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为什么是AUC值而不是GSEA来挑选转录因子呢

首先批量计算AUC值 如果是单细胞转录组数据里面,每个单细胞都是有一个geneLists,那么就是成千上万个这样的calcAUC分析,非常耗费计算资源和时间,就需要考虑并行处理,我们这里暂时不需要,所以直接...基因集的转录因子富集分析 motifs_AUC <- calcAUC(geneLists, motifRankings, nCores=1) motifs_AUC 可以看到是 24453个motifs的AUC值都被计算了..., border="darkred") nes3 <- (3*sd(auc)) + mean(auc) abline(v=nes3, col="red") 可以看到 24453个motifs的AUC值看起来满足正态分布...GSEA分析一文就够(单机版+R语言版) GSEA的统计学原理试讲 GSVA或者GSEA各种算法都是可以自定义基因集的 但实际上,绝大部分读者并没有去细看这个统计学原理,也不需要知道gsea分析的nes值如何计算...不理解原理并不影响大家使用,知道这个概念,知道如何根据AUC值去判断结果就好。

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    算法:使用二分查询技巧 取中间值为啥是l+(r-l)2而不是(l+r)2?

    1.溢出问题 比如:Java的世界里Int类型最大值是: Integer.MAX_VALUE = 2147483647 System.out.println("Integer.MAX_VALUE...r-l)/2或者(l+r)/2计算结果没有区别 在负向横向轴的情况下,l+(r-l)/2或者(l+r)/2计算结果有区别,计算后的结果是以left为边界相加,因为int/2的向下取整问题,导致计算结果的值小一些...+ aa); System.out.println("bb = " + bb); 实际运行结果: aa = -4 bb = -5 原因: int类型的取整是向0取整,即使被取整的数绝对值变小...而右移是向下取整,即使被取整的数值变小 所以对于正数时两者相同,而到了负数则变大 小结:在对负数进行右移运算时候,运算计算跟平时大脑运算的结果不一样,所以一般情况下乖乖用/除号,省得考虑不周,出现诡异的...如果满足性质1,则说明numsmid在目标元素的左侧,此时我们将区间左端点(l)移动到mid + 1(因为此时我们可以明确的知道numsmid并不是我们需要的元素) 如果满足性质2,则说明numsmid

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    一篇文章带你了解Hashtable类

    散列表使用关键字查找元素,而不是使用线性搜索技术来查找元素,从而使查找性能大幅度提升。...Hashtable() (2)构造函数创建指定大小的哈希表: public Hashtable(int initalcapacity) (3)构造方法创建了一个指定大小的哈希表,并且通过fillRatio指定填充比例...的key和对应的值"+hashtable.remove("PHP")); System.out.println("hashtable键值对有:"+hashtable); } } 运行的结果如下图所示...: 五、Hashtable类public int size()方法 1.public int size()方法返回哈希表中的键的数量。...将对象名key和对象值value存放到哈希表使用put()方法、返回哈希表key名对应的值使用get()方法、移除哈希表key名对应的value值使用remove()、返回哈希表中的键的数量使用size

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    Excel这样分奖金

    第一步:激励奖金D列取消合并单元格,改为每个单元格均填充对应总金额 慢动作分解: 1、选中D列有数据的单元格 2、单击合并单元格按钮(由合并改为拆分状态) 3、直接在开始菜单-查找和选择-定位条件-空值...是区域输入组合键 他可以让你之前选中的区域输入相同的公式或者内容! 第二步:输入函数 公式:=D2*E2*10000 不用过多解释咯 为了安全起见,建议把F列的单元格保存为只有值的形式!...第三步:把D列恢复原样 慢动作分解: 1、选中B列 2、单击格式刷 3、刷到D列 4、双击D列右端,自动调整列宽 第四步:填充成员奖金合计 提问:D列不是有总奖金吗?为什么还要G列哇!...回答:因为不是百分之百全部分配出去的! 看我终极大法!!!...慢动作分解: 1、将B列像刚刚D列那样处理 2、选中G列的单元格,然后输入函数 (1)先选中G列空白单元格 (2)输入公式:=SUMIF(B:B,B2,F:F) (3)同时输入Ctrl+Enter结束函数编写

