Key Promoter X（快捷键使用提示） 简介 Key Promoter X 是用于基于 IntelliJ 产品（如 IDEA）的插件，它有助于在工作时从鼠标操作中 学习基本的键盘快捷键。...当您在 IDE 内部的按钮上 使用鼠标时，Key Promoter X 会显示您应该使用的键盘快捷键，有助于过渡到更快的 无鼠标开发。...开源的项目：https://github.com/halirutan/IntelliJ-Key-Promoter-X 插件介绍说明地址：https://plugins.jetbrains.com/plugin.../9792-key-promoter-x 安装方式 设置方式 可以通过设置页 Settings > Tools > Key Promoter X 自定义设置项 新的一周又开始了，希望这款插件可以帮助到你
如果仅仅只是分析部分染色质片段之间的互作，最经典的莫过于研究promoter与其他染色质片段的互作，比如研究enhancer-promoter的互作，此时利用全基因组的Hi-C文库代价太大，而传统的3C...基于这样的一个需求驱动，Promoter Capture Hi-C技术应用而生。 Capture Hi-C技术就是在传统Hi-C文库的基础上，新增了一个捕获的过程，捕获目的片段用于后续的测序。...Promoter Capture Hi-C的文库构建示意如下 ? 核心就是在Hi-C文库之后，用设计的探针捕获promoter相关的reads,然后在进行测序。...如果只想通过Hi-C技术来研究启动子的互作，Promoter Capture Hi-C无疑是更好的选择。
如何查找某个gene的promoter sequence？ 首先，知道启动子在哪里？...启动子通常位于转录起始位点（transcription start site，TSS）或第一个exon的上游 其次，找gene的TSS 对于注释好的物种的基因组，就很好找其promoter sequence...其他 人类的启动子相关数据库 Biobase TransPro mPROMDB CSH TRED Eukaryotic Promoter Databse（EPD） ---- ?...3 粉色背景红色文本为exons，第一个exon前面的sequence即为promoter sequence，默认显示600bp。如果想显示自己想要数目的bp，按下面 ?...4为了确定是否正确（主要是TSS位点），可以把promoter sequence blast到UCSC genome broswer 复制ensembl的 promoter sequence
a Promoter region regulatory elements (adapted from [162])....Upstream and downstream promoter elements situated outside of the core promoter region are indicated...Promoter and enhancer regions (yellow) regulate the transcription of the gene into a pre-mRNA which is
// 导入子组件全部改为动态导入 // import promoter from './promoter' // import commissionSummary from '..../promoter.vue'),//此种写法不行 promoter: () => import("..../promoter.vue"), commissionSummary: () => import("..../commissionDetail.vue"), }; export default { components: { customTabs, // promoter, //...keepAlive, }, ], activeName: "promoter", }; }, }; export default { props:
json数据格式如下： data.json： { "configName": "英语测试作业", "promoter": "王小婷", "suggestion": "...单词量不够，多背诵一点哦" } 1：div等文本或者textarea多行文本框赋值，使用.text()的方法赋值 $("#promoter").text(data.promoter);.../head> 作业名称: 发起人:<div id="<em>promoter</em>...function(data) { $("#configName").val(data.configName); $("#promoter...").text(data.promoter); $("#suggestion").text(data.suggestion);
namespace: kube-mon labels: app: promoter spec: selector: matchLabels: app: promoter...: promotercfg configMap: name: promoter-conf containers: - name:...promoter image: cnych/promoter:main imagePullPolicy: IfNotPresent args:...promoter spec: selector: app: promoter ports: - port: 8080 配置完成后，直接创建上面的资源对象即可： ☸ ➜ kubectl...apply -f promoter.yaml ☸ ➜ kubectl get pods -n kube-mon -l app=promoter NAME
