在书稿模板的选择与测试过程中遇到了很多的坑，幸运的是逐个踩过来了，但从 TEXTEX 到Rnw(Sweave+R), 再到Rmd (Knitr + R), 最后到Bookdown, 共经历了 4 个模板...针对代码伴随，早期对这类图书有二个解决方案： Sweave/knitr + R 本质上它是在 TEXTEX 嵌入R代码块，并由R在后台运行后将结果也嵌入到 TEXTEX 中，再由 TEXTEX 的编译引擎生成...在数据科学时代，报告的快速生成成为新的要求，效率优先！随着knitr的出现Sweave退出舞台....后者的基本流程是 由rmd文件通过knitr完成初步集成 由pandoc完成由rmd向md的转化与融合 由pandoc完成由md转化为 TEXTEX, 并由laTeX编译生成pdf (形式多样!)...｜Rmarkdown教程（2） R沟通｜Rmarkdown教程（1）
在书稿模板的选择与测试过程中遇到了很多的坑，幸运的是逐个踩过来了，但从 TEXTEX 到Rnw(Sweave+R), 再到Rmd (Knitr + R), 最后到Bookdown, 共经历了 4 个模板...CJK的逐渐成熟而逐渐被抛弃，均退出了历史舞台。...针对代码伴随，早期对这类图书有二个解决方案： Sweave/knitr + R 本质上它是在 TEXTEX 嵌入R代码块，并由R在后台运行后将结果也嵌入到 TEXTEX 中，再由 TEXTEX 的编译引擎生成...在数据科学时代，报告的快速生成成为新的要求，效率优先！随着knitr的出现Sweave退出舞台....后者的基本流程是 由rmd文件通过knitr完成初步集成 由pandoc完成由rmd向md的转化与融合 由pandoc完成由md转化为 TEXTEX, 并由laTeX编译生成pdf (形式多样!)
有的时候，包怎么都无法安装，可能是因为受制于网络，如github；也可能是某些玄学问题，只好将R 的源文件下载下来，自行本地安装。...’ using Sweave Loading required package: pctGCdata Error: processing vignette 'FACETS.Rnw' failed...中进行安装，使用本地的源码文件。...进入R，并将工作目录设置为源码文件所在目录： ~/archive R > getwd() [1] "/home/yzpen/archive" > list.files(recursive = TRUE...) [1] "facets-master.zip" [2] "pctGCdata-master.zip" R中安装本地包： install.packages("
作者的数据处理代码 wget http://genemed.uchicago.edu/~pgeeleher/cgpPrediction/paper.zip ## (161M) unzip paper.zip...cd paper/docetaxelAnalysis/ R Sweave("docetaxelBreastCancer.Snw") 上面的代码就会生成信息的文档，描述作者的数据处理步骤。...首先需要R, RStudio, Latex相应组件,RStudio里的kintr包。...File-> New File -> R Sweave 里创建rnw文件 在4个公共数据里面验证 4个有着明确药物处理记录的数据； The docetaxel data are available from...强烈建议下载paper.zip文件把里面的代码都仔细浏览。
最近又需要使用一个肿瘤外显子看cnv的R包，根据全局的vcf文件，就是FACETS，发表该包的文章是：FACETS: allele-specific copy number and clonal … -...NCBI - NIH 是大名鼎鼎的MSKCC单位的研究人员开发的， 作者：R Shen - 2016 - 被引用次数：189 - 相关文章 2016年6月7日 - (1) Department...然后就遇到报错，如下： creating vignettes (8s) --- re-building ‘FACETS.Rnw’ using Sweave Loading required...E> Execution halted 很明显，是作者包里面的一个说明文档有问题， ‘FACETS.Rnw’ 其实自行下载其源代码，然后删除 ‘FACETS.Rnw’即可，说明书本身不影响软件功能，删除它其实无伤大雅...自行下载R包源代码编译 因为是从GitHub下载，所以网速很重要：git clone https://github.com/mskcc/facets Cloning into 'facets'... remote
