今天又有小伙伴微信问我perl模块安装的问题，因为ENSEMBL发布的大多数数据库以及软件都是基于perl的，尤其是分量很重的VEP，所以即使你再如何如何的讨厌perl，也不得不与之打交道。 这种细节问题问我，我当然无法直接给出答案咯。毕竟，我的知识积累都不是靠死记硬背的。所以需要取回过头查看一下我的博客，才意识到，我竟然已经写了7篇教程，关于perl的模块。目录如下： ubuntu服务器解决方案第七讲-perl安装模块 Perl用cpan在linux上面安装模块 Perl及R及python模块碎碎念 pe
因为CentOS 7的yum自带的版本才1.8.3.1，而vs code要2.x以上，所以只能从源码构建
kubectl命令是k8s的CLI工具，如果你是维护K8s集群的管理员或者是开发可在Kubernetes上运行的应用程序的开发人员，那几乎每天都会使用kubectl，但是尽管kubectl已经很好，它依旧有些地方让人十分的头疼。比如缺少颜色，kubectl的输出有时不容易阅读，由于kubectl有时会输出很长的内容，因此很难找到所需的内容。因此如果有个能高亮颜色显示输出的工具，看起来就相对的更加直观了，所以kubecolor来了。
今天在搭建MySQL MHA 安装MHA node所需的perl模块（DBD:mysql）时遇到了一个小的错误，如果思路不对的话，还是产生不少麻烦。
Perl语言入门 /** * prism.js Github theme based on GitHub's theme. * @author Sam Clarke */ code[class*="language-"], pre[class*="language-"] { color: #333; background: none; font-family: Consolas, "Liberation Mono", Menlo, Courier, monospace; text-align: left; white-space: pre; word-spacing: normal; word-break: normal; word-wrap: normal; line-height: 1.4; -moz-tab-size: 8; -o-tab-size: 8; tab-size: 8; -webkit-hyphens: none; -moz-hyphens: none; -ms-hyphens: none; hyphens: none; } /* Code blocks */ pre[class*="language-"] { padding: .8em; overflow: auto; /* border: 1px solid #ddd; */ border-radius: 3px; /* background: #fff; */ background: #f5f5f5; } /* Inline code */ :not(pre) > code[class*="language-"] { padding: .1em; border-radius: .3em; white-space: normal; background: #f5f5f5; } .token.comment, .token.blockquote { color: #969896; } .token.cdata { color: #183691; } .token.doctype, .token.punctuation, .token.variable, .token.macro.property { color: #333; } .token.operator, .token.important, .token.keyword, .token.rule, .token.builtin { color: #a71d5d; } .token.string, .token.url, .token.regex, .token.attr-value { color: #183691; } .token.property, .token.number, .token.boolean, .token.entity, .token.atrule, .token.constant, .token.symbol, .token.command, .token.code { color: #0086b3; } .token.tag, .token.selector, .token.prolog { color: #63a35c; } .token.function, .token.namespace, .token.pseudo-element, .token.class, .token.class-name, .token.pseudo-class, .token.id, .token.url-reference .token.variable, .token.attr-name { color: #795da3; } .token.entity { cursor: help; } .token.title, .token.title .token.punctuation { font-weight: bold; color: #1d3e81; } .token.list { color: #ed6a43; } .token.inserted { background-color: #eaffea; color: #55a532; } .token.deleted { background-color: #ffecec; color: #bd2c00; } .token.bold { font-weight: bold; } .token.italic { font-style: italic; } /* JSON */ .lan
Perl5是一种全功能的编程语言。它用于所有类型的生产项目，包括世界各地的商业业务系统。Perlbrew是Perl5的安装和版本切换工具，您可以安装，删除，并在之间切换Perl版本。
最近的MHA验证时，遭遇了DBD::mysql::dr::imp_data_size unexpectedly这个错误。而DBD这个包已经是安装过了的。下面是这个问题的描述和解决方案。
为了更加方便、快捷的实现某些功能，Perl拥有很多其他的控制结构，这些结构也许不是必需的，但可以使程序更加简洁和具有逻辑性。
