Key Promoter X（快捷键使用提示） 简介 Key Promoter X 是用于基于 IntelliJ 产品（如 IDEA）的插件，它有助于在工作时从鼠标操作中 学习基本的键盘快捷键。...当您在 IDE 内部的按钮上 使用鼠标时，Key Promoter X 会显示您应该使用的键盘快捷键，有助于过渡到更快的 无鼠标开发。...开源的项目：https://github.com/halirutan/IntelliJ-Key-Promoter-X 插件介绍说明地址：https://plugins.jetbrains.com/plugin.../9792-key-promoter-x 安装方式 设置方式 可以通过设置页 Settings > Tools > Key Promoter X 自定义设置项 新的一周又开始了，希望这款插件可以帮助到你
如果仅仅只是分析部分染色质片段之间的互作，最经典的莫过于研究promoter与其他染色质片段的互作，比如研究enhancer-promoter的互作，此时利用全基因组的Hi-C文库代价太大，而传统的3C...基于这样的一个需求驱动，Promoter Capture Hi-C技术应用而生。 Capture Hi-C技术就是在传统Hi-C文库的基础上，新增了一个捕获的过程，捕获目的片段用于后续的测序。...Promoter Capture Hi-C的文库构建示意如下 ? 核心就是在Hi-C文库之后，用设计的探针捕获promoter相关的reads,然后在进行测序。...如果只想通过Hi-C技术来研究启动子的互作，Promoter Capture Hi-C无疑是更好的选择。
如何查找某个gene的promoter sequence？ 首先，知道启动子在哪里？...启动子通常位于转录起始位点（transcription start site，TSS）或第一个exon的上游 其次，找gene的TSS 对于注释好的物种的基因组，就很好找其promoter sequence...其他 人类的启动子相关数据库 Biobase TransPro mPROMDB CSH TRED Eukaryotic Promoter Databse（EPD） ---- ?...3 粉色背景红色文本为exons，第一个exon前面的sequence即为promoter sequence，默认显示600bp。如果想显示自己想要数目的bp，按下面 ?...4为了确定是否正确（主要是TSS位点），可以把promoter sequence blast到UCSC genome broswer 复制ensembl的 promoter sequence
a Promoter region regulatory elements (adapted from [162])....Upstream and downstream promoter elements situated outside of the core promoter region are indicated...Promoter and enhancer regions (yellow) regulate the transcription of the gene into a pre-mRNA which is
// 导入子组件全部改为动态导入 // import promoter from './promoter' // import commissionSummary from '..../promoter.vue'),//此种写法不行 promoter: () => import("..../promoter.vue"), commissionSummary: () => import("..../commissionDetail.vue"), }; export default { components: { customTabs, // promoter, //...keepAlive, }, ], activeName: "promoter", }; }, }; export default { props:
namespace: kube-mon labels: app: promoter spec: selector: matchLabels: app: promoter...: promotercfg configMap: name: promoter-conf containers: - name:...promoter image: cnych/promoter:main imagePullPolicy: IfNotPresent args:...promoter spec: selector: app: promoter ports: - port: 8080 配置完成后，直接创建上面的资源对象即可： ☸ ➜ kubectl...apply -f promoter.yaml ☸ ➜ kubectl get pods -n kube-mon -l app=promoter NAME
json数据格式如下： data.json： { "configName": "英语测试作业", "promoter": "王小婷", "suggestion": "...单词量不够，多背诵一点哦" } 1：div等文本或者textarea多行文本框赋值，使用.text()的方法赋值 $("#promoter").text(data.promoter);.../head> 作业名称: 发起人:promoter...function(data) { $("#configName").val(data.configName); $("#promoter...").text(data.promoter); $("#suggestion").text(data.suggestion);
： 启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。做生信分析时，一般选择上游1 kb，下游 500 nt，也有选上下游各1 kb的。...勾选Promoter/Upstream by选项，并将其改为2000 bases，然后点击get sequence： ? 5....得到下面的序列信息，开头直到第一个大写字母前面的所有小写字母序列即为该基因的promoter序列，你可以跟NCBI上得到的序列比对一下，看看是不是一样的呢？ ? 3....将promoter序列粘贴进入右下角的框中，选中左侧转录因子，点击SCAN： ? 3....好了，转录因子与promoter结合位点已经有了，接下来就是愉快的通过实验验证了！Luciferase、点突变、截短、ChIP等统统拉上来就可以了！
