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脚本分享——对fasta文件序列进行排序和重命名

小伙伴们大家下午好,我是小编豆豆,时光飞逝,不知不觉来南京工作已经一年了,从2018年参加工作至今,今年是我工作最快乐一年,遇到一群志同道合小伙伴,使我感觉太美好了。...今天是2022年最后一天,小编在这里给大家分享一个好用脚本,也希望各位小伙伴明年工作顺利,多发pepper。‍...安装python模块 # 使用pip安装 pip install biopython pip install pandas 查看脚本参数 python Fasta_sort_renames.py...-h 实战演练 # 只对fasta文件序列进行命令 python Fasta_sort_renames.py -a NC_001357.1.fna -p scoffold -s F -a rename_fasta.fna...# 对fasta文件序列根据序列长短进行排序,并对排序文件进行重命名 python Fasta_sort_renames.py -a NC_001357.1.fna -p scoffold -s

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ES排序

1.默认排序 默认排序是 _score 降序 2.相关字段排序 GET /megacorp/employee/_search {   “query”:{      “match_all”:...{      }   },   “sort”: { “create_time”: { “order”: “asc” }} } 按照create_time从小到大排序 3.多字段排序 GET...[      {“create_time”: { “order”: “asc” }},     {“age”: { “order”: “desc” }}   ] } 备注:sort字段是用于排序值...      }   },   “sort”: { “update_time”: { “order”: “asc”,”mode”:”min” }} } 备注:update_time字段是多值类型...fields”: {               “raw”: {                 “type”: “keyword”               }         }, 备注:排序是发生在索引时建立数据结构当中

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【shell脚本】$ 在shell脚本使用

shell脚本 '$' 与不同符号搭配其表示意义也会不同 特殊标志符 含义 $0 当前脚本文件名 $n 传递给脚本或函数参数。n 是一个数字,表示第几个参数。...例如,第一个参数是$1,第二个参数是$2 $# 传递给脚本或函数参数个数 $* 传递给脚本或函数所有参数 $@ 传递给脚本或函数所有参数 $?...上个命令退出状态 $$ 当前Shell进程ID $() 与 `(反引号) 一样用来命令替换使用 ${} 引用变量划分出边界 注释:$* 和 $@ 都表示传递给函数或脚本所有参数,不被双引号(" "...)包含时,都以"$1" "$2" … "$n" 形式输出所有参数。...但是当它们被双引号(" ")包含时,"$*" 会将所有的参数作为一个整体,以"$1 $2 … $n"形式输出所有参数;"$@" 会将各个参数分开,以"$1" "$2" … "$n" 形式输出所有参数

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java排序算法

Java 中提供了丰富排序算法,可以满足各种排序需求,下面是 Java 中常用排序算法及其实现。...冒泡排序 冒泡排序是一种简单排序算法,它重复地遍历要排序数列,一次比较两个元素,如果它们顺序错误就把它们交换过来,直到没有任何一对数字需要比较为止。...选择排序是一种简单直观排序算法,它工作原理是:首先在未排序数列中找到最小元素,然后将其存放到数列起始位置,接着再从剩余未排序元素中继续寻找最小元素,然后放到已排序序列末尾,以此类推,直到所有元素均排序完毕...插入排序是一种简单排序算法,它工作原理是:将待排序数列分为两个部分,已排序和未排序,从未排序部分取出第一个元素,插入到已排序部分正确位置,然后继续取出未排序部分第一个元素,插入到已排序部分正确位置...快速排序是一种高效排序算法,它工作原理是:选择一个基准元素,将小于基准元素元素放在基准元素左边,将大于基准元素元素放在基准元素右边,然后递归地对基准元素左右两部分进行排序,直到所有元素均排序完毕

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C# 排序

排序 排序是开发中非常常见场景,我们在不同C#版本该如何实现排序呢?本文通过讲解C# 1到C# 3不同实现方案来帮助大家清晰了解 C# 进化过程。...Product("Forgs", 13.99m), new Product("Sweeney Todd", 10.99m), }; } } C# 1 在C# 1如果我们想实现排序...类似foreach循环中隐式类型转换也被取消了。编译器仍然会考虑将序列源类型转换为变量目标类型,但它知道这时两种类型均为Product,因此没必要产生任何用于转换代码。 确实有了一定改进。...x.Price.CompareTo(y.Price); }); 注意,我们现在已经不需要ProductPriceComparer类型了,我们可以创建一个委托势力提供给Sort方法执行比较 到此为止,我们已经修正了C# 1版本不喜欢所有的东西...在开发过程,我们更倾向于使用简单易懂实现方式去书写代码,代码自述性尤其重要。

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lua sort排序_python列表排序用法

lua对table排序一般是用lua自带table.sort()函数排序,一般不采用自己写排序方式,以下来说一说 table.sort()排序和在工作遇到问题 1.排序方式 table.sort...对于lua排序,最好是用lua自带函数,不要自己造轮子,自己写一个排序函数 在排序时候应该是严格弱序,用小于关系。...正确排序应该满足条件,才能得到结果 1)反自反性 cmp(a, a) === false 就是在写排序实现,自己和自己比较,要永远是false 2)非对称性 cmp(a, b) ==...就不成立了,所以这个排序是不能成功 注:table.sort(list,function(a,b) end)在这里面不需要去判断a,b是否存在,他们是一定存在,它是list数据,所以一定是存在...任意table 线性查找最值 O(n) 排序 O(nlgn) 只需要最值且数组规模不小时候不排序 四:多次排序 由于在现实例子,可能对于要排序条件不止一个,是两个或者是两个以上时候

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java排序--排序容器_TreeSet与TreeMap

