做单细胞数据分析的时候，我们经常会用小提琴图来展示一些marker在不同细胞亚群中的表达情况。R的Seurat包中就有一个函数叫VlnPlot，专门用来画小提琴图的。...我们来看看这个函数的参数和使用方法 我们用Seurat单细胞绘图函数DimHeatmap中的数据来举个例子。...我们看CD3E这个基因在不同细胞亚群中的表达情况，先用默认参数看看效果 load("scRNA.rds") library(Seurat) library(ggplot2) VlnPlot(scRNA,...features = "CD3E") 默认情况下，会同时画出小提琴图和散点图，还有右侧的图注。...0)+geom_boxplot()+NoLegend() 效果如下 箱体的宽度和颜色有点奇怪，接下来我们来微调一下 VlnPlot(scRNA, features = "CD3E",pt.size
课前准备，R语言的安装和配置都OK了吗？生物信息系列课程-R语言入门；挖掘GEO速成SCI文章系列教程（3）-R语言基础。...昨天的箱线图出来后，很多同学觉得还不够过瘾，想知道有没有更炫酷的画法来表征不同组别间的统计数据呢，当然有！ 今天就教大家来画一种非常知性优雅（一眼万年那种的~）的图形：小提琴图。...小·提·琴·图 定义：Violin plot，和Boxplot一样，也是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图，其形状类似小提琴。...绘制方法：使用ggplot2包的geom_violin()函数绘制小提琴图，为了更好地表征数据分布，再用geom_boxplot()函数叠加一个箱线图。...绘图操作：使用科研猫提供的提琴图·R代码，只要提供几个参数即可： （1）设置用来绘图的数据文件； （2）设置小提琴的颜色，可以是red、blue、green等各种颜色，当你想绘制多种颜色时，使用“random
对于更精确地建立机器学习模型来说，数据预处理（清洗，格式化，缩放，正规化）和多种图表的数据可视化是两个非常重要的步骤。...我们能对数据做很多事，但是针对目前这个练习，我们将用不同的的可视化工具，例如分布图，方框图，KDE，以及小提琴图等，来分析数据，并回答以下问题： 混合巧克力和纯巧克力的平均评分是多少？...在直方图中，当您对比许多分布时，它们不能很好地叠加并占用大量空间来并排显示它们。 这里，我们将为巧克力生产设施和客户提供的评级创建一个盒子图。...我们可以进一步计算平均评级并在框图绘制之前对数据进行排序。 但对于这篇文章，我们在这里不会涉及太多细节。 3.小提琴图 最近我偶然发现小提琴图，确实看起来像乐器图。...每个可视化的工具都有自己讲述故事的方式，并且也是非常重要的，在特定的数据类型使用哪种工具。
箱线图 - 一步绘制 绘图时通常会碰到两个头疼的问题： 有时需要绘制很多的图，唯一的不同就是输入文件，其它都不需要修改。如果用R脚本，需要反复替换文件名，繁琐又容易出错。...数据矩阵存储在boxplot.normal.data、sampleGroup和boxplot.melt.data文件中 (TAB键分割，内容在文档最后。如果你手上有自己的数据，也可以拿来用)。...使用正常矩阵默认参数绘制箱线图 # -f: 指定输入的矩阵文件，第一列为行名字，第一行为header 列数不限，列名字不限；行数不限，行名字默认为文本 sp_boxplot.sh -f boxplot.normal.data...绘制单个基因的小提琴图加抖动图 # -q: 指定某一行的名字，此处为基因名，绘制基因A的表达图谱 # -Q: 指定样本分组，绘制基因A在不同样品组的表达趋势 # -F Group: sampleGroup...# 如果没有子类，则-a和-F指定为同一值 # -R TRUE: 旋转boxplot sp_boxplot.sh -f boxplot.melt.data -m TRUE -d Expr -a Group
箱线图 在科研工作中，箱线图是一种常用且重要的统计图。在R语言里我们可以针对单一变量绘制箱线图，也可以针对分组后的变量绘制。...其中主要的函数是boxplot(x, data=)，这里x是一个公式，参数data=则代表提供绘图数据的数据框。...绘制简单箱线图 # 针对mtcars数据集的mpg和cyl变量绘制箱线图 boxplot(mpg~cyl,data=mtcars, main="Car Milage Data", xlab="...从图中我们可以看到当剂量在0.5或者1的情况下，使用不同的补充元素会对牙齿生长产生不同的影响，而当剂量达到2时，这种差异便几乎消失了。...小提琴图 小提琴图融合了箱线图和核密度（kernel density）图的特征，可以使用“vioplot”包的vioplot()函数来绘制。
