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生物信息Python 05 | Genbank 文件中提取 CDS 等其他特征序列

1 介绍 在基因结构分析或其他生物功能分析中会时常用到 CDS 序列,以及其他诸如 mRNA 序列,misc RNA序列等具有生物意义序列片段。...而NCBI 基因库已经包含有这些信息,但是只有一部分是整理可下载。而剩下一部分可以通过 genbank给出位点信息来提取,个人能力有限,这里只做抛转之用。...下面以提取 CDS 为例,记录提取序列过程,其他特征序列类似。 2 结构目录 ?...CDS 序列下载,但是对于样本量大序列分析比较低效 这里cds是可以点击链接,点击 ?...会有详细信息展示,点击 fasta 链接来下载序列 ? 4.2 对于NC,NM,可以用下面的方式来实现 CDS 序列下载,同样对于样本量大序列分析比较低效 ?

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scalajava等其他语言CSV文件读取数据,使用逗号,分割可能会出现问题

众所周知,csv文件默认以逗号“,”分割数据,那么在scala命令行里查询数据: ?...可以看见,字段里就包含了逗号“,”,那接下来切割时候,这本应该作为一个整体字段会以逗号“,”为界限进行切割为多个字段。 现在来看看这里_c0字段一共有多少行记录。 ?...接着还是查询这个字段有多少行 ? 很显然,60364>60351 这就是把一个字段里本来就有的逗号当成了分隔符,导致一个字段切割为两个甚至多个字段,增加了行数。...所以如果csv文件第一行本来有n个字段,但某个字段里自带有逗号,那就会切割为n+1个字段。...自然就会报数组下标越界异常了 那就把切割规则改一下,只对引号外面的逗号进行分割,对引号内不分割 就是修改split()方法里参数为: split(",(?

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Excel应用实践08:主表中将满足条件数据分别复制到其他多个工作表

如下图1所示工作表,在主工作表MASTER存放着数据库下载全部数据。...现在,要根据E数据将前12数据分别复制到其他工作表,其中,E数据开头两位数字是61单元格所在行前12数据复制到工作表61,开头数字是62单元格所在行前12数据复制到工作表62...5符合条件数据存储到相应数组 For i = 2 To UBound(x, 1) Select Case Left(x(i, 5), 2) Case..., 64, "已完成" End Sub 运行代码后,工作表61数据如下图2所示。 ? 图2 代码并不难,很实用!在代码,我已经给出了一些注释,有助于对代码理解。...个人觉得,这段代码优点在于: 将数据存储在数组,并从数组取出相应数据。 将数组数据直接输入到工作表单元格,提高了代码简洁性和效率。 将代码适当修改,可以方便地实现类似的需求。

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SQL命令 INSERT(一)

INSERT语句与SELECT查询结合使用通常用于用其他表中提取现有数据填充表,如下面的“插入查询结果”部分所述。...%Keyword字选项 指定%Keyword参数将按如下方式限制处理: %NOCHECK-不执行唯一值检查和外引用完整性检查。也不执行针对数据类型、最大长度、数据约束和其他验证条件数据验证。...如果指定值少于表列数量,则会发出SQLCODE-62错误。如果指定值多于表列数量,则会发出SQLCODE-116错误。 RowID不能由用户指定,因此不包括在此语法。...此语法不能与链接表一起使用;尝试这样做会导致SQLCODE-155错误。 必须按号顺序指定值。必须为采用用户提供每个基表列指定值;使用顺序插入不能采用定义字段默认值。...INSERT可以为大多数字段数据类型插入默认值,包括流字段。 如果未指定列名,则数据值必须在位置上与定义列表相对应。必须为每个用户可指定表列指定值;不能使用定义默认值。

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聚集索引VS非聚集索引

聚集索引VS非聚集索引 SQL Server 2014 发布日期: 2016年12月 索引是与表或视图关联磁盘上结构,可以加快表或视图中检索行速度。 索引包含由表或视图中或多生成。...非聚集索引包含非聚集索引键值,并且每个键值项都有指向包含该键值数据指针。 非聚集索引索引行指向数据指针称为行定位器。 行定位器结构取决于数据页是存储在堆还是聚集表。...每当修改了表数据后,都会自动维护表或视图索引。 有关其他类型特殊用途索引,请参阅 Indexes 。...执行此查询时,查询优化器评估可用于检索数据每个方法,然后选择最有效方法。 可能采用方法包括扫描表和扫描一个或多个索引(如果有)。 扫描表时,查询优化器读取表所有行,并提取满足查询条件行。...但是,如果查询结果集是占表较高百分比行,扫描表会是最为有效方法。 查询优化器使用索引时,搜索索引,查找到查询所需行存储位置,然后该位置提取匹配行。

