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单细胞亚群的标记基因可以迁移不同数据

首先处理GSE162610数据 可以看到多个分组样品里面,巨噬细胞和小胶质细胞都蛮清晰的界限: 巨噬细胞和小胶质细胞都蛮清晰的界限 不知道为什么我自己的处理后巨噬细胞和小胶质细胞的界限并没有作者文章给出来的图表那样的足够清晰...降维聚类分群后,很容易根据文献里面的标记基因给出来各个亚群的生物学名字,然后对不同亚群,可以找这个数据里面的特异性的各个亚群高表达量基因作为其标记基因: 特异性的各个亚群高表达量基因 接下来我就在思考...,这样的实验设计非常多的单细胞数据可以看到,因为小鼠模型里面取脑部进行单细胞测序是很多疾病的首选。...对GSE182803数据进行同样的处理 可以看到: image-20220102164343172的降维聚类分群 这个数据里面的 巨噬细胞和小胶质细胞也是很清晰的界限。...接下来把GSE162610的基因去GSE182803进行可视化 GSE182803 数据的工作目录下面, 运行如下行的代码: rm(list=ls()) library(Seurat) library

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python面试八股文

它是一种为了确保同一时间只有一个线程可以执行 Python 代码的机制。这个锁主要是出于安全目的的考虑,Python 管理内存和解析器的过程中依赖于很多全局数据结构。...使用 GIL,Python 能够避免多个线程同时访问和更改这些结构,从而保证线程安全。什么是 Python 的装饰器?...Python 中的迭代器和生成器有什么区别? Python 中,迭代器是一个可以用来遍历可迭代对象的对象,如列表、元组、字典等。迭代可以使用 next() 函数遍历可迭代对象时逐个返回元素。...生成器的好处是它可以迭代大型数据而不会占用系统内存。这是由于生成器只需要的时候生成数据,而不是一次全部生成。这可以显著减少内存使用,从而提高程序性能。...迭代器的好处是它们提供了一种双向遍历集合的方法。这反过来为开发人员提供了更多的灵活性,以便于根据数据的不同部分进行编码。Python 中的 lambda 函数是什么?

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Postgresql 有了 psycopg2 操作测试更方便(一)

首先就需要进行连接,下面的操作基于python3 以及pycharm 请在pycharm中安装 psycopg2 包,版本是2.8.4 上面是一段标准的连接代码 其中要与postgresql进行连接,...的 error 是为了操作过程中如果有错误可以通过这个模块来将handle 错误,让程序的完善一些。...同一连接创建的游标不是孤立的,游标对数据库所做的任何更改可以立即被其他游标看到。 下面是一些常用的操作方法 cursor.execute() 执行execute 方法执行数据库的操作。...对于查询结果进行展示的不同方法 fetchone() fetchmany() fetchall() 了解了上面的一些事情后,下面就开始对数据库进行简单的一些操作 如何在创建一个表,并且判断这个表是否存在...由于公众号中的自动将贴入的代码截断,并且格式也有变化,以上代码可以在下面的,QQ群的文件中,如有需要可以自取。

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python-Python与PostgreSQL数据库-处理PostgreSQL查询结果

获取查询结果在Python中,我们可以使用psycopg2库的fetchone()方法和fetchall()方法获取查询结果。...fetchone()方法用于获取查询结果的一行,而fetchall()方法用于获取所有行的结果。...cursor.close()conn.close()在上面的示例代码中,我们使用psycopg2库的fetchone()方法和fetchall()方法获取查询结果。...处理查询结果一旦我们获取了查询结果,我们可以通过遍历结果和读取每行中的列来处理它们。Python中,我们可以使用索引或列名称访问每个列。此外,我们还可以使用for循环遍历结果。...如果您使用的是Python 3.7及以上版本,则可以使用更简洁的方式访问每个列的值。

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Python数据分析中的数据库连接的基本操作,轻松完成与数据库的交互

