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R语言ggplot2画点和连线展示Mantel检验的结果~示例数据和代码可以获取

image.png 最近看到好几个群里都在讨论这个,今天的推文就来介绍一下这个图左下角基于散点和带弧度的线段实现办法,右上角关于方块之前介绍过代码,大家感兴趣的可以翻翻之前的推文 第一步是准备数据...首先是黑色点的坐标位置,这个是取决于右上角的数据多少,比如开头的展示的是13个变量,那对角线那一列黑色的点的位置坐标x是1-14,y也是1-14 数据格式如下 image.png 读取数据然后作图...geom_point(data=df1,aes(x=x,y=y))+ geom_point(data=df2,aes(x=x,y=y)) image.png 好了今天的推文就先介绍到这里了,如何将方块添加到右上角后面有时间再来介绍

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scRNA分析| Seurat堆叠小提琴不满足? 那就ggplot2 堆叠 各种元素

比如 惊艳umap: scRNA复现|所见即所得,和Cell学umap,plot1cell完成惊艳的细胞注释umap; DimPlot美化 scRNA分析 | 定制 美化FeaturePlot ...,你需要的都在这, DotPlot美化scRNA分析| 和SCI学 定制化聚类点(Dotplot ),含二行代码出方式, DoHeatmap :scRNA分析| DoHeatmap 美化,dittoSeq...,scillus 一行代码出,你PICK谁?...首先计算marker基因,然后使用seurat的DoHeatmap 函数绘制初始 all_markers <- FindAllMarkers(object = sce2) top5 <- all_markers...三 ggplot2-堆叠小提琴 1,提取,转化数据 首先使用FetchData提取出marker gene的表达量,celltype /seurat_clusters(宽数据),然后转为ggplot2

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SuperNAP数据中心揭秘——上

其数据中心承载了当今世界许多领先技术公司的服务器和存储设备,总计千百余名客户。 该公司的最新创作,被称为SuperNAP8,建立在其基础上的是一些创新且可靠的冷却散热系统。...1 投产数据中心内部的通道及设备 首先SuperNAP 8有什么不同呢?...配电走廊之上为IT机房模块,每个机房模块内有11排4列由18个机柜构成的IT微模块(类似腾讯的R18微模块),总计约792个IT机柜。...在建筑的最上方,每个机房模块对应9个(8+1)AHU空调模块,每个AHU模块标称具有1000KW的散热能力,考虑1台冗余,约8000KW的散热能力,基本满足7200KWIT设备发热和其他环境负荷等。...4SuperNAP 7数据中心的俯视图 5是更大规模容量的SuperNAP 8数据中心布局,整个数据中心用电容量高达100MVA,由6个大机房模块构成,每个机房模块占地47000平方英尺,整个数据中心总计多达

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序列数据和文本的深度学习

one-hot(独)编码和词向量是将token映射到向量最流行的两种方法。6.1总结了将文本转换为向量表示的步骤。 图片 6.1 下面介绍分词、n-gram表示法和向量化的更多细节。...下面是使用的代码和结果: 以下是结果: 结果展示了简单的Python函数如何将文本转换为token。 2.将文本转换为词 我们将使用Python字符串对象函数中的split函数将文本分解为词。...让我们通过编写一个简单的Python程序来理解如何将token转换为这些向量表示。我们还将讨论每种方法的各种优缺点。...· 在词是唯一的前提下,add_word函数接受一个单词,并将它添加到word2idx和idx2word中,同时增加词表的长度。...为了理解这一点,我们来看看图6.2,它画出了基于5部电影的二维点的词向量。 图片 6.2 6.2显示了如何调整密集向量,以使其在语义上相似的单词具有较小的距离。

