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从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹（1）

有一次跟学员聊天，她说自己找外包公司做了一个蛋白互作的网络图，花了5000块，做出来的图还不好看，让人气愤的是，调整一下数据重新做个图，又要5000块！让人无法接受。...这里的node就是我们的基因，edge就是基因间的相互作用关系。任何网络图都不外乎这些构成成分。知道了网络图的构成之后，再做图做分析就很简单了。...因此，我个人一般建议的要分析的网络图基因数量在50-300个左右，这样的网络图比较适中，不会太大，也不会太小。 连线（edge） 所谓的edge就是基因之间的相互作用关系。...---- 下面，我们就从实例出发，教大家如何制作一个发表质量的网络图。 Part1 研究内容 分析处理组和对照组共得到100多个差异基因，分析其相互作用关系，并找到其中的关键基因。...那么，我们的分析步骤也就一目了然了： Step1: 从 基因列表 到 基因互作 Step2: 从 基因互作 到 互作网络 Step3: 从 互作网络 到 关键基因 先给大家看看我们的分析结果，后面的教程中

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matlab—基础绘图

：plot(y)，如果只给一个参数，那么这个参数默认是代表纵坐标，而横坐标的值默认是1，2，3......举个例子，我们输入plot(cos(0:pi/20:2*pi));，做出来的图是这样的 ?...图9-8 示例3 我们首先观察这个函数的横坐标，是从0到3，所以我们要用代码x = linspace(0,3);即可，这里y的函数我也直接给出来y = x.^2....*sin(2)]); 有了以上的函数，我们看看做出的图是什么样的 ? 图9-9 示例4 下面我们就要开始讲解如何在图上做出文本以及箭头标志 首先我们先考虑一个问题，那一串积分符号是如何打出来的？...图9-13 更多属性 9.8 Multiple Figures 记得我们一开始讲过如何将两个函数画在同一张图上，当时用的方法是hold on/off，那么现在问题来了，如果我想画两个函数，在两张图上，应该怎么做呢...图9-15 subplot 下面我们给个示例，让大家更清楚的了解subplot的用法 ? 图9-16 示例5 为什么我们画的同一张图，x，y的值都是一样的，但是显示出来的图像却不一样？

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Matplotlib 可视化之图例与标签高级应用

( X[-1], C[-1], " — " + plot1.get_label(), # 从对象中获取标签 color=plot1.get_color(), # 从对象中获取线条颜色...如下面两个图所示，对比观察，可以明显发现：上图大部分使用了默认参数。而下图中，用轴标签替换轴刻度标签，即在轴中间加上说明标签，为了使其更靠近轴，删除了可能与标签碰撞的中心刻度。...此外，将标题其向右移动，并相应地移动图例框，将其放置在标题下方，并且使用一行两列的排列方式。其实这里没有做过复杂的操作，但我认为结果在视觉上更惊艳。...这可以通过使用make_axes_locatable 方法来划分每个轴，并为标题区域预留15%的高度。在这个图中，还用Latex 插入了一个完全对齐的文本，它可以被看作是另一种形式或(高级)装饰。...需要设置网格的行数和列数。子图布局参数（例如，左，右等）可以选择性调整。 ConnectionPatch：用于在两点之间建立连接线。 参数：xyA: 它是x-y图上也称为点A的连接线的起点。

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Latex如何插入图片

在此，汇总一下各种插入图片的方法。 1. 插入单个图片 这种情况是最简单的了，当然使用latex排版时也要注意一些问题，比如相关宏包的引用、图片存放路径、图片尺寸及位置调整等，下面给出一例子。...]改为\begin{figure}[H]，注意是大写的H。...,height=8cm]{1.eps}；花括号中为图片相对路径，通常应将图片放在与latex文档相同的路径下，图片格式采用.eps矢量格式会更清晰； \caption命令用于插入图注，其应用在\includegraphics...并排插入多张图片并公用一个caption 有时候我们希望同时插入一组图片，共用一个大标题且为每张子图设小标题，效果如下： 方法：同时引入 \usepackage{graphicx} 和 \usepackage...为子图的标题； \caption{Experimental results of the authors} 为总标题。

