2009年 7 月，NCBI 发布了 BLAST 升级版——BLAST+，BLAST+使用了 BLAST 的核心算法，延续了 BLAST 的优势功能，发展并增强了如 BLAST 的 fastacmd 程序...BLAST+是一个全新设计的程序，在性能以及易用性上均有了很大提高，清晰的模块化将会极大地提高维护者的效率。NCBI 官方也强烈推荐用户放弃 BLAST，使用 BLAST+工具。.../books/NBK279690/ #软件安装 mamba install -y blast blast 应用程序 软件名 功能 blastdbcmd 从索引中提取信息 blastn 核酸与核酸比对 blastp...数据库 四、blast 数据库 4.1 NCBI blast 数据库 blast 比对需要建立索引，索引 index，是目录的意思。...网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 计算资源有限。
一、物种鉴定 当拿到一条未知序列时，可以直接与 ncbi nt 库或者 nr 库进行 blast 比对，鉴定未知序列。...将两个基因集氨基酸序列进行 blast 比对，将比对上的序列 ID 筛选出来。...相比于 blast程序，具有以下特点。...网址：https://github.com/bbuchfink/diamond 5.2 软件安装使用 1 软件安装 #bioconda 安装 mamba install -y diamond #现在预编译程序...wget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v2.0.13/diamond-linux64. tar.gz tar xzf diamond-linux64
下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具，直接输入fastq格式的序列文件就可进行比对...BLAST has many subtle functions that most users never need....一、软件安装 使用conda安装 conda install blast 二、blast类型 ? 三、blast的用法 1. 本地BLAST的基本步骤 1....用makeblastdb为BLAST提供数据库 2. 选择blast工具，blastn,blastp 3. 运行工具，有必要的还可以对输出结果进行修饰 2....建立检索所需数据库 BLAST数据库分为两类，核酸数据库和氨基酸数据库，可以用makeblastbd创建。可以用help参数简单看下说明。 ?
blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便，blast+是将blast模块化，分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库.../blast/executables/blast+/LATEST 得到最新版本的blast+压缩包：ncbi-blast-2.9.0+-x64-win64.tar.gz 对安装包进行解压: [wangh...@master Softbacks]$ tar -zxvf ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz [wangh@master Softbacks]$ cd ncbi-blast...-2.9.0+ [wangh@master ncbi-blast-2.9.0+]$ vim ~/.bashrc # 对blast+进行环境配置,进入变量配置环境中后，按i或者o切换到插入(编辑模式下)输入下列路径...# ncbi-blast export PATH=/path/ncbi-blast-2.9.0+/bin/:$PATH #######按Esc键退出编辑环境，再输入 ：wq 命令进行写入保存(w)
之前看论文从全基因组重测序数据中提取叶绿体的reads会使用blast，自己一直在想如何具体实施，原来blast有一款工具专门在做这个事情的 —— Magic-Blast Magic-Blast is...The reference genome or teanscriptome can be given as a Blast database or a Fasta file. it is preferable...to use Blast database for large genomes, such as human, or transcript collections....论文题目、发表期刊及发表时间 Magic-BLAST, an accurate DNA and RNA-seq aligned for long and short reads 好像还没有发表，自己是在.../ 介绍 https://ncbi.github.io/magicblast/ 帮助文档 下载地址 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast
所以 NCBI提供了本地化安装的blast软件包，这样就可以构建自己的数据库，提高同源性分析的准确性和一致性。...---- 二： LINUX下BLAST的安装与运行 优点：速度快，灵活性大，可自己配置库 缺点：序列数据库下载量大，并且更新麻烦，需要重新下载 1 安装配置BLAST 1.1 利用conda安装，关于...... done. ==> RETR ncbi-blast-2.8.1+-x64-linux.tar.gz ... done....-2.8.1+-x64-linux.tar.gz’ saved [241992963] 接下来解压缩 $ tar -xzvf ncbi-blast-2.8.1+-x64-linux.tar.gz $ rm...ncbi-blast-2.8.1+-x64-linux.tar.gz $ mv ncbi-blast-2.8.1+/ blast $ cd blast $ cd bin $ ls 可执行文件显示如下