进行数据分析过程中,经常需要与数据库进行连接,并从中提取数据。Python作为一种功能强大的编程语言,提供了多种库和工具,使得与数据库进行连接和数据提取变得更加简单和高效。...数据库介绍数据库是一种用于存储和管理数据的系统,可以提供高效的数据读写和查询功能。...可以使用pip命令安装相应的驱动程序,例如:pip install pymysql # MySQLpip install psycopg2 # PostgreSQLpip install pymongo...连接关系型数据库方面,您学会了使用pymysql和psycopg2库以及SQLAlchemy库连接MySQL和PostgreSQL数据库,并执行SQL语句获取查询结果。...连接非关系型数据库方面,您学会了使用pymongo库连接MongoDB数据库,并使用redis-py库连接Redis数据库。这些基本操作将为您进行数据分析提供一个强大的工具

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使用Python防止SQL注入攻击的实现示例

该目录将存储虚拟环境中安装的所有软件包 2.4 使用Python连接数据库 再使用Python连接PostgreSQL数据库时需要确保我们的环境是否安装了psycopg2,如果没有使用pip安装psycopg2...要从查询中获取结果,执行cursor.fetchone()并接收了一个元组。由于查询只能返回一个结果,因此使用fetchone()。如果查询返回的结果不止一个,那么我们就需要迭代cursor 3....然后,执行查询并将结果字符串直接发送到数据库。但是,在此过程中可能会忽略一些事情 回想一下username传递给is_admin()。这个变量究竟代表什么?...例如,入侵者可以注入一条更新语句来更改数据库中的信息: is_admin('lisi') False is_admin("'; update users set admin = 'true...查询过程中同时使用文字和标识符,并不会影响安全性 7.

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经验总结 | 关于 reNgine 自动化网络侦查框架的国内安装与报错的解决方法

平时渗透测试的过程中使用这个工具可以节约很多信息收集的时间,项目地址为:https://github.com/yogeshojha/reNgine 去年年底的时候我写了一款被动信息收集聚合工具,已经放在了我的...于是又开始了本地安装的折腾之旅,下面就来看看安装过程中的报错与解决方法。...通过观察发现, build 的过程中,会访问默认系统镜像源下载安装文件,同时也会访问 pip 默认镜像源下载安装文件,因此我们只需要把这两个默认的镜像源替换成国内的就可以了。...3、安装 psycopg2 报错 继续安装的过程中,又给我报了这些问题 Building wheel for psycopg2 (setup.py): started Building wheel... pip 安装的过程中如果报错,可以再尝试几遍,因为有时仅仅可能是因为本地网络的原因。 如果你碰到了除上面三个问题之外的其他问题,欢迎在下方留言。

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win10下apache superset的使用

另外,安装过程中出现“ Failed building wheel for xxx”的解决办法如下:   出现原因:缺失相应的whl文件。   解决办法:下载并安装对应的whl文件。   ...superset\bin下 python superset load_examples   5.初始化角色和权限 python superset init   6.启动服务   端口 8088, 使用 -p 更改端口号...支持以下数据库: MySQL pip install mysqlclient mysql:// Postgres pip install psycopg2 postgresql+psycopg2://...vertica+vertica_python:// ClickHouse pip install sqlalchemy-clickhouse clickhouse://   使用pip安装好数据库后,就可以...注释意思:   授予公共角色与GAMMA角色相同的权限。   如果想让匿名用户查看,可以设置这里,仪表盘对特定数据的授权显示,也在这里设置。

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如何避免数据迁移陷阱

为了防止数据源和目的地之间的数据不一致,需要找到一种方法来识别和迁移可能发生的任何更改。典型的方法是执行多次迭代以重新扫描数据,并捕获自从上次迭代以来的更改。...当组织需要迁移不断变化的数据时(无论是接收新数据还是更新或删除现有数据),都可以进行选择。组织可以在数据源冻结数据直到迁移完成,或者允许数据目的地继续更改。...典型的方法是执行多次迭代以重新扫描数据,并捕获自从上次迭代以来的更改。这种方法使组织可以迭代到一致状态。但是,如果组织有足够大的数据量并且经常变化,则可能永远无法赶上更改的步伐。...使用这种方法,无论是通过网络连接还是通过批量传输设备上传到新位置的数据副本,都与数据源中存在的数据一致,因为迁移过程中不允许进行任何更改。 这种方法的问题在于,它可能导致系统停机并且业务可能中断。...当应用程序移至云平台中时,其生成的结果数据将不会同步遣返回内部部署环境,并且其他工作流中的其他应用程序可能突然无法获取当前的数据。 许多组织尝试将其数据迁移到云平台时遭遇失败。