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高颜值可定制在线绘图工具-第三版

生信宝典推出之前推出了一系列画图相关文章,包括多种形式的、线图、柱状、箱线图、泡泡、韦恩、进化树、火山、生存分析、共表达分析聚类如等,都是基于R代码或简便封装的R脚本,便于学习和使用。...现在推出的线上版设计有生信分析常见的16种(新增4中,曼哈顿, PcOA, CPcOA, 桑基), 推出到现在独立访问次数达到3万+次,平均每人访问页面3+次, 总计打开次数9万+次。...下面展示下新增的几个。 曼哈顿,与火山类似,主要是点的属性调整。 ? PcOA:基于距离矩阵的样品聚类 ? CPcOA: 限制性主坐标轴分析,提取最大分类子平面进行展示 ?...桑基:一种流,某种程度上可以视为韦恩的变种,只需要提供类似Venn的数据就可以。 ?

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【TechNow】ABAQUS焊接分析- Part 1:手动定义

在本文中,将给大家展示手动设置Abaqus简单焊接示例,展示如何将分析的结果应用于结构分析(热应力顺序耦合分析)以及如何在模型中使用生死单元。 我们首先关注分析。...1、几何图形 分析步骤 分析步1:去除焊料;分析步2:将边界条件施加在工件与焊料接触的区域,模拟焊接过程;分析步3:在该温度保持一定的时间;分析步4:然后添加焊料;分析步5:冷却结构。...表1:分析与结构分析的分析步 添加热分析的温度结果 在分析中计算的温度被用于结构分析充当预定义场。“Edit Predefined Field”对话框(6)用于指定应该使用哪些温度结果。...6:Edit Predefined Field窗口 选择‘From results or output database file’。“File name”选择分析结果的.ODB文件。...结果 对比相邻的动画结果,很显然,分析的温度适用于结构分析。 在结构分析中,最开始焊料是存在应变,但去除焊料后也如预期(7)。

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实时交通监控:YOLOv8与NVIDIA JetPack 6.0的集成应用

您可以将此信息绘制在堆叠直方图中,该直方图表示计数随时间的变化趋势( 2)。车辆轨迹可视化本部分介绍如何使用 AI Analytics 服务中的行为 API 生成。...提供了一个可视化效果,用于了解一段时间内的交通流量。它是通过积累单个运动轨迹并在空间上将它们映射到整个区域而生成的。...生成逻辑使用给定时间范围内所有对象的轨迹行为坐标 [x,y],使用 计算直方图。应用高斯滤波器来平滑结果。...在 3 中,将平滑的直方图可视化以生成。...开发人员可以使用 API 快速高效地构建应用程序,并生成车辆计数、交通等见解。这些微服务是可替代的,可以扩展到许多边缘 AI 应用程序。

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《大话设计模式》解读02-策略模式

对应的代码实现如下: on_okBtn_clicked 为Qt点击确定按钮后的槽函数:该函数实现为,此次的价格合计等于价格x数量,多次的价格累加是总计价格。...策略模式的作用就是来封装变化点,设计的UML类如下,与简单工厂的主要区别是将简单工厂类换成了上下文类: 上下文类,或称环境类,维护对具体策略的引用 现金收费类,在这里对应的是策略类(父类) 3种具体收费类...对于版本四的代码,Qt界面上客户端的处理代码又变得复杂了,如何将客户端的那些判断逻辑移走呢?下面来看版本五。...,显示在总计框 可以看到如下代码中,版本五的Qt确定按钮的逻辑,又变得清爽起来。...文章推荐 《大话设计模式》解读01-简单工厂模式 UML简介与类详解 UML状态详解 UML时序详解

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R语言绘制圈、环形可视化基因组实战:展示基因数据比较

可以添加多种展信息,如、散点图等。 本文目标: 可视化基因组数据 制作环形 环形很漂亮。可以通过R来实现环形。 首先,让我们生成一个随机矩阵,并将其随机分成五组。...Heatmap(mat1, row_split = split) 在接下来的章节中,我将演示如何将其可视化。 输入数据 heatmap()的输入应该是一个矩阵(或者一个将被转换为单列矩阵的向量)。...circos.text(cell.xlim\[2\] + convert_x(3, "mm"), 7.5, }, bg.border = NA) circlize不生成图例,但是图例可以由Legend()函数手动生成并添加到圆形图中...下图是正常布局的,现在我将用圆形布局改变它们。 直观地显示了DNA甲基化、基因表达和其他基因组水平信息之间的相关性。 原始是用随机数据集生成的。...与原始类似,通过对甲基化矩阵(mat_meth)的行进行k-means聚类,将所有的行分成5组。

