HDF5 (Hierarchical Data Format) 是由美国伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校，是一种跨平台传输的文件格式，存储图像和数据
HDF5（Hierarchical Data Format 5）是一种用于存储和组织大量科学数据的文件格式。h5py是Python中的一个库，提供了对HDF5文件的高级封装，使得在Python中处理HDF5文件变得更加简单和高效。本文将介绍h5py的基本概念和使用方法。
h5py官方文档：https://docs.h5py.org/en/stable/build.html
Groups就像字典(dictionaries)一样工作，而datasets像Numpy数组(arrays)一样工作!
1. Boost库：它是一个可移植、跨平台，提供源代码的C++库，作为标准库的后备。
HDF5（Hierarchical Data Formal）是用于存储大规模数值数据的较为理想的存储格式，文件后缀名为h5，存储读取速度非常快，且可在文件内部按照明确的层次存储数据，同一个HDF5可以看做一个高度整合的文件夹，其内部可存放不同类型的数据。在Python中操纵HDF5文件的方式主要有两种，一是利用pandas中内建的一系列HDF5文件操作相关的方法来将pandas中的数据结构保存在HDF5文件中，二是利用h5py模块来完成从Python原生数据结构向HDF5格式的保存，本文就将针对pandas中读写HDF5文件的方法进行介绍。
HDF5（Hierarchical Data Formal）是用于存储大规模数值数据的较为理想的存储格式。
如果在Python中使用pandas库时遇到了以下错误信息：ImportError: HDFStore requires PyTables, "No module named 'tables'"，那么说明你的环境缺少PyTables库。 PyTables是一个用于在Python中操作HDF5文件的库，而pandas使用了PyTables来支持HDF5数据的存储和读取。因此，在使用pandas来读取或存储HDF5文件时，需要先安装PyTables库。 下面是解决这个问题的步骤：
一个HDF5文件是一种存放两类对象的容器：dataset和group. Dataset是类似于数组的数据集，而group是类似文件夹一样的容器，存放dataset和其他group。在使用h5py的时候需要牢记一句话：groups类比词典，dataset类比Numpy中的数组。 HDF5的dataset虽然与Numpy的数组在接口上很相近，但是支持更多对外透明的存储特征，如数据压缩，误差检测，分块传输。
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HDF（Hierarchical Data Format）由NCSA（National Center for Supercomputing Applications）设计提出，官方对其定义是：HDF5 is a unique technology suite that makes possible the management of extremely large and complex data collections.
Pandas 提供了强大的 IO 操作功能，可以方便地读取和写入各种数据源，包括文本文件、数据库、Excel 表格等。本篇博客将深入介绍 Pandas 中的高级 IO 操作，通过实例演示如何灵活应用这些功能。
（1）numpy.save , numpy.savez , scipy.io.savemat
load_model代码包含load_weights的代码，区别在于load_weights时需要先有网络、并且load_weights需要将权重数据写入到对应网络层的tensor中。
数据分析过程中，需要对获取到的数据进行分析，往往第一步就是导入数据。导入数据有很多方式，不同的数据文件需要用到不同的导入方式，相同的文件也会有几种不同的导入方式。下面总结几种常用的文件导入方法。
访问数据是使用本书所介绍的这些工具的第一步。我会着重介绍pandas的数据输入与输出，虽然别的库中也有不少以此为目的的工具。 输入输出通常可以划分为几个大类：读取文本文件和其他更高效的磁盘存储格式，加
使用Python进行大数据分析变得越来越流行。这一切都要从NumPy开始，它也是今天我们在推文介绍工具背后支持的模块之一。
LMDB格式的优点： - 基于文件映射IO（memory-mapped），数据速率更好 - 对大规模数据集更有效.
