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使用Seurat的v5来读取多个10x的单细胞转录组矩阵

它虽然说是多样品，但是被作者整理成为了一个10x的样品的3文件格式，所以很容易读取。接下来我们演示真正的Seurat的v5来读取多个10x的单细胞转录组矩阵。...Seurat流程做出来了大量的公共数据集的单细胞转录组降维聚类分群流程，100多个公共单细胞数据集全部的处理，链接：https://pan.baidu.com/s/1MzfqW07P9ZqEA_URQ6rLbA...5, min.features = 300,) 其实是因为这个函数Read10X可以一次性读取多个合理的路径，所以我们的如下所示的3个样品就被统一读取成为了一个稀疏矩阵而不是每个样品独立的稀疏矩阵...如果是对函数或者Seurat对象结构不清晰，就会产生如下所示错误的读取方式： > sce.all=CreateSeuratObject(counts = Read10X('GSE162616_RAW/...后面我们还会演示如何读取多个单细胞转录组样品，但是这些样品的矩阵并不是10x的3文件格式，所以会更麻烦一点！

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涨姿势！看骨灰级程序员如何玩转Python

但如果你要读取很大的数据，尝试添加这个参数：nrows = 5，以便在实际加载整个表之前仅读取表的一小部分。然后你可以通过选择错误的分隔符来避免错误(它不一定总是以逗号分隔)。...']）选择仅具有数字特征的子数据帧。...缺失值的数量构建模型时，你可能希望排除具有很多缺失值或全是缺失值的行。你可以使用.isnull()和.sum()来计算指定列中缺失值的数量。 1....选择具有特定ID的行在SQL中，我们可以使用SELECT * FROM ... WHERE ID('A001'，'C022'，...)来获取具有特定ID的记录。...Percentile groups 你有一个数字列，并希望将该列中的值分类为组，例如将列的前5%，分为组1，前5-20%分为组2，前20%-50%分为组3，最后50%分为组4。

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10招！看骨灰级Pythoner如何玩转Python

但如果你要读取很大的数据，尝试添加这个参数：nrows = 5，以便在实际加载整个表之前仅读取表的一小部分。然后你可以通过选择错误的分隔符来避免错误（它不一定总是以逗号分隔）。...]）选择仅具有数字特征的子数据帧。...缺失值的数量构建模型时，你可能希望排除具有很多缺失值或全是缺失值的行。你可以使用.isnull（）和.sum（）来计算指定列中缺失值的数量。...选择具有特定ID的行在SQL中，我们可以使用SELECT * FROM ... WHERE ID（ A001 ， C022 ，...）来获取具有特定ID的记录。...Percentile groups 你有一个数字列，并希望将该列中的值分类为组，例如将列的前5％，分为组1，前5-20％分为组2，前20％-50％分为组3，最后50％分为组4。

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ps命令

，它从/proc文件系统中的虚拟文件读取进程信息，/proc包含虚拟文件，这就是它被称为虚拟文件系统的原因，process status命令ps显示有关活动进程的信息，类似于windows的任务管理器，...-N, --deselect: 选择除满足指定条件的进程以外的所有进程。 r: 将选择限制为仅运行进程。 T: 选择与此终端关联的所有进程。...x: 列出拥有的所有进程(和ps相同的EUID)，或者在和a选项一起使用时列出所有进程。...-G, --Group : 按真实组ID (RGID)或名称选择，这将选择其真实组名或ID在grplist列表中的进程。 -g, --group : 按会话或有效组名选择。...--ppid : 按父进程ID选择，这将选择pidlist中具有父进程ID的进程，也就是说，它选择的进程是pidlist中列出的那些进程的子进程。

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Mysql基础

十三、分组分组就是把具有相同的数据值的行放在同一组中。可以对同一分组数据使用汇总函数进行处理，例如求分组数据的平均值等。指定的分组字段除了能按该字段进行分组，也会自动按该字段进行排序。...子句出现在 WHERE 子句之后，ORDER BY 子句之前；除了汇总字段外，SELECT 语句中的每一字段都必须在 GROUP BY 子句中给出； NULL 的行会单独分为一组；大多数 SQL 实现不支持...GROUP BY 列具有可变长度的数据类型。...提供了大量的特性，包括压缩表、空间数据索引等。不支持事务。不支持行级锁，只能对整张表加锁，读取时会对需要读到的所有表加共享锁，写入时则对表加排它锁。...SQLServer：读已提交） 20 Oracle高水位理解（Oracle段（segments）就像水库记录历史水位，一般不会下降，使用truncate命令可以置零） 21 内连接外连接区别（内：指连接结果仅包含符合连接条件的行