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聚集索引VS非聚集索引

聚集索引VS非聚集索引 SQL Server 2014 发布日期: 2016年12月 索引是与表或视图关联磁盘上结构,可以加快表或视图中检索行速度。 索引包含由表或视图中或多生成。...非聚集索引包含非聚集索引键值,并且每个键值项都有指向包含该键值数据指针。 非聚集索引索引行指向数据指针称为行定位器。 行定位器结构取决于数据页是存储在堆还是聚集表。...每当修改了表数据后,都会自动维护表或视图索引。 有关其他类型特殊用途索引,请参阅 Indexes 。...执行此查询时,查询优化器评估可用于检索数据每个方法,然后选择最有效方法。 可能采用方法包括扫描表和扫描一个或多个索引(如果有)。 扫描表时,查询优化器读取表所有行,并提取满足查询条件行。...但是,如果查询结果集是占表较高百分比行,扫描表会是最为有效方法。 查询优化器使用索引时,搜索索引,查找到查询所需行存储位置,然后该位置提取匹配行。

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PQ-综合实战:格式化表单转数据明细之3:可配置映射关系,你数据你做主

首先,我们回顾一下《多个格式表单批量转换汇总》里代码: 其中用红框框出来内容是咱们修改自定义函数,固定了列名和引用位置,用红色荧光笔画出来内容是在操作展开数据或删除其他时自动生成固定列名...大海:这个我先把改好给你,然后再跟你解析: 这个在自定义函数里面还是将要提取数据表作为参数(s)传进去,构建table列名由原来固定内容改为配置(映射表)里取,所以改为:映射表[内容],对应代码这部分...: 接下来是通过“映射表[内容]”去找到每个表提取数据。...1)提取数据第2行内容为一个记录(Record),对应代码为:s{1},合并上面取索引代码即为:s{映射表{[内容="年龄"]}[源表索引]} 3、根据源表列名(Column4)使用函数Record.Field...记录中提取数值(100),合并上面的代码为: Record.Field( s{映射表{[内容="年龄"]}[源表索引]}, 映射表{[内容="年龄"]}[源表列名] ) 以上说明仅对

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批量汇总多Excel表格 | 格式化表单转数据明细之3:可配置映射关系

首先,我们回顾一下《批量汇总多Excel表格 | 格式化表单(如简历)数据汇总2:多表批量转换汇总》里代码: 其中用红框框出来内容是咱们修改自定义函数,固定了列名和引用位置,用红色荧光笔画出来内容是在操作展开数据或删除其他时自动生成固定列名...大海:这个我先把改好给你,然后再跟你解析: 这个在自定义函数里面还是将要提取数据表作为参数(s)传进去,构建table列名由原来固定内容改为配置(映射表)里取,所以改为:映射表[...内容],对应代码这部分: 接下来是通过“映射表[内容]”去找到每个表提取数据。...(1)提取数据第2行内容为一个记录(Record),对应代码为:s{1},合并上面取索引代码即为:s{映射表{[内容="年龄"]}[源表索引]} 3、根据源表列名(Column4)使用函数Record.Field...记录中提取数值(100),合并上面的代码为: Record.Field( s{映射表{[内容="年龄"]}[源表索引]}, 映射表{[内容="年龄"]}[源表列名] ) 以上说明仅对

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SQL Server 索引和表体系结构(包含索引)

在计算索引数或索引大小时,数据库引擎不考虑它们。 当查询所有都作为或非包含在索引时,带有包含性非索引可以显著提高查询性能。...与一样,只要允许将计算数据类型作为非索引 image、ntext 和 text 数据类型派生计算就可以作为非(包含性)。...不能同时在 INCLUDE 列表和列表中指定列名。 INCLUDE 列表列名不能重复。 大小准则 必须至少定义一个。最大非数为 1023 。也就是最大表列数减 1。...修改准则 修改已定义为包含表列时,要受下列限制: 将为空性 NOT NULL 改为 NULL。 增加 varchar、nvarchar 或 varbinary 长度。...除非先删除索引,否则无法删除非。 除进行下列更改外,不能对非进行其他更改: 注意事项 大小尽量小,有利用提高效率 将用于搜索和查找列为尽量不要包含没必要