] 比如下面是作者的代码： rqtlexper.pdf: rqtlexper.tex rqtlexper.bib fig1.eps fig2.eps pdflatex rqtlexper....R cd R;R CMD BATCH lodcurve_fig1.R fig2.eps: R/colors.R Data/lines_code_by_version.csv R/rqtl_lines_code.R...目前从我的了解来看，其有两个天然的优点： 直接在shell 下执行命令，可以更好的操作系统与文件； 相当于是脚本的一个管理器，直接操作脚本为代码，控制输入与输出； makefile 用远不会重复，如果你的脚本发生了改变...，它仅仅会重复执行那些改变了的脚本，并不会重复运行其他的那些脚本。...5-将你的重复代码打包成函数，并善用循环 试想一下，你的数据中一共要处理10个文件，每个文件的处理加绘图代码一共有100行，你是否会写1k行代码在你的脚本里，然后跟别人吹嘘，你的代码量是1k？
（3）用相关性探索缺失值 影子矩阵：用指示变量替代数据集中的数据（1表示缺失，0表示存在），这样生成的矩阵有时称作影子矩阵。...分析生成缺失数据的潜在机制； （2）评价缺失数据对回答实质性问题的影响。...注意，替换是非随机的，这意味着不会引入随机误差（与多重衬托不同）。 简单插补的一个优点是，解决“缺失值问题”时不会减少分析过程中可用的样本量。...9.R中制作出版级品质的输出 常用方法：Sweave和odfWeave。 Sweave包可将R代码及输出嵌入到LaTeX文档中，从而得到 PDF、PostScript和DVI格式的高质量排版报告。...odfWeave包可将R代码及输出嵌入到ODF（Open Documents Format）的文档中
tasks.json 构建脚本 ; { "version": "2.0.0", "tasks": [ { "type": "cppbuild", "label": "C/C++: g++ 生成活动文件...isDefault": true }, "detail": "编译器: /usr/bin/g++" } ] } 编译时报如下错误 : > Executing task: C/C++: g++ 生成活动文件...< 无法生成和调试，因为活动文件不是 C 或 C++ 源文件。...终端进程启动失败(退出代码: -1)。 终端将被任务重用，按任意键关闭。 二、解决方案 ---- 核心报错是 无法生成和调试，因为活动文件不是 C 或 C++ 源文件。...生成的可执行文件在 .vscode 目录下 , 名称是 task ; 执行 cd .vscode 命令 , 进入 .vscode 目录中 , 使用 .
---- 一、背景 在R的世界里，凡是提到自动化报告，很多人就会想到Sweave，它已经诞生十几年了。...knitr (发音为：nit-ter)是由纯文本 (就像你正在阅读的) 和R代码交织在一起的文档文件. 用作者的话来说就是：“knitr 是一头灵活，快速的大象!”...有三个方面的原因: 这是学习R完美的途径。不一定每个人都是这样做的，但是knitr能让你运用学到的东西以及建立一个可重复生成报告的文件。 Knitr和RStudio集成是快速生成报告的最佳组合。...1、文学化编程也是编程 文学化编程（Literate Programming）是整个设计的核心思想，但过去的模式局限在“代码+文档”的简单模型上，knitr使得一份文档变得可编程。...通过以下5步，你就可以创建自己的第一个knitr文档： l 打开 RStudio, 点击File > New File > R Markdown…创建一个新的R Markdown 文件 l 为这个文件起一个有意义的名字
在别人的电子书，你的电子书，都在bookdown中我们讲述了bookdown用于自动化文档生成。里面涉及到一个文件Rproj用于项目管理。...Default EnableCodeIndexing: Yes UseSpacesForTab: Yes NumSpacesForTab: 2 Encoding: UTF-8 RnwWeave: Sweave...在我们之前的易生信培训课程中，R代码都以Rmarkdown的形式呈现，因为它有一个便利的地方在于Rmd中运行的代码默认以Rmd所在目录为工作目录，这样就方便设置相对路径访问文件了。...因为开始学习时对命令和命令下处理文件的不熟悉，找不到文件是我们最常见的错误之一。 ? 但如果需要临时调试，在Console下写代码时，工作路径是需要自己切换的。...另外如果我们自己开发R包，可以用如下的Rproj文件，配置信息稍微多了一些。
