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如何使用Shiny Server部署R应用程序

什么是ShinyShinyR编程语言的库,允许您在本机R中创建交互式Web应用程序,而无需使用HTML,CSS或JavaScript等Web技术。...没有服务器的同学可以在这里购买,不过我个人更推荐您使用免费的腾讯云开发者实验室进行试验,学会安装后在购买服务器。 您还需要在您的本地计算机安装RStudio,如何安装请参考RStudio官方文档。...: sudo apt install r-base 添加Shiny Package 使用install.packages()添加有Shiny包: sudo su - \ -c "R -e \"install.packages...替换example.com为您的CVM的公共IP地址: example.com:3838/Example 您应该看到您的应用显示: 配置Shiny Server Shiny Server的配置文件存储在...directory_index选项允许访问者通过导航到该路径来查看目录的内容(例如,访问example.com:3838/sample-apps将显示Shiny Server安装中包含的示例应用程序的列表

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RShiny:用户界面(二)输出控件

Shiny 中有 3 类输出控件,对应你报告中经常会使用到的文本、表格和图形。 下面将向读者介绍前端输出控件的基础,以及与之相连的 render 函数。 首先载入 Shiny。...library(shiny) 文本 使用 textOutput() 和 verbatimTextOutput() 分别输出普通文本和固定的代码及控制台输出。...renderPrint() 显示代码打印的文本。 为了帮助读者理解它们的区别,我们看下下面这个函数。该函数打印 a 和 b,并返回 "c"。R 中一个函数能够打印很多的东西,但只能返回单个值。...tableOutput() 和 renderTable() 生成一个静态的数据表,一次性展示所有的数据。...图 任何类型的 R 图(基础、ggplot2 或其他)读者都可以使用 plotOutput() 和 renderPlot(): ui <- fluidPage( plotOutput("plot",

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RShiny:案例研究:急诊室受伤情况分析

本文将聚焦于 2017 年的数据,该数据不是很大,因此可以存储在 Git,并方便后续的使用。 我们使用下面的代码提取需要的数据并将其存储。...narrative 是关于事故如何发生的简短故事。...通常,在启动 Shiny 应用程序之前花一点时间清理分析代码是个好主意,因此,在增加反应性的复杂性之前,我们可以在常规 R 代码中考虑这些问题。...该应用程序的第一个问题是它在表格中显示了很多信息,我们可能只需要突出显示。要解决此问题,我们首先需要弄清楚如何截断表。...在这里,我选择使用 selectInput(),因为它可以使两个状态都明确显示,并且将来可以轻松添加新状态: fluidRow( column(8, selectInput("code

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R」第一个Shiny应用(三)使用响应式编程

增加维护和调试成本 在传统 R 编程中,我们使用两个技术处理重复代码: 使用变量保存值 使用函数保存计算 但是它们都无法处理此处的代码重复问题,我们需要引入新的技术:响应式编程。...包裹的代码块,可以将结果赋值给一个变量,然后我们可以像使用函数一样 使用这个变量。它的一个重要特点是除了第一次运行,之后它只会在值更新时才运行(有变化,才响应进行改变)。...我们会在以后更加详细地介绍它,现在而言,我们已经构建了一个不错的简单 Shiny 应用。 下面代码的运行结果与之前的文章类似,但更有效率。...= FALSE) }) output$summary <- renderPrint({ summary(dataset()) }) output$table <- renderTable.../s/19i-XuMrs70x7Tin_r89ZkA 提取码:yfuf

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R」Rmarkdown与Shiny

markdown版本的表格: knitr::kable(toys) id name price share 1 Car 15 0.3 2 Plane 25 0.1 3 Motocycle 14 0.2 网页显示是上面这样的...下面说说如何嵌入图。 一般的图非常简单,和平常写R代码一样,不过不在.R中写,而是在.Rmd中写,将你的代码写入如下的代码框中,使用Control+Alt+i可以直接插入一个代码框。...一个shiny应用程序基本由两个重要部分组成:一个是Web浏览器交互的HTTP服务器,另一个是HTTP服务器交互的R会话。...下面我们写一个最小的shiny应用程序,写一个R脚本定义它的用户界面和服务器逻辑,用户界面是一个boostrapPage,它包含一个numericInput用于接收一个整数表示样本容量,一个textOutput..." "renderImage" "renderPage" "renderPlot" #> [5] "renderPrint" "renderReactLog" "renderTable