数据输入输出通常可以划分为几个大类：读取文本文件和其他更高效的磁盘存储格式，加载数据库中的数据，利用Web API操作网络资源。
一个HDF5文件就是一个容器，用于储存两类对象：datasets，类似于数组的数据集合；groups，类似于文件夹的容器，可以储存datasets和其它groups。当使用h5py时，最基本的准则为：
IOR是一个并行的IO基准，可用于测试使用各种接口和访问模式的并行存储系统的性能。接口和访问模式的并行存储系统的性能。IOR资源库还包括mdtest基准，专门测试不同目录结构下存储系统的元数据峰值速率。在不同目录结构下存储系统的元数据峰值速率。这两个基准都使用一个共同的并行 I/O抽象后端，并依靠MPI进行同步。本文档由两部分组成。用户文档包括安装说明（Install），初学者教程（IOR的第一步），以及关于IOR的运行时选项的信息。开发者文档包括用Doxygen生成的代码文档和一些关于与Travis的连续整合的说明。IOR/mdtest用户和开发者文档的许多方面都是不完整的，我们鼓励贡献者 鼓励贡献者直接评论代码或在此基础上扩展文档。
安装 pandas 的最简单方法是作为Anaconda发行版的一部分安装，这是一个用于数据分析和科学计算的跨平台发行版。Conda包管理器是大多数用户推荐的安装方法。
解决方案： 修改 caffe_root/cmake/Dependencies.cmake，添加 contrib:
convert_imageset是将我们准备的数据集文件转换为caffe接口更快读取的LMDB或HDF5数据类型。
H5文件是层次数据格式第5代的版本（Hierarchical Data Format，HDF5），它是用于存储科学数据的一种文件格式和库文件。接触到这个文件格式也是因为上Coursera深度学习课程的时候，作业用到了。它是由美国超级计算与应用中心研发的文件格式，用以存储和组织大规模数据。目前由非营利组织HDF小组提供支持。
至少gatk-4.0.2.1.zip无法走CNV流程，我重新下载了目前最新版的才能顺利运行：
在处理分子动力学模拟的数据时，不可避免的会遇到众多的大轨迹文件。因此以什么样的格式来存储这些庞大的轨迹数据，也是一个在分子动力学模拟软件设计初期就应该妥善考虑的问题。现有的比较常见的方式，大致可以分为存成明文的和存成二进制的两种方式。这两种方式各有优劣，明文存储可读性较好，二进制文件压缩率较好，不会占用太大的空间。又因为我们也不会经常性的去打开轨迹文件一个一个的检索，因此二进制文件是一个更好的存储格式选项。如果不仅仅限于分子动力学模拟的领域，在其他数据领域经常用的格式有npz等。而经过各种格式的对比之后，发现hdf5格式是一种非常适合用来存储分子动力学轨迹的文件，其原因主要有：
一百万细胞或更多细胞的单细胞转录组分析在数据整合方面非常消耗电脑内存，我在单位32G 内存的iMac上跑，经常会出现R session abortion。然后发现Seurat官方给出了v5，即更新版的。
直接使用Anaconda/Miniconda的包管理器conda进行安装即可，安装命令如下：
hdf5文件是一种大数据存储结构，除了目前介绍的hdf5r包之外，同时cran中的h5包，Bioconductor中的rhdf5也能够实现类似的功能。
What is pandas Pandas是python中用于处理矩阵样数据的功能强大的包，提供了R中的dataframe和vector的操作，使得我们在使用python时，也可以方便、简单、快捷、高效地进行矩阵数据处理。 具体介绍详见http://pandas.pydata.org/。 A fast and efficient DataFrame object for data manipulation with integrated indexing; Tools for reading and wri
MODIS影像以HDF4或者HDF5格式进行存储。关于如何搭建开发环境，参见Ubuntu下GDAL读取HDF4（MODIS影像）开发环境搭建。
HDF(Hierarchical Data Format层次数据格式)是一种设计用于存储和组织大量数据的文件格式，最开始由美国国家超算中心研发，后来由一个非盈利组织HDF Group支持。HDF支持多种商业及非商业的软件平台，包括MATLAB、Java、Python、R和Julia等等，现在也提供了Spark。其版本包括了HDF4和现在大量用的HDF5。h5是HDF5文件格式的后缀。h5文件对于存储大量数据而言拥有极大的优势，这里安利大家多使用h5文件来存储数据，既高逼格又高效率。
H5文件是层次数据格式第5代的版本（Hierarchical Data Format，HDF5），它是用于存储科学数据的一种文件格式和库文件。由美国超级计算中心与应用中心研发的文件格式,用以存储和组织大规模数据.
现在的数据科学比赛提供的数据量越来越大，动不动几十个GB，甚至上百GB，这就要考验机器性能和数据处理能力。
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这篇文章是记录笔者最近想尝试将自己开发的分割工程模型利用NCNN部署所做的一些工作，经过一些尝试和努力算是找到了一种相对简单的方法。因此这篇文章将笔者的工作分享出来，希望对使用Keras训练模型但苦于无法部署到移动端，或者使用Keras模型通过ONNX转到其它推理框架时碰到各种OP支持无法解决的读者带来些许帮助。
pandas入门系列本期就完结了，该系列一共三期，学习后可以初步掌握经典库pandas使用方法，前文回顾 10分钟入门Pandas-系列（1） 10分钟入门Pandas-系列（2）
xarray 支持多种文件格式(从 pickle文件到 netCDF格式文件)的序列化和输入输出。
you can probably install the debian libraries into quantal with no issues, precise is less likely to work, but it might possibly you will have to build it from source to get everything right. Code:
高维数据是一种非常常见的数据类型，其中包含了多种属性。比如：数值模式输出结果通常包含多种物理参量及多个时次，还有一些空间位置信息。尽管高维数据非常常见，但是高维数据的分析一直是个挑战。那么如何才能有效的分析高维数据呢？就此问题，本文主要介绍一些气象领域的高维数据可视化工具。
CESM是一个完全耦合的地球系统的数值模拟，由大气、海洋、冰、陆地表面、碳循环和其他组成部分组成。CESM包括一个气候模型，提供地球过去、现在和未来的模拟。CESM是CCSM的升级版，2010年，国家科学基金会（NSF）和美国能源部（DoE）的重要资金（NSF）和重要资金的全球动力学部门（CGD）在2010年发布了CESM1。
Milvusdm (Milvus Data Migration) 是一款针对 Milvus 研发的数据迁移工具，支持 Milvus 数据传输以及数据文件的导入与导出：
因为这台GPU服务器闲置了很久，经过这两天的安装，现在基本能用了。整个过程其实挺坎坷的，因此记录下此次安装过程中遇到的坑，后面好参考。服务器从原先的OpenSuse换成了Ubuntu 16.04 LTS 发行版。
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