而在个人电脑，通常是Mac或者Windows，都是直接使用界面版本的rstudio更方便的交互式使用R语言。交互式的好处是所见即所得，每个代码随时响应随时看到效果，尤其适合各种各样的统计可视化需求。...Apr 1 10:39 R 160B Apr 1 10:39 REMOVE 1.4K Apr 1 10:39 Rcmd 318B Apr 1 10:39 Rd2pdf 361B...157B Apr 1 10:39 SHLIB 320B Apr 1 10:39 Stangle 318B Apr 1 10:39 Sweave 352B Apr 1 10:39...> 这个时候如果写脚本，文件名是 anno.R ，内容如下所示： t1<-Sys.time() temp_args <- commandArgs(trailingOnly = T) if(length...并不需要手动交互式一个个文件名修改和处理哦。
的视为隐藏档，不会列出) linux几种文件类型: d 表示此文件是一个目录 - 表示此文件是一个普通文件 b 表示此文件是一个特殊的块设备I/O文件 c 表示此文件是一个特殊的字符设备...-r或-R：递归处理，将指定目录下的所有文件与子目录一并处理； 6.重命名（用字符串替换的方式批量改变文件名）：rename rename(原字符串：将文件名需要替换的字符串； 目标字符串：将文件名中含有的原字符替换成目标字符串.../a.txt :把a.txt移动到上一层目录 8.打开office文件（或者其他）：xdg-open xdg-open xxx.pdf：用默认的pdf 阅读器打开一个pdf文件（可以带路径哦） xdg-open...强制退出，不保存 ：wq 保存并退出 ：x 在更改内容时用等于 ：wq，未更改内容时用则不会更改文件mtime 行号显示 ：set nu 显示行号 ：set nonu 不显示行号 ：nohl 取消高亮...gcc helloworld.c -o execFile（此步骤会生成一个execFlie的文件，可用ls查看） 8.如果有错误，系统会提示，按方向键找回gedit helloworld.c 的指令，按下回车
: Command '[‘dot‘, ‘-Tpdf‘, ‘-O‘, ‘Digraph.gv‘]' returned non-zero exit status 1.这个异常表示命令的退出状态码（returncode...我们需要检查该文件是否存在，并且我们的Python代码具有正确的文件路径。4....") # 检查文件权限 if not os.access(pdf_file, os.R_OK): raise Exception(f"No read permission...然后会检查输入文件是否存在，并具有读取权限；如若不具备，将抛出异常。接着使用subprocess.run执行命令生成PDF图形，并检查生成的PDF文件是否存在及具备读取权限。...最后将生成的PDF文件移动到指定的输出路径。如果在执行命令时返回了非零的退出状态码，也会抛出异常。这里采用了try-except结构来捕获并处理异常，以便能够在发生错误时进行适当的错误处理。
DakshSCRA不会对所有潜在的问题都标记为Bug，同时也减少了审计人员在处理误报方面要花费的时间，从而促进更高效的代码审查过程。...功能特性 1、识别源代码中审计人员感兴趣的部分：鼓励重点调查和确认，而不是不加区别地将所有内容标记为Bug； 2、确定文件路径中感兴趣的部分：识别文件路径中的模式，以确定要查看的相关部分； 3、软件级别的数据侦查以识别所使用的技术...6、支持为任何新语言或现有语言扩展或添加新规则； 7、支持生成文本格式、HTML和PDF格式的报告以供审计人员查看和检查； 工具安装 由于该工具基于Python 3开发，因此我们首先需要在本地设备上安装并配置好...--help 查看工具帮助信息和退出 -r RULE_FILE 指定平台专用的规则名称 -f FILE_TYPES 指定要扫描的文件类型...}, --list {R,RF} 枚举规则[R]和文件类型[RF] -recon 检测目标代码使用的平台、框架和编程语言 -estimate