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R tips：使用prcomp进行PCA降维

可以发现两个主成分解释了近96%的原始数据。 R中的prcomp函数也可以进行降维，从熟悉R函数的角度出发，尝试复现上述的降维图。...pca_prcp不能识别此Latex公式: x中，每个主成分的贡献值需要根据pca_prcpsdev计算。...这个需要在原来的坐标轴范围的基础上修改的时候很有帮助，也比设定一个确定的值要更适用不同范围的数据。 breaks、labels都支持接受一个函数。...添加贡献值和标题 p <- p + labs(x = paste0("Dim1 (", pca_prcp_contrib[1],"%)"), y = paste0("Dim1...这个图其实和要复现的图刚好是上下镜像关系，分群和相对位置都是一样的。 不清楚为何是这样。 从绘图的角度考虑，可以将这个图上下镜像（造数据）。

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论文写作利器—LaTeX教程（入门篇）（更新中）

LaTeX排版在论文投稿中的优点在于： （1）投稿期刊给出了论文模板，作者只需编辑自己的内容即可得到符合期刊要求的外观。...一个经典的Word与LaTeX对比图如下： LaTeX能干的事都有哪些？ 文字、图表、公式排版，这些都太简单。...画个象棋图、分子结构式、电路图、乐谱……总之，没有几行代码办不到的事，如果有，那就再加几行代码！ 原来写篇论文也可以走敲代码+debug调程序的模式。C语言还没学好咋办？伤心头疼ing……....在导言区中一般定义了文档的标题、作者、需要引用的宏包以及文档其他信息。注释由%标识，注释掉的内容不会被编译器编译。文档内容区中，\maketitle表示将\title{*}定义的标题内容放于此处。...论文章节标识：使用\section{章标题内容}、\subsection{节标题内容}、\subsubsection{小节标题内容}分别开启新的章、节、小节，LaTeX会自动为章节编号。

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2023-08-08：给你一棵 n 个节点的树（连通无向无环的图） 节点编号从 0 到 n - 1 且恰好有 n - 1 条边

2023-08-08：给你一棵 n 个节点的树（连通无向无环的图） 节点编号从 0 到 n - 1 且恰好有 n - 1 条边 给你一个长度为 n 下标从 0 开始的整数数组 vals 分别表示每个节点的值...开始节点和结束节点中间的所有节点值都 小于等于 开始节点的值。 （也就是说开始节点的值应该是路径上所有节点的最大值）。 请你返回不同好路径的数目。 注意，一条路径和它反向的路径算作 同一 路径。...来自左神 答案2023-08-08： 大致的步骤如下： 1.创建一个图（树）数据结构，并初始化节点的值和连接关系。 2.对节点的值进行排序，按照值的大小顺序处理节点。...3.初始化并查集，用于管理节点的连通性。 4.创建一个数组记录每个连通分量中值最大的节点的索引。 5.创建一个数组记录每个连通分量中值最大的节点所在连通分量的节点数。 6.初始化答案为节点的总数。...) { int n = valsSize; int i, j; // 创建图 int** graph = (int**)malloc(n * sizeof(int*))

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用 Pandoc 生成一篇调研论文

添加并引用章节 要想章节被自动编号，必须使用 Markdown H1 标题编写。子章节使用 H2-H4 子标题编写（通常不需要更多级别了）。...Implementation 这个标题使用了 H1 并且声明了一个 {#sec: implementation} 的标签，这是作者用于引用该章节的标签。...我们还会讨论如何以 LaTeX，使用一套自定义的模板和元信息文件生成一篇调研论文，以及如何将 LaTeX 文档编译为最终的 PDF 格式。...template 设置使用的模板文件 -N 为章节的标题编号 -f 和 -t 指定从哪个格式转换到哪个格式。...许多计算机科学家和工程师使用 LaTeX 文档系统来写论文，它对数学提供了完美的支持。来自社会科学的研究人员似乎更喜欢 DOCX 文档。

