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R data.frame 提取的怪事,希望你没中招

这几天, 讨论群频繁反应关于 DEseq2 分析的报错:arguments imply differing number of rrows。...这个代码经过了很多次培训的测试,按说不应该有问题,就远程连接调试了下,发现问题出在最近刚改的数据框索引上了。这个常见问题之前总会考虑着,这次修改时被忽略了,写推文记录下。...我们常用[ , ]提取数据框 (data.frame): 如果是多列数据框,提取后还是数据框; 如果是单列数据库,提取后就被自动转成了vector,想再按照数据库的方式使用就会报错; 提取时加上drop...untrt # 提取行名也正常了 rownames(a2) # [1] "trt_1" "trt_2" "trt_3" "untrt_1" "untrt_2" "untrt_3" 建议data.frame...的操作始终加参数drop=F。

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Numpy中的通用函数

NumPy数组的计算:通用函数缓慢的循环通用函数介绍探索Numpy的通用函数高级通用函数的特性聚合:最小值、 最大值和其他值数组值求和最大值和最小值其他聚合函数 《Python数据科学手册》读书笔记 NumPy...数组的计算:通用函数 NumPy 数组的计算有时非常快, 有时也非常慢。...使 NumPy 变快的关键是利用向量化操作, 通常在 NumPy 的通用函数(ufunc) 中实现。...如果这里写的是 y[::2] = 2 ** x, 那么结果将是创建一个临时数组, 该数组存放的是 2 ** x 的结果, 并且接下来会将这些值复制到 y 数组中。...:更多的信息有关通用函数的更多信息(包括可用的通用函数的完整列表) 可以在 NumPy(http://www.numpy.org)和 SciPy(http://www.scipy.org) 文档的网站找到

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    R 和 RStudio 的安装及 R Profile 的配置 & 爬取 CRAN 上的所有 R 包的名称、发布日期和标题

    安装 R 现在最新版的 R 语言是 3.6.2 版本 (2019 年 12 月 12 日发布),该发行版的名字是 Dark and Stormy Night (漆黑暴风夜 ??)...,事实上只要用 3.0.0 之后的版本都差距不是很大。我的电脑上的 R 的版本是 R version 3.6.2 (2019-12-12)。...安装常用的一些 R 包 可以运行下面的几句命令快速的安装一些 R 包: # 安装 devtools install.packages("devtools") # tidyverse 系列的 R 包 install.packages...R 包,例如我电脑上安装的 R 包有 1479个(截止 2019年12月14号)。...一个小的练习:爬取 CRAN 上的所有 R 包的名称、发布日期和标题 可以爬清华镜像源的列表:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/web/packages

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    Mybatis中通用Mapper的InsertList()

    针对通用Mapper中批量新增时是否需要自增ID或者自定义ID时需要使用不同包下的insertList()通常批量插入的ID非自增的ID(及自定义生成ID策略),所以tk.mybatis.mapper.additional.insert.InsertListMapper...包下的insertList()经常用在项目组中,配合@Intercepts 自定义 Mybatis 拦截 update 操作(添加和修改)1. tk.mybatis.mapper.common.special.InsertListMapper...如果实体的主键名为’id’,同时主键自增。在不修改代码的情况下,使用insertList()方法实现的批量插入数据后通用mapper能自动回写主键值到实体对象中。...想要实现实体类主键回写,需要重写insertList()方法,其实就是修改了注解上的值,把@Options注解上的keyProperty值改为自己实体类的主键名如以下实体类和对应的mapper:@Data...该方法执行后不会回写实体类的主键值。

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    「网站优化」网站优化宝典中的标题优化

    网站页面如何优化,大脸猫今天就给大家讲讲网站优化中如何优化网站的标题以及注意事项 一个搜索引擎在判断某个网站加权时,这个页面的标题则成为其中一个关键性,所以写好每个页面的标题。...当然其次的就是每个页面的描述,这样更有利于用户阅读,还有利于搜索引擎对这个页面的索引以及加权,使得页面优先排名,当然写标题时有一些需要注意事项 文章标题优化的注意事项: 1、写标题时必须与页面内容相关,...不得出现标题党的情况 2、写标题时标题需要独一无二的,当然如果有的情况会出现标题相同可以使用文章章节进行区分开 3、标题的长度应该进行控制,毕竟太长了也显示不全;我们可以把关键的内容写在文章描述中;这样我们可以更容易使得用户查询到我们的文章...4、标题的权重一般会是页面的权重集合,所以我们需要总结文章内容到文章标题 好的今天大脸猫就讲到这里。