基础回顾 转录起始位点（TSS）：转录时，mRNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基，通常为一个嘌呤；(不考虑转录启动复合体的预转录情况) 启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA...head GRCh38.gene.bed GRCh38.gene.promoter.U1000D200.bed检查一下计算是否有误。自己选取正链和负链的一个或多个基因做下计算，看看结果是否一致。...bedtools intersect -a GRCh38.gene.promoter.U1000D200.bed -b GRCh38.TFmotif_binding.bed -wa -wb | cut...-f 5,11 | sort -u | tr 'a-z' 'A-Z' > GRCh38.gene.promoter.U1000D200.TF_binding.txt 5....提取我们关注的基因 上一步中，我们将GRCh38.gene.promoter.U1000D200.TF_binding.txt文件中的基因名和TF名都转换成了大写。
： 启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。做生信分析时，一般选择上游1 kb，下游 500 nt，也有选上下游各1 kb的。...勾选Promoter/Upstream by选项，并将其改为2000 bases，然后点击get sequence： ? 5....得到下面的序列信息，开头直到第一个大写字母前面的所有小写字母序列即为该基因的promoter序列，你可以跟NCBI上得到的序列比对一下，看看是不是一样的呢？ ? 3....将promoter序列粘贴进入右下角的框中，选中左侧转录因子，点击SCAN： ? 3....好了，转录因子与promoter结合位点已经有了，接下来就是愉快的通过实验验证了！Luciferase、点突变、截短、ChIP等统统拉上来就可以了！
human-mRNA MotifOutput/ -rna -len 8 输入文件：3 mandatory arguments: A gene ID input file, the name of the promoter...解释：输入文件downregulated.genes.txt为下调的gene list ，human-mRNA为promoter set，MotifOutput为输出文件夹 例子： for sample...findMotifs.pl ${sample}.txt human ${sample}/ -start -400 -end 100 -len 8,10 -p 16 ;done 结果： image.png 相应的promoter...如： perl /path-to-homer/configureHomer.pl -install human 安装promoter则需要加“-p”,除此之外还有-o：organism -g genome
TSS上游的启动子序列（有的在gene内部） 1.由该TF的DNA序列得到其最大ORF 2.NCBI blastp发现其最大的hit序列（同时用另一个网站再次证实） 3.若去预测整个基因组中其结合的promoter...把promoter往前2000nt，仍然是一样的结果。 4 把motif在整个genome扫描看其结合位点 ?...虽然p值很小，但也已经不知道有几分可靠性了，这些序列很可能在编码区 --------------------- 话外 5 下面这个原核的promoter预测网站很好，虽然没结果 http://www.prodoric.de.../vfp/vfp_promoter.php 把promoter加到2000仍然没scan到可结合的序列。
downregulated.genes.txt human-mRNA MotifOutput/ -rna -len 8 3个需要设定的输入: A gene ID input file, the name of the promoter...解释：输入文件downregulated.genes.txt为下调的gene list ，human-mRNA为promoter set，MotifOutput为输出文件夹 例子： for sample...findMotifs.pl ${sample}.txt human ${sample}/ -start -400 -end 100 -len 8,10 -p 16 ;done 结果： image.png 相应的promoter...如： perl /path-to-homer/configureHomer.pl -install human 安装promoter则需要加“-p”,除此之外还有-o：organism -g genome
今天换了另外一种方式来实现，直接去绘制渲染报警图表，然后上传到对象存储中保存起来，在钉钉中就可以直接展示了，Promoter 就是这个方案的一个实现，支持在消息通知中展示实时报警图表，效果图如下所示：...Alerts.Resolved }} {{ range .AtMobiles }}@{{ . }}{{ end }} {{- end }} {{- end }} 部署 默认配置文件如下所示，放置在 /etc/promoter...access_token= secret: # secret for signature 可以直接使用 Docker 镜像 cnych/promoter:v0.1.1...部署，在 Kubernetes 中部署可以直接参考 deploy/kubernetes/promoter.yaml。...:8080/webhook' # 配置 promoter 的 webhook 接口 send_resolved: true 核心原理 该项目采用 golang 实现，Webhook 的实现很简单