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使用 BeamerStyleSlides 制作你的技术答辩PPT

其实，大家对 PPT工程 之所以这么惶恐，主要是因为技术人更习惯跟代码打交道，更习惯用技术思维去解决问题。而做材料考察的是信息的提取整合能力、审美品味以及口头表达能力，而这些都不是做技术的必要条件。...为了让像我一样审美较差的码农也能用 powerpoint/keynote 做出媲美 LaTeX Beamer 的 slides，成为一名合格的PPT工程师，轻松应对答辩晋升、技术分享和学术交流的任务，我从答辩结束后就开始了一个名为...如果有，可以点击查看预览图，看看效果是否满意。 一些底部带有包含作者信息（author）、标题（title）字段的主题，可以通过编辑母板修改对应字段的值。...我更希望做到的是在保留 Beamer 原有的风格的基础上因地制宜地做些调整。 我需要帮忙！...参与方式： 1. 安装配置好 LaTeX + Beamer 环境，并安装好用于生成封面图的 imageMagicK。

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LaTeX详细教程+技巧总结

另外，可以从LaTeX的官方文档进行学习，官方文档大部分是英文文档，链接：LaTeX在线文档 ，LaTex宏包文档。...\end{abstract} % 标题开始 \section{一级标题1} 第一段一级标题下的内容，一级标题下的内容，一级标题下的内容，一级标题下的内容，一级标题下的内容，一级标题下的内容，一级标题下的内容...label{pic1} % 图片标签 \end{figure} 显示： 多张图片 并排插入两张图片 方式1：图片编号增加1 两张图片公用一个大的图题，图片的编号只增加一个。...} \end{figure} 方式2：图片编号增加2 每张图片有自己的图题，这种方法会使LaTeX中图片的编号顺序向后增加。...可以从Excel里面粘贴或导入，可以实现单元格合并，而且会在合并行或合并列的时候提醒要引入对应的宏包。

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LaTeX论文SVG和EPS矢量图转换方法详解

本文主要介绍常见的EPS矢量图转换方法，其核心流程为： 将图片转换为SVG，再转EPS矢量图和生成PDF文件，最终在LaTeX中显示 后续内容包括： Visio转矢量图EPS至LaTeX Matplotlib...绘制图转矢量图EPS至LaTeX Excel转矢量图EPS至LaTeX AI和PS转矢量图EPS至LaTeX 此外，大家尤其需要注意：（1）不要直接用PNG转EPS矢量图，因为大部分转换会失败，即使是EPS...格式的图像；（2）部分在线网站提供SVG转EPS矢量图的过程，大家可以使用，但需要在最终版PDF论文文件中，放大看是否模糊；（3）部分LaTeX还需要PDF格式的图像文件，但LaTeX会自动将EPS转换为...---- 二.Visio转矢量图EPS至LaTeX 通常在英文论文撰写中，我们会利用Visio绘制框架图或示例图，如何将其转换为EPS矢量图呢？...第二步，由于Excel和Visio之间可以相互转换（相同家族产品），因此，我们将Excel绘制的图像复制到Visio中。 为更饱满地显示图像，按住Ctrl拖动鼠标能将图像调整为更饱满。

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硬核小哥超快配图1700页数学笔记，教你上手LaTeX+Inkscape