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附007.Kubernetes ABAC授权

二 ABAC使用 2.1 策略文件格式策略文件格式是每行一个JSON对象，每一行都是“策略对象”，其中每个这样的对象都是具有以下属性的映射：版本控制属性： apiVersion：字符串类型，有效值为...“abac.authorization.kubernetes.io/v1beta1”； kind：字符串类型，有效值为“Policy”； spec 属性设置为具有以下属性的map：主题匹配属性： user...如果指定user，则必须与经过身份验证的用户的用户名匹配。 group：字符串类型，如果指定group，则必须与经过身份验证的用户的其中一个组匹配。...资源匹配属性： apiGroup：字符串类型，一个API组。例如： extensions 通配符：*匹配所有API组。 namespace：字符串类型，命名空间。.../foo/*匹配的所有子路径/foo/。 readonly：布尔类型，当为true时，表示资源匹配策略仅适用于get，list和watch操作，非资源匹配策略仅适用于get操作。

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Mysql基础

十三、分组分组就是把具有相同的数据值的行放在同一组中。可以对同一分组数据使用汇总函数进行处理，例如求分组数据的平均值等。指定的分组字段除了能按该字段进行分组，也会自动按该字段进行排序。...SELECT col, COUNT(*) AS num FROM mytable GROUP BY col ORDER BY num; WHERE 过滤行，HAVING 过滤分组，行过滤应当先于分组过滤...子句出现在 WHERE 子句之后，ORDER BY 子句之前；除了汇总字段外，SELECT 语句中的每一字段都必须在 GROUP BY 子句中给出； NULL 的行会单独分为一组；大多数 SQL 实现不支持...GROUP BY 列具有可变长度的数据类型。...SQLServer：读已提交） 20 Oracle高水位理解（Oracle段（segments）就像水库记录历史水位，一般不会下降，使用truncate命令可以置零） 21 内连接外连接区别（内：指连接结果仅包含符合连接条件的行

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ExtractText

也可以通过嵌入的标志(?x)指定。 Enable DOTALL Mode false truefalse 在这种模式下，表达式'.'可以匹配任意字符，包括表示一行的结束符。默认情况下，表达式'.'...也可以通过嵌入的标志(?d)指定。 Include Capture Group 0 true truefalse 指示捕获组0应包含为属性。...也可以通过嵌入的标志(?x)指定。Enable DOTALL Modefalse true false 在这种模式下，表达式'.'可以匹配任意字符，包括表示一行的结束符。默认情况下，表达式'.'...也可以通过嵌入的标志(?d)指定。Include Capture Group 0true true false 指示捕获组0应包含为属性。...动态属性：该处理器允许用户指定属性的名称和值。属性名称属性值描述用户自由定义的属性名称具有一个或多个捕获组的正则表达式在该处理器生成的文件流上添加用户自定义的属性。

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理解PG如何执行一个查询-2

Limit Limit算子用于限制结果集的大小。PG使用limit算子进行limit和offset处理。Limit算子将输入集前x行去掉，返回接着的y行，再将剩下的丢弃。...如果查询中包括offset，x表示offset的数量，否则x为0.如果查询中包含Limit，y表示limit数量，否则y是输入集的大小。...Aggregate通过读取输入集中的所有行，然后计算出聚合值。如果输入集没有分组，那么就产生一个结果行。...为了执行这个执行计划，nested loop算子将读取rentals表中每一行，对于每个rentals 行，该算子使用一个索引customer_id读取customers种对应的行。...如果正在计算分组聚合，group将返回其输入集种每一行，每个分组后面都右一个NULL行以指示该组结束（NULL不会显示在最终结果集种，仅用于内部标记）： movies=# EXPLAIN movies-

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基于matlab的方差分析_方差分析结果怎么看

p=anova1(X,group) 当X是一个矩阵时，anoval函数会把X的每一列作为一个独立的组，检验各组所对应总体是否具有相同的均值。...2行至最后一行数据，即2077名同学所在学院名称数据 college=y(2:end,4); %读取矩阵x的第一列数据，即2077名学生所在学院的编号数据 college_id=x(:,1);...调用格式如下： d=manova1(X,group) 根据样本观测值矩阵X进行单因素多元方差分析，比较X中的各组观测是否具有相同的均值向量，原假设是各组的组均值是相同的多元向量。...p=kruskalwallis(X,group) 当X是一个矩阵时，用group参数（一个字符数组或字符串元胞数组）设定箱线图的标签，group的每一行（或每个元胞）与X的每一列对应，也就是说group...如果X是一个向量，此时用group来指定X的每个元素（观测值）所在的组。

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linux基础分享三

★ linux基础命令用户管理跟用户相关的配置文件用户信息文件： /etc/password 密码文件： /etc/shadow 用户组文件： /etc/group 用户组密码文件...passwd username：更改用户密码 userdel username：仅删除用户注册信息 userdel -r username：删除属于该用户的的家目录和邮件文件访问权限...group的人所拥有的权限第三组代表其他人others具有什么权限修改文件访问权限： chomod who +/- r/w/x file chmod u+x file 只给自己加上可执行权限 chmod...所以r=4，w=2，x=1 7表示权限都齐了 5表示没有写的权限假设owner：rwx，group：r-x，other：r-x 则权限设置为：chmod 755 file 查看日志命令： tail...的前十行内容 head -n 20 example.txt：显示文件 example.txt 的前二十行内容 vi file：编辑文件 ★ ?

