UI 更清新，更时尚和更具交互性。...移动端主题 •miniUI https://github.com/rstudio/miniUI - 为在小屏幕上使用的 Shiny App 提供的 UI 小部件和布局。 ?...•texPreview https://github.com/metrumresearchgroup/texPreview - 在 RStudio，R Markdown 和 Shiny 中预览并保存 LaTeX...渲染的图像。...•pianobar https://github.com/czxa/pianobar - 该包仅限 Mac 安装，能创建一个琴键柱形图，当鼠标掠过柱条时，会响起钢琴的声音。 ?
本文对于学习 R 编程调试也是有帮助的。 当你开始编写应用程序时，几乎可以确定会出错。导致大多数错误的原因是我们心里的 Shiny 设计模型与 Shiny 实际的运行情况的不匹配。...这意味着你需要构建一个强大的工作流来识别和修复错误。 我们将在下面讨论三种主要问题： 你收到意外错误。这是最简单的情况，因为你将获得一个错误追踪，使你可以准确确定错误的出处。...你没有收到任何错误，但是值不正确。在这里，通常最好将其转换为第一个问题，方法是在出现错误值时使用 stop() 引发错误。 所有值都是正确的，但是在你期望的时候它们不会更新。...这是最具挑战性的问题，因为它是 Shiny 所特有的，因此你无法利用现有的 R 调试技能。 当出现这些情况时，这很令人沮丧，但是你可以将它们变成练习调试技能的机会。...renderPlot({ n <- f(input$n) plot(head(cars, n)) }) } shinyApp(ui, server) 如果运行此代码，我们会在应用程序中看到错误消息
SFrame和SGraph 峰会上的一个重磅消息是Dato将在BSD协议下开源SFrame和SGraph。...SFrame(Scaleable Data Frame)是一个为大数据处理优化内存和性能的数据框(DataFrame)结构。SGraph是一个类似的概念，但代表的不是数据框而是图。...Dask开发人员则可以直接与Dask任务图打交道因为Dask任务图并不依赖于它提供的集合类型。...Splash是由网页数据抓取的鼻祖ScrapingHub所推出的JavaScript渲染服务。它由Python写成，使用了Twisted和Qt。...对R语言来说有Shiny来简化数据科学家开发网页的工作，而Pyxley就相当于Python版的Shiny。使用Pyxley不光不用写HTML、CSS，你还可以加入自己的JavaScript来进行定制。
嵌入表格和图表 这也是rmarkdown吸引人的地方，通过R代码直接输出表格和图！这有赖于益辉大神写的knitr包。...下面说说如何嵌入图。 一般的图非常简单，和平常写R代码一样，不过不在.R中写，而是在.Rmd中写，将你的代码写入如下的代码框中，使用Control+Alt+i可以直接插入一个代码框。...就是说重点是代码，图R会帮我们自动生成，比如下面这个图： set.seed(123) x = rnorm(1000) y = 2 * x + rnorm(1000) m = lm(y ~ x) plot...A }") 这个包使用Graphviz描述图的结构和样式。...创建Shiny交互式应用程序 shiny由RStudio开发，不同于前面的动图，它可以在web浏览器中运行。
告诉shiny如何在server函数构建对象，该对象会在它的代码构建一个小工具的值的时候反应 第一步：加一个R对象到UI shiny提供了一个函数家族，将R对象转换成在UI中的输出，每个函数创建特定类型的输出...这些函数捕捉R表达式，并进行一些渲染预处理，每个render*函数对应特定类型的反应对象，如下表 每个render *函数都有一个参数：一个用大括号{}括起来的R表达式。...将R表达式视为稍后于shiny的一组指令，当首次启动app时，shiny会运行这个指令，当每次需要更新对象时，shiny也会重新运行这个指令。...因此，表达式应该返回你期望的对象（文本，图，数据框等），当表达式不返回对象或错误的对西那个类型时会报错 使用小工具（widget）的值 当用上面的代码构建app后，会发现app长这样 文本不会对小工具作出反应...当用户改变小工具，shiny会使用新的值重建依赖于那个小工具的所有的输出，重建对象达到更新的目的 这就是如何用shiny创建反应，通过连接input列表中的值到output中的对象。
