Intel oneAPI 是一种统一的跨架构的的编程模型,提供了CPU、GPU、FPGA、专用加速器的产品。
公众号的安装教程里常说的“Intel全家桶”指的是Intel Parallel Studio XE,里面集成了C/C++/Fortran语言的编译器(分别是icc、icpc、ifort)、MKL数学库及各种高效调试工具,甚至还有Intel MPI,可以说是编译量化软件最常用的一套“装备”。然而从2021年开始Intel不再提供旧版Parallel Studio XE下载页面,而是改成了(或称升级成了)oneAPI,又可具体细分为oneAPI Base Toolkit和oneAPI HPC Toolkit等等。
我们使用简单的测试用例来对各种高级编程语言进行比较。我们是从新手程序员的角度来实现测试用例,假设这个新手程序员不熟悉语言中可用的优化技术。我们的目的是突出每一种语言的优缺点,而不是宣称一种语言比其他语言更优越。计时结果以秒为单位,精确到四位数,任何小于 0.0001 的值将被视为 0 秒。
xmake 是一个基于 Lua 的轻量级跨平台构建工具,使用 xmake.lua 维护项目构建,相比 makefile/CMakeLists.txt,配置语法更加简洁直观,对新手非常友好,短时间内就能快速入门,能够让用户把更多的精力集中在实际的项目开发上。
NAMELIST(有名列表)是一种特殊的I/O方法,它将一组变量和数值封装在一起,进行输入/输出操作。其声明形式如下:
R是一个常用于统计学问题和画图的免费软件(https://www.r-project.org/)。在线安装十分简单,本文主要介绍离线安装,且让R使用Intel编译器编译、调用Intel MKL库,以期提高计算速度。笔者测试安装和使用R时,所用Linux系统为CentOS 7,R版本为R-3.6.1,Intel编译器(含MKL)2018和2019都用过(分别在两台机器上)。
ORCA官方于2021年7月1日发布了5.0版本,前期从ORCA论坛上来看,有不少同行都非常期待。除了昨天的线上发布会,今天还会有一个线上的论坛,感兴趣的朋友可以去官方论坛查看相关帖子:
从 Anaconda 官文网站 https://www.anaconda.com/download 下载操作系统对就的安装文件,选择 Python 3.7 版本。
GAMESS是一款历史悠久、免费开源的量子化学软件,现今最流行的分支是GAMESS-US(下文简称GAMESS),该程序的最新版可在量化大佬Mark Gordon课题组主页
2019年10月1日前后,Grimme课题组将GFN-xTB源代码推到了Github上面。这样友好的举动,无疑增加了用户使用GFN-xTB的热情。GFN-xTB源代码能成为一个很好的教材,我们也可以把它整合到一些已有的程序中,它不再是黑箱。GFN-xTB是近一年以来的热门计算软件,在网上可以找到很多教程,这里不予赘述。一句话概括,GFN-xTB能很快、比精准地完成结构优化、频率计算。本文着重于讲怎么从源代码编译GFN-xTB,以及使用它的API。
Dalton是一款开源免费的量子化学程序,主要特色是支持一大堆性质的计算,例如DFT下的二次响应计算(常规TDDFT计算仅是线性相应),MCSCF波函数下的核磁NMR计算等等,以及各类激发态方法。当然,也有一些高精度单参考方法(如MP2-R12和CCSD-R12等),但较少用到。其PDF手册在
过冷水最近一段时间接触了一个非常牛X的程序包——parsec,花了九牛二虎之力才弄懂它,它能干什么呢?
