香港DNS地址:ns1.netvigator.com 205.252.144.228
一个粉丝邮件联系我说自己下个月就要开始处理单细胞数据,怕我们的马拉松生信入门课程来不及,因为第三周才是Linux,月底才到转录组,下个月初她自己拿到了单细胞转录组数据肯定是没办法处理。所以希望我给她Linux服务器账号和密码,先跟着公开课学习,但是我推荐了腾讯云服务器后才分析对方花了一个晚上加上半个白天才搞定服务器的ssh连接,这个折腾的心路历程值得分享!
指代消解是自然语言处理的一大任务之一,它是信息抽取不可或缺的组成部分。在信息抽取中,由于用户关心的事件和实体间语义关系往往散布于文本的不同位置,其中涉及到的实体通常可以有多种不同的表达方式,例如某个语义关系中的实体可能是以代词形式出现的,为了更准确且没有遗漏地从文本中抽取相关信息,必须要对文章中的指代现象进行消解。指代消解不但在信息抽取中起着重要的作用,而且在机器翻译、文本摘要和问答系统等应用中也极为关键。
1.购买了VPS,CentOS系统,发现服务器时间与北京时间往往不一致,存在时差。
要求:写这篇博文是因为今天公司要求上传数据库备份文件到ftp服务器, 在进入ftp服务器后使用ls命令要求看到的文件时间戳不改变?
ElasticSearch中有数据,Kibana查询不到数据 多数原因就是Linux的时区问题, 在linux输入date查看当前时间是否根本地相对应,不对应那么你就来对了, 解决方案一、 这个选择的
购买了VPS,CentOS系统,发现服务器时间与北京时间往往不一致,存在时差。 [clive@server workspace]$ date 2018年 05月 30日 星期三 02:02:47 UTC 可以执行tzselect命令按提示更换时区,依次选择5-Asia,9-China,1-Beijing Time。 Please identify a location so that time zone rules can be set correctly. Please select a continen
笔者在对网站日志(nginx)做分析时,发现时间不在东八区,也就服务器时间和当前时间对不上,而该Web网站是放在Nginx容器中,本文是修改已经运行了的容器时区做的一个记录。
今天在操作系统的时候创建了一个文件,ls了一下发现时间和本地时间不对,date看了一下后发现时区是EDT(Eastern Daylight Timing)指美国东部夏令时间)。时区这玩意,百年难得修改一次,几乎算是最不常用的操作了(除了运维NTP服务器的大神们),记录一下。 [root@dbback ~]# date Mon Mar 27 01:26:48 EDT 2017 一、设置Centos系统的时区 输入命令: tzselect 依次输入:5)Asia → 9)china → 1)eas
数据分析方面,首先是常规的降维聚类分群以及各个亚群特异性基因的种展现方式,见以前我们做的投票:可视化单细胞亚群的标记基因的5个方法,下面的5个基础函数相信大家都是已经烂熟于心了:
众所周知,地球绕着太阳转的同时也会自转,因此同一时刻不同地区所接收到太阳照射的情况不同,所以有的地区是日出,有的地区是日落,还有的地区可能是黑夜.
少数圈内好友应该是早就得到消息,我会邀请statquest主讲人,YouTube博主,joshua来大陆访问,计划在3月中旬举办粉丝见面会,可惜美国政策太炒蛋,行程胎死腹中。 不过joshua的视频教程仍然是值得大力推荐!