导语 GUIDE ╲ 许多数据的可视化形式都是对称的，例如箱型图、散点图、小提琴图等。由于显示信息的空间有限，可以通过将几何图形切成两半并添加其他几何图形来更好地利用空间。...简介 在2018年发表在nature上的一篇文章中使用了这样的绘图形式，结合了箱型图和散点图，去更好的展示数据的分布，作为ggplot2的补充包之一，gghalves包的geom_half_boxplot...，l代表左，r代表右，默认为l side = "l", ##在小提琴图和分配给x轴上给定因子的空间中间之间添加空间...##将小提琴的尾部修整到数据范围 trim = TRUE, ##调整小提琴的面积 scale...)) + geom_half_violin() + geom_half_dotplot(method="histodot", stackdir="up") 05 gghalves和不同的
导语 GUIDE ╲ 我们平时说的小提琴图其实是箱式图与核密度图的结合，箱式图展示了分位数的位置，小提琴图则展示了任意位置的密度，小提琴图可以展示密度较高的位置。下面我们一起来看看几种绘图R包。...小提琴图是通过使用密度曲线描述一组或多组的数值数据分布。每条曲线的宽度对应于各区域数据点的近似频率。...通常密度会随附一种叠加的图表类型，如箱形图，以提供一些其他的数据信息，即矩形上下边框代表第一个和第三个四分位数，中间点是中位数。 小提琴图可以用来观察数据的分布情况，也可用于比较多个组之间的分布。...每个组的密度曲线的波峰、谷线和尾部可以进行比较，以确定哪些组是相似的，哪些组是不同的。...") 小编总结 写文章时，对样本的分布进行展示和统计分析，小提琴图都是个不错的选择，而且简单易绘制，大家可以借鉴哦~
rep("A", 10), rep("B", 10))) set.seed()这个函数大家可能经常会看到这个函数，他的作用是保证自己模拟的数据和示例代码完全一致...作图是用groups做x轴，type填充颜色，每个group分为A，B两组 作图的时候和普通的箱线图小提琴图是一样的 代码 ggplot(data = df, aes(x = groups, y =...image.png 这样的话两个箱子靠到了一起，没有和小提琴图的位置完全对上，这个时候需要设置position参数 ggplot(data = df, aes(x = groups, y = value...欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本 另外还遇到一个问题是 R语言ggplot2作图如果文字标签包含罗马数字，如何输出pdf呢？...image.png 罗马数字就是显示不出来 windows 10 下的字符映射表 win+R快捷键 输入 charmap ?
（1）输入数据 所使用的是经典的iris数据， 包括有sepal_length， sepal_width， petal_length，petal_width和 species五个变量，其中前四个为数字变量...b: blue;g: green;r: red;c: cyan;m: magenta;y: yellow;k: black;w: white （10）设置箱型图box plot颜色:为不同分组选定不同的颜色...我们可以看出在Fri上，吸烟者和不吸烟者total_bill的差别很大。而在Thur上，吸烟者和不吸烟者total_bill的差别很小。...Boxplot是对数据分布进行可视化的绝佳方法。但是，请注意，箱型图可以隐藏单个数据的值。因此，强烈建议在箱线图中显示所有观察结果值。而如果有许多观察结果，小提琴图可能是一个有趣的选择。...（15）在箱型图上添加数据点 # library & dataset import seaborn as sns df = sns.load_dataset('iris') # Usual boxplot
导语 GUIDE ╲ 小提琴图是帮助研究人员可视化数据的强大工具，尤其是在分析的质量检查和探索部分，小提琴图比箱线图更灵活地绘制变化。 背景介绍 小提琴图是箱线图和密度图的组合。...今天小编给大家带来的R包vioplot，允许我们使用简单的代码对小提琴图进行个性化的绘制。...R包安装 BiocManager::install("vioplot") library(vioplot) 可视化介绍 01 小提琴图和箱线图的比较 首先用同样的数据集绘制两种图形 data(iris...fill = c("lightblue", "palevioletred"), legend = c("small", "large"), title = "Sepal Width") 小编总结 小提琴图在我们统计数据时是非常常用的类型...，既然有这么方便的R包可以画，大家快快用起来吧！