human-mRNA MotifOutput/ -rna -len 8 输入文件：3 mandatory arguments: A gene ID input file, the name of the promoter...解释：输入文件downregulated.genes.txt为下调的gene list ，human-mRNA为promoter set，MotifOutput为输出文件夹 例子： for sample...findMotifs.pl ${sample}.txt human ${sample}/ -start -400 -end 100 -len 8,10 -p 16 ;done 结果： image.png 相应的promoter...如： perl /path-to-homer/configureHomer.pl -install human 安装promoter则需要加“-p”,除此之外还有-o：organism -g genome
基础回顾 转录起始位点（TSS）：转录时，mRNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基，通常为一个嘌呤；(不考虑转录启动复合体的预转录情况) 启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA...head GRCh38.gene.bed GRCh38.gene.promoter.U1000D200.bed检查一下计算是否有误。自己选取正链和负链的一个或多个基因做下计算，看看结果是否一致。...bedtools intersect -a GRCh38.gene.promoter.U1000D200.bed -b GRCh38.TFmotif_binding.bed -wa -wb | cut...-f 5,11 | sort -u | tr 'a-z' 'A-Z' > GRCh38.gene.promoter.U1000D200.TF_binding.txt 5....提取我们关注的基因 上一步中，我们将GRCh38.gene.promoter.U1000D200.TF_binding.txt文件中的基因名和TF名都转换成了大写。
TSS上游的启动子序列（有的在gene内部） 1.由该TF的DNA序列得到其最大ORF 2.NCBI blastp发现其最大的hit序列（同时用另一个网站再次证实） 3.若去预测整个基因组中其结合的promoter...把promoter往前2000nt，仍然是一样的结果。 4 把motif在整个genome扫描看其结合位点 ?...虽然p值很小，但也已经不知道有几分可靠性了，这些序列很可能在编码区 --------------------- 话外 5 下面这个原核的promoter预测网站很好，虽然没结果 http://www.prodoric.de.../vfp/vfp_promoter.php 把promoter加到2000仍然没scan到可结合的序列。
downregulated.genes.txt human-mRNA MotifOutput/ -rna -len 8 3个需要设定的输入: A gene ID input file, the name of the promoter...解释：输入文件downregulated.genes.txt为下调的gene list ，human-mRNA为promoter set，MotifOutput为输出文件夹 例子： for sample...findMotifs.pl ${sample}.txt human ${sample}/ -start -400 -end 100 -len 8,10 -p 16 ;done 结果： image.png 相应的promoter...如： perl /path-to-homer/configureHomer.pl -install human 安装promoter则需要加“-p”,除此之外还有-o：organism -g genome
今天换了另外一种方式来实现，直接去绘制渲染报警图表，然后上传到对象存储中保存起来，在钉钉中就可以直接展示了，Promoter 就是这个方案的一个实现，支持在消息通知中展示实时报警图表，效果图如下所示：...Alerts.Resolved }} {{ range .AtMobiles }}@{{ . }}{{ end }} {{- end }} {{- end }} 部署 默认配置文件如下所示，放置在 /etc/promoter...access_token= secret: # secret for signature 可以直接使用 Docker 镜像 cnych/promoter:v0.1.1...部署，在 Kubernetes 中部署可以直接参考 deploy/kubernetes/promoter.yaml。...:8080/webhook' # 配置 promoter 的 webhook 接口 send_resolved: true 核心原理 该项目采用 golang 实现，Webhook 的实现很简单
6、Key promoter Key Promoter 是一个提示插件，当你在IDEA里面使用鼠标的时候，如果这个鼠标操作是能够用快捷键替代的，那么Key Promoter 会弹出一个提示框，告知你这个鼠标操作可以用什么快捷键替代...6、Key promoter Key Promoter 是一个提示插件，当你在IDEA里面使用鼠标的时候，如果这个鼠标操作是能够用快捷键替代的，那么Key Promoter 会弹出一个提示框，告知你这个鼠标操作可以用什么快捷键替代
序列比对和序列特征分析总目录 1 启动子区域预测 启动子Promoter是位于基因5'端上游的DNA序列，调控基因表达。作用方式是通过与转录因子结合。...2Promoter 2.0 ?