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    【R语言】R中的因子(factor)

    R中的因子用于存储不同类别的数据,可以用来对数据进行分组,例如人的性别有男和女两个类别,根据年龄可以将人分为未成年人和成年人,考试成绩可以分为优,良,中,差。...R 语言创建因子使用 factor() 函数,向量作为输入参数。...levels:指定各水平值, 不指定时由x的不同值来求得。 labels:水平的标签, 不指定时用各水平值的对应字符串。 exclude:排除的字符。 ordered:逻辑值,用于指定水平是否有序。...这个顺序也是有讲究的,一般是按字母顺序来排列。我们也可以按照自己的需要来排列因子的顺序。...关于这个参数后面我们还会给大家举个更实际的,跟临床数据相关的例子。 R中的因子使用还是更广泛的,例如做差异表达分析的时候我们可以根据因子将数据分成两组。

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    「R」R 中的方差分析ANOVA

    因此回归分析章节中提到的lm()函数也能分析ANOVA模型。不过,在这个章节中,我们基本使用aov()函数。最后,会提供了个lm()函数的例子。...R默认类型I(序贯型)方法计算ANOVA效应(类型II和III分别为分层和边界型,详见R实战(第2版)202页)。...R中的ANOVA表的结果将评价: A对y的影响 控制A时,B对y的影响 控制A和B的主效应时,A与B的交互影响。 一般来说,越基础性的效应需要放在表达式前面。...单因素方差分析 单因素方法分析中,你感兴趣的是比较分类因子定义的两个或多个组别中的因变量均值。...glht.png par语句增大了顶部边界面积,cld()函数中的level选项设置了使用的显著水平。 有相同的字母的组说明均值差异不显著。

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    word中应用标题的快捷键有哪些?

    对于程序员来说,习惯了快捷键的好处之后,就爱不释手了。那么,当程序员使用word的时候,想要快速设置标题怎么办?快捷键是什么?能否修改标题的快捷键呢?答案是肯定的。...我们先来看看,默认情况下word标题快捷键是什么?word中应用标题1的快捷键是Alt+Shift+方向左键,按Alt+Shift+方向右键是标题2,再按一次方向右键是标题3。...设置自定义的快捷键步骤如下:1、打卡word,依次查看【开始】-【样式】-【标题1】2、在标题1单击右键,点击修改3、点击上一步骤中【格式】-【快捷键】,为标题1分配快捷键;为了避免与系统或者是其他软件快捷键冲突...,一般可以分配快捷键为:alt+1.4、按照第三步骤所属,依次编辑标题2、标题3,分别设置为alt+2,alt+35、编辑完标题文字之后,直接按快捷键就可以快速将文字设置对成对应的标题格式了。...经过上诉五步操作之后,你的word就拥有了自定义的标题快捷键了。是不是很炫酷?那么不妨自己亲自动手试一试吧~

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    R tips: R中的颜色配置方案

    数据可视化不可避免的就是要选择一些颜色方案,颜色方案除了手动设置之外,在R中也有自动生成颜色方案的工具。...R中的HCL配色方案 HCL本意是和RGB HSV等一样的颜色空间的术语,由于这里所用的颜色方案在R中是hcl.pals函数,所以就称为HCL配色方案了。...HCL相比较HSV等颜色空间的一个重要优点就是颜色的视觉明度是均一的,在R中也是推荐使用hcl颜色方案,不推荐使用rainbow等颜色方案了。...,常用于着色离散变量; sequential的颜色方案中色调较少,体现了颜色的连续过渡,可以用于着色连续变量; diverging和divergingx也是颜色的连续过渡,但是不同于sequential...") # [1] "#1B9E77" "#D95F02" "#7570B3" 不同于hcl的配色方案,RColorBrewer中颜色方案数量是固定的,不会对颜色进行自动插值,比如Dark2配色一共只有