在国外的一个abaqus论坛看到了本文所要探讨的关联方法,在亲自操作成功之后觉得更简单。故而将其贴出,供参考。 首先要强调的依旧是要注意版本匹配。一般来说,要选择与Abaqus版本发行时间相近的VS以及IVF发行版本。比如Abaqus2018匹配VS2012就会出错。
By HKL, on Saturday 2022-10-15 08:48, tagged: 🏷️Linux 🏷️Operating
在编译一个大型项目的时候,往往有很多目标文件、库文件、头文件以及最终的可执行文件。不同的文件之间存在依赖关系(dependency)。比如当我们使用下面命令编译时: $gcc -c -o test.o
本文适用于OpenMolcas-v22.02和v22.06,对以后的版本可能适用也可能不适用。旧版OpenMolcas、与QCMaquis联用版本的安装请见文末链接。安装前我们需要确保有必要的编译器和库:
本公众号之前发过几篇多组态(multi-configurational)方法的介绍:
Wannier函数是周期性体系里和分子轨道对应的概念。很多固体物理教材都详细介绍了Wannier函数,如南京大学教材《固体理论》[1]的第八章。Wannier函数定义为Bloch函数的一个傅立叶变换:
在Linux下用高斯做计算的过程中,大家经常会使用一些grep命令从log文件中搜索某个字段,查看计算进度。这其中最常用的恐怕要属以下两个:
convert_mpas可以将MPAS模式输出结果插值到等经纬度网格,其中整数变量使用最近邻方案映射到目标网格,浮点数(单精度或双精度)采用重心插值(barycentric interpolation)。
CFOUR程序的全称为Coupled-Cluster techniques for Computational Chemistry,是一款专注于高精度量子化学计算的程序。从名字可以看出,其专长为耦合簇方法,支持在CC级别下做单点、几何结构优化(如CCSD(T)级别)、激发态计算(如EOM-CCSDT)、性质计算(如CCSD(T)级别的NMR计算)。其官方网站为
Fortran中调用C语言的函数这部分内容在彭国伦的教材中是有的,但那是基于Fortran 90标准,写法稍微有些烦琐。在Fortran 2003标准中有较为简洁的写法,本文通过几个简单的例子展示一下如何实现在Fortran中调C函数。
本公众号之前发过《离线编译OpenMolcas+QCMaquis》一文,成功安装后可进行DMRG-NEVPT2和DMRG-PDFT计算。但其中需要编译QCMaquis、 HDF5、GSL和Boost库,过程颇为繁琐。笔者发现有的小伙伴不需要做DMRG计算,只想用OpenMolcas中最核心、最特色的功能——CASSCF、CASPT2、ic-MRCISD和MC-PDFT方法,则安装过程可以大大简化。
它使用 xmake.lua 维护项目构建,相比 makefile/CMakeLists.txt,配置语法更加简洁直观,对新手非常友好,短时间内就能快速入门,能够让用户把更多的精力集中在实际的项目开发上。
高小四,英文名G2C4,是Gaussian通过external关键词调用CFOUR的接口程序,进而可以在Gaussian中实现高级别post-HF方法的能量、梯度、频率计算,同时也避免了CFOUR结构优化必须用Z矩阵坐标、结构升级异常等问题。由于MRCC程序与CFOUR是无缝对接的,因此也可以通过CFOUR实现MRCC的各种更高理论级别的计算。 程序主页
网上说要分c为主程序和fortran为主程序两种情况讨论,其实我觉得不用,只要你了解生成可执行文件的机制。这个机制就是:不论是单一语言模块之间的 链接还是不同语言之间的混合链接,本质目的都是要链接器能找到定义于其他模块中的符号,如果全部找到,则链接成功,生成可执行的二进制文件。 下面的内容比较基础,看烦了就跳过。 比如简单的一个c程序:
安装 JDK 会自动创建一个名为 jdk–17.interim.update.patch.
Linux内核是GNU/Linux操作系统的核心组件。它是一个免费、开源、庞大、模块化、多任务的类Unix的操作系统内核。它最初是由Linus Torvalds在1991年为他的i386 PC创造的。
在 2021 年,有更多让人们喜欢 Linux 的理由。在这个系列中,我将分享 21 种使用 Linux 的不同理由。下面是如何安装 Linux。
Linux Mint是一种现代的,精美的,易于使用的,舒适的,社区驱动的GNU / Linux桌面发行版,它基于流行的Ubuntu Linux发行版。 对于从Windows或Mac OS X操作系统切换到Linux平台的计算机用户,这是一个很好的建议发行版本。
大家好,今天我们学习一下如何从Elrepo或者源代码来安装最新的Linux内核4.0。代号为‘Hurr durr I'm a sheep’的Linux内核4.0是目前为止最新的主干内核。它是稳定版3.19.4之后发布的内核。4月12日是所有的开源运动爱好者的大日 子,Linux Torvalds宣布了Linux内核4.0的发布,它现在就已经可用了。由于包括了一些很棒的功能,例如无重启补丁(实时补丁),新的升级驱动,最新的 硬件支持以及很多有趣的功能都有新的版本,它原本被期望是一次重要版本。但是实际上内核4.0并不认为是期望中的重要版本,Linus 表示期望4.1会是一个更重要的版本。实时补丁功能已经集成到了SUSE企业版Linux操作系统上。你可以在发布公告上查看关于这次发布的更多详细内容。