TreeSet数据排序两种方式: 注意:TreeSet是在添加数据时进行排序,数据更改不会影响原来顺序,因此不能修改类数据,否则可能重复。...1)、若选用无参new TreeSet()构造器,需要元素本身可以排序方能使用,也即实体类实现java.lang.Comparable接口重写compareTo接口。  ...super E> comparator)构造器,需要提供额外排序业务类(匿名内部类方式)实现java.util.Comparator接口,重写compare方法。    ...super E> comparator)构造器--提供额外业务排序类(匿名内部类方式) package top.wfaceboss.caseSort; import java.util.TreeSet...2.TreeMapt:键可以排序且不可重复。 其键排序方式与上述相同。

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入门 Shell 脚本编程:探索 Linux 脚本魔力

标题:入门 Shell 脚本编程:探索 Linux 脚本魔力介绍  Shell 脚本编程是 Linux 系统一项强大工具,通过脚本编写可以自动化执行任务、管理系统以及进行复杂数据处理。...# 这是一个简单 Shell 脚本示例:这是一个注释,提供了关于脚本描述信息。在 Shell 脚本,以 # 开头行表示注释,不会被执行。echo "Hello, World!"...运行脚本在命令行执行以下命令:chmod +x my_script.sh # 添加执行权限....name="zhangsan":这行代码创建了一个名为 name 变量,并将其值设置为 "zhangsan"。在 Shell 脚本,可以使用 变量名=值 方式定义变量,不需要显式地指定变量类型。...$name 表示使用变量 name 值,所以最终输出是 "Hello, zhangsan!"。在这个示例,我们定义了一个名为 name 变量,并在 echo 命令中使用了该变量值。2.

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javasort排序算法_vbasort按某列排序

大家好,又见面了,我是你们朋友全栈君。 C++中提供了sort函数,可以让程序员轻松地调用排序算法,JAVA也有相应函数。...: 由于要用到sort第二个参数,这个参数是一个类,所以应该用Integer,而不是int。...可以使用Interger.intvalue()获得其中int值 下面a是int型数组,b是Interger型数组,a拷贝到b,方便从大到小排序。capare返回值是1表示需要交换。...和2差不多,都是重载比较器,以下程序实现了点排序,其中x小拍前面,x一样时y小排前面 package test; import java.util.*; class point { int...如果只希望对数组一个区间进行排序,那么就用到sort第二个和第三个参数sort(a,p1,p2,cmp),表示对a数组[p1,p2)(注意左闭右开)部分按cmp规则进行排序 发布者:全栈程序员栈长

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shell脚本$符号意义

// shell脚本$符号意义 // 今天是远程办公第4天,渐渐找到了一点在家办公节奏了,改了几个shell脚本,在改动过程,发现还有一些知识点需要巩固,这里写出来,加深下印象。...关于$符号,大家肯定都不陌生,在shell脚本,$作用还是比较大多,这里将所有的$组合都列出来,大家可以看下效果。 $组成命令大概有下面几个: $0,$1...$?,$!...结果是0 可以看到,第一次运行ls -l a.txt时候,由于我们目录没有a.txt这个文件,所以返回是1,第二次由于test.sh文件是存在,所以返回结果是0 3 $$ $$指的是脚本运行的当前进行...sleep 10命令,脚本运行完会睡眠10s,脚本打印出来了值60658,此时我们查看当前脚本进程号,发现子进程进程id是60658 4 $*和$@ 这两个放在一起,主要是因为他们都代表引用所有参数...反应脚本某个命令进程号。

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平台设计脚本管理

元数据信息可以分为多个菜单,不同功能之间有关联关系来指定,所以在MTVDjango框架,我配置了不少url来支持前期工作,但是如果是MySQL细节工作,这个事情要这么做起来,明显会有一个瓶颈...所以在脚本管理,我期望做几件事情,能够改进。...为了能够快速平滑接入,脚本管理脚本语言其实不是瓶颈,都应该全面支持,比如使用perl,使用shell,SQL等,如果脚本本身很稳定,那么完全可以接入进来,总之就是这个环节要开放,不一定要完全是python...平台开发功能是python,但是脚本管理不一定是python。 在脚本管理脚本和菜单如何映射,这是个关键,我们可以把脚本属性参数化,比如脚本名,脚本类型等这些也是作为一种元数据来管理。...脚本参数管理,有的脚本是1个参数,有的是2个,其实对于后台来说,就是拿到脚本来处理,怎么做标识和匹配。 脚本管理,有些脚本是通用,如果希望能够持续使用,必须要提前规划好范围和类别。

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【Groovy】Groovy 脚本调用 ( Linux 调用 Groovy 脚本 | Windows 调用 Groovy 脚本 )

文章目录 前言 一、Linux 调用 Groovy 脚本 二、Windows 调用 Groovy 脚本 前言 在 命令行 , Groovy 脚本 , Groovy 类 , Java 类 , 可以调用...) 博客为例 , 将 Thread 类扩展方法定义在 ThreadExt 类 , 并将其打包封装到 thread.jar 文件 ; 在 Groovy 脚本运行 Thread 扩展文件 , 需要依赖于...thread.jar 文件 ; 一、Linux 调用 Groovy 脚本 ---- 在 Linux 运行 Groovy 脚本 , 需要在第一行处配置 #!.../ThreadExtApplication.groovy 命令 , 即可在 Linux 命令行 , 运行 Groovy 脚本 ; 注意 , -classpath 参数设定 , 指定 thread.jar...依赖 , 位置一定要准确 , 与 ThreadExtApplication.groovy 脚本要在相同目录 , 才能执行成功 ; 执行时 , 如果想要加参数 , 在命令末尾添加若干参数 , 在 Groovy

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