PSM:从r中的MachIT包中提取组_如何从R中的包中提取公式或特定函数？_从r中的URL提取数据 - 腾讯云开发者社区

本文将详细介绍如何从 Debian 系统中的 DEB 包中提取文件，并提供相应的示例。图片使用 dpkg 命令提取文件在 Debian 系统中，可以使用 dpkg 命令来管理软件包。...该命令提供了 -x 选项，可以用于从 DEB 包中提取文件。...以下是几个示例：示例 1: 提取整个 DEB 包的内容dpkg -x package.deb /path/to/extract这条命令将提取 package.deb 中的所有文件，并将其存放在 /path...示例 2: 提取 DEB 包中的特定文件dpkg -x package.deb /path/to/extract/file.txt这条命令将提取 package.deb 中名为 file.txt 的文件...提取文件后，您可以对其进行任何所需的操作，如查看、编辑、移动或复制。结论使用 dpkg 命令可以方便地从 Debian 系统中的 DEB 包中提取文件。

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ChAMP R包安装中的事故

ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...ChAMP的功能确实是更加的强大和完整，同时也意味它的依赖包会特别的多，从而出现dll文件达到上限的错误。本文记录的解决方案，适合于任何操作系统，希望可以帮助到大家。

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R语言提取PDF文件中的文本内容

有时候我们想提取PDF中的文本不得不借助一些转化软件，本次教程给大家介绍一下如何简单从pdf文件中提取文本的R包。安装R包： install.packages("pdftools")。...当然如果在Windows以外的环境安装需要部署 poppler 环境。...读取文本的命令： txt=pdf_txt(“文件路径”)。获取每页的内容，命令：txt[n] 获取第n页的内容。获取pdf文件目录： doc=pdf_toc(“文件路径”)。...当然doc变量中的目录还不是标准化的格式，那么我们需要一个通用json格式，需要安装R包jsoblite。...也就拿到了文档的整个目录。综上步骤，我们便可以随便获取任意章节的任意内容。那么接下来就是对这些文字的应用，各位集思广益吧。

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「R」获取R包中的函数和对象列表

问题你想知道包里有什么。方案在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist <- objects(packageName)...移除包含箭头 <- 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version

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从R迁移到Python过程中需要知道的几个包

我一直认为编程语言的能力取决于它的软件库，因此本文将着重介绍我经常使用的一些关于机器学习算法的 R 包和 Python 中的替代包。...R 语言的一个缺点是每个机器学习算法都有一个相应的软件包，这大大提升了用户的学习成本。...pandas 吸取了 R 语言中数据清洗功能的优点并将其引入到 Python 中。...Python 中拥有正则表达式库re,和一个内置的字符串软件包 string。 RStudio -> Rodeo ? 对于许多用户来说，RStudio 是 R 语言中一款非常友好的编辑器。...在 R 语言中，我们可以利用 knitr 来创建可重复的可视化分析报告，RStudio 中很早就包含了这个功能。在 Python 中，最相近的软件库是 Jupyter。

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「R」ggplot2在R包开发中的使用

尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...常规任务最佳实践使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...不应该停止你创建自己的函数可视化对象！创建一个新的主题当创建一个新的主题时，从已有主题出发总是好的实践（例如，theme_grey()），然后使用%+replace%替换需要该包的元素。...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！

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如何从内存提取LastPass中的账号密码

简介首先必须要说，这并不是LastPass的exp或者漏洞，这仅仅是通过取证方法提取仍旧保留在内存中数据的方法。...之前我阅读《内存取证的艺术》（The Art of Memory Forensics）时，其中有一章节就有讨论从浏览器提取密码的方法。...本文描述如何找到这些post请求并提取信息，当然如果你捕获到浏览器登录，这些方法就很实用。但是事与愿违，捕获到这类会话的概率很低。在我阅读这本书的时候，我看了看我的浏览器。...方法一开始还是挺简单的，从寻找限制开始就变得很复杂了。...这些信息依旧在内存中，当然如果你知道其中的值，相对来说要比无头苍蝇乱撞要科学一点点。此时此刻，我有足够的数据可以开始通过使用Volatility插件从内存映像中自动化提取这些凭证。