pip安装： （1）出现的问题网址：https://www.cnblogs.com/saolv/p/6963314.html （2）安装： sudo yum -y install epel-release...PySQLite NCBIblast 的安装: wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.7.1...+-x64-linux.tar.gz tar -zxvf ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz echo 'export PATH=/root/biosoft/ncbi-blast.../blast/executables/blast+/LATEST/) ncbi-blast-2.2.31+-x64-linux.tar.gz tar -zxvf ncbi-blast-2.2.31+-x64...-linux.tar.gz echo 'export PATH=/root/biosoft/ncbi-blast-2.7.1+/bin:$PATH' >> ~/.bashrc install kobas
1.1、安装ncbi-blast+ NCBI的本地blast软件已经构建的非常好了，只需要下载就可以直接使用。...## 下载安装包 wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz...tar zxvf ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz ## 解压 mv ncbi-blast-2.11.0+ ~/biosoft/blast/ ## 移动到自己常用的软件目录并改名...protein sequences BLASTDB_PROT_DATA_LOADER=/home/csw/reference/linux/blast/nr # Specifies the BLAST.../blast/windowmasker # end of file 1.4、使用update_blastdb安装预构建的nt库 ## update_blastdb --showall可以显示所有可以安装的库
我们做本地中运行BLAST后，往往会得到以文字形式的BLAST结果。如果我们需要查看比对的确切结果，这会给我们带来一定的烦恼。...今天给大家介绍一个网页based的可视化BLAST结果的小工具：Kablammo简介Kablammo可以让你您从Web浏览器创建BLAST结果，并进行交互式可视化。并且你不需要安装任何软件。...实例操作 BLAST的一些基本参数 首先，先介绍一下BLAST结果里面一些名称。Query就是一段你所感兴趣的DNA或者RNA序列，用以搜索的目标序列。（例子，某些生物的基因序列）。...该比对，是经过BLAST的算法后得出的，query至少会有部分序列比对到subjects的序列上。如上图，在query和subjects中，就有两段能够比对上的片段。...可视化BLAST的结果接着就是重头戏，如何进行可视化BLAST的结果。首先，你可以移动鼠标，然后点击到其中一段的比对。
双序列比对工具 常用的双序列比对工具有BLAST、FASTA、diamond等。...BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列，能迅速与公开数据库进行相似性序列比较，BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。...BLAST是免费软件，除了在线比对检索服务，也可以从NCBI文件服务器上下载获得本地版本。...此外，也可以使用任意数据库序列文件通过BLAST提供的格式转换工具由其他格式序列文件转换而得到，如下所示： 软件下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables...BLAST XML2, 15 = Single-file BLAST JSON, 16 = Single-file BLAST XML2, 18 = Organism Report
package for offline use） https://github.com/infspiredBAT/Circoletto 各有优缺点：网页版对上传文件大小有限制，最大文件20M；本地版安装依赖...Bioperl，Blast，Circos。...Circos据传言安装起来非常麻烦。暂时先不尝试本地版。...最简单的用法：直接上传Blast结果，然后点运行就可以（输出结果png或者svg格式可选） 网页版提供一个Blast的输出结果作为例子，下载下来上传运行，结果 ?...自己运行blast，然后上传结果 #构建数据库 makeblastdb -in database.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out database_name
今天有同学问我LULU的第一步blast的问题，我看他用的blast的命令比较奇怪，一问才知他用rBLAST这个包跑的blast。简单看了一下用法mark一下。...mhahsler/rBLAST library(devtools) devtools::install_github("mhahsler/rBLAST") library(rBLAST) ##需要自己下载blast...#寻找本地可用的blast Sys.which("blastn") #如果找不到需要自己设置环境变量 Sys.setenv(PATH = paste(Sys.getenv("PATH"), "path_to_BLAST...file.path(dir, "seqs.fasta"), dbtype = "nucl", args="") #dbtype:"nucl" or "prot" #args:其他参数 ## 加载数据库 bl <- blast
，我尝试安装源码包在Ubuntu16.04是无法安装的； 在RepeatMasker的页面上有最近ncbi-blast-2.6.0+-src源代码和补定，按要求安装，即本文中的操作，make编辑成功，.../blast/executables/blast+/2.2.28/ncbi-blast-2.2.28+-x64-linux.tar.gz wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/...blast/executables/rmblast/2.2.28/ncbi-rmblastn-2.2.28-x64-linux.tar.gz tar zxvf ncbi-blast-2.2.28+-x64...-linux.tar.gz tar zxvf ncbi-rmblastn-2.2.28-x64-linux.tar.gz cp -R ncbi-rmblastn-2.2.28/* ncbi-blast-.../trf409.linux64 chmod +x trf409.linux64 .
