其一是shiny+shinydashboard+诸多可视化系统及组件（图表、表格、文本信息），shinydashboard是相当于前端UI模板化的R语言api接口，你可以以R语法的格式去配置交互控件以及组织页面逻辑...rmarkdown支持的可视化（主要得益于flexdashboard赋予的扩展能力）组件主要包含以下几种： graphics:base、lattice、grid(ggplot2)、htmlwidgets...Page Navigation——导航页支持二级菜单选择 Multiple Columns 当然flexdashboard可以支持多列布局，只需要在代码中声明列参数即可，而且可以自定义各列的列宽。...输出的shiny图形组件，可以直接dashboard的控件布局，直接输出的R内置图形可以支持自定义单个图形的长款尺寸。...Tabular Data —— 表格 表格输出一般有两种情况，仅输出原生表格或者使用shiny中的renderTable函数封装动态更新的表格。
来自GEO的数据只包含了多于1,000个miRNAs的数据集，所有miRNAs的ID都map到了最新的miRBase Release 22.1 。...最大的不同是TCGA数据中可以做生存分析和预后模型。当选定一套miRNome数据集时，会自动产生一些summary信息，包括样本分布，年龄分布，生存曲线等等。...抛开这些不足，Shiny可能是最容易上手的工具且跟R语言无缝连接 (只是说“可能”，因为其他工具我也不了解)，再多花些时间学习一下也能做出很专业漂亮的页面。...另外有很多针对advanced Shiny app开发的R包可以直接拿来学习和使用。...从零创建一个App 理解input和output 保持正确的要点 渲染和输出 session的解释 ID的用法 根据数据更新UI 表格-方案选择 表格-renderTable 表格-kableExtra
嵌入表格和图表 这也是rmarkdown吸引人的地方，通过R代码直接输出表格和图！这有赖于益辉大神写的knitr包。...一个shiny应用程序基本由两个重要部分组成：一个是Web浏览器交互的HTTP服务器，另一个是HTTP服务器交互的R会话。...下面我们写一个最小的shiny应用程序，写一个R脚本定义它的用户界面和服务器逻辑，用户界面是一个boostrapPage，它包含一个numericInput用于接收一个整数表示样本容量，一个textOutput...GMB生成一条路径，sapply()将所有生成的路径组合成一个矩阵，矩阵的每一列代表一条路径，然后使用matplot()画图。...无论是文本，图形还是表格，计算都是在render*函数中完成，目前有下面一些： shiny_vars[grep("^render", shiny_vars)] #> [1] "renderDataTable
前端中每一个输出控件函数对与后端的一个 render 函数对应。Shiny 中有 3 类输出控件，对应你报告中经常会使用到的文本、表格和图形。...下面将向读者介绍前端输出控件的基础，以及与之相连的 render 函数。 首先载入 Shiny。...renderPrint() 显示代码打印的文本。 为了帮助读者理解它们的区别，我们看下下面这个函数。该函数打印 a 和 b，并返回 "c"。R 中一个函数能够打印很多的东西，但只能返回单个值。...Shiny 中有两个办法以表格的形式展示数据框。...dataTableOutput() 和 renderDataTable() 生成一个动态表格，展示一个固定行数的表格以及相关的控件。
Shiny简介 Shiny是RStudio公司开发的新包，有了它，可以用R语言轻松开发交互式web应用。 特性 只用几行代码就可以构建有用的web应用程序—不需要用JavaScript。...Shiny应用程序会自动刷新计算结果，这与电子表格实时计算的效果类似。当用户修改输入时，输出值自动更新，而不需要在浏览器中手动刷新。...高度定制化的滑动条小工具（slider widget），内置了对动画的支持。 预先构建有输出小工具，用来展示图形、表格以及打印输出R对象。...开发和发布你自己的Shiny小工具，其他开发者也可以非常容易地将它加到自己的应用中 安装 Shiny可以从CRAN获取， 所以你可以用通常的方式来安装，在R的命令行里输入： install.packages...与常见的R语言做出的图不同，Hello shiny有一个可以调整bins（柱的个数）的滑条，用户可以滑动选择bins的数目，app图表会随即产生变化.
