在Y叔的公众号看到文章**《有人基于AnnotationHub和clusterProfiler做了个shiny，就能支持1700+的物种，你却老是在问我，非模式生物怎么办！》**。...正好自己最近在学习R语言的shiny。于是找到这个shiny的代码看了看，发现不是很长，花点时间应该可以重复出来。...原本的shiny对应的github主页 https://github.com/sk-sahu/sig-bio-shiny 今天先重复一小部分 包括 导航栏 侧边栏 文本输入框 数字输入框 选择框 提交按钮...基本功能是侧边栏输入文本，在主界面以表格的形式展示出来，而且还可以把过程分为好几个步骤，这里用到的代码是 withProgress(message = "Steps:",value = 0,{incProgress...paste0("Waitting","1")),incProgress(2/7,detail = paste0("Waitting","2"))} ui代码 ui可以简单理解为前端页面 library(shiny
bs4Dash 是一款基于 AdminLTE3 的 Bootstrap 4 Shiny 仪表盘模板框架，这个前端界面简洁清爽，用起来也和 Shinydashboard 非常类似，也易于学习使用。...使用 sidebar_collapsed 参数可以控制启动应用程序时侧边栏 bs4DashSidebar() 的显示方式。...同样， controlbar_collapsed 控制是否显示右侧边栏 bs4DashControlbar()。当 sidebar_mini 参数为 TRUE 时，即使折叠了侧边栏，侧边栏图标也可见。...建议不要在右侧边栏中添加过多元素。...bs4DashPage()中的 controlbar_overlay 参数控制展开时侧边栏是否覆盖内容，若为 False 则 body 区的内容会随着侧边栏的展开而被压缩。 5.
然后是侧边栏（包含滑块），主面板包含图。...接下来，我将给读者介绍 2 个通用的页面结构：带侧边栏的页面和多行页面。...带侧边栏的页面 结合 sidebarLayout() 和 titlePanel()、sidebarPanel() 和 mainPanel()，我们可以轻易创建一个 2 列布局的页面，左侧显示输入，右侧显示输出...带侧边栏 Shiny 应用的基本布局 下面是一个使用布局函数的简单实例，它用于演示中心极限定理。...技术实现 可能会有读者惊讶我们上面使用了一个 R 函数 theme_demo() 来创建 Shiny 的 UI。
换句话说，使用shiny包能让你的数据分析结果“表达能力”更强。...函数titlePanel()和函数sidebarLayout()则是函数fluidPage()中最常用的元素，分别控制了标题和内容，函数sidebarLayout()中一般包含了控制侧边栏的函数sidebarPanel...()（函数sidebarLayout()的参数position可以调整侧边栏的位置（如position=“right”时，侧边栏会出现在页面的右边））和控制主要内容的函数mainPanel()，侧边栏一般都是用于图形中的参数调整或输入...例3 在前两个例子中，我们可以通过改变侧边栏中的一些设置来改变图形，那这些control widgets是怎么设置的呢？我们通过app3给大家展示了常用的control widgets的设置形式。...shiny包借鉴了很多编写网页的思想和方法，从而实现了网页应用和R语言的“双剑合璧”，同时它也能和Markdown包、CSS、JavaScript等方法联合使用，是一种非常优秀的数据可视化方法，希望能成为大家日后数据可视化的新工具
在仪表盘中添加 Shiny，可以利用viewers更改参数，并显示实时结果。...在 flexdashboard 中使用 Shiny 可以将一个静态的 R Markdown 报告变成一个交互式文档。...注：文档顶部标记为 global 的 R 代码块在全局环境中都可以被调用。这将为用户带来更好的启动性能，强烈推荐大家使用。...输入栏 通过添加 {.sidebar} 属性设置一个默认布局为左对齐，250像素宽度的左侧边栏。 在搭建多个页面的仪表盘时，如果你想创建一个应用于所有页面的工具条。...这时，你可以使用一级结构来定义侧边栏。
侧边栏布局 侧边栏布局是许多应用非常有用的起点。该布局提供了一个侧边栏用于放置输入控件和一个大的主区域放置输出控件。 ?...为了展示这一点，下面的代码通过网格布局实现了侧边栏布局： ui <- fluidPage( titlePanel("Hello Shiny!")...一个导航列表将诸多组件展示为侧边栏而不是使用标签。而且它还支持节标题以及长列表分隔符。下面是一个例子： ?...footer 标签或标签列表显示为一个通用的页脚下面的所有标签面板。 inverse “TRUE”表示导航栏使用深色背景和浅色文本。...固定系统默认占用940像素的固定宽度，当引导响应式布局启动时（例如在平板电脑上），可能会假定其他宽度。 以下部分是官方Bootstrap 3网格系统文档的翻译，其中HTML代码被 R 代码取代。
前言 前面简单介绍了shinydashboard的标题栏，会发现标题栏是个鸡肋，只要掌握如何设置title即可。这一节简单介绍一下侧边栏。...侧边栏简介 侧边栏由菜单项（menu item）和输入项（inputs）组成。菜单项切换不同的界面，输入项决定界面呈现什么内容。...输入项 侧边栏的输入项主要改变界面所呈现的内容。下面简单介绍一些常见的输入项。以每一个完整的小栗子讲解怎么使用每一个输入项。 ?...说明 以下所用到的app.R脚本按照标准的shinydashboard代码书写，谨记：侧边栏一般放置输入项以及菜单栏，主体中呈现输出部分，故输入项函数和菜单栏函数写在ui脚本dashboardSiderbar...总结 本部分简单介绍常用的几个侧边栏的输入项函数。当你做交互式界面的时候，需要用到几个输入项函数时，累加一起使用即可。
前面介绍了Shiny的基本构成Shiny学习（一）下面接着学习如何构建用户界面。 首先，创建Shiny应用程序所需的最基本的框架。如下，生成一个空白用户界面。...image.png 1.设置布局 Shiny使用fluidPage创建一个显示界面，该显示界面可自动调整为用户浏览器窗口的尺寸。还可以通过在fluidPage函数中设置元素对用户界面进行布局。...例如，ui下面的函数创建一个用户界面，该用户界面具有标题面板和侧边栏布局（包括侧边栏面板和主面板）。请注意，这些元素位于fluidPage函数中。...这个文件必须位于与app.R脚本相同的目录下的一个的文件夹www中。这个www除了存储图像，还可以存储其他web需要的部件。...因此，如果要使用名为rstudio.png的图像，则App-1目录应如下所示： ?