当然也把TCGA来自肿瘤组织的miRNA数据下载和整理了一下。在做分析的同时发现这方面没有非常系统的数据库，已有的数据库/网页工具提供的分析和可视化功能也比较有限，于是就有了自己开发一个数据库的想法。...比如用户可以查看单个miRNA在所有TCGA癌种里的正常和肿瘤组织的表达量差异 (箱式图)，区分肿瘤和正常组织的AUC值 (森林图)，以及miRNA的预后能力 (森林图)。...Shiny app开发有哪些技巧 初学者认识的Shiny app一般都是长这样的： 其实Shiny app也可以是这样的： 或者这样的： 你也可以像其他专业网页工具一样加入互动的图或者可以滑动展示的图...另外有很多针对advanced Shiny app开发的R包可以直接拿来学习和使用。...从零创建一个App 理解input和output 保持正确的要点 渲染和输出 session的解释 ID的用法 根据数据更新UI 表格-方案选择 表格-renderTable 表格-kableExtra
依次类推，如果A和B是friend关系，A和C是couples关系，B和C是classmate关系，那么输入数据就应该是： Former Person: A,A,B Later Person: B,C,...处理好的图才是返回给ui.R。...Shiny提供一些缓存优化的机制， 其中最有效的是Reactive Expression 反冲表达式。 Reactive机制使得交互渲染的效率大幅度提高。...举个例子， server.R返回一个数据绘图， 但是每次运行需要重新读取数据。 但是当如果输入没有变化的时候， 这种重复的数据读取会极大的延迟反应， 浪费资源。...在注册完成后， 你只要遵照详细的链接， 授权， 和部署的步骤，就可以把本地Shiny App上传部署。
这里输入的账户和密码与服务器登录账户与密码一致，这里不得不吐槽一下Rstudio Server的傻逼设定，这里登入的账户和密码不能已获取超级用户权限，没关系，我们新建一个没有超级用户权限的用户： sudo...2.4 安装shiny和shiny server 接下来到了最重要的地方，我们来安装shiny和shiny server，首先我们在服务器上的R环境中安装shiny包： ? ...这时可以发现右侧下方的应用没有正常显示，但这里并没有明确显示具体的报错信息，为了在shiny应用出错时能显示具体的错误信息，我们需要修改shiny server的配置文件，执行下列命令打开shiny server...如图所示位置添加上两行语句用于设置shiny应用出错时显示具体错误信息，保存退出，重新访问刚才的页面： ? ...打开对应路径可以看到hello和rmd两个文件夹，每个文件夹代表一个应用，其内部拥有标准的shiny应用的ui.R和server.R，有时也会有global.R来辅助程序运行： ?
大家需要拿到后台代码才能在本地运行本例，没有安装shiny包的同学需要先安装并载入shiny包 代码文件保存在文件夹kmeans下的app.R中，在R中运行（*此时R中的路径应在app.R的上一级，即和文件夹...kmeans位于同一级目录下）： runApp("kmeans") 结果图1所示。...脚本app.R则由三个部分组成：user interface object、server function和函数shinyApp()。如图2所示。 图2，脚本app.R结构。 ?...，如图4所示： 图4，shiny app的ui对HTML语言的借鉴。...这里例子census_app和stock展示这一过程（你需要在本地准备了相应的R包，如census_app中要求map包等）。如图8和图9。 图8，例子census_app ?