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3分钟短文 | Linux 组删除 groupdel 用之前，注意一个细节

引言在Linux中，组用于组织和管理用户帐户。组的主要目的是，可以在组内用户之间共享的给定资源，定义一组特权，例如读取，写入或执行权限（r-w-x）。 ? 可以使用 groupadd 命令创建新组。...只有root或具有 sudo 特权的用户才能删除组。如果不先删除用户，则无法删除现有用户的主要组。该groupdel命令仅接受很少的一些选项。...在Linux中删除组要从系统中删除（删除）给定的组，请调用groupdel命令，然后输入组名。...例如，要删除名为的组，mygroup请运行： groupdel mygroup 上面的命令从/etc/group和/etc/gshadow文件中删除组条目。...你可以通过使用以下命令，列出所有组，来验证该组是否已删除： getent group | grep mygroup 如果要删除的组不存在，系统将显示如下错误消息： groupdel: group 'mygroup

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python修改linux中文件(文件夹)的权限属性操作

今天生成的对流云团路径图片放在linux下，文件的权限都是rw，没有x，后续的别人的程序调用不了，这里附上对三个属性的简单解释，有不够的欢迎大家补充 Linux的权限不是很细致，只有RWX三种 r(Read...，读取)：对文件而言，具有读取文件内容的权限；对目录来说，具有浏览目录的权限。...x(eXecute，执行)：对文件而言，具有执行文件的权限；对目录了来说该用户具有进入目录的权限。 1、目录的只读访问不允许使用cd进入目录，必须要有执行的权限才能进入。...对于其他组读写执行的权限 stat.S_IROTH: Read by others. 对于其他组读的权限 stat.S_IWOTH: Write by others....) os.chmod(outputpath,stat.S_IRWXO+stat.S_IRWXG+stat.S_IRWXU) 最后一行当时设置的时候我连写了三行，每一行分别写一个参数，得到的结果分别是——

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纯干货 | 深入剖析 HDFS 3.x 新特性-纠删码

矩阵乘法 GT 是生成矩阵，RS(k,m) 的生成矩阵就是 m 行 k 列的矩阵； Data 代表原始数据，7,8,9代表原始数据块； Parity 代表校验数据，50,122代表校验数据块。...但是，使用EC(6个数据，3个校验)部署时，它将仅消耗9个磁盘空间块。但是EC在编码过程及数据重建期间会大量的使用CPU资源，并且数据大部分是执行远程读取，所以还会有大量的网络开销。...在具有高端网络的群集中，这尤其理想。其次，它自然地将一个小文件分发到多个DataNode，而无需将多个文件捆绑到一个编码组中。...可以从其任何内部块的ID推断出block group的ID。这允许在块组而不是块的级别进行管理。 Client：客户端读取和写入路径得到了增强，可以并行处理block group中的多个内部块。...重建执行三个关键的任务节点：从源节点读取数据：使用专用线程池从源节点并行读取输入数据。基于EC策略，对所有源目标的发起读取请求，并仅读取最少数量的输入块进行重建。

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Linux 修改权限命令 chmod 用法示例

该-l标志列出文件的权限。权限分为三组：用户（user）组（group）和其他（others）。...，该组还具有读取和写入权限，而其他用户仅具有读取权限。...再看看目录的权限： drwxrwxr-x 3 linuxmi linuxmi 4096 10月 12 13:31 Linux迷我们可以看到目录和组的所有者拥有所有权限（读取，写入和执行），而其他用户仅具有读取和执行权限...假设所有者具有读取，写入和执行权限，该组具有读取和执行权限，而其他用户仅具有读取权限，可以将其细分如下： u：rwx = 7 g：rx = 5 o：r– = 4 因此，我们得到的值为754，作为给定文件的文件权限的数值...要将读取，写入和执行权限分配给所有者，而仅将读取权限分配给组和其他用户，请运行以下命令： $ chmod 744 www.linuxmi.com.txt 要将所有权限分配给文件的所有者，请对该组读取和执行权限