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从ceph对象中提取RBD中的指定文件

前言之前有个想法，是不是有办法找到rbd中的文件与对象的关系，想了很久但是一直觉得文件系统比较复杂，在fs 层的东西对ceph来说是透明的，并且对象大小是4M，而文件很小，可能在fs层进行了合并，应该很难找到对应关系...，最近看到小胖有提出这个问题，那么就再次尝试了，现在就是把这个实现方法记录下来这个提取的作用个人觉得最大的好处就是一个rbd设备，在文件系统层被破坏以后，还能够从rbd提取出文件，我们知道很多情况下设备的文件系统一旦破坏...，无法挂载，数据也就无法读取，而如果能从rbd中提取出文件，这就是保证了即使文件系统损坏的情况下，数据至少不丢失本篇是基于xfs文件系统情况下的提取，其他文件系统有时间再看看，因为目前使用的比较多的就是...，大小为10G分成两个5G的分区，现在我们在两个分区里面分别写入两个测试文件，然后经过计算后，从后台的对象中把文件读出 mount /dev/rbd0p1 /mnt1 mount /dev/rbd0p2...设备进行dd读取也可以把这个文件读取出来，这个顺带讲下，本文主要是从对象提取： dd if=/dev/rbd0 of=a bs=512 count=8 skip=10177 bs取512是因为sector

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Bioconductor 中的 R 包安装教程(续一)

这是《Bioconductor 中的 R 包安装教程》的第二篇，完整的文章可以点击阅读原文查阅。...安装新版本的 Bioconductor R 包 Bioconductor 是与特定版本的 R 绑定的，正常来说当 Bioconductor 的包都来自同一版本时，它们的效果最佳。...以 DiffBind 包为例，DiffBind==3.4.0 是基于 Bioconductor==3.14（对应 R-4.1）开发的；我们在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中执行...源码方式安装如果想要在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中安装 DiffBind==3.4.0，可以直接通过源码包的方式安装： > packageurl <- "http://...，我这里用的是清华大学的，第二行，设定 install.packages 从 CRAN 和 Bioconductor 中搜索包，其实你还可以让它支持比如 R-Forge 以及各种第三方的仓库。

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疑难杂症-R中的Rwordseg包安装

一、通过install.packages安装步骤： 1、在R中先装rJava包 install.packages(“rJava”) 2、没有装JDK的要到这里去下载： http://www.Oracle.com...二、通过Rwordseg的zip包进行离线安装不出意外，大部分版本的R都可以通过以上方式安装好Rwordseg包。我在帮小伙伴安装的时候，也确实遇到过疑难杂症，按照步骤，依旧搞不定，不断报错。...如果您的电脑或者目前正在使用的R版本实在无法通过install.packages的在线方式安装Rwordseg包。...当然不用苦恼，有更便捷的方式，就是直接下载Rwordseg的zip包，在R中加载zip包进行离线安装，只需几秒钟即可。...方法：在程序包中选择(install packages from local files)，离线安装zip包即可。 ? 我将Rwordseg的压缩包上传至了资源中，大家可以下载进行离线安装。

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如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源

1.文档编写目的 ---- 继上一章如何在Redhat中配置R环境后，我们知道对于多数企业来说是没有外网环境的，在离线环境下如何安装R的包，能否搭建R的私有源对R的包进行管理。...本文档主要讲述如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源。...搭建需要注意，PACKAGES文件中记录了所有包的描述信息，且每个包只有一个版本。...（如果是自己制作的R包，同理在PACKAGES末尾添加包的描述信息也是可行的，未做验证有兴趣的朋友可以验证下告诉Fayson）。...4.配置R使用私有源 ---- 1.在$R_HOME/ lib64/R/etc目录下增加配置文件Rprofile.site 在Rprofile.site文件中增加如下内容： [root@ip-172-31