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    composer autoloader

    今天不是说composer的,是关于如何管理由composer加载的大量packages。 1 什么是autoloading?...“喵喵,你觉得写一长串需要包含的文件放在脚本的开头,是不是很烦人的事?” “烦人?”...-PSR-4 PSR-0将下划线转换为目录分隔符,而它不在PSR-4中: 每个 "_" in the CLASS NAME 被转换成 a DIRECTORY_SEPARATOR....虽然不能来场说走就走的旅行,但是有很多说看就看的图片 Basic 基础 数组函数 array_fill_keys — 使用指定的键和值填充数组 array_fill — 用给定的值填充数组 array_filter...— 用回调函数过滤数组中的单元 array_flip — 交换数组中的键和值 array_intersect_assoc — 带索引检查计算数组的交集 array_intersect_key — 使用键名比较计算数组的交集

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    精美炫酷数据分析地图——简单几步轻松学会

    关于网络素材,因为有太多的网站提供这种素材,良莠不齐,很难分辨,而且好多矢量图本身是不可分解的(整体的一个矢量图形,无法分解出省份什么的)。...快捷键:Ctrl+shift+G ? ? 在excel里准备地图省份数据指标; ? 3、使用条件格式,把指标分类填充颜色。 ? ?...关于填充颜色时的相关技巧: 如要填充相同颜色的省份: Ctrl+依次选中各个相同颜色省份批量填充(或者使用F4键:重复上一步操作); 填充的时候可以使用ppt自带的取色器(仅限2013及以上版本,若版本过低请参考历史文章...填充用到的RGB色值: ? 三、给地图添加三维效果: 以上步骤跟大家分享过了如何在ppt中利用矢量地图图形编辑数据地图,因为是手工编辑,所以门槛不高,掌握编辑过程中的若干技巧足以!...给这几个省份添加三维效果的数据条:深度值为根据具体指标换算的值。

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    读书笔记《PHP与MySQL程序设计》一

    ,创建时可省略索引值 $arr3["name"]="gavin",$arr3["age"]=30;//创建关联数组,不过必须一直使用键 $arr4=array("one","two");//使用array...array("one","two");list($a,$b)=$arr;echo "$a + $b";//one + two,list函数提取数组 $die=range(1,5);//range函数预定义值来填充数组...$arr';}//搜索关联数组键,返回布尔值 $key=array_search(1,$arr);if($key){echo "$key : $arr[$key]";}//搜索关联数组值,如果找到返回相应键...ksort(array);//按键值对数组排序 krsort(array);//与ksort相同,排序相反 usort(array,callback);//根据自定义规则排序  5.9 合并、拆分、接合和分解数组...,前置是替换,它是将值合并为数组 array_combine(keys,values);//将键数组和值数组,组合为新的关联数组,两者大小要相同且不为空 array_slice(array,[offset

    2.2K60

    Laravel5.2之Redis保存页面浏览量

    时都是这么做的:利用Laravel的事件监听器监听IP访问该post,然后页面每访问一次,都刷新一次MySQL(假设MySQL)中post表的view_count字段,如果短时间内大量的IP来访问,那效率就不是很高了...开发环境:Laravel5.1+MAMP+PHP7+MySQL5.5 Redis依赖包安装与配置 Redis就和MySQL一样,都是数据库,只不过MySQL是磁盘数据库,数据存储在磁盘里,而Redis是内存数据库...Redis数据存储类型比较多,包括:字符串类型、哈希类型、列表类型、集合类型和有序集合类型,而不像MySQL主要只有三类:字符串类型、数字类型和日期类型。Redis可作缓存系统、队列系统。...包括seeder填充假数据,可以参考下这篇文章Laravel学5.2之Seeder填充数据小技巧,总之表字段如下: class CreatePostsTable extends Migration {...$existsInRedisSet){ //SADD,集合类型指令,向ipPostViewKey键中加一个值ip Redis::command('SADD