其中，pdf文档包含剥离了文字的图形，LaTeX文件则包含了将文字放在正确位置所需的代码。 如果我们要在LaTeX中插入下面这张图： ? 需要转到“文件”→“另存为”，选择pdf作为扩展名。...假设生成的文件都存储在figures文件夹下，最后生成的目录应该像这样： figures/ figure1.pdf_tex figure1.svg figure1.pdf 要在LaTeX...； 4、将包含图形标题的当前行替换为插入图形的LaTeX代码； 5、在Inkscape中打开新图； 6、设置文件观察器，每当通过按下Ctrl+S将图形保存为svg文件时，也自动保存为pdf+LaTeX，...在小哥的设定中，用W和F替代了Inkscape默认的铅笔快捷键和曲线工具的快捷键P和B。 他说，在自己右手使用鼠标的时候，使用这些快捷键的会更舒服、更顺手一些。...正如上文所述，在文档中插如图时，可以用LaTeX来输入文本。如果想要立即插入文本怎么办？小哥说，可以用Shift+T来做到这一点： ? 这两种选择各有优缺点。

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Latex 论文elsevier，手把手如何用Latex写论文 下载安装打开模板设置镜像开始写论文设置本地包下载

现在可以看到星直接存在逗号了，而且需要知道，这里的符号不只是可以写 t1 等，可以写为任意的字符 如修改为下面代码 \title{A paper csdn and Mircrosoft is laji...尝试去掉 \linenumbers 就不会显示数字 标题 在文章的开始就是章节的标题，如第一章我写的是 lindexi.gitee.io 那么就需要使用这个代码 \section{lindexi.gitee.io...从上面的代码可以知道，一级标题是\section{标题名}而二级标题是\subsection{标题名} 输入列表 \begin{enumerate}[标号] 标号可以使用数字或字，其中可以加[],()...\includegraphics[width=5cm,height=5cm]{f1} 图，如果使用eps需要转换 \caption{图1 } \label{fig...*} 每一张图有自己的Figure 如果需要用的是一张图包含小图，就需要使用 subfigure 的方法 \begin{figure} \centering \subfigure[(a)] {

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SwiftUI中的水平条形图

将条形图转换为水平 水平条形图不仅仅是在垂直条形图上的配置，有一些元素是可以重复使用的。...对于垂直条形图组件和水平条形图组件来说，重复使用一些结构和SwiftUI视图并不简单。标题和关键区域可以原样重用。创建BarChartView的副本，并将其名称改为BarChartHView。...} } } } } X轴显示水平条形图上的比例和数值 水平和垂直条形图 一个iPad模拟器被用来比较垂直和水平条形图的使用...柱状图的多数据功能被用来比较男孩和女孩的死亡率。 2018年最高的5岁以下儿童死亡率显示在垂直和水平条形图中 水平条形图重用了垂直条形图的很多代码，所以显示或隐藏标题、键和轴的效果是有效的。...在水平条形图中，显示条形图上的数值并隐藏X轴可以使图表更简洁。 显示和隐藏水平条形图上的元素 结论 创建水平条形图的SwiftUI代码与创建垂直条形图的代码不同。

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Latex 论文elsevier，手把手如何用Latex写论文

等，可以写为任意的字符 如修改为下面代码 \title{A paper csdn and Mircrosoft is laji \tnoteref{csdn,t2}} \tnotetext[csdn]{...[pcc0aa6ja8.jpeg] 尝试去掉 \linenumbers 就不会显示数字 标题 在文章的开始就是章节的标题，如第一章我写的是 lindexi.gitee.io 那么就需要使用这个代码 \section...\section{标题名}而二级标题是\subsection{标题名} 输入列表 \begin{enumerate}[标号] 标号可以使用数字或字，其中可以加[],() 我们可以在列表嵌套 \begin...\includegraphics[width=5cm,height=5cm]{f1} 图，如果使用eps需要转换 \caption{图1 } \label{fig...*} 每一张图有自己的Figure 如果需要用的是一张图包含小图，就需要使用 subfigure 的方法 \begin{figure} \centering \subfigure[(a)] {

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2023-05-12：存在一个由 n 个节点组成的无向连通图，图中的节点按从 0 到 n - 1 编号， 给你一个数组 graph 表示这个图， 其中，grap