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Laravel创建数据库表结构例子

Laravel Schema门面提供了与数据库系统无关创建和操纵表支持,在 Laravel 所支持所有数据库系统中提供一致、优雅、平滑API。...Schema::dropIfExists('users'); 通过外重命名表 在重命名表之前,需要验证该表包含在迁移文件中有明确名字,而不是Laravel基于惯例分配名字。...否则,外约束名将会指向旧数据表。...'); “geo”表删除普通索引 如果要传递数组到删除索引方法,那么相应索引名称将会通过数据表名、和关键类型来自动生成: Schema::table(‘geo', function (table...) {table) {table- dropIndex([‘state']); // Drops index ‘geo_state_index' }); 外约束 Laravel 还提供了创建外约束支持

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laravel5.6框架操作数据curd写法(查询构建器)实例分析

本文实例讲述了laravel5.6框架操作数据curd写法(查询构建器)。分享给大家供大家参考,具体如下: laravel5.6 数据库操作-查询构建器 <?...$data = DB::table('users') - whereBetween('id', [1, 3])- get(); //whereIn 方法验证给定值是否在给定数组: $data =...Laravel有效执行 $data = DB::table('users')- paginate(2); //前台分页链接附加参数实现分页 $getName = $GET['name']?...操作数据ORM 更多关于Laravel相关内容感兴趣读者可查看本站专题:《Laravel框架入门与进阶教程》、《php优秀开发框架总结》、《php面向对象程序设计入门教程》、《php+mysql数据库操作入门教程...》及《php常见数据库操作技巧汇总》 希望本文所述对大家基于Laravel框架PHP程序设计有所帮助。

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SqlAlchemy 2.0 中文文档(五)

反射表自动化命名方案 映射到明确一组主键 映射表列子集 使用声明性映射器配置 使用声明性定义映射属性 使用声明性配置 Mapper 配置选项 动态构建映射器参数...然而,声明性还具有直接Annotated对象中提取整个预先建立mapped_column()构造能力。...然而,声明式还具有直接Annotated对象中提取整个预先建立mapped_column()结构能力。...如果没有通过其他方式提供,比如在 用于映射表列替代属性名称 中所示方式,该也将被 Mapper 用作属性名称,该属性将被映射到 Column。...如果没有通过其他方式提供,比如在 用于映射表列替代属性名称 中所示方式,该也将被 Mapper 用作属性名称,该属性将被映射到 Column。

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07-08 创建计算字段使用函数处理数据第7章 创建计算字段第8章 使用函数处理数据

计算字段并不实际存在于数据库表,是运行时在 SELECT 语句内创建。 注意 只有数据库知道 SELECT 语句中哪些是实际表列,哪些是计算字段。...客户端(如应用程序)来看,计算字段数据其他数据返回方式相同。 提示:客户端与服务器格式 在 SQL 语句内可完成许多转换和格式化工作都可以直接在客户端应用程序内完成。...输出看到,结果与以前相同,但现在列名为 vend_title,任何客户端应用都可以按名称引用这个,就像它是一个实际表列一样。 在很多 DBMS ,AS 关键字是可选,不过最好使用它。...别名还有其他用途,包括在实际表列名包含不合法字符(如空格)时重新命名它,在原来名字含混或容易误解时扩充它。 7.3 执行算数计算 计算字段另一常见用途是对检索出数据进行算术计算。...客户端应用现在可以使用这个新计算,就像使用其他一样。 第8章 使用函数处理数据 8.1 函数 函数在数据上执行,为数据转换和处理提供方便。

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SQL命令 UPDATE(三)