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R语言 shiny包中的交互调用函数renderUI

本次展示shiny的功能有： 1、读取本地数据； 2、交互展示数据（view） 3、动态交互作图（自动读取上传数据的列名）体验网址：https://yanshenli.shinyapps.io...x = input$variableNames_x, title = "ggplot") } }) } shinyApp(ui, server) 一个完整的shiny...，在ui中通过*input调整数值参数、上传数据等，并将数据传递给server进行相应计算；然后，Server对数据进行计算、绘图，并将计算结果（图片、表格等）返回给ui 最后，通过ui中的*output...来展示server计算返回的结果（图片、表格等）

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R语言XML包获得html文件中的表格小实例

需求使用snpEff软件对vcf格式文件进行注释后会生成一个snpEff_summary.html;这个文件是对vcf格式文件中的内容进行的统计，结果会以表格和图片的形式在html文件里展示。...我现在想把html中的数据提取出来，自己来做图。...14517732/how-to-get-table-data-from-html-table-in-xml How to get table data from html table in xml 使用R语言的...XML包使用到的R语言代码 library(XML) doc<-htmlParse("snpEff_summary.html") total_table<-getNodeSet(doc,"//table...") # 以上代码是固定的写法 # 下面的代码想获得第几个表格，中括号中的数字就改成几 df3<-readHTMLTable(total_table[[3]]) df3 class(df3) 结果以数据框的形式存储

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嵌入式开发中自定义协议的解析与组包

在嵌入式产品开发中，经常会遇到两个设备之间的通信、设备与服务器的通信、设备和上位机的通信等，很多时候通信协议都是自定义的，所以就涉及到自定义协议的解析和组包问题。...，大小端是针对多字节数据的传输，比如上述协议中字段1，假设两字节内容为0x0001，先发送0x01后发送0x00，称为小端模式；先发送0x00后发送0x01，称为大端模式。...除了上述2个函数，完整的转换包含以下函数，就是将Bytes转换为不同的数据类型，以及将不同的数据类型转换为Bytes。...value); void StringToByte(char* dest, int* index, int length, char* value); #endif // CONVERT_H 组包的过程和解析的过程正好相反...你在开发中遇到这种问题，是如何处理的呢？欢迎留言讨论 2021年9月27-29日，ELEXCON深圳国际电子展暨嵌入式系统展即将在深圳国际会展中心(宝安)盛大开幕！

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如何使用IPGeo从捕捉的网络流量文件中快速提取IP地址

关于IPGeo IPGeo是一款功能强大的IP地址提取工具，该工具基于Python 3开发，可以帮助广大研究人员从捕捉到的网络流量文件（pcap/pcapng）中提取出IP地址，并生成CSV格式的报告...在生成的报告文件中，将提供每一个数据包中每一个IP地址的地理位置信息详情。 ...报告中包含的内容该工具生成的CSV格式报告中将包含下列与目标IP地址相关的内容： 1、国家； 2、国家码； 3、地区； 4、地区名称； 5、城市； 6、邮编； 7、经度；...8、纬度； 9、时区、 10、互联网服务提供商； 11、组织机构信息； 12、IP地址；依赖组件在使用该工具之前，我们首先需要使用pip3包管理器来安装该工具所需的依赖组件...： pip3 install colorama pip3 install requests pip3 install pyshark 如果你使用的不是Kali或ParrotOS或者其他渗透测试发行版系统的话

