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负二分布差异分析应用

无论是DESeq还是edgeR, 文章中都会提到是基于负二分布进行差异分析。为什么要要基于负二分布呢?...从统计学角度出发,进行差异分析肯定会需要假设检验,通常对于分布已知数据,运用参数检验结果假阳性率会更低。转录组数据,raw count值符合什么样分布呢?...count值本质是reads数目,是一个非零整数,而且是离散,其分布肯定也是离散型分布。对于转录组数据,学术界常用分布包括泊松分布和负二分布两种。...通过计算所有基因均值和方差,可以绘制如下图片 ? 横坐标为基因在所有样本均值,纵坐标为基因在所有样本方差,直线斜率为1,代表泊松分布均值和方差分布。...正是由于真实数据与泊松分布之间overdispersion, 才会选择负二分布作为总体分布。 ·end· —如果喜欢,快分享给你朋友们吧—

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getoptPython使用

长格式是Linux下引入。许多Linux程序都支持这两种格式。Python中提供了getopt模块很好实现了对这两种用法支持,而且使用简单。...import sys print sys.argv   然后命令行下敲入任意参数,如: python get.py -o t –help cmd file1 file2   结果为:...当一个选项只是表示开关状态时,即后面不带附加参数时,分析串写入选项字符。当选项后面是带一个附加参数时,分析串写入选项字符同时后面加一个”:”号。...如上面解释一个命令行例子为: ‘-h -o file –help –output=out file1 file2’   分析完成后,opts应该是: [(‘-h’, ”), (‘-o’,...(例子也采用手册例子) http://docs.python.org/2/library/getopt.html 15.6.getopt— C-style parser for command line

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PythonHiveQL运用

写HiveQL时候,往往发现内置函数不够用,Hive支持用户自定义函数UDF,使用Java进行开发。很多时候这显得过于繁重。...Python是很简单易学开发效率也很高一种脚本语言, 虽然性能上不及Java和Cxx, 但是大多数情况下, 特别是hadoop这样分布式环境,不会成为特别明显性能瓶颈。...执行上面这个hiveql语句之前,需要将相应脚本文件添加到环境。 使用add file xxx.py即可,这里文件名不能加引号。...程序标准输入,处理完毕后,python将结果直接打印到标准输出,整个流程就完毕了。...而且python文件本身一定要加可执行权限chmod +x abc.py 另外,select所有字段,最好全部包含在transform,否则可能会出现莫名其妙错误。

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Python日常使用

01—问题 今天想要整理下电脑硬盘文件,只要一些有用方便共享,然后发现文件组织结构是这个样子 ? 而我只想保留其中压缩包,怎么办?手动删除吗?这不符合咱一贯行事风格啊。...毕竟,能动脑,就不要动手,接下来就随我一起,干掉这些多余文件吧! 02—解决问题 人 生 苦 短 直接上代码截图吧,可以有一个直观了解,由于代码比较简单,所以就不再赘述。...如果感觉需要进行进一步对代码进行阐述,欢迎在下方投票区进行投票,以便于我能了解大家需求,写出大家愿意看文字。...import os import re from shutil import rmtree #构建正则表达式 #具体使用需要根据实际情况调整表达式 pattern1 = re.compile('....如果你想要测试这段代码,一定要提前做好备份,我就是没做好备份,导致辛辛苦苦收集东西,嗖一下,没了 ? 本来还想放在网盘里共享给大家,现在也只能作罢!

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Python基于匹配子列表列表串联

正常我们使用python爬虫时候,尤其在用python开发时,想要基于匹配将子列表串联成一个列表,我们可以使用列表推导式或循环来实现,这两种方法都可以根据匹配将子列表串联成一个列表。...目标是将键区域匹配子列表进行合并,并将合并后子列表几何形状和名称字段组合成一个字符串。...2、解决方案以下代码实现了基于匹配子列表列表串联:import itertools​def merge_sublists(sublists): """ 合并具有相同键区域子列表。​..."指的是根据某些条件或标准将两个列表子列表进行连接或组合。...具体来说,假设有两个列表,一个是主列表,其中包含多个子列表;另一个是匹配列表,包含一些与主列表子列表相关。现在目标是,根据匹配列表,将主列表相应子列表连接或组合成一个新列表。

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边框检测 Python 应用

游戏开发,我们经常会回使用到边框检测。我们知道,边框检测是计算机视觉中常用技术,用于检测图像边界和轮廓。Python,可以使用OpenCV库来实现边框检测。具体是怎么实现?...以下是一个简单示例代码,演示如何在Python中使用OpenCV进行边框检测:1、问题背景:用户试图编写一个程序,该程序要求用户输入一个数字,然后屏幕上绘制相应数量矩形。然而,这些矩形不能重叠。...方法 2:限制随机范围这种方法可以对随机值进行编号,以便只可用位置生成矩形。这可以以多种方式实现,可能需要一些时间和精力来实现。...如果矩形重叠,则重新生成矩形,直到找到一个不重叠矩形。最后,所有生成矩形都会被绘制到游戏窗口中。边框检测图像处理、目标检测和计算机视觉领域有着广泛应用,能够帮助识别物体形状、边界和结构。...所以说边框检测实际应用是很重要,如有任何疑问可以评论区留言讨论。