安装好了mysql监控神器innotop，正得意，innotoop不可用，其错误提示为install_driver(mysql) failed: Can't load '/usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/auto/DBD/mysql/mysql.so' for module DBD::mysql: libmysqlclient.so.15: cannot open shared object file:...经查原有又是DBD惹的祸，这个问题已经发生过好几次了。 1、故障现象 [root@dbsrv1 ~]# cat /etc/issue CentOS release 5.11 (Final) Kernel \r on an \m [root@dbsrv1 ~]# innotop localhost PROCESSLIST_NO_IS: install_driver(mysql) failed: Can't load '/usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/auto/DBD/mysql/mysql.so' for module DBD::mysql: libmysqlclient.so.15: cannot open shared object file: No such file or directory at /usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi/DynaLoader.pm line 230. at (eval 504) line 3 Compilation failed in require at (eval 504) line 3. Perhaps a required shared library or dll isn't installed where expected at /usr/bin/innotop line 7601 2、安装perl-DBD-MySQL [root@dbsrv1 ~]# yum install perl-DBD-MySQL Loaded plugins: fastestmirror, security Repository base is listed more than once in the configuration Repository updates is listed more than once in the configuration Repository extras is listed more than once in the configuration Repository centosplus is listed more than once in the configuration Repository contrib is listed more than once in the configuration Loading mirror speeds from cached hostfile * base: mirrors.163.com * epel: mirrors.ustc.edu.cn * extras: mirrors.skyshe.cn * updates: mirrors.pubyun.com Setting up Install Process Package perl-DBD-MySQL-3.0007-2.el5.x86_64 already installed and latest version Nothing to do ###上面描述已经perl-DBD-MySQL已经安装，且为最新的版本 [root@dbsrv1 yum.repos.d]# rpm -qa |grep -i dbd perl-DBD-MySQL-3.0007-2.el5 ###首先先卸载perl-DBD-MySQL，然后再次使用yum安装 [root@dbsrv1 yum.repos.d]# rpm -e --nodeps perl-DBD-MySQL-3.0007-2.el5 [root@dbsrv1 yum.repos.d]# rpm -qa |grep -i dbd [root@dbsrv1 yum.repos.d]# yum install perl-DBD-MySQL Loaded plugins: fastestmirror, security Repository base is listed more than once in the configuration Reposit
安装Expect模块 配置cpan 首先要配置cpan [root@dancer-test ~]# perl -MCPAN -e shell Sorry, we have to rerun the configuration dialog for CPAN.pm due to some missing parameters... The following questions are intended to help you with the configuration. The CPAN modu
利用转录组数据比对到细胞器参考基因组得到vcf文件，比对工具使用GSNAP或者BWA，检测变异使用GATK或者SAMtools.
1、安装支持模块 sudo yum install curl-devel expat-devel gettext-devel openssl-devel zlib-devel autoconf Ubuntu: #sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev libexpat1-dev gettext libz-dev libssl-dev 如果需要（如 doc, html, info）则继续安装下面的模块 sudo yum install asciidoc xmlto
OpenResty 是一个基于 Nginx 与 Lua 的高性能 Web 平台，其内部集成了大量精良的 Lua 库、第三方模块以及大多数的依赖项。用于方便地搭建能够处理超高并发、扩展性极高的动态 Web 应用、Web 服务和动态网关。
为了其它相关软件的顺利运行，我们根据教程来设置默认的安装目录及变量环境：Ensembl's VEP ， If you don't have VEP installed, then follow this gist.