R 的基础绘图系统由 Ross Ihaka 编写，功能非常强大，主要由 graphics 包和 grDevices 包组成，它们在启动 R 时会自动加载。...例如： # 为了比较两种药物不同剂量下的响应情况，我们在一幅图上展示两个点线图，并用不同类型的线（lty）和不同特征的点（pch）加以区分。...箱线图和小提琴图 箱线图（box plot）又称箱须图（box-whisker plot），常用于展示数据的大致分布特征，也用于探索异常值和离群点。函数 boxplot( )可用于绘制箱线图。...(lbs)", las = 1) 函数 boxplot( )的第一个参数输入的是一个公式。...小结 其他一些专门的图形，例如散点图矩阵、相关图、正态 QQ 图、生存曲线、聚类图、碎石图、ROC 曲线和 Meta 分析森林图等。在 R 的应用中，可视化是一个非常活跃的领域，新的包层出不穷。
介绍 gghalves可以通过ggplot2轻松地编写自己想要的一半一半（half-half plots）的图片。比如：在散点旁边显示箱线图、在小提琴图旁边显示点图。...side 画半小提琴图的一侧。“ l”代表左，“ r”代表右，默认为“ l”。 nudge 在小提琴图和分配给x轴上给定因子的空间中间之间添加空间。...draw_quantiles 如果不是MULL（默认为NULL），在给定的密度估计分位数处绘制水平线。 trim 若为TRUE（默认），将小提琴的尾部修整到数据范围。若为FALSE，不修剪尾巴。...这使得可以在仍使用带宽估计器的情况下调整带宽。例如，adjust = 1/2表示使用默认带宽的一半。 示例 单个函数 我们以iris数据集作为本例数据，先使用单个函数进行绘制。 if (!...使用ggsci包的scale_color_aaas(),scale_fill_aaas()将尺度的颜色进行改变（非常好用！)
在关系图教程中，我们看到了如何使用不同的可视化表示来显示数据集中多个变量之间的关系。在示例中，我们关注的主要关系是两个数值变量之间的情况。...在seaborn中，有几种不同的方法来可视化涉及分类数据的关系。类似于relplot()和scatterplot()或lineplot()之间的关系，有两种方法来创建这些图。...这些族表示使用不同粒度级别的数据。在决定使用哪种方法时，你必须考虑你想要回答的问题。统一的API可以方便地在不同类型之间切换，并从多个角度查看数据。...此外，箱线图中的四分位值和晶须值显示在小提琴内部。...距离(以带宽大小为单位)，以将密度扩展到极限数据点。设置为0将小提琴的范围限制在观察到的数据范围内(即，与ggplot中的trim=True具有相同的效果。
并列箱线图进行跨组比较： 箱线图可以展示单个变量或分组变量，使用格式； boxplot（formula，data=dataframe） 其中formula是公式，dataframe是代表数据的数据框，...参数horizontal=TRUE可以反转坐标轴的方向，使用并列箱线图研究四缸、六缸、八缸发动机对每加仑汽油行驶的英里数的影响： ? 图中可以看到不同组间的油耗区别非常明显 。...还可以通过多个分组因子绘制箱线图，不同缸数和不同变速箱类型的车型绘制了每加仑汽油行驶英里数的箱线图： > mtcars > mtcars > boxplot(mpg~am.f*cyl.f,data=mtcars...小提琴图基本上是核密度图以镜像方式在箱线图上的添加。在图中，白点是中位数，黑色盒型的范围是下四分位点到上四分位点，细黑线表示须，外部形状即核密度估计。...通常来说，点图在经过排序并分组变量被不同的符号和颜色区分开的时候最有用，分组，排序，着色后的点图，代码如下： > x <- mtcars[order(mtcars$mpg),] > x > x > x
小提琴图 小提琴图结合了箱线图与核密度估计图的特点，它表征了在一个或多个分类变量情况下，连续变量数据的分布并进行了比较，它是一种观察多个数据分布有效方法。...这里我们绘制不同类型的宝可梦的攻击力值小提琴图。...我们可以清楚地看到有一部分电系宝可梦的攻击力在60左右，小提琴图有明显的膨胀部分；而岩石系的宝可梦的攻击力分布较为平均，小提琴图呈长窄形状。...我们对不同代目的宝可梦绘制了总属性值的小提琴图，并且将是否为神兽区分开来。...可以看到特殊攻击、攻击和特殊防御的数值与是否为神兽的相关性较高，而代目与其他数据的相关性较低。