1. 将Azkaban Web服务器、Azkaban执行服务器、Azkaban的sql执行脚本及MySQL安装包拷贝到hadoop002虚拟机/opt/software目录下 2.选择Mysql
打开conda官方网站,查看版本和下载链接:https://repo.anaconda.com/miniconda/
在初始化一台linux服务器后,发现这台服务器的时间不对 [root@dev ~]# date 2016年 10月 11日 星期二 07:04:34 CST Linux时钟分为系统时钟 (System Clock)和硬件(Real Time Clock,简称RTC)时钟。系统时钟是指当前Linux Kernel中的时钟,而硬件时钟则是主板上由电池供电的时钟,这个硬件时钟可以在BIOS中进行设置。当Linux启动时,硬件时钟会去读取系统时钟的设置,然后系统时钟就会独立于硬件运作。 Linux中的所有命令(包括
php .\think migrate:create DistributeUser php .\think migrate:run 复制代码 public function up() { //添加字段 $sql = "ALTER TABLE `area_code` ADD COLUMN `icon` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT '国旗url';"; $this->execute($sql); } publ
不过,除了服务器,我也在自己的苹果电脑上面试了试,在Mac操作系统还是蛮简单的,本来应该是就一句话安装啦:
注:source 后跟.sql 文件,用于批量处理.sql 文件中的 sql 语句。
简单来说,Cloudera Manager是一个拥有集群自动化安装、中心化管理、集群监控、报警功能的一个工具(软件),使得安装集群从几天的时间缩短在几个小时内,运维人员从数十人降低到几人以内,极大的提高集群管理的效率。
Azkaban是在LinkedIn上创建的用于运行Hadoop作业的批处理工作流作业调度程序。Azkaban通过工作依赖性解决订购问题,并提供易于使用的Web用户界面来维护和跟踪您的工作流程。Azkaban定义了一种KV文件格式来建立任务之间的依赖关系
要做到服务器集群的时间同步,集群中各台机器的时区必须相同的,我们在国内就使用中国时区,如果你的机器的时区不是"Asia/Shanghai",需要修改时区
但是我今天发现它居然被一些单细胞数据挖掘文献给污染了,因为它自动化爬关键词,而往往是单细胞数据挖掘文章的标题里面就特别喜欢夸大其词。
1)一个完整的数据分析系统通常都是由大量任务单元组成: shell 脚本程序,java 程序,mapreduce 程序、hive 脚本等。 2)各任务单元之间存在时间先后及前后依赖关系。 3)为了很好地组织起这样的复杂执行计划,需要一个工作流调度系统来调度执行。 例如,我们可能有这样一个需求,某个业务系统每天产生 20G 原始数据,我们每天都要对其进行处理,处理步骤如下所示: (1)通过 Hadoop 先将原始数据同步到 HDFS 上; (2)借助 MapReduce 计算框架对原始数据进行计算,生成的数据以分区表的形式存储到多张 Hive 表中; (3)需要对 Hive 中多个表的数据进行 JOIN 处理,得到一个明细数据 Hive 大表; (4)将明细数据进行复杂的统计分析,得到结果报表信息; (5)需要将统计分析得到的结果数据同步到业务系统中,供业务调用使用。 如下图所示:
但是目前绝大部分小伙伴对单细胞的理解还停留在凑图上面,比如一个文章:《Comprehensive analysis reveals a prognostic and therapeutic biomarker CD3D in the breast carcinoma microenvironment》,链接:Biosci Rep (2021) , https://doi.org/10.1042/BSR20202898
上一篇文章我们主要讲述了Python列表的一些基本操作,本篇文章我们继续讲述Python列表的其他操作。
格林尼治标准时间(GMT,旧译“格林威治平均时间”或“格林威治标准时间”)是指位于伦敦郊区的皇家格林尼治天文台的标准时间,因为本初子午线被定义在通过那里的经线。
运行如下命令: sudo tzselect 然后选择亚洲Asia,继续选择中国China,最后选择北京Beijing。 baoguoxiao@bogon:~/windows/lumen$ sudo tzselect Please identify a location so that time zone rules can be set correctly. Please select a continent, ocean, "coord", or "TZ". 1) Africa 2) Americas
各省DNS列表 省份/城市 DNS 名称 DNS IP ADDRESS ========================================================== 中国香港 ns1.netvigator.com 205.252.144.228 澳门 vassun2.macau.ctm.net 202.175.3.8
ubuntu时间校准 date 查看当前时间 运行tzselect,选择Asia(亚洲) 选择China,然后选定北京时间 确定 复制文件到本地时间内() date 再次查看当前时间 vagrant@ubuntu-xenial:/data/www/code/nginx+lua$ tzselect Please identify a location so that time zone rules can be set correctly. Please select a continen