下载地址：http://www.erlang.org/download.html
GCC是GUN Compiler Collection的简称，除了编译程序之外，它还含其他相关工具，它能把易于人类使用的高级语言编写的源代码构建成计算机能够直接执行的二进制代码。
Perl 是一种功能丰富的计算机程序语言，运行在超过 100 种计算机平台上，适用广泛，从大型机到便携设备，从快速原型创建到大规模可扩展开发。在生物信息分析领域，Perl 主要是做数据预处理、文本处理和格式转换、对算法效率要求不高的分析软件开发，系统管理和 pipeline 搭建等工作。这里对 Linux（主要是 CentOS）、Windows 下 Perl 的安装做一个备忘。
# 包名 use Cow; Cow->speek; # 变量 my $beast = 'Cow'; $beast->speek;
linux的发行版非常多，其实本质上差别不大，哪怕是mac的OS应该是也是同样的管理操作模式。以下针对于ubuntu适用，当然ubuntu本身也有版本的区别，目前是16，我下面的操作是在12上进行的。 java1.7.0_03的安装 1、JDK官网上 http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html选择 2、将打开终端，建立目录： Sudo mkdir /usr/lib/java 3、将下载的jdk-7u3-linux-i5
plink软件和vcftools软件是处理基因型数据常用的两款软件，计划系统的写一个vcftools的操作笔记，包括：
Circos是绘制圈图的神器，在http://circos.ca/images/页面有很多CIRCOS可视化的示例。 Circos可以在线使用，在线使用时是把表格转为圈图，不过只允许最大75行和75列
MMM介绍 MMM（Master-Master replication manager for MySQL）是一套支持双主故障切换和双主日常管理的脚本程序。MMM使用Perl语言开发，主要用来监控和管理MySQL Master-Master（双主）复制，可以说是mysql主主复制管理器。虽然叫做双主复制，但是业务上同一时刻只允许对一个主进行写入，另一台备选主上提供部分读服务，以加速在主主切换时刻备选主的预热，可以说MMM这套脚本程序一方面实现了故障切换的功能，另一方面其内部附加的工具脚本也可以实现多个sla
Centromics software (https://github.com/ShuaiNIEgithub/Centromics) was used to identify centromeres
这篇文章主要是关于Nginx在编译安装时，可能出现的错误的解决方法。Nginx正确的编译安装操作见前文《2015博客升级记(三)：CentOS 7.1编译安装Nginx1.9.0》。
不必太纠结于当下，也不必太忧虑未来，当你经历过一些事情的时候，眼前的风景已经和从前不一样了。——村上春树
CustomLog ” /var/log/httpd/access_log” combined
'urllist' => [q[http://mirrors.ustc.edu.cn/CPAN/]],
热备份的方式也是直接复制数据物理文件，和冷备份一样，但是热备份可以不停机直接复制，一般用于7*24小时不间断的重要核心业务。MySQL的社区版本热备份工具InnoDB Hot Backup是付费的，只能试用30天，商业版才可以永久的使用，
前言 面对枯燥无味的终端，有没有办法让它变的更加有趣呢？快来试一试这个命令！ 安装 [root@iZo7e61fz42ik0Z ~]# yum install perl-Curses perl-ExtUtils-MakeMaker [root@iZo7e61fz42ik0Z ~]# wget http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/K/KB/KBAUCOM/Term-Animation-2.4.tar.gz [root@iZo7e61fz42ik0Z ~]# tar -
[root@MHA3 ~]# /usr/bin/purge_relay_logs --user=root --password=123456 -disable_relay_log_purge --port=3306 --workdir=/opt/mysql/data/ 2014-08-27 09:19:30: purge_relay_logs script started. install_driver(mysql) failed: Can't locate DBD/mysql.pm in @INC (@INC contains: /usr/lib64/perl5/site_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/site_perl /usr/lib64/perl5/vendor_perl/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/vendor_perl/5.8.8 /usr/lib/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5/5.8.8/x86_64-linux-thread-multi /usr/lib/perl5/5.8.8 .) at (eval 6) line 3. Perhaps the DBD::mysql perl module hasn't been fully installed, or perhaps the capitalisation of 'mysql' isn't right. Available drivers: DBM, ExampleP, File, Gofer, Proxy, Sponge. at /usr/bin/purge_relay_logs line 162