为了减少浪费，应该明确地定义和分离这些步骤，以便可以在改变一个步骤的时候不会改变其他步骤，反之亦然。...例如，如果你来自于R社区的话，你肯定会使用RStudio，它允许你进行这些工作： 本机代码完成、自动修复等等。...直接的可视调试 使用 Rmarkdown/knitr/Sweave 来生成好看的动态报告。...Python 和 R 都支持这种快速测试。最好花十分钟时间写一下那些需要十小时调试错误输出的极限案例。 为了清楚起见，单元测试绝不能与定义方法的文件存在于同一个文件夹中。...像Sphinx这类文档工具就是以这种思路构建的：将你的代码和文档写进同一个文件中，并从中生成一个可读版本。 对于你的 Python notebook，我建议你使用 Pweave。
PyCharm 为 Python 提供了一流的支持，包括代码补全、错误检测、在线代码修正。智能搜索可以跳转至任意类、文件、符号，甚至是IDE行动或工具窗口。...可选的 Sweave 和 Wikitext（Markdown 和 Textile）附加组件提供了带有 R 代码段的 LaTeX / Wikitext 文档的源代码编辑器和构建工具。 ?...在 Visual Studio 下，数据科学家能够以便利的结构组织和管理相关文件，并使用 R 代码、R 文档、R Markdown、SQL 请求、保存的过程等的模板。...开发者可以通过 R Markdown 文档分享数据结果，markdown 的代码段可以使用集成的 R 代码。 RTVS 为 R 提供了完整的 REPL 体验，可以在交互窗口中直接运行源文件的代码。...绘图是 R 的一个重要部分。为了方便用 R 绘图，RTVS 支持多个独立的绘图窗口，每个具有独立的历史，并支持在窗口间移动图形。图形可以保存为图像或 PDF 文件，或者复制到剪贴板。
--cookie-jar从提供的JAR文件中读写cookie数据 --copies设置输出副本的数量(默认主1)，其实为1就够了 -d, --dpi指定一个要分辨率(这在 X11 系统中并没有什么卵用...) -H, --extended-help 相对 -h 参数，显示更详细的说明文档 -g, --grayscale 指定以灰度图生成PDF文档。...-l, --lowquality 生成低质量的 PDF/PS ,能够很好的节约最终生成文档所占存储空间 --manpage 输出程序的手册页-B, --margin-bottom设置页面的 底边距...不对PDF对象使用丢失少量信息的压缩算法，不建议使用些参数， 因为生成的PDF文件会非常大。...PDF文档的标题，如果不指定则使用第一个文档的标题 -V, --version 输出版本信息后退出 2、实现代码 import pdfkit #自定义参数 options={ 'page-size':'
感兴趣的读者可以翻看之前的文章，那里有对这段代码的详细解析，这里不多做介绍。 1.2 提取PDF图片思路 和之前的excel提取图片一样，在一个pdf中放入4张图片，我们将它压缩为zip文件? ?...生成并保存图片 fitz.open(path)是打开PDF文件夹，这里的path是需要在GUI界面中获取用户的文件存放路径于文件名的。...“pix = fitz.Pixmap(doc, i)是生成图像语句，doc代表PDF文件，i代表遍历每个图片对象的索引值。...id就是指代码中的“ra-dio1”。其中每个radio函数的第一个参数是文本内容，这里就是我们要进行提取的4个文件格式。而“size”就是位置，每行的第一个设同样的参数（10，1）。...第四步创建事件循环，可以看到代码，都是一样的套路：当用户按下submit按钮时系统将进行判断你按的是哪个单选按钮，进而进行相对应的事件执行。当你按下cancel或者×时，就是退出主程序。
萝卜 财务小妹 哈哈，上次十一比较匆忙，这次帮帮我，不会亏待你 这个。。...萝卜 财务小妹的需求 “ 需要从 PDF 中取出几页并将其保存为新的 PDF，当然又由于小妹是个编程小白，这个工具需要做成傻瓜式的带有GUI页面的形式 ” 选择源pdf文件，再指定下生成的新的pdf...(",")) range_list = [i for r in page_ranges for i in range(int(r[0]), int(r[-1]) + 1)] 最后就是从原始文件中拷贝内容到新的文件...界面 对于这个拆分 PDF 的小工具，需要具有如下功能： 可以通过标准文件浏览器选择 pdf 文件 可以选择输出文件的位置及文件名称 可以自定义提取哪些页面 有一些错误检查 通过 PIP 安装好 appJar...in page_ranges for i in range(int(r[0]), int(r[-1]) + 1)] for p in range_list: # Need to
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