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跟我一起玩转shiny

我们生信技能树已经有多位大神发表了自己的网页工具,其中基于R语言的shiny框架是比较适合初学者的,而且手把手的教程不少: 把你的shiny网页工具部署在云服务器 手把手教你使用shiny创建一个网页工具...但是R语言的shiny框架能让你在起步的时候突破网页工具的开发技术限制,简单的几句R代码,一个活灵活现的网页工具就出现在你眼前。...和output 保持正确的要点 渲染和输出 session的解释 ID的用法 根据数据更新UI 表格-方案选择 表格-renderTable 表格-kableExtra 表格-DT 绘图-基本图形 绘图...R包,它允许用户创建交互式的Shiny APP来 可视化单细胞数据:https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab209 ?...4.V-SVA nlawlor/V-SVA: V-SVA: An R Shiny application for detecting and annotating hidden sources of va

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在ChatGPT帮助下创造简单的shinyAPP

代码 Q1: 给我写一个利用DOSE R包计算疾病相似度矩阵的shinyAPP, 用中文注释 下面是一个利用DOSE R包计算疾病相似度矩阵的shinyAPP,注释中包含了代码的解释和中文注释: library...", "Lin", "Rel")), # 计算按钮 actionButton("calculate", "计算") ), mainPanel( # 显示计算结果...) ) # 设置APP服务器端逻辑 server <- function(input, output) { # 定义响应函数,计算疾病相似度矩阵并输出 output$result <- renderTable...用户输入疾病名称或疾病列表,选择分析方法并点击计算按钮,即可计算疾病相似度矩阵并在界面上显示结果。...好的,根据您的要求,下面是一个使用DOSE R包计算两个疾病之间相似度的shinyAPP,界面与您提供的UI类似: library(shiny) library(DOSE) # 设置APP用户界面 ui

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十个超级好用的R语言编程技巧,一般人绝不知道!

R Shiny中的req函数和validate函数 R Shiny常常让人崩溃,特别是在弹出一般性错误提醒而程序员又一头雾水的时候。...如此,用R语言系统工作时,便无需在代码中输入就可以随时使用这些凭证。(注意有凭证权限的人。)...参数转换 8. revealjs包 revealjs包内嵌R代码,可以使用直观的幻灯片导航菜单在HTML中创建赏心悦目的演示文稿。...它可以在R Markdown中使用,并有非常直观的HTML快捷方式,可以创建具有嵌套和逻辑结构的各种风格的漂亮幻灯片。HTML格式的演示文稿也意味着人们在听演讲时可以继续使用平板电脑或手机。...R Shiny中的HTML标签(以在Shiny应用程序中播放音频为例) R Shiny中有110种HTML标签,可以为各种各样的HTML命令,如格式化,提供快捷方式。

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Nucleic Acids Research 在线发表癌症miRNA组学数据库CancerMIRNome

关于Shiny app开发 是否要选择使用Shiny开发数据库/网页工具 我自己只会用Shiny,看到其他人用更“高端”的工具开发数据库也会着实羡慕一下。尤其是UI,简直太好看了。...个人理解Shiny的确有一些缺陷,比如网页设计不够灵活、有些功能无法实现、时间长了会掉线等等,我也注意到目前有很多新的R包被开发出来用于解决这些问题。整体来看应该会越来越好。...抛开这些不足,Shiny可能是最容易上手的工具且跟R语言无缝连接 (只是说“可能”,因为其他工具我也不了解),再多花些时间学习一下也能做出很专业漂亮的页面。...另外有很多针对advanced Shiny app开发的R包可以直接拿来学习和使用。...从零创建一个App 理解input和output 保持正确的要点 渲染和输出 session的解释 ID的用法 根据数据更新UI 表格-方案选择 表格-renderTable 表格-kableExtra

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独家 | 手把手教你学习R语言(附资源链接)

/) 专门学习:阅读、数据、表、概述、描述、加载和安装包、使用绘图命令可视化数据。...(https://www.rstudio.com/resources/webinars/data-wrangling-with-r-and-rstudio/) 阅读并练习如何使用dplyr、tidyr和...或者查看R语言数据可视化指南。 2. 地图无处不在 您对分析空间可视化数据感兴趣吗?学习本教程:介绍R语言空间数据,您会轻松地使用这些包。...像R Markdown工具一样自动生成R语言报告,点击这里我们来看看如何操作。 第三个是Shiny,目前R语言中最令人兴奋的工具。使R语言构建交互式web应用程序变得非常容易。...如果您想要学习Shiny ,请点击RStudio learning portal。 课后作业 使用RMarkdown或ReporteRs创建第一个交互式报告。 尝试构建一个Shiny应用。

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rmarkdown+flexdashboard制作dashboard原型

