select(name, row, column) %>% distinct(), aes(label = name, color = name), x

8454 0

转录组分析—GSE200033二分组(去除异常值Vs未去除)

dat))#临床信息在表头上不需要处理clinical占位置，无实际含义clinical =1nrow(exp)#> [1] 24421exp = exp[apply(exp, 1, function(x)...sum(x > 0) > 0.5*ncol(exp)), ]nrow(exp)#> [1] 13705这样就把表达矩阵的形式转化为行名为基因名，列名为分组信息的名字。...up 531 718 748save(DEG1,DEG2,DEG3,Group,tj,file = paste0(proj,"_DEG.Rdata"))可视化library(ggplot2...",scales = "free_y") p4 free_y...",scales = "free_y") p3+p4ggsave(paste0("GSE200033_go.png"),width = 15,height = 13)未去除异常样本的富集分析图如下4 去除异常值

1441 0

ggplot2优雅的展示发病率

数据库的挖掘，小编在去年写过代码的基础上进行了更加精细的加工，各位观众老爷们细细品味，「数据代码已经上传VIP群，请自行下载」加载R包 library(tidyverse) library(ggh4x)...,"#3CB2EC"), face=c("bold","bold","bold"),size=c(10,10,10)), background_x...Inf, data) { layer(data = data, stat = StatIdentity, position = PositionIdentity, geom = ggplot2...fill=location))+ geom_point(size=2,pch=21,color="white")+geom_line()+ facet_wrap2(vars(measure),scales...= "free_y",axes = "y",remove_labels = "x",strip = ridiculous_strips)+ guides(color=guide_legend(title

6032 0

【R语言】高维数据可视化| ggplot2中会“分身术”的facet_wrap()与facet_grid()姐妹花

比如cols=vars(x)表示将变量x作为维度进行列分面。 scales：表示分面后坐标轴的尺度按照什么规则进行适应。...(默认为"fixed")，按行适应(“free_x”)、按照列(“free_y”)适应，或者跨行和列(“free”)。 space：如果“fixed”，默认，所有面板有相同的大小。...如果"free_y"它们的高度将与y刻度的长度成比例;如果“free_x”，它们的宽度将与x刻度的长度成比例;或者“free”时，高度和宽度都会发生变化。...05 facet_grid()调节X轴的取值范围 m+facet_grid(vars(drv), vars(cyl),scales="free_x") ?...facet_grid()按照y轴调节取值范围 07 facet_grid()调节X和Y轴的取值范围 m+facet_grid(vars(drv), vars(cyl),scales="free ") ?

2.9K3 1

点击加载更多

扫码

添加站长进交流群

领取专属 10元无门槛券

手把手带您无忧上云

R可视乎|分面一页多图

GEO数据挖掘富集分析

scRNA分析| gghalves绘制单细胞数据的豆荚图对半小提琴图

ggplot2优雅的绘制配对气泡图

跟小洁老师学习GEO的第三天

如何通过R语言制作BBC风格的精美图片

富集的物种不是人咋整啊

R语言绘图组合布局gridlayout

R语言学习 - 柱状图

ggplot2包图形参数(坐标轴、分面、配色)整理

ggcharts!一键绘制出版级科研商务图表，真的很“哇塞”~~

geo（三）

生信技能树Day9 GEO数据挖掘差异分析

技术贴：R语言拼图全面介绍

GEO

r语言同时画两张图(如何用布局和视口出图)

跟着PNAS学画图：R语言ggplot2分面的堆积柱形图，有点类似展示群体结构k的那个图

转录组分析—GSE200033二分组(去除异常值Vs未去除)

ggplot2优雅的展示发病率

【R语言】高维数据可视化| ggplot2中会“分身术”的facet_wrap()与facet_grid()姐妹花

扫码

相关资讯

热门标签

活动推荐

运营活动

社区

活动

资源

关于

腾讯云开发者

热门产品

热门推荐

更多推荐