1. First Blood 之前在Windows环境下进行svn到git的迁移是很简单的，参考官方文档。 可是在macOS环境下（macOS High Sierra 10.13.2），输入： $ git svn 神奇的事情发生了，报了以下错误： can't locate SVN/Core.pm in @INC (you may need to install the SVN::Core module) (@INC contains: /usr/local/git/lib/perl5/site_perl/
如果不是要与他人协同开发，git根本不需要架设服务器，git可以直接使用本地版本库的路径完成git版本间的操作。但是如果需要和他人分享版本库，协作开发，就需要能够通过网络协议操作git库。git支持的协议很丰富，架设服务器的选择也很多，不同的方案有着各自的公优缺点。本文就以gitolite为例构建一个高效的多人协作的git服务器。
此工具要求用户 ptcheck 对所检查的库或表有读权限和对 ptcheck.checksum 有写权限 ，有在 ptcheck 库中创建表的权限
centos 7默认安装的工具链和LIB库都比较旧，不能很好的编译C++产品，最近踩了很多坑，下面就列一下出来。
我们先来说下OTRS的简介：OTRS的名字是由Open-source Ticket Request System首字母缩略字而来，是一个开源的缺陷跟踪管理系统软件。OTRS将电话，邮件等各种渠道提交进来的服务请求归类为不同的队列，服务级别，服务人员通过OTRS系统来跟踪和回复客户，相对传统的处理流程来而言，OTRS提供了一个部门或团队的协调环境，以更有效率的方式处理，查询和跟踪。
发布者：全栈程序员栈长，转载请注明出处：https://javaforall.cn/100326.html原文链接：
在日常的linux运维工作中，大数据量备份与还原，始终是个难点。关于mysql的备份和恢复，比较传统的是用mysqldump工具，今天这里推荐另一个备份工具innobackupex。innobackupex和mysqldump都可以对mysql进行热备份的，mysqldump对mysql的innodb的备份可以使用single-transaction参数来开启一个事务，利用innodb的mvcc来不进行锁表进行热备份，mysqldump备份是逻辑备份，备份出来的文件是sql语句，所以备份和恢复的时候很慢，但
https://blog.csdn.net/shmilychan/article/details/73433804 https://my.oschina.net/dchuang/blog/666827
yum 源仓库里最新版本的 Git 是 1.8.3.1，但是官方最新版本已经到了 2.9.2。想要安装最新版本的的 Git，只有下载源码进行安装。
MHA 集群是一套优秀的作为 MySQL 高可用性环境下故障切换和主从提升的高可用软件。目前在 MySQL 高可用方面是一个相对成熟的解决方案 ，在 MySQL 故障切换过程中，MHA 能做到在 0~30 秒之内自动完成数据库的故障切换操作并且在进行故障切换的过程中，MHA能在最大程度上保证数据的一致性，以达到真正意义上的高可用。
root还是不要轻易使用，不那么安全，万一不慎rm -rf / 就惨了。而且近期网络环境好像又不辣么安全了，最近听到了几起服务器被hacker登录或植入矿机的情况。
PVE7 安装后默认配置的 apt 软件源和 CT(LXC)容器模板源均是官方默认的，国内使用性能不佳，建议替换为 清华 Tuna 提供的国内镜像源，速度将有一个较大的提升。
安装Expect 可以使用下面方法安装 cpanm cpanm Expect CPAN shell perl -MCPAN -e shell install Expect 或直接在cpan中进行安装 cpan[2]> install Expect CPAN: Storable loaded ok (v2.20) CPAN: LWP::UserAgent loaded ok (v5.833) CPAN: Time::HiRes loaded ok (v1.9721) Fetching with LWP:
[喵咪开源软件推荐(4)]Liunx跑分神器-unixbench #w-blog博客 哈喽大家好呀! 这次给大家带来一个Liunx跑分神奇,在笔者在老早之前有听到一则传闻,阿里云相同的配置性能有差异
TFA一般主要用于Oracle RAC环境一键收集需要的日志进行分析问题，解决传统人工收集集群、数据库等各类日志效率低下的问题。具体关于TFA的介绍，网上资料已经非常多，在此不再赘述。 TFA的安装也非常简单，从MOS（Autonomous Health Framework (AHF) - Including TFA and ORAchk/EXAChk (Doc ID 2550798.1) ）下载最新的稳定版 TFA & ORAchk/EXAchk 20.1 for Linux，对应介质为：AHF-LINUX_v20.1.3.zip，解压后运行ahf_setup即可完成安装。