但是这样的入门,远远不够,一般来说看几十个甚至上百个各个方向的R包的文档是躲不过去的,而R包文档往往是以 rmd文件的网页形式给出来 ,比如 scRepretoier结果 -> 传入 Seurat,这个很完整的解决方案就需要看文档。都在 https://ncborcherding.github.io/vignettes/vignette.html 基本上就需要大家根据这个文档慢慢的一步步复制粘贴代码去运行,才能体会 Interacting with Single-Cell Objects的技巧 ;
交流群很多小伙伴都咨询过这个问题,他自己的单细胞转录组数据并没有我们往期共享的各个公共数据集的处理那样清晰的亚群,以及相对清晰的特异性高表达量基因。经常是会混入一些无法解释的单细胞亚群,他自己的能力没办法对这部分结果进行很好的展示和解释,问是否可以干脆就删除了。 其实这样的操作,并不稀奇,比如 2020发表在NC杂志的文章:《Integrated single cell analysis of blood and cerebrospinal fluid leukocytes in multiple scle
平台: RK3399 系统: ubuntu 18.04 64位 --ARM版本 使用tzselect 命令设置时区。 步骤示例: pi@NanoPC-T4:~$ tzselect Please identify a location so that time zone rules can be set correctly. Please select a continent, ocean, "coord", or "TZ". 1) Africa 2) Americas 3) Antarctica
首先,可以很清楚的看到中间的一大坨细胞的各个指标,包括检测到的基因数量,和文库大小都非常突出 :
[root@localhost ~]# date -R // 查看时区
ubuntu16 运行命令dpkg-reconfigure tzdata,选择Asia-->Shanghai,确定,
而且对成百上千的somatic的SNV通常是需要去看突变频谱,比如2020的文章 :《Multiomics profiling of primary lung cancers and distant metastases reveals immunosuppression as a common characteristic of tumor cells with metastatic plasticity》 ,就是简单的做了分析,并且描述一下占比比较高的signature是什么,以及 它的生物学意义:
注意: 1)时区一般建议在安装系统时就选择正确,不建议后期更改 2)tzselect可以指导你如何选择正确的时区,但并不会修改时区
Linux 时钟分为系统时钟(System Clock)和硬件(Real Time Clock ,简称RTC )时钟。系统时钟是指当前Linux Kernel中的时钟,而硬件时钟则是主板上由电池供电的时钟,这个硬件时钟可以在BIOS中进行设置。当Linux 启动时,硬件时钟会去读取系统时钟的设置,然后系统时钟就会独立于硬件运作。
这个umap里面,叠加了FeaturePlot看一个基因表达信息。文献出处是:《IL-11 is a crucial determinant of cardiovascular fibrosis》,作者其实就是想展现IL-11这个基因呢,在其中一个fibroblasts细胞亚群里面是表达量比较高!
恰好最近看到了张泽民的最新nature单细胞文章:《Liver tumour immune microenvironment subtypes and neutrophil heterogeneity》,就是删除全部的核糖体线粒体基因:
其实非常容易理解,下面我们以如下所示的基于pbmc3k 这个单细胞数据集作为例子展示给大家 的 :
是一个铁死亡策略的非肿瘤数据挖掘文章,标题是:《Bioinformatics Identification of Ferroptosis-Related Biomarkers and Therapeutic Compounds in Ischemic Stroke》,链接是:https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fneur.2021.745240/full
可以看到, 在这个CancerSEA发表之后,他们居然还更新了两个数据集,有意思,一般来说大家发文章后“逃之夭夭”了,很少会继续维护的。(也算是数据库资源网页工具领域的一股清流)
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我们以前分享的神经退行性疾病单细胞数据集,是发表于2020的文献《Single-nucleus transcriptome analysis reveals dysregulation of angiogenic endothelial cells and neuroprotective glia in Alzheimer's disease.》,通过学习,我们整理了这样的基因列表: astrocytes = c("AQP4", "ADGRV1", "GPC5", "RYR3") endothelia
首先,复制粘贴前面的 一个完美的单细胞亚群随机森林分离器是如何炼成的 ,就可以拿到上面代码里面的两个rdata文件哈,然后得到的 rf_importances 这个数据里面有各个单细胞亚群对应的基因。
https://github.com/CSSEGISandData/COVID-19
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