整理自：https://github.com/nanxstats/awesome-shiny-extensions 主题 与众不同的主题让您的 Shiny App 更显逼格。...•shinypop https://github.com/dreamRs/shinypop - 包含了多种样式的消息提示。 ? ? ? ?...•DTedit https://github.com/jbryer/DTedit - 创建可编辑的表格。 ?...•excelR https://github.com/Swechhya/excelR - 在 Shiny 中实现类似 Excel 的表格操作，包括添加/删除行列，合并，检索等。 ?...图片/音频/视频 •shinysense https://github.com/nstrayer/shinysense - 包含一系列模块以帮助 Shiny 感知周围的世界（绘图，刷卡，用摄像头记录图像
当前功能 •表单结果保存到本地文件；•支持必填字段和可选字段（在问题列表中使用 mandatory 参数）；•仅用一行代码即可为 Shiny UI 和 server 添加表单；•可以在同一 App 中包含多种不同形式...；•以干净和用户友好的方法来捕获和报告错误；•问题和表格数据采用 R 列表格式；•支持的问题类型：文本，数字，复选框；•能够多次提交同一表单（在表单信息列表中使用 multiple = FALSE 参数以禁止多次提交...admin=1，则会在表格下方看到查看收集结果的按钮。...validations 参数）；•可选加入“重置”按钮，用于重置表单中的字段（在表单信息列表中使用 reset = TRUE 参数）；•问题可包含提示文本，显示在标题下方（在问题列表中使用 hint...接着，将工作表的密钥传递到存储列表，Shinyforms 即可与 Google 表格文档连接。
wdEndOfRangeColumnNumber 17 返回表格列号，在该表格列中包含指定的所选内容或区域的结尾。...wdEndOfRangeRowNumber 14 返回表格行号，在该表格行中包含指定的所选内容或区域的结尾。...wdMaximumNumberOfColumns 18 返回所选内容或区域中任何行的最大表格列数。 wdMaximumNumberOfRows 15 返回指定的所选内容或区域中表格的最大行数。...wdStartOfRangeColumnNumber 16 返回表格列号，在该表格列中包含所选内容或区域的起点。...wdStartOfRangeRowNumber 13 返回表格行号，在该表格行中包含所选内容或区域的起点。
在 flexdashboard 中使用 Shiny 可以将一个静态的 R Markdown 报告变成一个交互式文档。...需要注意的是，交互式文档需要部署到 Shiny 的服务器上，以便广泛共享(而静态 R Markdown 文档是可以附加到电子邮件或从任何标准 web 服务器提供的独立 web 页面)。...在仪表盘第一列添加 {.sidebar} 属性，使其成为 Shiny 控件输入的控制台（注：这一步不是必须的，但这是基于 Shiny 仪表盘的经典布局）。 根据需求，添加 Shiny 的输入和输出。...其中，仪表盘的第一列包含了 {.sidebar} 属性和两个 Shiny 的输入控件；第二列包含了绘制图表的 Shiny 代码。...拓展 下面给出一些学习 Shiny 和创建交互式文档的资源： Shiny 官方网站( http://shiny.rstudio.com) ：包含大量的文章、教程和示例。
以下所有均出自于下面这个网站， https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/, 站长，整理好在这里一一列举发给大家～首先是站长最喜欢的 ggplot2汉化版...（by taoruicn） 还有一个站长不经常用到的Sparklyr（汉化by Ke Zhang） 剩下就都是英文的了，满满的干货～ 0、R教学 1、R的基本操作（入门开始！）...3、然后是数据导入（按照一般流程来哈） 4、数据整理之表格操作 5、R中的那些符号 6、字符串操作神包stringr 7、统计计算神包mosaic 8、因子Factor的解释（果子那个版本更好理解...以下都是高级一些的，很多站长也没试过～ 13、shiny（站长最近才开始玩） 14、R包制作（刚刚接触制作R包，看到这个表豁然开朗！）...Sheet，关键的彩色打印出来放在桌子旁边，遇到问题先按照包去找一找，因为图像很直观，比去google搜索应该更容易找到答案～～～ 感谢Rstudio给予的帮助，提供这么好的作品供大家学习。