这里所说的解决方案不仅是指R语言里面有诸多的图形语法系统(比如base系统、grid系统、lattic系统等),更重要的是它拥有(目前比较成熟的)系统级输出方案,你可以理解为如何在项目中从一而终的组织你的分析内容...其一是shiny+shinydashboard+诸多可视化系统及组件(图表、表格、文本信息),shinydashboard是相当于前端UI模板化的R语言api接口,你可以以R语法的格式去配置交互控件以及组织页面逻辑...第二套框架便是使用rmarkdown+flexdashboard+可视化组间(各种图形语法以及表格、文本信息等),rmarkdown是基于通用markdwon语法深度扩展的R语言markdown实现,在保留通用标记语法的基础上扩展了相当多的应用场景...{r} dygraph(fdeaths) ``` R Graphics 使用renderPlot输出的shiny图形组件,可以直接dashboard的控件布局,直接输出的R内置图形可以支持自定义单个图形的长款尺寸...Tabular Data —— 表格 表格输出一般有两种情况,仅输出原生表格或者使用shiny中的renderTable函数封装动态更新的表格。

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构建自己的地理信息空间数据库及与客户端简单交互

postgis作为新一代空间数据存储标准模型,将空间地理信息数据结构规范为关系型数据库可以承载的sp模式(simple features),这样,使得之前门槛颇高的gis空间数据存储模式变得通俗易懂、简单明了...本篇作为postgis数据库的一个前期探索篇,主要简单分享下postgresql+postgis的环境配置,及其与R语言、Python的API接口调用,以及如何通过这些接口来将shp、json空间地理信息数据源导入...,此时使用postgresql安装环境中自带的pgAdmin4 工具打开postgresql数据库,并可以新建一个引用空间数据表模板的测试库,这一步也有一个坑,在新建引用模板的测试库之后,一定要先按照官网给的步骤在测试库中运行以下脚本...显示导入成功即可刷新刚才的测试库,在测试库-schemas-public-tables中即可看到你新导入的控件数据集,与普通的数据库表并没有什么两样,仅仅是新增了一列叫做geom(geometry)的空间地理信息字段...本篇分享仅就postgis的安装,与R和Python之间的简单交互做一下梳理,之后如果有新的成果再做分享,期待各位小伙伴儿利用postgis结合R语言中的ggplot2+sf+shiny以及Python

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Google Earth Engine(GEE)—有JS和python为什么GEE还要使用rgee?

与平台交互的方式有以下几种: discover 代码编辑器 Javascript 客户端库 Python客户端库 R 客户端库 本网站重点介绍最后一个,您可以使用 R 客户端库向地球引擎服务器和开发Web...分享脚本很简单 更轻松地过渡到 Web 应用程序 ( Shiny )。 内置身份验证 对 R 用户更友好的 I/O API。...交互式菜单以确认是否重新启动 R 会话以查看更改。 但是,rgee::ee_install() 的使用不是强制性的。您可以依靠自己的自定义安装。这也是允许的。...如果您是 Rstudio v.1.4 > 用户,本教程将帮助您使用 R 会话正确设置 Python 环境,而无需rgee::ee_install()。...在这个小例子中,将向您展示如何在全球范围内显示 SRTM 高程值!。

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学习R语言,一篇文章让你从懵圈到入门

R和python上都可使用 readr:实现表格数据的快速导入。...viridis调色板 munsell:Munsell调色板 RColorBrewer:图形调色板 igraph:用于网络分析和可视化 latticeExtra:lattice绘图系统扩展包 sp:空间数据工具...tibble:高效的显示表格数据的结构 stringr:一个字符串处理工具集 lubridate:用于处理日期时间数据 xts:xts是对时间序列数据(zoo)的一种扩展实现,提供了时间序列的操作接口...自动化分析 以下R包用于创建自动化分析结果的数据科学产品: shiny:一个使用R语言开发交互式web应用程序的工具。...drat:一个用于创建和使用备选R包库的工具 testthat:单元测试,让R包稳定、健壮,减少升级的痛苦。 roxygen2:通过注释的方式,生成文档,远离Latex的烦恼。

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学习R语言,一篇文章让你从懵圈到入门

R和python上都可使用 readr:实现表格数据的快速导入。...Matplotlib viridis调色板 munsell:Munsell调色板 RColorBrewer:图形调色板 igraph:用于网络分析和可视化 latticeExtra:lattice绘图系统扩展包 sp:空间数据工具...tibble:高效的显示表格数据的结构 stringr:一个字符串处理工具集 lubridate:用于处理日期时间数据 xts:xts是对时间序列数据(zoo)的一种扩展实现,提供了时间序列的操作接口。...自动化分析 以下R包用于创建自动化分析结果的数据科学产品: shiny:一个使用R语言开发交互式web应用程序的工具。...drat:一个用于创建和使用备选R包库的工具 testthat:单元测试,让R包稳定、健壮,减少升级的痛苦。 roxygen2:通过注释的方式,生成文档,远离Latex的烦恼。

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