肯定有人和我一样,很早就听说过Linux的这个词,但是又没接触过。然后随手百度一下看着满满的命令惊呆了,不知道从哪里开始学习。这种状况一直维持到我面试的时候,我不怕跟你们说,我拿着写着“熟悉Linux的系统”的简历去面试,其实当时的我都没有了解Linux的到底是什么!我相信大家肯定都用过的Windows系统,或者也用过的mac系统,其实Linux也是和这些在Windows,Mac一样,都是系统,只是不同的形式呈现出来给用户体验。这样说大家都了解吧,就是个系统。
很多朋友工作学习中需要在 Windows 上安装 Linux 系统,最常用的就是使用 VMware Workstation 虚拟机。
Linux是一套免费使用和自由传播的操作系统。说到操作系统,大家比较熟知的应该就是Windows和MacOS操作系统,我们今天所学习的Linux也是一款操作系统。
系统要求 Kali 系统对硬件有一些最基本的要求及建议。根据用户使用目的,你可以使有更高的配置。这篇文章中假设读者想要把 kali 安装为电脑上唯一的操作系统。 至少 10GB 的磁盘空间;强烈建议分配更多的存储空间。 至少 512MB 的内存;希望有更多的内存,尤其是在图形界面下。 支持 USB 或 CD/DVD 启动方式。 Kali Linux 系统 ISO 镜像下载地址 https://www.kali.org/downloads/。 使用 dd
在Linux 操作系统中,有一个系统软件包,它的功能类似于Windows里面的“添加/删除程序”,但是功能又比“添加/删除程序”强很多,它就是 Red Hat Package Manager(简称RPM)。此工具包最先是由Red Hat公司推出的,后来被其他Linux开发商所借用。由于它为Linux使用者省去了很多时间,所以被广泛应用于在Linux下安装、删除软件。下面就给大家介绍一下它的具体使用方法。
Jupyter notebook是一种Web应用程序,当在拥有图形化界面的windows、Linux和Mac系统中,很容易安装使用。不过通常我们会将一些消耗性能的代码放到性能更强的Linux服务器中,通过本地机器来访问运行,这些Linux服务器没有图形化界面只能够通过命令来进行交互,如果想要在Linux服务器中直接使用Jupyter notebook是不可能的事情。不过我们可以将Jupyter notebook安装在Linux服务器中,然后通过本地的浏览器来访问Linux服务器中的Jupyter notebook。
如何在linux系统服务器上,安装 LAMP 这个php运行环境? 如果要准备建一个wordpress网站,大多数的wordpress站长都会选择linux系统的服务器。为什么呢?因为wind
WSL是Windows Subsystem for Linux的缩写,允许利用CPU的虚拟化技术在Windows系统下使用Linux系统。目前最新版本是WSL2。
说明:本文汇总Oracle安装部署,版本升级,应用补丁等相关内容,方便快速查阅。 其中参考随笔是汇总我自己总结的原创作品,参考文章是汇总其他作者的相关优秀作品。
工作中通常既需要使用windows系统的常用工具,同时又想使用Linux的命令和算法库,特别是深度学习中一些库的编译和使用在Linux更为方便。这时候WSL就是很好的选择,我们可以直接在Windows系统上使用Linux。本文主要介绍如何启动WSL2安装Linux系统,在Linux系统中安装一个docker以及在安装过程中遇到的问题。
centos系统内核如何升级,有些小伙伴在使用centos系统时可能会遇到网卡不能使用,亮度不能调节,触摸板不能识别,等等问题,这些都是内核版本过低而导致,只需要把内核升级一下就可以, 下面为大家分享一下centos系统内核升级方法。
使用过linux系统的运维应该都有在上面安装过软件包,有时候我们需要查询即将要安装的包有没有在这个系统上已经安装,如果不先查一下,或多或少会出现问题,比如版本不一致等等。
以下分享红旗Linux操作系统RedFlag Linux Desktop 9.0安装教程,你可以用Vmware、VirtualBox虚拟机、硬盘、U盘、光盘的方式来安装。本文以光盘的方式来演示安装RedFlag Linux Desktop 9.0全过程。
此工具包最先是由Red Hat公司推出的,后来被其他Linux开发商所借用。由于它为Linux使用者省去了很多时间,所以被广泛应用于在Linux下安装、删除软件。下面就给大家介绍一下它的具体使用方法。
有些小伙伴在使用Linux系统时可能会遇到网卡不能使用,亮度不能调节,触摸板不能识别,等等问题,这些都是内核版本过低而导致,只需要把内核升级一下就可以, 下面为大家分享一下Linux系统内核升级方法。
WSL(Windows Subsystem for Linux)是微软开发的一种技术,允许在Windows操作系统上运行Linux发行版的用户空间。它为开发人员提供了在Windows环境中使用Linux工具和命令行界面的能力,同时无需在系统中安装完整的虚拟机或进行双重引导。
本文转载自:http://www.oolap.com/2015-11-07-ubuntu-install-dbgsym
今天尝试安装龙芯版 Linux,本来希望能安装 Debian 版,但只找到一些文档(https://wiki.debian.org/LoongArch),没找到可安装版的 ISO。
总体而言,Linux操作系统是一个强大、灵活且可定制的操作系统,广泛应用于服务器、嵌入式系统、超级计算机等各种领域。
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