此设置不适用于用NOCHECK关键字定义。 在UPDATE操作期间,对于每个具有更新字段值引用,都会在被引用表旧(更新前)引用行和新(更新后)引用行上获得共享锁。...有几种可能策略可以避免这种情况:(1)增加锁升级阈值,以便锁升级不太可能在事务中发生。 (2)大幅降低锁升级阈值,以便锁升级几乎立即发生,从而减少其他进程锁定同一表记录机会。...当更新一行所有字段时,请注意,级特权覆盖GRANT命令命名所有表列; 表级权限涵盖所有表列,包括分配权限后添加。...用户必须对指定表具有UPDATE权限,或者对更新字段列表所有具有级UPDATE权限。 用户必须对WHERE子句中字段具有SELECT权限,无论这些字段是否要更新。...当您使用链接表向导链接一个表时,您可以选择将字段定义为只读。

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【MySQL】多表查询

首先,为了方便说明问题,创建两个表emp(雇员信息)和dept(雇员部门信息),其数据如下: 在之前博客,我们分享了单表查询方法,但是在实际应用,我们要查数据很可能不在同一个表...可以发现,结果是这样第一个表中选出第一条记录,和第二个表所有所有记录进行组合,然后再从第一个表取出第二条记录,和第二张表所有记录进行组合,这样结果是没有实际意义。...2. union all 与union类似,但是不会自动去重 例如:与or类似 外   外定义主表和关系,外约束主要是定义在从表上,主表必须是有主键或者唯一。...当定义外后,要求外数据必须在主表列存在或者为NULL。   ...例如:创建一个主表class,表stu   由上图,我们可以知道主键不能为null,但是外可以为null,同时不能存在外有的数据而主表不存在。

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ETL测试或数据仓库测试入门

什么是ETL ETL是Extract-Transform-Load缩写(提取-转换-载入),是一个完整源系统提取数据,进行转换处理,载入至数据仓库过程。...我们联机事务数据库中提取数据,进行转换处理,匹配数据仓库模式,然后载入至数据仓库数据。 在通常情况下,大多数数据仓库要整合非联机事务数据库系统数据,例如来源文本文件、日志、电子表格等等。...这些key只允许数据仓库进行维护管理,且不允许其他任何实体进行分配。 数据清理:在提取数据后,则进入下一个节点:数据清理。对提取数据错误进行标识和修复。...要比较源和目标数据个数(即确保计数上完整)3. 检查出现任何不合格记录4. 检查目标表列数据没出现被截断情况5. 对边界值进行分析检查6....验证目标表业务要求所有惟一性指标均正确实现(例如主键、惟一标识、或其他任一惟一表示)2. 验证数据合并而成数据是正确3.

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ETL测试或数据仓库测试入门

什么是ETL ETL是Extract-Transform-Load缩写(提取-转换-载入),是一个完整源系统提取数据,进行转换处理,载入至数据仓库过程。...我们联机事务数据库中提取数据,进行转换处理,匹配数据仓库模式,然后载入至数据仓库数据。 在通常情况下,大多数数据仓库要整合非联机事务数据库系统数据,例如来源文本文件、日志、电子表格等等。...这些key只允许数据仓库进行维护管理,且不允许其他任何实体进行分配。 数据清理:在提取数据后,则进入下一个节点:数据清理。对提取数据错误进行标识和修复。...要比较源和目标数据个数(即确保计数上完整)3. 检查出现任何不合格记录4. 检查目标表列数据没出现被截断情况5. 对边界值进行分析检查6....验证目标表业务要求所有惟一性指标均正确实现(例如主键、惟一标识、或其他任一惟一表示)2. 验证数据合并而成数据是正确3.

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数据测试之ETL测试入门

什么是ETL ETL是Extract-Transform-Load缩写(提取-转换-载入),是一个完整源系统提取数据,进行转换处理,载入至数据仓库过程。...我们联机事务数据库中提取数据,进行转换处理,匹配数据仓库模式,然后载入至数据仓库数据。 在通常情况下,大多数数据仓库要整合非联机事务数据库系统数据,例如来源文本文件、日志、电子表格等等。...这些key只允许数据仓库进行维护管理,且不允许其他任何实体进行分配。 数据清理:在提取数据后,则进入下一个节点:数据清理。对提取数据错误进行标识和修复。...要比较源和目标数据个数(即确保计数上完整)3. 检查出现任何不合格记录4. 检查目标表列数据没出现被截断情况5. 对边界值进行分析检查6....验证目标表业务要求所有惟一性指标均正确实现(例如主键、惟一标识、或其他任一惟一表示)2. 验证数据合并而成数据是正确3.

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