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何恺明等研究者:真的需要减少ImageNet预训练

这些结果可以媲美那些 ImageNet 上进行预训练的模型的结果,即使使用为微调预训练模型而优化的基线系统(Mask R-CNN)的超参数也是如此,唯一的例外是增加训练迭代次数,以便随机初始化的模型可以收敛...为挑战极限,我们 COCO 目标检测数据不使用任何外部数据的前提下得到了 50.9 AP,该结果可以媲美 COCO 2017 挑战赛冠军使用 ImageNet 预训练得到的结果。...这可以从模型训练过程中见过的样本数量进行公平比较,如图 2 所示。 ? 图 2:在所有训练迭代中模型所见到的图像、实例和像素数量,预训练(灰色)+微调(绿色)vs 随机初始化(紫色)。...从零开始训练的模型足够多的迭代次数(5× 或 6×)下可以达到和微调变体相当的性能。 ? 表 1: COCO val2017 数据上的目标检测性能对比。...讨论 我们对实验中获得的主要观察结果进行了总结,如下所示: 无需更改架构,就可以目标任务上从头开始训练并取得不错的结果。 从头开始训练需要更多的迭代才能充分收敛。

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使用Python防止SQL注入攻击(上)

-m pip install psycopg2>=2.8.0 Collecting psycopg2 Using cached https://.......这是因为.fetchone()没有找到结果时返回None,而解包None会引发一个类型错误。...为了处理不存在的用户,结果为None时创建一个特殊的情况: def is_admin(username: str) -> bool: with connection.cursor() as...然后,执行查询并将结果字符串直接发送到数据库。然而,在这个过程中我们可能忽略了一些东西。 之前我们传递给is_admin()的用户名参数。这个变量到底代表什么呢?...例如,如果大家登录页面中使用此函数,则入侵者可以使用用户名'登录;选择正确的;,他们将被允许进入。 更可怕的是了解表结构的入侵者可以使用Python SQL注入来造成永久性损害。

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敏捷数据科学研究的最佳建议

这可能是项目中最重要的问题,KPI必须可以通过测试来衡量,但也要与业务KPI尽可能相关。 评估方法是什么? 测试的大小是多少? 我们需要时间序列分组/组拆分? 我们需要在线测试?...通过这种方式,我们可以比较基线来衡量我们的效能,并监控我们在任务中的改进。 从简单的模型开始 迭代是敏捷开发的核心特征之一。 在数据科学项目中,我们不会像工程团队那样迭代特征,我们会迭代模型。...您确切知道您所做的每项更改如何影响模型性能,这为您的下一次实验提供了直觉,也许最重要的是,通过迭代增加复杂性,您可以更轻松,更快地调试模型中的错误和数据泄漏。...根据我的经验,最好使用子目标来规划您的项目,例如,数据探索,数据清理,数据构建,特征工程和建模是研究的一小部分,您可以至少几周内制定计划。 这些子目标可以没有最终模型的情况下自行创造价值。...每次迭代中,您必须问自己,模型性能达到最低有价值KPI的概率是多少? 我认为迭代地使模型更复杂真的有助于这一部分。 添加更多功能并尝试更多模型通常会带来渐进式改进。

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PostgreSQL 有了 psycopg2 操作测试更方便 (二)

上期写了一个简单的例子,基本上怎么连接和操作postgresql 算是有了开始,今天会继续看看psycopg2 操作postgresql 有什么dig deep DML 操作中,大部分情况都是套好...“模版” 然后将实际值带入到传参,实际中postgresql 中的字段都是有不同的类型使用,而在psycopg2中,所有的字段类型占位符均使用 %s ,而不使用 %d (int) , %f (float...但实际上psycopg2 中的DML 操作并不是只有这一种方式。 ? psycopy 可以引入 sql 模块,可以做同样的事情。...下面我们就熟悉一下多种的 DML 的写法 1 多种insert 的写法,有的适合单条操作,有的时候多条操作,另外可以 提交的时候,进行判断错误,并打印错误 ? ? 2 update ?...如果需要提升一个需求,limit 查询的结果中,限制输出的数据量可以使用fetchmany(输出的记录行数) ?

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RecyclerView面试宝典:7大高频问题解析,面试必备!

