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10X Cell Ranger ATAC 算法概述

执行此步骤是为了修复条形码(barcode,细胞的标识)中偶尔出现的测序错误,从而使片段与原始条形码相关联,从而提高数据质量。16bp条形码序列是从“I2”索引读取得到的。每个条形码序列都根据正确的条形码序列的“白名单”进行检查,并计算每个白名单条形码的频率。我们试图纠正不在白名单上的条形码,方法是找出所有白名单上的条形码,它们与观察到的序列之间的2个差异(汉明距离(Hamming distance)<= 2),并根据reads数据中条形码的丰度和不正确碱基的质量值对它们进行评分。如果在此模型中,未出现在白名单中的观察到的条形码有90%的概率是真实的条形码,则将其更正为白名单条形码。

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scNT-Seq ||区分新生成的RNAs的单细胞测序技术

单细胞RNA测序提供了整个转录组的表达,但常见的scRNAseq不能区分新生成RNA与之前存在的RNA。在这里,我们介绍了单细胞新转录物标记测序(scNT-Seq),一种用于大规模并行分析同一细胞中新转录和已有RNA的方法。常用的区分新旧RNA可以利用外源性核苷类似物的标记,如4-硫脲(4sU)可以标记新生成的RNA,通过化学转化方法将4sU转化为胞嘧啶类似物(C),从而有效地标记具有T-to-C转化的代谢标记的新转录RNA。 scNT-seq是基于高通量和UMI的scRNA-seq方法,结合了代谢RNA标记,液滴微流和化学诱导4sU转为胞嘧啶类似物来同时测量同一个细胞内的新老RNA。 scNT-seq主要包括以下步骤: (1) 4sU对细胞的代谢标记;(2 - 3) 同时封装单个细胞以及带有条形码的oligo(dT)引物包覆珠到一个纳米级液滴里;(4)在液滴里进行4sU化学转换;(5 - 8)反转录,cDNA扩增、标记和 PCR;(9)使用一个基于UMI的统计模型来分析转录本T-to-C的替换来推断新转录本的比例。

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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)

文库拆分因使用的前期Protocol不同或构建的流程不同需要有对应的处理方式。我们认为最灵活可用的文库拆分工具是zUMIs (https://github.com/sdparekh/zUMIs/wiki/Usage),可以用来拆分和比对大部分基于UMI的建库方式。对于Smartseq2或其他双端全长转录本方案,数据通常已经拆分好了。例如GEO或ArrayExpress之类的公共数据存储库会要求小规模或plate-based scRNASeq数据拆分好再上传,并且很多测序服务商提供的数据都是自动拆分好的。如果使用的分析流程依赖于拆分好的数据但测序服务商提供的数据没有拆分时就需要自己拆分。因为不同的建库方案引入的barcode序列的长度和位置不同,通常都需要自己写脚本解决。

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领券