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    CAD2007操作教程上

    默认的弧长最小值和最大值设置为 0.5000 个单位。弧长的最大值不能超过最小值的三倍。 4. 沿着云线路径移动十字光标。要更改圆弧的大小,可以沿着路径单击拾取点。 5....绘制方式: 1.直接在绘图工具栏上点击填充按纽 2.在绘图菜单下单击填充命令 3.在命令栏中直接输入快捷键为H 填充选定对象的步骤 1. 从命令栏中输入H,在其对话框中选择“选择对象” 2....从“修改”菜单中选择“偏移”/快捷键为O/单击修改工具栏上的偏移按纽 。 2. 指定偏移距离,可以输入值 3. 选择要偏移的对象 4. 指定要放置新对象的一侧上的一点 5....选择要进行圆角的对象 三、分解命令(X) 分解命令的使用方法 1、从“修改”菜单中选择“分解”或快捷键 为X 1....选择要分解的对象,(对于大多数对象,分解的效果并不是看得见的 分解命令只是针对于块物体,文字不能使用分解命令。 课后练习:掌握本节所学内容,并完成下图的绘制。

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    C++ 矩阵运算库 Eigen

    之所以采用这种方式,是因为Eigen采用模板方式实现,由于模板函数不支持分离编译,所以只能提供源码而不是动态库的方式供用户使用。...OpenCV 官方支持,在 C++ 中二者经常协同工作,就像Python 中的 Numpy 和 OpenCV 库的关系一样 官网链接:https://eigen.tuxfamily.org/index.php...3.4.0 在一些任务上效率也更高 git checkout 3.4.0 源码准备完毕了,建议将 eigen 本地仓库文件夹加入环境变量 我将该路径设置为环境变量 : EIGEN_PATH 键下的值...Cholesky \#include 包含LLT和LDLT Cholesky分解 SVD #include 包含SVD分解 QR #include...<< elapsed_secs << std::endl; } 我的输出: * Time taken : 0.782 参考资料 https://eigen.tuxfamily.org/index.php

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    想学习php的,不如来这里看看

    //优先级从左到右 在httpd.conf文件里面有优先级的定义 php语言的简单介绍 php不是强类型语言,是弱类型语言(解析型语言),不需要提前声明,由程序自己判断,和强类型语言不同,不需要编译后再使用...get方式,post方式), a标签传值(get传值),get传值的可以在地址上看到,不安全, a标签推荐使用get提交数据,表单推荐使用post处传值方式, 而$_POST获取表单post传过来的数据..."; 23.数组函数 数组的键值操作函数 array_keys();获取数组中的键,参数是数组名 array_vals();获取数组中的值,参数是数组名 array_key_exists...();检查一个键是否在数组中 in_array();检查一个值是否在数组中,里面的参数是"值"和数组名 array_flip();键和值对调,参数是数组名 array_reverse...2.min();取最小值 3.mt_rand();随机去一个值,参数是一个范围 4.ceil();距该数的上一个整数,不是四舍五入 5.floor();距该数的下一个整数

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    MySQL学习18-知识重点

    MySQL知识点进行了一个小结 引擎 MyISAM 不支持事务 支持表级锁 不支持MVCC 支持全文索引 不支持外键 堆表结构 InnoDB 支持事务 支持行级锁 支持MVCC 支持外键 不支持全文索引...=或操作符 三范式 第一范式 对属性的原子性约束 要求字段具有原子性,不可再分解 第二范式 满足范式1 非主键字段不能出现部分依赖主键 第三范式 满足范式 2 不能出现传递依赖 表结构优化 建表的时候设置主键...选择正确的存储引擎 使用简单的数据类型,整型比字符处理开销更小 使用合理的字段属性长度,固定长度的表会更快 使用enum、char而不是varchar 给频繁使用和查询的字段建立合适的索引 尽可能使用...not null定义字段 varchar和char char 声明字符长度,0-255 当char值被存储时,会用空格填充到指定的长度 char(n):每个值占据n个字节 varchar 变长,多余的截掉...字符长度 0-65535 varchar(n):每个值占据n+1个字节,1个字节用来记录长度

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