参考简答: ConcurrentModificationException通常发生在尝试迭代一个集合的同时,另一个线程或迭代过程中的方法修改了这个集合。...避免迭代期间修改集合:如果可能,避免遍历集合的循环中直接修改集合。如果需要修改,可以先标记需要添加或删除的项,迭代完成后统一处理。...使用迭代器的remove()方法:如果需要在迭代过程中删除元素,使用Iterator的remove()方法而不是直接调用集合的删除方法。这样可以安全地遍历时修改集合。...正确使用局部更新方法:在数据更改后,确保调用适当的notifyItemChanged()等方法来通知Adapter数据已更改。...这允许RecyclerView处理数据更改时做出更智能的决策,如局部刷新而非全量刷新。

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Python数据库编程:连接、操作和管理数据库

以下是连接到SQLite、MySQL和PostgreSQL数据库的示例: import sqlite3 import pymysql import psycopg2 # 连接到SQLite数据库 conn_sqlite...Python中,您可以使用数据库管理工具(如SQLite的命令行工具或pgAdmin)来创建和设计表格,也可以使用Python代码执行DDL(数据定义语言)操作。..., (min_age,)) # 获取查询结果 results = cursor.fetchall() # 打印结果 for row in results: print(row) 操作数据 数据库编程还涉及插入..., (new_age, 'Alice')) # 提交更改 conn_sqlite.commit() 错误处理 良好的错误处理是保障应用稳定性的关键。...以下是一些处理大数据量的示例技巧: 分页查询: 使用LIMIT和OFFSET子句来分页检索数据,避免加载整个结果。 批量插入: 将多个插入操作合并成一个事务,减少数据库交互次数。

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怎样让 API 快速且轻松地提取所有数据?

(例如一次性提供 100,000 个 JSON 对象,而不是要求用户超过 1000 个请求中每次分页 100 个对象)有任何意想不到的缺陷?...或者……Martin De Wulf 指出 你可以输出第一行,然后输出每行的时候带上一个前面的逗号——这完全避免了“一次迭代两个”的问题。...PostgreSQL(和 psycopg2 Python 模块)提供了服务端游标,这意味着你可以通过代码流式传输结果,而无需一次全部加载它们。我把它们用在了 Django SQL仪表板 中。...你已经开始发送这个请求,因此你不能将状态代码更改为 500。相反,你需要向正在生成的流写入某种错误。...有一种 API 的设计方法可以用来支持这一点,前提是流中的数据处于可预测的顺序(如果你使用键分页则必须如此,如上所述)。 让触发下载的端点采用一个可选的?

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python-数据库编程-如何处理错误和异常(二)

异常处理异常通常是指意外事件,例如查询返回空结果或超时。Python中,我们可以使用try-except语句来处理异常。...在数据库编程中,我们可以使用psycopg2库中的exceptions模块来捕获异常。该模块包含了大量的异常类,可以用来处理各种数据库操作中的异常。...下面是一个示例代码,展示如何在Python中处理异常:import psycopg2from psycopg2 import exceptionstry: # 连接到PostgreSQL数据库...raise exceptions.EmptyQueryError print(rows)except exceptions.EmptyQueryError: print("查询结果为空...如果查询结果为空,我们将抛出EmptyQueryError异常,并输出错误消息。如果发生其他异常,我们将捕获它并输出错误消息。

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从零开始,半小时学会PyTorch快速图片分类

每次batch迭代后都会更新模型参数。 比如我们有640个图像,那么bs=64;参数将在1 epoch的过程中更新10次。...如果你运行教程过程中提示内存不足,可以使用较小的bs,按照2的倍数增减即可。 使用特定值初始化上面的伪随机数生成器可使系统稳定,从而产生可重现的结果。...ResNet34后面的数字可以随意更改,比如改成ResNet50。数字越大,GPU内存消耗越高。 让我们继续,现在可以在数据上训练模型了!...模型已成功训练,可以识别猫和狗了。识别准确率大约是93.5%。 还能进步?这要等到微调之后了。 我们保存当前的模型参数,以便重新加载时使用。...结果,预测准确度有所提升,但提升的并不多,我们想知道,这时是否需要对模型进行微调? 微调任何模型之前始终要考虑的两个关键因素就是数据的大小及其与预训练模型的数据的相似性。

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