以R可视化为桥梁 经常有对比R，Python和Julia之间的讨论，似乎R语言在这三者之中是最为逊色的，实则不可一概而论。...plotly和shiny也是本文的重点，自然要载入。 其他显示在图，并未于此提及的包会在后续步骤中用到时再做介绍。...展示的用的是DT，专门用于显示表格数据，如下图所示： 3 创建离群值函数 目的在于返回一些离群值，用在后续的可视化内容中。...第1-10行，创建绘图函数参数是列名； 第2行，获取该列的离群值； 第3行，为后续作图时的x轴名称赋值； 第4-5行，绘制密度曲线图，请注意string_aes是专门用于批量出图的功能； 第6-8行，用判断语句对没有离群值的列进行处理...建议出图之后，大家好好把玩一下plotly的图像。 8 利用shiny生成 交互式可视化 shiny是R生态系统中一个准企业级的交互式可视化工具，在用户界面体验方面有极佳的表现。
今天收到一封邮件，来询问这样的问题： [5veivplku0.png] 这样的邮件，是直接的邮件，没有寒暄直奔主题的邮件。...唯一的遗憾是不知道是谁写的…… 如果我理解的没有错误的话，写信人的需求应该是这个样子的： 他的原始数据： [8vd02y0quw.png] 处理后想要得到的数据： [1k3z09rele.png] 处理代码...，第一列为ID，其它几列为性状 2，使用的函数为data.table包中的melt函数 3，melt中，dd为对象数据框，id为不变的列数，这里是ID一列，列数所在的位置为1，其它几列都变成一列，然后列名变为行名...来信者需求： 怎么用R语言把表格CSV文件中的数据变成一列，并且行名为原列名呢，谢谢 1，csv文件，可以用fread函数读取，命名,为dd 2，数据变为一列，如果没有ID这一列，全部都是性状，可以这样运行...：melt(dd)，达到的效果如下： [2dtmh98e89.png] 所以，就是一个函数melt的应用。
我们生信技能树已经有多位大神发表了自己的网页工具，其中基于R语言的shiny框架是比较适合初学者的，而且手把手的教程不少： 把你的shiny网页工具部署在云服务器 手把手教你使用shiny创建一个网页工具...但是R语言的shiny框架能让你在起步的时候突破网页工具的开发技术限制，简单的几句R代码，一个活灵活现的网页工具就出现在你眼前。...和output 保持正确的要点 渲染和输出 session的解释 ID的用法 根据数据更新UI 表格-方案选择 表格-renderTable 表格-kableExtra 表格-DT 绘图-基本图形 绘图...R包，它允许用户创建交互式的Shiny APP来 可视化单细胞数据:https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab209 ?...riation in single cell RNA-seq data (github.com) 用于检测和注释单细胞RNA-Seq数据中隐藏的变异源的 R Shiny APP: https://doi.org
在R和python上都可使用 readr：实现表格数据的快速导入。...fread()函数可以快速读取大数据集 git2r：用于访问git仓库 数据整理 以下R包主要用于数据整理，以便于你后续建模分析： tidyr：用于整理表格数据的布局 dplyr：用于将多个数据表连接成一个整齐的数据集...自动化分析 以下R包用于创建自动化分析结果的数据科学产品： shiny：一个使用R语言开发交互式web应用程序的工具。...shinyjs：用于在Shiny应用程序中执行常见的JavaScript操作 miniUI：提供了一个UI小部件，用于在R命令行中集成交互式应用程序 shinyapps.io：为创建的Shiny应用程序提供托管服务...1984-2015年期间的燃油经济数据 nasaweather：包含了一个覆盖中美洲的非常粗糙的24*24格地理位置和大气测量数据。
在R和python上都可使用 readr：实现表格数据的快速导入。...包的fread()函数可以快速读取大数据集 git2r：用于访问git仓库 数据整理 以下R包主要用于数据整理，以便于你后续建模分析： tidyr：用于整理表格数据的布局...自动化分析 以下R包用于创建自动化分析结果的数据科学产品： shiny：一个使用R语言开发交互式web应用程序的工具。...shinyjs：用于在Shiny应用程序中执行常见的JavaScript操作 miniUI：提供了一个UI小部件，用于在R命令行中集成交互式应用程序 shinyapps.io：为创建的Shiny应用程序提供托管服务...以下R包给出了案例实战过程中可用的训练数据集： babynames：包含由美国社会保障局提供的三个数据集 neiss：2009-2014年期间提供给美国急诊室的所有事故报告样本数据 yrbss：美国疾病控制中心