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Linux系统用户与属组管理

』的,他仅认识 ID (ID 就是一组号码),由于计算机仅认识 0 与 1,所以主机对于数字比较有概念的,至于账号只是为了让人们容易记忆而已,而你的 ID 与账号的对应就在 /etc/passwd 当中...◆/etc/group◆ 这个文件就是在记录 GID 与组名的对应了,他主要是实现组用户的记录工作, /etc/group 内容有点像以下这样： [root@localhost ~]# head -n...3 /etc/group root:x:0: bin:x:1: daemon:x:2: ....省略.......这个文件每一行代表一个群组,也是以冒号『:』作为字段的分隔符,共分为四栏,每一字段的意义如下：列号码本列作用第一列组名称：就是组名,在新建用户的时候系统会为用户分配一个默认组....时,表示该群组不具有群组管理员,至于第四个字段也就是支持的账号名称,这四个字段的意义为：列号码本列作用第一列用户组：就是组名,本配置文件必须与/etc/group文件相对应.

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Linux下关于用户账户的几个文件解析

早期的该字段的确用来存放密码，但是这个文件特性是所有程序都能读取，为了安全起见，后来将密码放置在了/etc/shadow中了，所以这里只有一个“x”。 UID（3）。.../etc/group /etc/group文件中存放的是用户组的相关的信息，打开大致如下： root:x:0:root 一共有四个字段：用户组名称(1)。用户组密码(2)。...例如，当前有个文件属性如下： ----r----- root group1 x.txt 有一个用户名为user既属于group1又属于group2。那该用户到底能不能读取这个txt呢？...有效用户组意味着目前你身份是user，现在属于group1。所以你是可以读取那个txt的。如何进行切换呢？...使用newgrp命令 newgrp group2 groups # 输出 group2 group1 此时尝试读取x.txt会提示权限不足。那么初始用户组是什么呢？

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chmod的用法_group用法与语法

该-l标志列出文件的权限。权限分为三组：用户（user）组（group）和其他（others）。...假设所有者具有读取，写入和执行权限，该组具有读取和执行权限，而其他用户仅具有读取权限，可以将其细分如下： u：rwx = 7 g：rx = 5 o：r– = 4 因此，我们得到的值为754，作为给定文件的文件权限的数值...要将读取，写入和执行权限分配给所有者，而仅将读取权限分配给组和其他用户，请运行以下命令： $ chmod 744 www.linuxmi.com.txt 要将所有权限分配给文件的所有者，请对该组读取和执行权限...示例4）为文件分配读取权限 $ chmod o = r 文件名上面的命令仅将用符号“ o”表示的其他用户分配给该文件的读取权限，并删除先前分配给’ others ‘段的权限。...使用我们的文件示例6）为文件，组和其他分配不同的权限 sudo chmod u=rwx,g=rw,o=r filename 上面的命令将所有权限分配给文件的所有者，将读写权限分配给组，仅将读取权限授予其他用户

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Linux的ACL权限与sudo的使用

但是传统的权限仅有三种身份 (owner, group, others) 搭配三种权限 (r,w,x) 而已，并没有办法单纯的针对某一个使用者或某一个群组来设定特定的权限需求，例如前一小节最后的那个任务...以上面的结果来看，我们刚刚设定的 vbird1 对于这个文件具有 r 与 x 的权限!...: root user::rwx user:vbird1:r-x group::r-- group:mygroup1:r-x <==这里就是新增的部分!...mask::r-x other::r-- 您瞧，vbird1 与 mask 的集合发现仅有 r 存在，因此 vbird1 仅具有 r 的权限而已，并不存在 x 权限!...-m :-m 与 -p 是一样的，表示『使用目前的环境设定，而不读取新使用者的配置文件』 -c :仅进行一次指令，所以 -c 后面可以加上指令喔!

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【Jmeter篇】五种参数化方式之CSV Data Set Config参数化

设置随机变量变量名称：名称可以引用，如 ${xxx} 输出格式：列如此处输入x，那么得到结果是x1、x2之类的格式最小值：输入生成随机数的最小数字最大值：输入生成随机数的最大数字 ?...Thread Group Iteration ：可选，仅勾选与每用户独立的跟踪计数器时可用，如果勾选了，每次线程组迭代，都会重置计数器的值。...是否停止线程，选项：true和false 当Recycle on EOF 选择true时，Stop thread on EOF选择true和false无任何意义，通俗的讲，在前面控制了不停的循环读取，后面再来让...Sharing mode：共享模式，All threads –所有线程，Current thread group—当前线程组，Current thread—当前线程。...Current thread group：取之情况是：线程A1取第1行，线程A2取第2行，线程B1取第1行，线程B2取第2行。(线程组互不影响) 　　 Current thread：当前线程。

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