文章《BRCA1 Promoter Methylation Status in 1031 Primary Breast Cancers Predicts Favorable Outcomes Following...这个是作者最重要的研究发现，不同分组的样品的 BRCA1–promoter CpG methylation 百分比不一样。...这里，研究者们列出来了常见的临床属性分组后的 BRCA1–promoter CpG methylation 情况。...临床意义 主要就是生存分析啦，这里可以看到 BRCA1–promoter CpG 有甲基化的不管是否经受了化疗，都要生存情况好一点。 ?...不过，BRCA1–promoter CpG 有甲基化的病人数量有点太少了。 学徒作业 如果要得出文章的研究结果，其实大可不必费劲招募一千多个乳腺癌患者，完完全全是可以进行tcga数据库挖掘的。
6、Key promoter Key Promoter 是一个提示插件，当你在IDEA里面使用鼠标的时候，如果这个鼠标操作是能够用快捷键替代的，那么Key Promoter 会弹出一个提示框，告知你这个鼠标操作可以用什么快捷键替代...6、Key promoter Key Promoter 是一个提示插件，当你在IDEA里面使用鼠标的时候，如果这个鼠标操作是能够用快捷键替代的，那么Key Promoter 会弹出一个提示框，告知你这个鼠标操作可以用什么快捷键替代
序列比对和序列特征分析总目录 1 启动子区域预测 启动子Promoter是位于基因5'端上游的DNA序列，调控基因表达。作用方式是通过与转录因子结合。...2Promoter 2.0 ?
3.2 使用Key Promoter X插件 可以在idea的市场里搜，也可以在插件官网下载 https://plugins.jetbrains.com/plugin/9792-key-promoter-x...安装Key Promoter X插件后，当你在IDEA里面使用鼠标的时候，如果这个鼠标操作是能够用快捷键替代的，那么Key Promoter X会弹出一个提示框，告知你这个鼠标操作可以用什么快捷键替代
对于不同的组蛋白修饰，常规的认知如下 active promoter: H3K4me3, H3K9Ac active enhancer: H3K4me1, H3K27Ac active elongation...100000000 100000200 6 Weak Enhancer 1347 chr1 100000200 100001000 2 Weak Promoter...100001000 100001400 6 Weak Enhancer 1347 chr1 100001400 100001600 2 Weak Promoter...1347 chr1 100002400 100003000 1 Active Promoter 第二步，进行注释，命令如下 annotate_variation.pl...在定义分类时，不同数字代表的含义如下 State 1 - Active Promoter State 2 - Weak Promoter State 3 - Inactive/poised Promoter
Key Promoter X 凡是对IntelliJ IDEA快捷键掌握不清晰的小伙伴们都应该给安装这个插件！ 我们知道，在键盘和鼠标间切换会严重影响我们的Coding效率。...Key Promoter X 将训练您使用这些快捷键。 它就像一名执着细致的教练，在您点击 IDE 内的某个元素时，它将显示带有相关快捷键的工具提示。...对于没有快捷键的按钮，Key Promoter X 还会提示您自行创建。 熟能生巧！过不了多久，您就会下意识地使用起快捷键，省去不必要的鼠标点击。 原来，编程效率的提高其实就在这种不起眼的弹指之间！...Key Promoter X作为一个快捷键提示插件，你绝不能错过！ Jump to Line IntelliJ IDEA 在调试过程中，有多种方法可以设置目标执行行。
# 首先我们来统计一个 Peak 的注释分布数目 test = tmp[[1]] num1 = length(grep('Promoter', test$annotation)) num2 = length...那么我们就可以写成函数 df = do.call(rbind,lapply(tmp, function(x){ #table(x$annotation) num1 = length(grep('Promoter...[6,] 10085 19 79 2255 46 1669 # [7,] 3691 5 18 507 11 410 # 赋值列名 colnames(df) = c('Promoter...rownames(df) = unlist(lapply(f, function(x){ basename(strsplit(x,'\\.')[[1]][1]) })) df # Promoter...# Cg_WT Ez_WT Pc_WT Ph_WT Pho_WT Psc_WT Spps_WT # Promoter
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