所以就想着把之前Excel处理qPCR数据的流程用R语言重新编译，用ggplot2对数据进行可视化，再用shiny进行交互与展示。...遇到很多坑，大致有以下几个方面： 1、调整符合数据统计的表格形式。 2、调整符合ggplot2可视化的表格形式。...3、从函数包到Shiny网页使用 从一个计算公式开始去实现一个交互功能的网页，让一个半路出家搞生信的人，深深的体会到了与高手的差距。...下面是重点 有小伙伴遇到了一些情况，显示报错，最主要的原因就是输入表格。 上面这个表格是例子数据，在公众号回复qPCR就可以获得。 注意以下几点： 1、Group不要修改，位置和名称都不要修改。...2、A12列也就是表格的第二列，要放参考基因，比如ACTB，GAPDH，U6等等，A12改成相应的基因名字，在网页工具上把这个名字输入到reference gene 那么那里。
在R和python上都可使用 readr：实现表格数据的快速导入。...包的fread()函数可以快速读取大数据集 git2r：用于访问git仓库 数据整理 以下R包主要用于数据整理，以便于你后续建模分析： tidyr：用于整理表格数据的布局 dplyr：用于将多个数据表连接成一个整齐的数据集...自动化分析 以下R包用于创建自动化分析结果的数据科学产品： shiny：一个使用R语言开发交互式web应用程序的工具。...shinyjs：用于在Shiny应用程序中执行常见的JavaScript操作 miniUI：提供了一个UI小部件，用于在R命令行中集成交互式应用程序 shinyapps.io：为创建的Shiny应用程序提供托管服务...R包给出了案例实战过程中可用的训练数据集： babynames：包含由美国社会保障局提供的三个数据集 neiss：2009-2014年期间提供给美国急诊室的所有事故报告样本数据 yrbss：美国疾病控制中心
library(shiny) 概览 Shiny 应用布局由层次函数调用创建，其中 R 中的层次结构与输出中的层次结构匹配。...，相信通过扫读上面的函数名也会对该页面布局有一个比较准确的猜测：顶部是标题栏，然后是侧边栏（包含滑块），主面板包含图。...理论上讲，fluidPage() 包含了我们创建 Shiny 应用布局的一切，我们可以将之前学习过的各种输入输出控件扔进去。当然，想真正创建一个好的应用是远远不够，我们需要学习更多的布局函数。...技术实现 可能会有读者惊讶我们上面使用了一个 R 函数 theme_demo() 来创建 Shiny 的 UI。...这样可行的原因是Shiny 代码本质上就是 R 代码，读者可以使用 R 中已知的任何工具增强效率、减少重复。请谨记三的原则：当你拷贝和粘贴代码超过 3 次，就应该考虑编写一个函数或者 for 循环。
Ctrl + N：新建连接Ctrl + O：打开已有连接Ctrl + S：保存连接设置Ctrl + Q：关闭当前连接数据查询在Navicat中进行数据查询时，可以使用以下快捷键来加快操作速度：Ctrl + R：...：Ctrl + C：复制当前行或列Ctrl + V：粘贴已复制的内容Ctrl + X：剪切当前行或列Ctrl + A：全选当前表格的所有内容Ctrl + F：查找当前表格中的关键字Alt + Enter...Alt + N：按数值排序当前选定的列Alt + D：按日期排序当前选定的列Alt + M：按月份排序当前选定的列Alt + W：按周排序当前选定的列Alt + H：按小时排序当前选定的列Alt + K...：按分钟排序当前选定的列Alt + S：按秒排序当前选定的列数据导入和导出在Navicat中进行数据导入和导出时，可以使用以下快捷键来加快操作速度：Ctrl + I：导入数据文件Ctrl + E：导出数据文件为...Excel、CSV、TXT等格式Ctrl + T：将选定的数据导出为SQL文件Ctrl + P：打印当前选定的数据表或查询结果Ctrl + J：将当前选定的数据导出为PDF文件Ctrl + G：将当前选定的数据导出为
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