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R：ggtext包丰富ggplot2中文本的表现力

NULL, padding = margin(4, 4, 4, 4), margin = margin(4, 0, 0, 0), linetype = 1, r..., color = "white", fill = "#5D729D", box.color = "#4A618C", halign = 0.5, linetype = 1, r...上图是固定的格式显示，strip的格式都是一样的，其实也可以更进一步，将strip按照分组显示，从而实现多一个维度的信息展示，比如此图的stipe文本是class信息（因为这里的分面是facet_wrap...(~class)控制的），那么可以将原始的数据的class格式化为一个html的标记，下图就是将strip的字体颜色映射为mpg中的cyl变量，当然了由于class中存在多种cyl信息，因此被拆分成了多个子图...color = "white", fill = "#5D729D", box.color = "#4A618C", halign = 0.5, linetype = 1, r

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蛋白组学分析包——DEqMS学习

目前主要的蛋白组学分析R工具有如下三款： ①limma；②DEqMS；③DEP 本次主要对DEqMS展开学习： tutorial官网：http://www.bioconductor.org/packages...DEqMS是基于limma包建立的蛋白组分析R语言工具，教程摘要中PSMs的定义为：peptide spectrum matches——即“肽匹配图谱”1 PSM理论解释：为鉴定肽段匹配到数据库内的蛋白质的理论酶切肽段图谱数...故该方法在蛋白组检测中既可以定性，又可以定量，但定性依赖于数据库的数据构成2。...head(fit4$coefficients) [对照分组] #提取第一个对比组 DEqMS.results = outputResult(fit4,coef_col = 1)#miR372-ctrl...#提取第二个对比组 #DEqMS.results = outputResult(fit4,coef_col = 2)#miR519-ctrl # a quick look on the DEqMS results

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生物信息中的Python 05 | 从 Genbank 文件中提取 CDS 等其他特征序列

而NCBI 的基因库中已经包含有这些的信息，但是只有一部分是整理可下载的。而剩下的一部分可以通过 genbank给出的位点信息来提取，个人能力有限，这里只做抛转之用。...下面以提取 CDS 为例，记录提取序列过程，其他特征序列类似。 2 结构目录 ?...format_seq += "\n" return ana + format_seq + "\n" def get_cds(gb_file, f_cds): """ 从...: fasta 格式的 CDS 序列， fasta 格式的完整序列 """ # 提取完整序列并格式为 fasta gb_seq = SeqIO.read(gb_file, "genbank...但是可以利用它来下载genbank序列后续实现自动化提取

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记录单细胞学习过程中的两个R包报错

下面是记录单细胞学习过程中的两个R包报错 (生信技能树学员周现在) 1.SeuratData包，因为学习单细胞测序的很多示例数据全在这个包里，所以这个包的出镜频率其实是比较高的，但是我在成功下载后library...，内存小，整合效果也比较好，所以是比较常用的一个包。...在帅气的Nickier助教的提示下，我卸载了R和Rtools，重启电脑后，重装了R和Rtools，之后就可以成功安装harmony包了。...但是因为在R语言学习的过程中，我一般都不会管Warning的信息只要不Error就接着跑。...3.总结和反思我们在学习的过程中难免会遇到很多问题，但是小洁老师在课上曾经展示的一张遇见报错怎么办的图让我印象深刻，也让我意识到要早日跳脱学生思维，要学会自己解决问题，其实我遇到的大部分问题都有前人遇见并解决过了

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【R语言在最优化中的应用】用goalprog包求解线性目标规划

用goalprog包求解目标规划 R中，goalprog包 (Novomestky, 2008) 可以求解形式为模型(3) 的目标规划问题，核心函数为llgp()，用法如下： llgp(coefficients...) 中的矩阵 A。...targets为系数矩阵对应的约束向量，即模型 (3) 中的向量 g。...该模型符合模型 (3) 的形式，可以直接调用 llgp() 函数来求解该问题，注意：R中根据achievements数据框中的 priority 来判断绝对优先级别，不用再设置 P1，P2，P3。...R代码及运行结果如下 (为了便于展示，输出了一些参数的信息): > library(goalprog) > coefficients=matrix(c(1,1,5,1,1,0,3,1),4) > targets

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