Blast(basic local alignment search tool) 局部序列比对基本检索工具，是NCBI开发的一款基于序列相似性的数据库搜索程序。...主要的BLAST程序有以下几种： BLAST的在线版https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi可以方便的进行单一的同源性序列搜索，但是不方便进行大批量的数据操作，...接下来小编就要教大家如何建立本地的BLAST数据库。 基于BLAST优秀的算法，BLAST程序可以轻松的在普通的个人电脑中运行。...BLAST程序的官方下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST 在网页中我们可以看到很多文件，其中*.md5是效验文件...，我们可以忽略它，现在一般是x64的操作系统，我们可以根据自己的电脑系统，下载x64的win或Linux或macosx版本。
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具，直接输入fastq格式的序列文件就可进行比对。...## 下载Blast wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.0+-x64-...linux.tar.gz ## 解压 tar -xvzf ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz 在进行序列比对前，我们首先需要构建数据库。
Biopython 中的 BLAST 提供了 over the Internet 和 locally 两种选择：Bio.Blast.NCBIWWW 主要是基于 NCBI BLAST API 用于在线比对...；Bio.Blast.Applications 模块则是调用本地安装好的 BLAST 程序以及数据库执行比对。...在这里我们来重点看一下 Bio.Blast.NCBIWWW 。 Bio.Blast.NCBIWWW 模块中主要是通过 qblast() 函数来调用 BLAST 的在线版本。...默认情况下，它连接到 NCBI（即 url_base='https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi'），但是可以使用它连接到云端运行的 NCBI BLAST 实例。...但是，BLAST 解析器的解析功能采用了类似于文件句柄的对象，因此我们可以打开保存的文件进行输入： >>> result_handle = open("my_blast.xml") 现在我们已经将 BLAST
的下载地址 https://mirrors.edge.kernel.org/pub/software/scm/git/ http://mirrors.jenkins.io/war-stable/ 找到对应想安装的版本...下载下来 git使用make命令进行编译，可以指定路径也可以不指定目录 默认安装到了，usr/local/bin下面了，然后在root下加上软连接 ln -snf /usr/local/bin/git
需要使用的软件安装： # blast wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.12.0...+-x64-linux.tar.gz tar -zxvf ncbi-blast-2.12.0+-x64-linux.tar.gz echo 'PATH=your_path/blast/ncbi-blast..._64.tar.gz tar -zxvf ibm-aspera-connect_4.1.0.46-linux_x86_64.tar.gz # 自动安装 sh ibm-aspera-connect_4.1.0.46...preformatted.wget.nr.sh done ParaFly -c preformatted.wget.nr.sh -CPU 10 2>err & （2）提取对应物种的taxid：以植物为例 需要使用到的软件安装...相关脚本获取accession ID 若要使用blast自带脚本get_species_taxids.sh，获取对应物种accession ID，需要提前安装程序EDirect command-lineutility
linux下，如何安装rpm命令？ 更新时间：2019-05-20 07:50 最满意答案 rpm默认就安装在了发行版本里，比如RedHat和centos。...RPM是一种用于互联网下载包的打包及安装工具，它包含在某些Linux分发版中。它生成具有.RPM扩展名的文件。与Dpkg类似。 RPM文件在Linux系统中的安装最为简便。...RPM是一种用于互联网下载包的打包及安装工具，它包含在某些Linux分发版中。它生成具有.RPM扩展名的文件。与Dpkg类似。 RPM文件在Linux系统中的安装最为简便。...RPM是一种用于互联网下载包的打包及安装工具，它包含在某些Linux分发版中。它生成具有.RPM扩展名的文件。与Dpkg类似。 RPM文件在Linux系统中的安装最为简便。...rpm软件包的信息 2 查询rpm软件包安装文件的信息 3 安装rpm软件包到当前linux系统 4 从linux系统中卸载已安装的rpm软件包 5 升级当前linux系统的rpm软件包 (1)#rpm
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