说到这里不得不再次感谢一下Jimmy，当时除了特别想去学习一下生信的心态之外，其实并没有如何去学习生信的渠道和计划，而且受限于当时的工作属性基本上全是湿实验，在后续的实践和阅历上都无法有效的提高自己的生信知识...R：ROCR包用于ROC分析 R：purrr包用于循环迭代 R：STRINGdb包用于string蛋白互作分析 R：如何使用RMarkdown渲染中文pdf报告 R：R调试工具 R：gtable包用于处理...随着对R的了解的加深，现在已经逐渐从“苦苦的去思索应该如何完成目标”过渡到“解决的办法不止一种，哪一种实现方法更加优雅”的思路上来，这种稍微死磕一下实现路径的思路，我觉得也挺好，很多有意思的想法在这个过程中可能突然间就出现了...双维度ggplot2图层，设想中的这个图层会多展示一个维度的信息，它的主体是散点图，但是它的每个点其实是一个饼图、柱状图、boxplot等等，其实Y叔的ggimage可以实现这个功能，但是不能直接使用，...； 由于工作需要，RMarkdown的使用率非常高，但是它的原生渲染风格只能说是勉强够用，可能届时会想办法写一个RMarkdown主题相关的R包，这个需要对前端有一定的了解； shiny：其实目前对shiny
现在，我们可以通过 Shiny 调用 formUI() 和 formServer() 创建表单： ui <- fluidPage( formUI(formInfo))server <- function...当前功能 •表单结果保存到本地文件；•支持必填字段和可选字段（在问题列表中使用 mandatory 参数）；•仅用一行代码即可为 Shiny UI 和 server 添加表单；•可以在同一 App 中包含多种不同形式...；•以干净和用户友好的方法来捕获和报告错误；•问题和表格数据采用 R 列表格式；•支持的问题类型：文本，数字，复选框；•能够多次提交同一表单（在表单信息列表中使用 multiple = FALSE 参数以禁止多次提交...如果你想查看所有收集结果，则必须输入密码以验证您是管理员 （在表单信息列表中使用 password 参数可设置密码）；•支持更复杂的输入验证，当字段不满足某些条件时，会给出错误提示消息（在表单信息列表中使用...接着，将工作表的密钥传递到存储列表，Shinyforms 即可与 Google 表格文档连接。
，但是由于我开发的这个Shiny app本来就打开比较慢，加上很多时候服务器负荷运行，导致Shiny app打开速度就更慢了，有的时候甚至加载时间过长直接打不开。...服务器产商很多，国外的AWS我也尝试注册过，它提供为期一年的免费试用，但是注册激活的时候需要填信用卡信息，我没有，只能放弃，转向国内的云服务器。...，后面突然莫名其妙就运行不了，所以我最后不得不将所有R包都删了，然后以shiny用户登录。...所有准备环境准备好了之后，就可以将Shiny app文件上传到/srv/shiny-server目录里面，可能需要修改目录所属权限： sudo chown -R shiny:shiny shiny-server...我这次部署了两个应用 http://121.41.229.126:3838/bnasnpdb 和 http://121.41.229.126:3838/gwas ，目前运行良好，打开速度也还行！
p4：分享 Shiny 将所有脚本和材料保存到一个目录，目录下代码通常以以下 2 种方式之一存储： app.R ui.R & server.R ? ? ?...p11：使用 isolate() 隔离响应表达式 如何在不更新图的情况下更新标题呢？这就需要使用 isolate() 了。 isolate() 创建一个非响应对象（看作 R 常规值）。...它和 reactive() 是对应的。 ? ? ? ? （注意这里虽然图更新了，但绘图数据并没有更新） ?...p16：处理 HTML 页面 HTML 构建了 Shiny 的展示界面，所有的 Shiny 前端函数结果其实都被转换为 HTML。 ? ? ?...p21：使用 CSS 设置风格 CSS，即层叠样式表提供了自定义网页中元素布局的框架。 Shiny 使用的是 Bootstrap 3 CSS 框架。
现在我们将内容转向对于 Shiny 服务端的讨论，它会让我们在运行时中使用R代码让用户界面栩栩如生。 在 Shiny 中，我们使用响应式编程表达服务逻辑。...响应式编程的核心思想是指定依赖关系图，以便当输入发生更改时，所有相关的输出都会自动更新。这使得编写 Shiny 应用的流程变得相当简单，但是要花一些时间才能了解它们如何组合在一起。...这也正是我们为什么基本上只在 Shiny 的 server 函数内使用响应式编程的原因。 server 函数有 3 个参数：input、output 和 session。...input 如果在内部被修改就不能反应用户在浏览器中的输入，从而造成了不一致性，这是 Shiny 所不允许的。...如果你没有搞懂这一点，就有可能产生类似下面的错误： server <- function(input, output, session) { message("The value of input$