散点图 当想要显示两个要素或一个要素与标签之间的关系时，散点图很有用。这非常有用，因为还可以描述每个数据点的大小，为它们涂上不同的颜色并使用不同的标记。看看seaborn的基本命令是做什么的。...但是，由于这不是分类数据，并且只有一个分类列，因此决定使用它。 seaborn中的地块也可以text使用来添加到每个条annotate。在仔细查看数据集时，发现缺少许多元数据信息。...上图中的蓝线定义了密度的分布。 小提琴图 在与seaborn合作之前，经常在各种文章中看到这些看起来很怪异的情节，并且想知道它们是什么。...然后了解了它们，发现它们是小提琴图，与箱形图非常相似，并根据密度描绘了宽度以反映数据分布。在Seaborn中，创建小提琴图只是一个命令。...带群图的箱形图 箱形图将信息显示在单独的四分位数和中位数中。与swarm图重叠时，数据点会分布在其位置上，因此根本不会重叠。
2、盒图(箱线图) 通常最大值和最小值检测数据集中的异常值 通过中位数判断数据集的偏态和尾重 ?...2、用boxplot(0绘制账单(bill)的盒图 sns.boxplot(x=tips["total_bill"]) ?...2、设置color参数，在核密度曲线下方区域进行颜色填充 sns.kdeplot(tips["total_bill"],shade=True,color='r') ?...6、小提琴图 小提琴图是盒图与核密度图的结合 能够一次从多个维度反映出数据的分布 1、使用violinplot()函数绘制小提琴图 sns.violinplot(x=tips["total_bill...5、参数scale用于调节小提琴图的大小 count表示根据不同bin对应观测值多少调节 sns.violinplot(x="day", y="total_bill", hue="sex", data
下图是来自文献中的一个示例图，展示了不同亚型之间risk score值的差异分析结果 从图形的主题可以看出，这是一幅基于ggplot2绘制的图片，但是如果完全基于ggplot2的基础函数的话，我们需要手动绘制组间比较的连线...想要更加便利的展示组间差异的结果，可以使用ggpubr这个R包。这是一个基于ggplot2的拓展包，体用了丰富的可视化功能，差异标记的可视化仅仅是其功能之一。...Read R for Data Science: https://r4ds.had.co.nz/ > data("ToothGrowth") > df <- ToothGrowth > head(df,...", add.params = list(fill = "white")) ggviolin函数提供了小提琴图的可视化功能，通过add=boxplot在小提琴图的基础上添加了箱体图，效果图如下 接下来添加差异分析的...，当涉及到多组间的两两比较时，写法上比较特殊，对于3组间的两两比较，我们先看下每次指定一组差异分析的情况，代码如下 > ggviolin( + df, x = "dose", y = "len",
Seaborn使我们的图表和绘图看起来很吸引人，并支持一些常见的数据可视化需求(比如将颜色映射到变量或使用分面(faceting))。从根本上说，它使数据可视化和探索变得很容易。...小提琴图结合了箱线图和核密度估计程序，以提供更丰富的值分布描述。四分位数值显示在小提琴内部。当色调语义参数是二值时，我们还可以拆分小提琴，这也可能有助于节省绘图空间。...让我们看一下具有不同值色调的小提琴图。...使用Seaborn的Hexplot Hexplot是一个双变量的直方图，因为它显示了在六边形区域内的观察次数。这是一个非常容易处理大数据集的图。...我们看到了seaborn库在可视化和研究数据(尤其是大型数据集)时是如何如此有效的。我们还讨论了如何为不同类型的数据绘制seaborn库的不同函数。
箱形图(Box-plot)又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。在各种领域也经常被使用。...1 boxplot函数（R自带） 最方便的方法就是用boxplot函数，不需要依赖任何包 boxplot(data$Value, ylab="Value") ?...03 比较流行的小提琴图，内嵌箱线图和扰动散点 ggplot(data, aes(Condition,Value)) + geom_violin(aes(fill =Condition), trim...02 Part 分组画箱线图 根据不同的Condition和Repeat对数据分组画图 ggplot(data, aes(Repeat,Value)) + geom_boxplot(aes(fill...小提琴图本来是由两个左右对称的密度估计曲线构成，那么对数据分组之后，我们可以只保留两个小提琴图的各一半，这样更能直接的观察出两组之间的差异！
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