PVE： 全称Proxmox Virtual Environment，开源的虚拟化管理平台。它基于Debian Linux操作系统，并集成了KVM和LXC两种虚拟化技术，可以帮助用户快速搭建和管理虚拟化环境。
CentOS-6.4-minimal版中源码安装Apache-2.2.29 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 源码安装软件时常见的三个步骤 1)配置环境:通常命令为./configure --prefix=DIR(即指定软件安装目录),如果还想启用其它功能,可在后面接着添加指令 比如下面的--enable-ssl用于启用Apache的SSL模块 若不想使用操作系统缺省的SSL库,还可通过--with-ssl=DIR指定自己编译的SSL库 2)编译源码:通常命令为make 3)安装应用:通常命令为make install ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 注意事项 1)httpd-2.2.29目录下的configure工具是GNU软件基金会推出的专门用于源码发布的工具 2)配置环境时若出现这个错误[configure: error: no acceptable C compiler found in $PATH],是说明缺少GCC编译环境 这时执行[yum -y install gcc]命令安装编译源码所需的工具和库就可以了 3)执行yum命令时若出现这个错误[Error: database disk image is malformed],是说明yum的缓存出错,需要清理缓存 这时执行[yum clean dbcache]命令即可 4)配置环境时configure的主要工作就是生成Makefile,编译源码时的make命令就是根据Makefile来进行编译的 5)最好以root安装和启动Apache,以root运行之后,apache就会把它的派生进程切换到非root用户 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 安装Perl5 [root@CentOS64 software]# yum -y install wget [root@CentOS64 software]# wget http://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.20.1.tar.gz [root@CentOS64 software]# tar zxvf perl-5.20.1.tar.gz [root@CentOS64 software]# cd perl-5.20.1 [root@CentOS64 perl-5.20.1]# ./Configure -des -Dprefix=/app/perl [root@CentOS64 perl-5.20.1]# make [root@CentOS64 perl-5.20.1]# make install [root@CentOS64 perl-5.20.1]# perl -v ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 安装OpenSSL [root@CentOS64 software]# tar zxvf openssl-1.0.1i.tar.gz [root@CentOS64 software]# cd openssl-1.0.1i [root@CentOS64 openssl-1.0.1i]# ./config --prefix=/app/openssl [root@CentOS64 openssl-1.0.1i]# make [root@CentOS64 openssl-1.0.1i]# make install [root@CentOS64 openssl-1.0.1i]# /app/openssl/bin/openssl version ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 安装Apache [root@CentOS64 software]# tar z
Can't locate ExtUtils/MakeMaker.pm in @INC (@INC contains: /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5 /usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5 /usr/share/perl5 .) at Makefile.PL line 1. 解决办法是执行如下命令 yum install perl-E
MySQL数据库归档历史数据主要可以分为三种方式：一.创建编写SP、设置Event；二.通过dump导入导出；三.通过pt-archiver工具进行归档。第一种方式往往受限于同实例要求，往往被大家舍弃。第二种，性能相对较好，但是归档表较多时运维也是比较头疼的事。所以很多DBA往往采用第三种方式--pt-archiver。
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