有些错误信息通常不是很清楚，R 并不是真的很擅长表达它们，但是答案通常就在您的面前。一旦您敢于阅读错误信息，我们将帮助您阅读这些错误信息！...R 一次解释一行代码，所以当if没有关联的else代码时，要让你的代码起作用，请确保 R 知道您的指令已完成。 if ( 1 !...在错误消息中包含解决方案。 Correction : 在错误消息中已经给出了如何校正的方法。您只输入了一个=，但条件必须用==编写。...现在，您已收到 R 发送的一条错误消息，重新启动您的指令，即可成功执行。 9. Operation not allowed without an active reactive context....不应在您的 shiny 应用程序中同时使用observe()和reactive()（有时间的话我们将讨论这个问题..）
SFrame and SGraph Dato 数据科学峰会中重磅消息之一是 Dato 将在 BSD 协议下开源SFrame 和 SGraph。...这一消息传达出 Dato 公司支持 Python 数据生态圈发展的诚意，这是 Dato 和 Python 数据社区发展的一个转折点。...它通过将数据集分块处理并根据所拥有的核数分配计算量，这有助于进行大数据并行计算。Dask 是利用 Python 语言编写的，同时也利用一些开源程序库，它主要针对单机的并行计算进程。...这反映出单机版的 Python 在功能和可用性上并没有妥协，可以在处理大数据时提供相同的交互体验和全保真度分析。...Shiny 包给使用 R 语言的数据科学家提供了一个不必通过编写Javascript， HTML 和 CSS就可以构建交互式网页应用程序的框架，但是在 Python 中却没有类似的功能。
前情：「R」Shiny：响应式编程（一）server 函数 一个网页应用仅有输入控件或输出控件无疑是枯燥的。Shiny 真正的魔法在于它同时包含两者。...这不会造成 Shiny 任何的错误，但它会产生我们不想要的结果。由于 greetnig 输出控件不存在，所以 renderText() 中的代码永远都不会运行！...在大多数 R 代码中，你可以通过从头到尾阅读代码搞懂程序执行的顺序。然而这在 Shiny 中是没有用的，因为 Shiny 按需运行。...为了理解执行的顺序，你需要观察 响应图，它描述了输入和输出是如何连接到一起的。上面示例的响应图非常简单。 ?...对于每一个输入和输出控件，响应图都有对应的符号，当一个输出控件需要访问输入控件的数据时，我们就将它们连接起来。这个图告诉我们当 name 改变时，greeting 需要重新进行计算。
Shiny 中有 3 类输出控件，对应你报告中经常会使用到的文本、表格和图形。 下面将向读者介绍前端输出控件的基础，以及与之相连的 render 函数。 首先载入 Shiny。...library(shiny) 文本 使用 textOutput() 和 verbatimTextOutput() 分别输出普通文本和固定的代码及控制台输出。...该函数打印 a 和 b，并返回 "c"。R 中一个函数能够打印很多的东西，但只能返回单个值。...tableOutput() 和 renderTable() 生成一个静态的数据表，一次性展示所有的数据。...图 任何类型的 R 图（基础、ggplot2 或其他）读者都可以使用 plotOutput() 和 renderPlot()： ui <- fluidPage( plotOutput("plot",
摘要 本演讲将介绍如何利用CSS对shiny页面进行个性化设计及在网页中嵌入视频；并通过一个详细案例介绍了利用htmlwidgets包开发HTML控件，基于D3.JS库创建简单的交互桑基图，包括控件创建...1、创建一个样式表，把它放到www目录文件下：在应用的当前目录下，创建www文件夹，把CSS样式放在www目录里。对Shiny自带的“03_reactivity”例子添加个性化样式。 ?...给应用增加登录窗口 免费的Shiny没有权限控制，如果掌握一些基本的CSS知识，就可以轻易地给应用添加一个登录窗口。 ?...创建新包 创建一个新包，包名为myd3plus，将会生成treemap.R、treemap.ymal和treemap.js三个文件。...与Rmarkdown结合 利用htmlwidgets包创建的控件，很容易与Rmarkdown和Shiny结合。 ? 我的分享到此结束，谢谢大家！
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
ICP备案
实时音视频
即时通信 IM
对象存储