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R语言ggplot2画添加分组信息的颜色条

之前有人在公众号留言问文章开头这幅如何实现,下面的B是折线图加柱形,相对比较容易实现,上面的A稍微有点复杂,我想到的办法是拼图,A可以看成三个,然后加一个堆积柱形,最后将四个组合到一起...Good Good Study, Day Day Up")))+ labs(x=expression(paste(italic("ABC"),"123"))) 下面进入今天推文的正式内容 首先是准备的数据...如何画这个昨天的推文已经介绍过了,点击下方蓝色字可以直达昨天的推文 R语言ggplot2画带有空白格的简单小例子 接下来是准备分组颜色条的数据 下面是画这个颜色条 df2<-read.csv...scale_fill_manual(values = c("green","blue","red")) p1%>% insert_left(p2,width = 0.05) 这里遇到一个问题是如何将右侧的图例放大左上角去...接下来是模仿文章开头,拼接三个 p3<-p1+ theme(axis.text.y = element_blank()) pdf(file = "123.pdf",width = 12) p1%

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我想知道到底谁错了

Cancer by Expression Profiles Analysis”,链接如下:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33688252/ 文章给出了清晰的数据分析流程...然后随机选取一个数据集(GSE27447)去提取这些基因的表达量数据,画。以此来看基因分组里的上下调信息与表达芯片原始数据中的上下调情况是否一致。 结论很明确,见下图。...左边,是文章中给出的,差异top10的上下调基因的logFC;右边,是我选取其中一个数据集GSE27447,做的表达量。...因为,我整合了所有数据集的样本,一探究竟,样本总计:186个normal和77TNBC。 ?...看懂的大家应该知道结论了吧~ 不太相关但同样重要的一点 相信大家也看到了,我还添加了两个管家基因(在任何样本中的表达量应该都是高表达的),作为数据检验的marker。

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单细胞SCENIC分析——寻找驱动基因

如何将自己的结果制作成高分文章的样子(SCENIC)?难倒的英雄好汉应该不少。 SCENIC分析高分文章案例分享 ?...SCENIC分析是对ScRNA-Seq数据中转录因子(Transcription Factors,TFs)进行研究,最终筛选得到调控强度显著、处于核心作用的TFs,结果通常以图形式展示。...1 肺癌组织中内皮细胞SCENIC分析 (图片来源于文献Lambrechts D., et al. Nature Medicine, 2018....3 TFs调控强度 4展示了该脑组织各神经细胞类型调控强度较高的TFs(一般文章发表时多采用此),可以从图中挑选出特定细胞类型高调控强度的TFs,为下一步Driver的研究和验证奠定基础。...4 TFs调控强度的 ? SCENIC分析拓展 SCENIC分析不仅可以用于筛选得到有价值的TFs,还可以结合其他的验证手段或数据分析工具来探索更深层次的生物学意义。

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R语言ggplot2绘图单元格为方块的—1—调整图例的位置

今天公众号后台有人留言作图,示例如下 ?...image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现,这个是箱线图和的拼接,右侧的可以借助geom_point()函数实现,将点的形状改为正方块,数值按照正负来映射颜色,按照一定的数值来映射大小...今天的推文记录一个小知识点是 如何将图例远离主并且给放到右上角去 首先是构造一份数据 df<-data.frame(x=LETTERS[1:4],y=1:4) df ?...image.png 正常做一个柱形 library(ggplot2) ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes(fill=x)) ?...image.png 拉大图例与主的距离 使用theme()函数中的legend.box.margin参数来调节 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes

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SuperNAP数据中心揭秘——下

五、柴发模块方面 整个SuperNAP8数据中心共有50个2.8MW的中压柴发,总计140MW备电。每个机房模块有6台柴发,5用1备设计,总计14MW的功率。...19 SuperNAP8数据中心的模块化柴油发电机组 六、室内预制框架结构 Switch通信采用了工厂预制的支撑框架,待微模块及整机柜进场。...“黑铁森林”是一个支撑Switch公司IT系统的超厚钢框架,同时其封闭通道作为一个存储系统,可在断电期间提供冷却功能,帮助保持室内温度。...20 SuperNAP数据中心的结构框架,待机柜进场 七、数据中心几种监控 21是SuperNAP数据中心监控控制系统1000的简单示意图,其中包括了AHU空调模块和电源控制系统PCS,以及各种各样的温度...22 SuperNAP数据中心的网络资源 九、未来建设计划 2009至今,switch通信已经完成了8个数据中心项目的建设。

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SuperNAP数据中心揭秘——中

7 SuperNAP 数据中心的标准化通道组件及桥架 ?...SuperNAP8数据中心的供电方面,switch通信选择了Symmetra MW II不间断电源系统( UPS )所提供的高效和高冗余设计,APC总计为SuperNAP提供了84兆伏安的功率,从而确保了...11是室内侧switch通信专利的通道封闭方案,及两侧送风风管的示意图。 ?...11 SuperNAP数据中心的散热风管及吊顶设计 switch通信采用的模块化AHU、冷风送风管、通道封闭及吊顶等这些技术来进行散热,在冷却效能方面有着突出的表现,能够有效降低后期运营成本。...12 SuperNAP数据中心内的送回风气流组织 其中,在吊顶内,采用了名为SwitchSHIELD的双屋顶系统设计,可以保护数据中心抵御200英里每小时的风速。

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QIIME2-2019.10更新学习笔记

docs 1.更新了教程,以反映对要素表API的更改(主要是参数从metadata重命名为Sample-Metadata)。 2.增加了教程“Q2的系统发育推断-系统发育”。...q2-sample-classifier 1.将可视化器添加到了classify-samples流程。 2.修正了混淆矩阵中导致ROC绘图在不分层、不平衡数据上失败的错误。...3.将cividis添加到可用的颜色图列表中。 4.增加了调整混淆矩阵颜色比例的能力。 5.对此插件中定义的转换器进行了一些更新,以使其能够与最新版本的Pandas一起使用。...7.修复了此插件产生的可视化中的一个错误,该错误导致某些单元格被修剪,看起来很奇怪! q2-feature-table 1.已将cividi添加到的可用颜色映射表列表中。...2.更新了,以同时接受样本元数据和特征元数据,从而可以沿每个轴标注样本/特征。 q2-longitudinal 1.将cividis添加到可用的颜色图列表中。

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eBay:如何用HDFS分层策略优化数千节点、数百PB的数据存储

因此在最初几天数据可以被认为是“的”(HOT),然后它会在“温的”(WARM)阶段持续一个月。在此期间,工作或应用程序会使用这些数据几次。...正常情况下,一台机器添加到集群,本地文件系统目录会被指定存储该块的副本。用于指定本地存储目录的参数是dfs.datanode.data.dir。...例如:一个1000个节点的现有集群,它能存储总计20 PB的数据,现在,在此基础上添加每个节点存储量为200 TB的100个节点到该集群上。...基于温度将数据映射到一个存储层 在这个例子中,我们将高使用率的(HOT)数据存储在具有更好的计算能力节点的磁盘层内。 温(WARM)数据的大部分副本也保留在磁盘层。...跨层数据流 当数据被添加到集群中,它首先被存储在默认层,即磁盘层。之后,根据该数据的温度,它的一个或多个副本被移动到存档层。Mover可以协助数据从一个存储层移动到另一个存储层。

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