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优雅终端编写Python

vi='vim' 自动给打开文件添加头部 例如我们编写Python脚本时候经常会在文件开头添加执行文件Python路径以及文件编码方式,我们可以通过Vim配置文件添加一个函数,并让他在打开一个新缓冲区时候自动添加到头部...为Python缩进助力 写Python时候你一定需要一款帮助你显示缩进插件,indentLine就是一款提供缩指示线插件,有纯文字实现,有了他判断Python代码块时候就方便了许多。...使用Pylint来帮助我们进行Python语法检测 首先Pylint是一个代码分析工具,它能够分析Python代码错误,查找不符合风格标准(默认PEP8)和有潜在问题代码,如果单独使用的话,他还可以为我们...配置文件可以将其绑定到快捷键上方便快速启动。 map :TagbarToggle 效果如下: ?...其他插件 Vim 插件很丰富,这里我就不再一一赘述了,希望这些强大工具能让我们终端更优雅编写Python(不限于Python啦),有关我使用vim插件都在我.vimrc,有兴趣童鞋可以搜索相应插件名称进行查看

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RabbitMQPython使用详解

RabbitMQ 关于python队列,内置有两种,一种是线程queue,另一种是进程queue,但是这两种queue都是只能在同一个进程下线程间或者父进程与子进程之间进行队列通讯,并不能进行程序与程序之间信息交换...#1 环境 Python3.7.3 pika==1.0.1 # pika版本不同,提供方法参数名有变化 #2 开始 #2.1 轮询模式 此模式下,发送队列一方把消息存入mq指定队列后,若有消费者端联入相应队列...,即会获取到消息,并且队列消息会被消费掉。...若有多个消费端同时连接着队列,则会已轮询方式将队列消息消费掉。...#2.2 广播模式 多consumer情况下,默认rabbitmq是轮询发送消息,但有的consumer消费速度快,有的消费速度慢,为了资源使用更平衡,引入ack确认机制。

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优雅终端编写Python

自动给打开文件添加头部 例如我们编写Python脚本时候经常会在文件开头添加执行文件Python路径以及文件编码方式,我们可以通过Vim配置文件添加一个函数,并让他在打开一个新缓冲区时候自动添加到头部...为Python缩进助力 写Python时候你一定需要一款帮助你显示缩进插件,indentLine就是一款提供缩指示线插件,有纯文字实现,有了他判断Python代码块时候就方便了许多。...使用pylint来帮助我们进行Python语法检测 首先Pylint是一个代码分析工具,它能够分析Python代码错误,查找不符合风格标准(默认PEP8)和有潜在问题代码,如果单独使用的话,他还可以为我们...配置文件可以将其绑定到快捷键上方便快速启动。 ? 效果如下: ?...其他插件 Vim 插件很丰富,这里我就不再一一赘述了,希望这些强大工具能让我们终端更优雅编写Python(不限于Python啦),有关我使用vim插件都在我.vimrc,有兴趣童鞋可以搜索相应插件名称进行查看

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浅谈PythonCTF运用

MISC,也可以搞搞CRYPTO,但是PWN和REVERSE只有入门级水平了… 0x01 正文 基本情况介绍完了,下面开始进入正题,PythonCTF运用,首先Python是轻量级脚本语言,并且有非常非常多库...,import一下,直接调用就完事了,非常方便,首先要讲就是通过Python脚本编解码,这也是CTF比赛常用脚本运用较多功能,以前没会Python时候什么编码解码全要找在线工具,听说一听说省赛决赛是线下赛并且处于断网环境下...基于Python大数据方面出色处理性能,还可以用于复杂密码加密解密比如RSA这种常见加密算法,我们NCTF遇到题 ?...除了大数据处理,Python图像方面也是非常有优势,因为非常多数据处理到头来都需要实现可视化,丰富库提供了多样化各种图表类型,之前遇到过一个MISC类型题,给了一份具有长达六万多行数字文本文件...由于CTF遇到需要Python脚本来解决东西实在太多,加上本人才疏学浅(其实就是太菜了,文化人讲话要文绉绉)无法将所有的类型都详细介绍,就靠以上几个简单例子大致介绍了几种类型,以下再贴一个大佬用实现各种操作各种脚本

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leetcode26.删除有序数组重复 (python)