文章《BRCA1 Promoter Methylation Status in 1031 Primary Breast Cancers Predicts Favorable Outcomes Following...这个是作者最重要的研究发现，不同分组的样品的 BRCA1–promoter CpG methylation 百分比不一样。...这里，研究者们列出来了常见的临床属性分组后的 BRCA1–promoter CpG methylation 情况。...临床意义 主要就是生存分析啦，这里可以看到 BRCA1–promoter CpG 有甲基化的不管是否经受了化疗，都要生存情况好一点。 ?...不过，BRCA1–promoter CpG 有甲基化的病人数量有点太少了。 学徒作业 如果要得出文章的研究结果，其实大可不必费劲招募一千多个乳腺癌患者，完完全全是可以进行tcga数据库挖掘的。
Key Promoter X 凡是对IntelliJ IDEA快捷键掌握不清晰的小伙伴们都应该给安装这个插件！ 我们知道，在键盘和鼠标间切换会严重影响我们的Coding效率。...Key Promoter X 将训练您使用这些快捷键。 它就像一名执着细致的教练，在您点击 IDE 内的某个元素时，它将显示带有相关快捷键的工具提示。...对于没有快捷键的按钮，Key Promoter X 还会提示您自行创建。 熟能生巧！过不了多久，您就会下意识地使用起快捷键，省去不必要的鼠标点击。 原来，编程效率的提高其实就在这种不起眼的弹指之间！...Key Promoter X作为一个快捷键提示插件，你绝不能错过！ Jump to Line IntelliJ IDEA 在调试过程中，有多种方法可以设置目标执行行。
对于不同的组蛋白修饰，常规的认知如下 active promoter: H3K4me3, H3K9Ac active enhancer: H3K4me1, H3K27Ac active elongation...100000000 100000200 6 Weak Enhancer 1347 chr1 100000200 100001000 2 Weak Promoter...100001000 100001400 6 Weak Enhancer 1347 chr1 100001400 100001600 2 Weak Promoter...1347 chr1 100002400 100003000 1 Active Promoter 第二步，进行注释，命令如下 annotate_variation.pl...在定义分类时，不同数字代表的含义如下 State 1 - Active Promoter State 2 - Weak Promoter State 3 - Inactive/poised Promoter
3.2 使用Key Promoter X插件 可以在idea的市场里搜，也可以在插件官网下载 https://plugins.jetbrains.com/plugin/9792-key-promoter-x...安装Key Promoter X插件后，当你在IDEA里面使用鼠标的时候，如果这个鼠标操作是能够用快捷键替代的，那么Key Promoter X会弹出一个提示框，告知你这个鼠标操作可以用什么快捷键替代
system.file("states/CTCF_g_data.rds", package = "MutationalPatterns" )) promoter_g...promoter_g_data.rds", package = "MutationalPatterns..." )) flanking_g promoter_flanking_g_data.rds",...package = "MutationalPatterns" )) regions promoter_g, flanking_g, CTCF_g) names(regions...) Promoter", "Promoter flanking", "CTCF") seqlevelsStyle(regions) <- "UCSC" grl_region <- split_muts_region
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