高度可配置的轴和系列显示（包括可选的第二个Y轴）。 丰富的交互式功能，包括 缩放/平移 和系列/点 高亮显示。 显示 序列周围的上/下条（例如，预测间隔）。...与常规R图一样（通过RStudio Viewer）在R控制台上使用。 无缝嵌入到 R Markdown 文档和 Shiny Web应用程序中。...安装 可以在R控制台，R Markdown文档和Shiny应用程序中使用折线图。...请此图是完全交互式的：当鼠标移到系列上时，将显示各个值。还可以选择要放大的图形区域（双击缩小）。 可以通过将其他命令通过管道传递到原始图表对象上来自定义图表。...从侧边栏链接到的 库包括更多可用于自定义的各种功能的示例。 ? ?
高度可配置的轴和系列显示（包括可选的第二个Y轴）。 丰富的交互式功能，包括 缩放/平移 和系列/点 高亮显示。 显示 序列周围的上/下条（例如，预测间隔）。...与常规R图一样（通过RStudio Viewer）在R控制台上使用。 无缝嵌入到 R Markdown 文档和 Shiny Web应用程序中。...安装 可以在R控制台，R Markdown文档和Shiny应用程序中使用折线图。...演示版 这是一个由多个时间序列对象创建的简单折线图： lungDeaths <- cbind(mdeaths, fdeaths)graph(lungDeaths) 请此图是完全交互式的：当鼠标移到系列上时，...Deaths (UK)") 从侧边栏链接到的 库包括更多可用于自定义的各种功能的示例。
p4：分享 Shiny 将所有脚本和材料保存到一个目录，目录下代码通常以以下 2 种方式之一存储： app.R ui.R & server.R ? ? ?...p9：reactive 工具集 render* 函数构建 shiny app 中要显示的对象。 它会将结果保存到 output 对应的元素中。...p10：使用 reactive 表达式模块化 Shiny 回顾上一部分的学习中，当多处使用同一随机数据时，不同地方的数据将变得不一致。...p11：使用 isolate() 隔离响应表达式 如何在不更新图的情况下更新标题呢？这就需要使用 isolate() 了。 isolate() 创建一个非响应对象（看作 R 常规值）。...相关指南：Shiny - Application layout guide ? ? ? ? ? ? ? ? ? p20：使用预先封装的布局 sidebarLayout(): 带侧边栏的布局。
前言 前面已经介绍了shinydashboard框架的标题栏和侧边栏的输入项部分，这节介绍一下侧边栏的菜单项（menu items），侧边栏的菜单项主要用于切换不同的主体界面，点击不同的菜单项，主体呈现出不同的界面内容...【R语言】shinydashboard系列一：标题栏 【R语言】shinydashboard系列二：侧边栏--输入项 ?...菜单项menu items 菜单项分类 侧边栏的菜单项可以分为静态菜单项和动态菜单项，注意这里说的静态和动态说的是书写代码的时候，而不是对于呈现的结果。...将侧边栏的输入项和菜单项介绍完整。菜单项用于切换主体呈现的界面，输入项用于改变主体呈现的内容，书写代码的时候菜单项有静态菜单项和动态菜单项。...重点注意菜单项和输入项以及对应的输出项函数的书写位置，即可灵活使用。最后上传一下文章开头动态图的代码。
概览 shiny提供了几种基本的布局： 最简单的布局是左侧边栏右主页的布局。 使用栅栏自定义布局 使用 tabsetPanel()和navlistPanel()函数实现分段布局。...使用 navbarPage()函数实现头部导航布局。 侧边栏布局 示例如下： ui <- fluidPage( titlePanel("Hello Shiny!")...= 1, max = 1000, value = 500) ), mainPanel( plotOutput("distPlot") ) ) ) 网格布局 使用网格布局实现侧边栏效果...： ui <- fluidPage( titlePanel("Hello Shiny!")...通过navbarPage()函数可以实现导航栏效果，每个页面都是单独的。
布局 shiny一般使用fluidPage来创建自适应布局。...panel"), mainPanel("main panel") ) ) titlePanel 和 sidebarLayout 是fluidPage中非常重要的两个组成部分， 他们用于创建带侧边栏的主页...sidebarLayout 接收两个参数： sidebarPanel mainPanel 侧边栏一般出现在左侧，不过也可以通过position = "right"将其设置为展示在右侧。...titlePanel和sidebarLayout创建了一个最基本的布局，但是我们也可以创建更高级的布局，比方使用navbarPage创建一个包括导航栏的多页布局，或者使用fluidRow 和column...图片 shiny也支持插入图片，通过img函数。