2023-05-12：存在一个由 n 个节点组成的无向连通图，图中的节点按从 0 到 n - 1 编号，给你一个数组 graph 表示这个图，其中，graphi 是一个列表，由所有与节点 i 直接相连的节点组成...返回能够访问所有节点的最短路径的长度。你可以在任一节点开始和停止，也可以多次重访节点，并且可以重用边。输入：graph = [1,2,3,0,0,0]。输出：4。...答案2023-05-12：大体步骤如下：1.首先，在 main 函数中调用 shortestPathLength 函数，并将图的邻接表 graph 作为参数传入。...3.接下来，初始化一个 dp 数组，其中 dpi 表示当前状态为 i（二进制表示），当前在节点 j 的情况下，能形成的最短路径长度。同时，对于 dp 数组进行初始化，将所有元素的值设为 -1。...4.循环遍历每个节点 i，从 i 节点出发，通过 process 函数求出访问所有节点的最短路径长度，并更新 ans 的值。

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使用LaTeX的TikZ宏包绘制流程图

方法 注 注：本文大部分为Overleaf的翻译与总结 这个由五部分组成的系列文章结合了视频和文字说明，以教授使用TikZ创建LaTeX图形的基础。...这里使用的其他TikZ命令和库可能具有更现代的等效项。在我们制作新的视频教程之前，我们将按原样保留代码示例，以便它们与视频内容相对应。...: # title {Decession 1}: 结果显示的标题 总结 类似于css的思想，这个其实就是先定义一下样式然后调用，调用的时候也可以修改，大多数参数也能猜（确信 Reference [1]...5 Latex 画流程图 - 简书 (jianshu.com) [2] Latex 绘制流程图_tuzixini的博客-CSDN博客_latex 流程图 [3] LaTeX Graphics using...TikZ: A Tutorial for Beginners (Part 3)—Creating Flowcharts 本文作者：博主： gyrojeff    文章标题：使用LaTeX的TikZ

4.2K20

通俗易懂的Latex教程文档

这是一份面向刚入门数模，想要快速上手Latex排版的同学的Latex教学文档。.../pic/p.png}}% 子图1的相对位置 \subfigure[子图二的标题]{ % 图片2 \includegraphics[width=0.45\textwidth]{...../pic/p.png}}% 子图1的相对位置 \subfigure[子图二的标题]{ % 图片2 \includegraphics[width=0.3\textwidth]{...../pic/p.png}}% 子图3的相对位置 \caption{总图标题} % 总图标题 \end{figure} 注：图片的标题是在下面，表格的标题是在上面。...{page}{1} 这个命令表示页码从当前页从1开始重新计数 写在最后 希望群友能踊跃提问，群内已开匿名功能，如果不好意思提问，可以匿名提问，正是在提出问题和解决问题的过程中，这篇文档能够得以更加丰富。

2.4K20

数据可视化 | 手撕 Matplotlib 绘图原理（一）

subplot_kw=None, gridspec_kw=None, **fig_kw, ) nrows, ncols: int，default:1 子图网格的行/列数。...False或'none':每个子图 x 轴或 y 轴是独立的。 'row':每个子图行共享一个 x 轴或 y 轴。...=字体大小, color=颜色, rotation=旋转角度, alpha=透明度) label: 标题名接受一个字符串， 可以接受一个LaTex 语法的字符串， 从而显示数学公式，比如 "" loc...: 标题的位置， 有 'center', 'left', 'right' 可供选择 fontsize: 标题的字体大小 rotation: 控制字体旋转 alpha: 透明度， 0-1， 越大颜色越深...图例 plt.legend([图例]， loc=位置, fontsize=字体大小) [图例]： 字符串形式，多个图用列表形式存储起来， 字符串同样接受 LaTex 语法而显示数学公式 loc: 图例的位置

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