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    R中的sweep函数

    函数的用途 base包中的sweep函数是处理统计量的工具,一般可以结合apply()函数来使用。...当我们我们需要将apply()统计出来的统计量代回原数据集去做相应操作的时候就可以用到sweep()。...函数的参数 sweep(x, MARGIN, STATS, FUN = "-", check.margin = TRUE, ...) x:即要处理的原数据集 MARGIN:对行或列,或者数列的其他维度进行操作...,与apply的用法一样 STATS:需要对原数据集操作用到的统计量 FUN:操作需要用到的四则运算,默认为减法"-",当然也可以修改成"+","*","/",即加、乘、除 check.margin:是否需要检查维度是否适宜的问题...…… 下面我们结合几个具体的例子来看 #创建一个4行3列的矩阵 M = matrix( 1:12, ncol=3) 1.每一行都减去这一行的均值 #方法一,通过rowMeans函数来计算每一行的均值

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    内容流推荐中的个性化标题生成框架

    主要是怎么实现个性化新闻推荐,第二部分《PENS: A Dataset and Generic Framework for Personalized News Headline Generation》阐述怎么实现个性化标题的生成...对于这种采样,笔者之前写过挺多的对比总结性文章,有兴趣的同学可以翻翻以往文章,看看这里是不是还有提升改进的可能性。 个性化新闻标题该怎么生成?...先放框架,再来聊一聊,从上图比较清晰的发现,左侧Transformer Encoder编码候选集合中的文本信息,然后通过Attention学习正文单词的隐藏表示。...而在右侧,就是通过用户点击过的内容得到User Embedding,而个性化层面架构中给出了3种方式,第一种是将User Embedding作为指针网络解码器的初始隐藏状态Decoder Hidden...States;第二种是加入左侧的Attention的计算中,区分用户对内容的关注程度;第三种是最右侧的方式,将User Embedding加入到Pgen的计算中。

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    使用Python中的igraph为绘图添加标题和图例

    在 `igraph` 中,可以通过添加标题和图例来增强图形的可读性和表达能力。我们可以使用 `igraph.plot` 函数进行绘图,并通过它的参数来指定标题和图例。...**1、问题背景**在python中的igraph库中,能否为绘图添加图例和标题?在手册或教程中都没有提到这个功能,但是在R中是可以的。...**2、解决方案**R本身提供了一个相当高级的绘图系统,而R接口只是对其进行了利用,因此可以在R中轻松创建绘图标题和图例。...然而,Cairo “仅仅” 是一个通用的矢量图形库。这就是为什么在Python中无法获得相同的先进绘图功能。...该绘图由一个600像素宽、600像素高的Cairo图像表面作为后备,并最终将被保存到名为plot.png的文件中。(你也可以直接在Plot构造函数的第一个参数中提供一个Cairo表面)。

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    《标题的力量:在计算机科学中的多元应用》

    同时,在软件的界面设计中,各个功能模块的标题也起着引导用户操作的重要作用。清晰的标题可以让用户快速找到他们需要的功能,减少操作的困惑和时间成本。...同时,标题也方便了用户对软件的升级和选择,他们可以根据标题中的信息来决定是否需要升级到某个特定版本。 二、学术研究中的标题应用 1. ...例如,“深度学习在图像识别中的突破性进展”这样的标题能够让读者快速了解研究的主题和重要性。 标题还可以帮助研究者在众多的学术文献中脱颖而出。...而在会议中,各个演讲和论文的标题也会成为参会者选择听取的重要依据。 三、数据管理中的标题应用 1. 数据库命名 在数据库管理中,标题可以用于数据库、表和字段的命名。...四、用户界面设计中的标题应用 1. 网页设计 在网页设计中,标题是吸引用户注意力和引导用户浏览的重要元素。一个好的网页标题不仅要简洁明了,还要具有吸引力和独特性。

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    「R」R检验中的“数据是恆量”问题

    之前我学习和自己分析时就遇到过,尝试使用判断的方式事先检查它是不是数据存在问题(这类数据明显不服从正态分布),可以使用正态性检验,或者直接判断是不是样本组内的数据是完全一样的,如果一样就不要这个了。...所遇到的问题: 分析两个样本之间是否存在差异,每个样本三个重复。现在用的是t.test,但有些样本三个重复的值一样(比如有0,0,0或者2,2,2之类的),想问下像这种数据应该用什么检验方法呢?...以下是我的回答: 数据是恒量是无法做t检验的,因为计算公式分母为0(不懂的看下统计量t的计算公式,一般标准差/标准误为分母,所以恒量是不能算的)。...,如果一样,则输出原始的结果,再筛选其中差异大的基因 。...9508518/why-are-these-numbers-not-equal https://stackoverflow.com/questions/23093095/t-test-failed-in-r

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