3. flexdashboard包 如果想要创建一个能快速启动和高效运行的Shiny仪表盘，可以选择flexdashboard。这个包提供简单的HTML快捷方式，可以简化侧边栏创建和构建行列展示。...R Shiny中的req函数和validate函数 R Shiny常常让人崩溃，特别是在弹出一般性错误提醒而程序员又一头雾水的时候。...如此，用R语言系统工作时，便无需在代码中输入就可以随时使用这些凭证。（注意有凭证权限的人。）...它可以在R Markdown中使用，并有非常直观的HTML快捷方式，可以创建具有嵌套和逻辑结构的各种风格的漂亮幻灯片。HTML格式的演示文稿也意味着人们在听演讲时可以继续使用平板电脑或手机。...R Shiny中的HTML标签（以在Shiny应用程序中播放音频为例） R Shiny中有110种HTML标签，可以为各种各样的HTML命令，如格式化，提供快捷方式。
下面结合之前侧边栏以及主体布局简单介绍一下4种box函数。 box对象框 box对象框为基本对象框，用到的最多。函数为box()，函数中有几个常用的参数： ?...上述代码中：侧边栏创建3个菜单栏，每一个菜单栏对应的主体界面布局为基于行的主体布局，每一个界面的第一个行整体用于解释第二个行整体。...tabBox对象框 使用tabBox()函数创建具有选项卡的对象框，函数内使用tabPanel()创建不同的选项卡，tabPanel()内添加输出对象。 ?...上图侧边栏创建3个菜单栏，三个菜单栏对应的主体界面都是基于行的布局。...总结 到这里将shinydashborad的标题栏、侧边栏以及主体简单的介绍一下，可以开发出自己的shinyapp了。
，使用下面的代码批量安装那些缺失的包，如下： packagesReq <- c("DT", "shiny", "GEOquery",..."devtools") packToInst <- setdiff(packagesReq, installed.packages()) packToInst if(T){ lapply...(packToInst, function(x){ BiocManager::install(x,ask = F,update = F) }) } lapply(intersect(packagesReq...网页工具用法 网页工具部署成功后，使用起来非常简单，输入一个自己需要处理的表达矩阵数据集即可，比如：GSE10009： ?...我以前在生信技能树的芯片万能解决方案里面就有这个解决方案： 第三个万能芯片探针ID注释平台R包 第二个万能芯片探针ID注释平台R包 第一个万能芯片探针ID注释平台R包 GEO数据库中国区镜像横空出世 欢迎大家提交
sunburstR可绘制交互式旭日图 使用方法 ##安装包 install.packages("sunburstR") library(sunburstR) 01 add_shiny 添加Shiny事件...shiny是R的Web应用程序框架，使用R构建交互式Web应用程序较容易 1....例一 library(shiny) #读取source中提供的示例visit-sequences.csv示例数据 #只使用前100行来加速包的构建和检查 # https://gist.github.com...示例六 install.packages("treemap") library(treemap) library(sunburstR) library(d3r) #使用来自?...使用来自R数据集的颜色列 library(treemap) library(d3r) rhd <- random.hierarchical.data() tm <- treemap( rhd, index
首先引入本次实践使用的数据集SENIC，该数据集描述了在不同的美国医院测量的结果。具体说明如下： 大家参考一下即可，本文着重具体操作。...本文需要用到ggplot2就在其中，每次载入tidyverse，相关的包会显示出来， 如下图所示，足见其完备，其中dplyr也是一个非常实用的数据处理的包，在本文中也会有所使用。...plotly和shiny也是本文的重点，自然要载入。 其他显示在图，并未于此提及的包会在后续步骤中用到时再做介绍。...第1-10行，创建绘图函数参数是列名； 第2行，获取该列的离群值； 第3行，为后续作图时的x轴名称赋值； 第4-5行，绘制密度曲线图，请注意string_aes是专门用于批量出图的功能； 第6-8行，用判断语句对没有离群值的列进行处理...8 利用shiny生成 交互式可视化 shiny是R生态系统中一个准企业级的交互式可视化工具，在用户界面体验方面有极佳的表现。
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
ICP备案
实时音视频
即时通信 IM
对象存储