然后返回 nums 唯一元素个数。...考虑 nums 唯一元素数量为 k ,你需要做以下事情确保你题解可以被通过: 更改数组 nums ,使 nums 前 k 个元素包含唯一元素,并按照它们最初 nums 中出现顺序排列。...nums 其余元素与 nums 大小不重要。 返回 k 。 思路: 使用python作答,题目中要求唯一元素,首先考虑集合,但是集合是无序,所以考虑使用一个新数组来存储唯一元素。...但是题目要求返回前k个不重复元素,所以还要将原数组前k替换成新数组前k。...(nums[i]) # 将元素加入到新数组 for i in range(len(new)): # 将新数组元素赋值给原数组 nums[i] = new

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Python接口测试应用

介绍 接口测试方式有很多,可以使用工具有jmeter,postman,soapUI等,也可以自己写代码进行接口测试(Python,java,go等等),工具使用相对来说都比较简单,开箱即用。...本文中使用Python版本为3.9.0,下面简单介绍下http、websocket、grpc接口示例,最后介绍使用PyQt5打造自己测试工具。...,"wendu":"23"},"status":1000,"desc":"OK"}' 假如服务对请求city一致性进行校验,header需要传入Authorization,为city值md5 import...打造自己测试工具 在编辑器执行测试,有时候交互性不太友好,因此我们可以打造一个带交互界面的测试工具。QT是跨平台C++库集合,它实现高级API来访问现代桌面和移动系统许多方面。...这些服务包括定位和定位服务、多媒体、NFC和蓝牙连接、基于铬web浏览器以及传统UI开发。PyQt5是一套针对QtV5全面Python绑定。

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Python】JupyterPyCharm使用

大家好,又见面了,我是你们朋友全栈君。 最近在学CS231n课程,打算把作业做一下。...由于官方给例程是用IPython,后缀名为ipynb,和之前接触Python写法不一样,来记录一下自己今天踩到一个坑。...步骤 0 安装Jupyter pip install jupyter 1 新建一个IPython文件 这里我文件夹上直接右键->New->Jupyter Notebook,和File一样。...随便写点什么测试一下,应该得到结果是这样: 3 Run 点击Run Cell,对就是那个绿色三角形。 它会弹框提示: 让你输入token 对我就是被这个坑了。...另,cmd里输入jupyter notebook list可以查询当前列表。 版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。

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Python 信号处理优势

休息了几天回来了 前言 本篇是对Pylab小试牛刀,也是对许多其他主题过渡——包括《编码速度估计长时间等待后果》。 在工作,我们使用 MATLAB 作为数据分析和可视化软件。...可惜你不能运行在资源有限嵌入式系统: 你具有命令行操作系统 你可以运行 Python 有编译器运行在你操作系统,所以你不必需要交叉-编译 所以如果你正在使用 Python,你不会真正做嵌入式系统开发...应用例子 假设你需要理解具有有感负荷H-bridge波纹电流,边缘对齐和中心对齐脉冲宽度调制。 这里有一些波纹电流图,是用一些Python脚本语言产生。...10以减少负载(注意:下面的示意图不是用Python,而是CircuitLab手动画)。...Python 核心安装是非常简单;OSX 系统用户可以直接安装 Python,但是不管你是什么操作系统, Python 官网 python.org 有编译好二进制安装文件。

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Python Descriptor Django 使用

Descriptor是Python定义一个协议,协议内容是只要你定义这个类(对象)具有: __get__, __set__, __delete__ 方法任意一个你这个类(对象)就叫做Descriptor...翻译:Descriptor是强大且通用协议。它是Python属性,方法,静态访问,类方法和super关键字实现机理。...下面来看下这个DescriptorDjango是怎么被使用。...Djangocached_property Django项目的utils/functional.py这么一个类:cached_property。从名字上可以看出,它作用是属性缓存。...除了装饰器可能有疑惑,其他都比较好理解。 cached_property代码 理解了上面的例子来看Django这个cached_property代码就容易多了。

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Python大数据挖掘应用

Python不断涌现和迭代着各种最前沿且实用算法包供用户免费使用, 如:微软开源回归/分类包LightGBM、FaceBook开源时序包Prophet、Google开源神经网络包TensorFlow...上述开源,全部都支持Python。而对于其它语言来讲,上述包并不一定全部支持。由此也可以看到Python在数据挖掘领域中举足轻重地位。...从数据处理出发,从效率角度将Python及MySQL进行实际对比,展示Python对数据处理强大能力。 Python对于数据处理速度均极大超过了MySQL数据库。...实际挖掘项目中,面临着需要计算几千甚至上万特征值情况下,通过Python将可以从代码量和运算速度两方面极大提高宽表制作效率,甚至完成传统SQL数据库难以完成工作。...所以Python大数据挖掘运用十分广泛。

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